UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C13A2.1C13A2.10chrV 7,290,625contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
2nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3C04G2.10C04G2.10n/achrIV 10,116,708contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core)
4gska-3C36B1.10n/achrI 8,750,510C. elegans GSKA-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
5marc-6F55A3.1n/achrI 10,803,251C. elegans MARC-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
6snf-10Y32F6A.2n/achrV 10,439,552snf-10 encodes a member of the sodium:neurotransmitter symporter family.
7F29B9.8F29B9.8n/achrIV 4,648,582
8W04A4.5W04A4.5n/achrI 13,669,210contains similarity to Pfam domain PF02985 HEAT repeat contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR000357 (HEAT), IPR016024 (Armadillo-type fold)
9F36H12.16F36H12.16n/achrIV 5,270,623
10clec-155T04A8.3n/achrIII 4,684,119C. elegans CLEC-155 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
11C41G6.6C41G6.6n/achrV 15,222,374contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
12C09B9.3C09B9.3n/achrIV 5,025,066contains similarity to Pfam domain PF01062 Bestrophin contains similarity to Interpro domain IPR000615 (Bestrophin)
13F26B1.1F26B1.1n/achrI 6,328,529contains similarity to Homo sapiens hypothetical protein; ENSEMBL:ENSP00000352916
14C01G10.1C01G10.1n/achrV 15,102,337contains similarity to Pfam domains PF02206 (Domain of unknown function) , PF00023 (Ankyrin repeat) , PF00533 (BRCA1 C Terminus (BRCT) domain) contains similarity to Interpro domains IPR002110 (Ankyrin), IPR003125 (Protein of unknown function WSN), IPR001357 (BRCT)
15C32E8.1C32E8.1n/achrI 3,796,427contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
16F46H5.5F46H5.5n/achrX 7,256,401
17ZC373.3ZC373.3n/achrX 10,061,060contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
18F28F9.2F28F9.2n/achrIV 3,840,668
19twk-1F21C3.1n/achrI 7,270,700C. elegans TWK-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF07885 Ion channel contains similarity to Interpro domains IPR003280 (Potassium channel, two pore-domain), IPR013099 (Ion transport 2)
20T06G6.8T06G6.8n/achrI 12,725,522contains similarity to Pfam domain PF03761 Domain of unknown function (DUF316) contains similarity to Interpro domain IPR005514 (Protein of unknown function DUF316)
21C31E10.8C31E10.8n/achrX 14,007,275contains similarity to Pfam domain PF00566 TBC domain contains similarity to Interpro domains IPR000195 (RabGAP/TBC), IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR002011 (Receptor tyrosine kinase, class II, conserved site)
22R12E2.8R12E2.8n/achrI 4,157,147contains similarity to Galaxea fascicularis Galaxin.; TR:Q8I6S1
23C02F12.8C02F12.8n/achrX 3,691,690contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
24F56B3.6F56B3.6n/achrIV 789,430contains similarity to Pfam domain PF03134 TB2/DP1, HVA22 family contains similarity to Interpro domain IPR004345 (TB2/DP1 and HVA22 related protein)
25emb-5T04A8.14n/achrIII 4,717,943emb-5 encodes the C. elegans ortholog of the Spt6 family of RNA polymerase II transcription elongation factors; first identified in screens for temperature-sensitive embryonic lethal mutations, emb-5 is required for the correct timing of the second E (endoderm)-cell division in the early embryo and thus, for normal embryonic gastrulation; in addition, emb-5 activity is required postembryonically for proper gonad development; in yeast two-hybrid studies, EMB-5 interacts with the intracellular domains of LIN-12 and GLP-1, suggesting that EMB-5 functions as a positive downstream effector in Notch-like signaling pathways during C. elegans development; emb-5 mRNA is most abundant during embryonic stages, with lower levels apparent during the L1-L3 larval stages, and even lower levels observed during L4.
26M01G12.2M01G12.2n/achrI 12,133,121contains similarity to Interpro domain IPR000215 (Protease inhibitor I4, serpin)
27C32B5.12C32B5.12n/achrII 952,421
28snf-9C49C3.1n/achrIV 17,313,754C. elegans SNF-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF00209 Sodium:neurotransmitter symporter family contains similarity to Interpro domain IPR000175 (Sodium:neurotransmitter symporter)
29clp-2T04A8.16n/achrIII 4,702,158clp-2 encodes a large calpain subunit that contains two predicted MIT (microtubule interacting and trafficking) domains and is homologous to the mammalian Calpain 7 proteins and the atypical, nuclear-localized Aspergillus calpain, PalB; by homology, CLP-2 is predicted to function as a calcium-dependent, cysteine protease that is involved in intracellular proteolysis and peptidolysis; however, as loss of clp-2 activity via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any obvious abnormalities, the precise role of CLP-2 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
30F01F1.3F01F1.3n/achrIII 5,873,818
31elo-7F56H11.3n/achrIV 9,530,584The elo-7 gene encodes a paralog of elo-1 and elo-2, each of which encodes a polyunsaturated fatty acid (PUFA) elongase; ELO-7 has no known function in vivo.
32T28F2.7T28F2.7n/achrI 3,658,340contains similarity to Pfam domain PF00858 Amiloride-sensitive sodium channel contains similarity to Interpro domains IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR001873 (Na+ channel, amiloride-sensitive)
33K03H1.8K03H1.8n/achrIII 9,945,970contains similarity to Pfam domain PF00102 Protein-tyrosine phosphatase contains similarity to Interpro domain IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type)
34C07H6.3C07H6.3n/achrIII 7,511,662contains similarity to Pfam domain PF02985 HEAT repeat contains similarity to Interpro domains IPR000357 (HEAT), IPR016024 (Armadillo-type fold)
35ech-5F56B3.5n/achrIV 798,439C. elegans ECH-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF00378 Enoyl-CoA hydratase/isomerase family contains similarity to Interpro domain IPR001753 (Crotonase, core)
36C26G2.2C26G2.2n/achrX 14,668,263contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG31439-PA;; FLYBASE:CG31439
37T15D6.1T15D6.1n/achrI 12,371,988contains similarity to Pfam domain PF04590 Protein of unknown function, DUF595 contains similarity to Interpro domain IPR007669 (Protein of unknown function DUF595)
38srr-3F36D3.3n/achrV 16,507,773C. elegans SRR-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF03268 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF267 contains similarity to Interpro domain IPR004950 (Protein of unknown function DUF267, Caenorhabditis species)
39Y37A1A.2Y37A1A.2n/achrIV 13,909,126contains similarity to Pfam domain PF05978 Eukaryotic protein of unknown function (DUF895) contains similarity to Interpro domains IPR010291 (Protein of unknown function DUF895, eukaryotic), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
40str-73F26D2.1n/achrV 16,431,023C. elegans STR-73 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
41F15D3.6F15D3.6n/achrI 11,574,794contains similarity to Pfam domain PF04707 PRELI-like family contains similarity to Interpro domain IPR006797 (MSF1)
42T04A11.3T04A11.3n/achrIV 12,480,688contains similarity to Pfam domains PF00047 (Immunoglobulin domain) , PF01682 (DB module) (3), PF07679 (Immunoglobulin I-set domain) , PF00041 (Fibronectin type III domain) (4)contains similarity to Interpro domains IPR003598 (Immunoglobulin subtype 2), IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold), IPR003961 (Fibronectin, type III), IPR013098 (Immunoglobulin I-set), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR002602 (Protein of unknown function DB), IPR007110 (Immunoglobulin-like), IPR006150 (Cysteine-rich repeat), IPR003599 (Immunoglobulin subtype), IPR013151 (Immunoglobulin)
43F36G9.13F36G9.13n/achrV 15,984,973contains similarity to Pfam domain PF02206 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR003125 (Protein of unknown function WSN)
44C02G6.2C02G6.2n/achrV 5,873,482contains similarity to Pfam domains PF00675 (Insulinase (Peptidase family M16)) , PF05193 (Peptidase M16 inactive domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR001431 (Peptidase M16, zinc-binding site), IPR011765 (Peptidase M16, N-terminal), IPR011237 (Peptidase M16, core), IPR007863 (Peptidase M16, C-terminal), IPR011249 (Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like, metal-binding)
45C56A3.3C56A3.3n/achrV 13,533,300C56A3.3 encodes a homolog of the functionally active Fmrf Receptor (FR; CG2114) of D. melanogaster; it is thus possible that C56A3.3 is a receptor for one of the FMRF-like neurotransmitters in C. elegans (e.g., FLP-1 through FLP-12).
46C10C5.4C10C5.4n/achrIV 9,379,502contains similarity to Pfam domains PF01546 (Peptidase family M20/M25/M40) , PF07687 (Peptidase dimerisation domain) contains similarity to Interpro domains IPR010159 (N-acyl-L-amino-acid amidohydrolase), IPR011650 (Peptidase M20, dimerisation), IPR002933 (Peptidase M20), IPR001261 (ArgE/DapE/ACY1/CPG2/YscS, conserved site)
47C09B9.2C09B9.2n/achrIV 5,030,143
48ZK218.11ZK218.11n/achrV 17,107,962contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
49srv-29T13A10.6n/achrIV 6,265,730C. elegans SRV-29 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
50msp-152ZK546.6n/achrII 4,933,207msp-152 encodes a protein that belongs to a family of proteins called the Major Sperm Proteins (MSPs) that is conserved in nematodes; this family consists of closely related, small, basic proteins that make up 15% of sperm protein; this multigene family consists of over fifty genes, including many pseudogenes; MSPs are involved in both extracellular signaling and cytoskeletal functions during reproduction-MSP antagonizes Eph/ephrin signaling, in part, by binding VAB-1 Eph receptor tyrosine kinase on oocytes and sheath cells to promote oocyte maturation and MAPK activation; MSPs assemble into fibrous networks that drive movement of the C. elegans sperm; msp genes are expressed only in late primary spermatocytes.