UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1ugt-27C10H11.50chrI 4,725,415C. elegans UGT-27 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
4T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
5F40F8.3F40F8.3n/achrII 11,129,630contains similarity to Homo sapiens 17 kDa protein; ENSEMBL:ENSP00000373249
6C13A2.10C13A2.10n/achrV 7,274,350contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domain IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
7col-183F02D10.1n/achrX 13,467,159C. elegans COL-183 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR003979 (Tropoelastin), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
8K07A1.13K07A1.13n/achrI 9,584,354contains similarity to White spot syndrome virus Wsv319.; TR:Q8VAS3
9F56H9.2F56H9.2n/achrV 12,637,872contains similarity to Plasmodium falciparum Transport protein, putative.; TR:Q8IHR3
10C13G5.2C13G5.2n/achrIII 8,617,549contains similarity to Interpro domain IPR001680 (WD40 repeat)
11clec-60ZK666.6n/achrII 10,480,905clec-60 encodes a C-type lectin protein with no obvious non-nematode orthologs required for normal resistance to infection with Microbacterium nematophilum; clec-60 transcription is induced 6.6-fold by infection with M. nematophilum, making it one of the most strongly infection-responsive genes (second only to tts-1), while not being induced by other pathogens; CLEC-60 is expressed throughout the larval intestine, continuing adult expression primarily in the posterior intestinal cells int8 and int9; CLEC-60 contains an N-terminal von Willebrand factor type A domain and a C-terminal C-type lectin domain; CLEC-60 has no obvious function in mass RNAi assays, and is dispensable for viability.
12F53A9.8F53A9.8n/achrX 8,718,676contains similarity to Plasmodium chabaudi Pc-fam-3 protein putative (Fragment).; TR:Q4XGP3
13thn-2F28D1.5n/achrIV 12,383,557C. elegans THN-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00314 Thaumatin family contains similarity to Interpro domain IPR001938 (Thaumatin, pathogenesis-related)
14C50F4.8C50F4.8n/achrV 9,518,171
15col-40T13B5.4n/achrII 1,105,772col-40 encodes a cuticle collagen protein that belongs to the col-6 cuticle collagen family; col-40 transcript is present in L1 larvae and at the L2d-dauer molt.
16nas-20T11F9.3n/achrV 11,471,595nas-20 encodes an astacin-like metalloprotease.
17pax-3F27E5.2n/achrII 10,149,568pax-3 encodes a divergent paired-like homeodomain protein that does not belong to the Q50, K50, or S50 classes; PAX-3 is required for locomotion and vulval development; pax-3(RNAi) animals have consistent Pvl and Unc phenotypes (as well as less consistent Bmd, Rup, and Stp phenotypes).
18col-116F17E9.1n/achrIV 8,357,297C. elegans COL-116 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
19R06B9.1R06B9.1n/achrII 13,764,398contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR000698 (Arrestin), IPR014752 (Arrestin, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
20old-2ZK938.5n/achrII 9,848,462old-2 encodes a transmembrane protein tyrosine kinase (also known as 'kin-28') that affects mean and maximum life span with multiple paralogs in C. elegans; the expression of old-2 was experimentally verified by RT-PCR.
21W02D7.4W02D7.4n/achrV 8,297,041contains similarity to Interpro domain IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
22grl-19R02D3.6n/achrIV 252,252grl-19 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a central low-complexity region, and a C-terminal Ground-like (Grl) domain; GRL-19 is expressed in intestine; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
23hex-5Y70D2A.2n/achrX 14,903,528hex-5 encodes a beta-N-acetylhexosaminidase.
24srj-25C05E4.10n/achrV 735,347C. elegans SRJ-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter)
25ins-23M04D8.3n/achrIII 10,028,305ins-23 encodes an insulin-like peptide of the insulin superfamily of proteins (OMIM:176730, 147440); INS-23 is one of 38 insulin-like peptides in C. elegans, and is expressed in amphid sensory neurons, labial neurons, the nerve ring, and ventral nerve cord neurons; as loss of INS-23 function via RNA-mediated interference does not results in any abnormalities, the precise role of INS-23 in C. elegans development is not yet clear.
26D1005.5D1005.5n/achrX 1,471,940
27F49H6.5F49H6.5n/achrV 17,024,380The F49H6.5 gene encodes a homolog of the human gene MOCS1A, which when mutated leads to molybdenum cofactor deficiency (OMIM:252150).
28scl-2F49E11.10n/achrIV 13,058,350C. elegans SCL-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00188 SCP-like extracellular protein contains similarity to Interpro domains IPR014044 (SCP-like extracellular), IPR002413 (Ves allergen), IPR001283 (Allergen V5/Tpx-1 related)
29clec-97ZK39.6n/achrI 11,153,502C. elegans CLEC-97 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
30W01B6.6W01B6.6n/achrIV 10,081,890contains similarity to Pfam domain PF00102 Protein-tyrosine phosphatase contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase)
31C32F10.4C32F10.4n/achrI 5,809,249
32T12D8.5T12D8.5n/achrIII 13,626,155contains similarity to Treponema pallidum Nuclease sbcCD subunit C.; SW:SBCC_TREPA
33C06A5.6C06A5.6n/achrI 5,984,551
34fbxb-48F45C12.13n/achrII 1,718,632C. elegans FBXB-48 protein; contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
35tag-97C33A11.4n/achrX 15,373,762C. elegans TAG-97 protein; contains similarity to Pfam domains PF02198 (Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain) , PF00178 (Ets-domain) contains similarity to Interpro domains IPR010993 (Sterile alpha motif homology), IPR000418 (Ets), IPR011991 (Winged helix repressor DNA-binding), IPR003118 (Sterile alpha motif/pointed), IPR013761 (Sterile alpha motif-type)
36col-102C18H7.3n/achrIV 605,160col-102 encodes a cuticle collagen.
37ttr-1K03H1.6n/achrIII 9,929,635ttr-1 encodes a protein containing a predicted signal sequence followed by a transthyretin-like domain; although TTR-1 belongs to a family of apparently nematode-specific proteins whose function is not yet known, loss of ttr-1 function via RNAi can result in enhanced dauer formation and daf-16-dependent lifespan extension.
38F43H9.4F43H9.4n/achrV 8,027,713contains similarity to Interpro domain IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
39F35F10.1F35F10.1n/achrV 3,317,203contains similarity to Pfam domain PF04721 Domain of unknown function (DUF750) contains similarity to Interpro domain IPR006588 (Protein of unknown function PAW)
40K08F4.3K08F4.3n/achrIV 10,129,732contains similarity to Pfam domain PF05753 Translocon-associated protein beta (TRAPB) contains similarity to Interpro domain IPR008856 (Translocon-associated beta)
41F20H11.5F20H11.5n/achrIII 6,588,571F20H11.5 encodes a putative secreted D-aspartate oxidase (DASPO), paralogous to C47A10.5 and F18E3.7; recombinant F20H11.5 protein is insoluble when expressed in E. coli, and thus has not yet been tested in vitro for activity; F20H11.5 is expressed in a head mesodermal cell, hypodermis, other head cells, and vulva.
42F47B8.8F47B8.8n/achrV 14,332,167contains similarity to Pfam domain PF01433 Peptidase family M1 contains similarity to Interpro domain IPR014782 (Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase, N-terminal)
43sru-18T04A11.9n/achrIV 12,503,147C. elegans SRU-18 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domains IPR003839 (Protein of unknown function DUF215), IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
44Y51A2B.1Y51A2B.1n/achrV 18,373,264contains similarity to Pfam domain PF08719 Domain of unknown function (DUF1768) contains similarity to Interpro domains IPR012816 (Conserved hypothetical protein CHP02464), IPR016160 (Aldehyde dehydrogenase, conserved site)
45W05B2.4W05B2.4n/achrIII 10,975,818contains similarity to Pfam domain PF08393 Dynein heavy chain, N-terminal region 2 contains similarity to Interpro domains IPR011010 (DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core), IPR013602 (Dynein heavy chain, N-terminal region 2)
46nlp-32F30H5.2n/achrIII 486,349C. elegans NLP-32 protein; contains similarity to Interpro domain IPR002952 (Eggshell protein)
47fbxa-2T13F3.5n/achrV 16,268,911This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
48R06A10.1R06A10.1n/achrI 1,087,211contains similarity to Interpro domain IPR016196 (MFS general substrate transporter)
49F17C11.4F17C11.4n/achrV 10,952,702contains similarity to Mus musculus Desmoglein 2 precursor.; SW:DSG2_MOUSE
50C06E4.8C06E4.8n/achrIV 7,284,853contains similarity to Interpro domain IPR009057 (Homeodomain-like)