UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C10G8.4C10G8.47e-48chrV 5,312,109C10G8.4 encodes a putative secreted TIL-domain protease inhibitor paralogous to SWM-1, ISL-1, and the products of 11 other C. elegans genes; C10G8.4 and its relatives are collectively similar to other TIL-domain protease inhibitors from nematodes, insects, and vertebrates; C10G8.4 has no obvious function in mass RNAi assays.
2T27A10.6T27A10.6n/achrX 3,592,684contains similarity to Interpro domain IPR006150 (Cysteine-rich repeat)
3W02D9.6W02D9.6n/achrI 12,560,492contains similarity to Homo sapiens similar to KIAA1107 protein; ENSEMBL:ENSP00000176186
4col-158D2023.7n/achrV 11,830,378C. elegans COL-158 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
5sra-25T26E3.9n/achrI 12,687,150C. elegans SRA-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
6K07A1.6K07A1.60.000003chrI 9,592,533K07A1.6 encodes a putative secreted TIL-domain protease inhibitor paralogous to SWM-1, ISL-1, and the products of 11 other C. elegans genes; K07A1.6 and its relatives are collectively similar to other TIL-domain protease inhibitors from nematodes, insects, and vertebrates; K07A1.6 has no obvious function in mass RNAi assays.
7col-102C18H7.3n/achrIV 605,160col-102 encodes a cuticle collagen.
8col-2W01B6.7n/achrIV 10,084,918col-2 encodes a member of the collagen superfamily containing collagen triple helix repeats (20 copies); expression peaks during the molt that separates the L2 larval and dauer stages as the dauer cuticle is being formed, and mRNA is expressed at low levels in post-dauer L4 larvae and in adult animals.
9C23G10.11C23G10.11n/achrIII 6,215,297contains similarity to Interpro domain IPR003059 (Colicin lysis protein)
10grl-19R02D3.6n/achrIV 252,252grl-19 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a central low-complexity region, and a C-terminal Ground-like (Grl) domain; GRL-19 is expressed in intestine; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
11ZC395.5ZC395.5n/achrIII 5,268,152
12hsp-12.3F38E11.1n/achrIV 9,445,065hsp-12.3 encodes a small heat-shock protein that forms heterotetramers with HSP-12.2 and has no chaperone-like activity; structurally, HSP-12.3 is mostly a beta-sheet; at least one HSP-12 (which may or may not be HSP-12.2) is ubiquitously expressed in L1 larvae, and later expressed in adult spermatids (and perhaps spermatocytes), and some adult vulval cells; hsp-12.3 is upregulated in daf-2 mutants, suggesting that hsp-12.3's expression may contribute to prolonged lifespan in dauer larvae.
13C35B1.4C35B1.4n/achrIV 4,079,997
14nlp-28B0213.3n/achrV 3,988,091C. elegans NLP-28 protein ; contains similarity to Ixodes scapularis Putative secreted salivary gland peptide.; TR:Q5Q982
15col-35C15A11.1n/achrI 7,386,359col-35 encodes a collagen that is individually dispensable for viability and gross morphology in mass RNAi screens; the amino- and carboxyl-terminal cysteine-rich regions of COL-35 are most closely related to those of COL-8, COL-19, and COL-39.
16F57F4.2F57F4.2n/achrV 6,388,125contains similarity to Felis silvestris catus RPGR (Fragment).; TR:Q56PC0
17col-84K12D12.3n/achrII 11,869,021C. elegans COL-84 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
18C49F5.7C49F5.7n/achrX 11,995,234contains similarity to Homo sapiens Similar to PDZ domain proteins; ENSEMBL:ENSP00000298474
19cut-1C47G2.1n/achrII 11,270,278cut-1 encodes a component of cuticlin, an insoluble residue of the nematode cuticle required for alae formation and radial shrinking during dauer differentiation; expressed specifically in the cuticle of dauer larvae and is secreted by the seam cells.
20F11F1.6F11F1.6n/achrIII 13,403,684contains similarity to Escherichia coli Shiga toxin 1 B subunit.; TR:Q8L167
21cpg-3R06C7.4n/achrI 7,245,503cgp-3 encodes a putatively secreted protein with an N-terminal low-complexity domain containing 15 potential chondroitin attachment sites, and a C-terminal EGF-like region; cpg-3 mRNA is enriched in oogenesis, but CPG-3 has no obvious function in mass RNAi assays.
22T01C3.4T01C3.4n/achrV 14,994,531contains similarity to Pfam domain PF01674 Lipase (class 2) contains similarity to Interpro domain IPR002918 (Lipase, class 2)
23T28A11.19T28A11.19n/achrV 3,269,156contains similarity to Pfam domain PF01579 Domain of unknown function DUF19 contains similarity to Interpro domains IPR016638 (Uncharacterised conserved protein UPF0376), IPR002542 (Protein of unknown function DUF19)
24F56H9.2F56H9.2n/achrV 12,637,872contains similarity to Plasmodium falciparum Transport protein, putative.; TR:Q8IHR3
25C44B7.5C44B7.5n/achrII 6,871,922contains similarity to Interpro domain IPR005018 (DOMON related)
26clec-97ZK39.6n/achrI 11,153,502C. elegans CLEC-97 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
27nspc-20D1025.4n/achrX 14,529,919C. elegans NSPC-20 protein ;
28clec-60ZK666.6n/achrII 10,480,905clec-60 encodes a C-type lectin protein with no obvious non-nematode orthologs required for normal resistance to infection with Microbacterium nematophilum; clec-60 transcription is induced 6.6-fold by infection with M. nematophilum, making it one of the most strongly infection-responsive genes (second only to tts-1), while not being induced by other pathogens; CLEC-60 is expressed throughout the larval intestine, continuing adult expression primarily in the posterior intestinal cells int8 and int9; CLEC-60 contains an N-terminal von Willebrand factor type A domain and a C-terminal C-type lectin domain; CLEC-60 has no obvious function in mass RNAi assays, and is dispensable for viability.
29dod-23F49E12.2n/achrII 8,398,700C. elegans DOD-23 protein ;
30sodh-1K12G11.3n/achrV 11,888,912C. elegans SODH-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00107 (Zinc-binding dehydrogenase) , PF08240 (Alcohol dehydrogenase GroES-like domain) contains similarity to Interpro domains IPR013149 (Alcohol dehydrogenase, zinc-binding), IPR011032 (GroES-like), IPR013154 (Alcohol dehydrogenase GroES-like), IPR002085 (Alcohol dehydrogenase superfamily, zinc-containing), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR002328 (Alcohol dehydrogenase, zinc-containing, conserved site)
31T20D4.11T20D4.11n/achrV 3,399,039contains similarity to Pfam domain PF01579 Domain of unknown function DUF19 contains similarity to Interpro domains IPR016638 (Uncharacterised conserved protein UPF0376), IPR002542 (Protein of unknown function DUF19)
32ZK813.2ZK813.2n/achrX 3,444,031
33nlp-39C54C8.9n/achrI 12,461,774C. elegans NLP-39 protein ;
34scl-11F49E11.6n/achrIV 13,051,732C. elegans SCL-11 protein; contains similarity to Pfam domain PF00188 SCP-like extracellular protein contains similarity to Interpro domains IPR014044 (SCP-like extracellular), IPR002413 (Ves allergen), IPR001283 (Allergen V5/Tpx-1 related)
35col-45F53G12.7n/achrI 116,588col-45 encodes a cuticle collagen.
36puf-5F54C9.8n/achrII 8,576,562C. elegans PUF-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF00806 Pumilio-family RNA binding repeat contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR001313 (Pumilio RNA-binding region), IPR016024 (Armadillo-type fold)
37F22B5.4F22B5.4n/achrII 8,451,121contains similarity to Pseudomonas putida Butylphenol hydroxylase component A1.; TR:Q842G6
38nlp-32F30H5.2n/achrIII 486,349C. elegans NLP-32 protein; contains similarity to Interpro domain IPR002952 (Eggshell protein)
39F22B7.9F22B7.9n/achrIII 8,653,148
40nlp-29B0213.4n/achrV 3,984,616nlp-29 encodes a neuropeptide-like protein; nlp-29 appears to play a role in innate immunity, as its expression is strongly induced following bacterial and fungal infection; nlp-29 is expressed in the hypodermis and in the intestine; nlp-29 expression is regulated by TIR-1, an ortholog of SARM, a Toll-interleukin 1 receptor (TIR) domain protein, and by the RAB-1 GTPase and the product of R53.4, a mitochondrial ATP synthase subunit f homolog.
41C34C6.7C34C6.7n/achrII 8,707,892contains similarity to Interpro domain IPR000533 (Tropomyosin)
42F43H9.4F43H9.4n/achrV 8,027,713contains similarity to Interpro domain IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
43oma-2ZC513.6n/achrV 8,030,304The oma-2 gene encodes a zinc finger protein of the TIS11 finger type that is paralogous to OMA-1; while either oma-1 or oma-2 individually have no obvious mutant phenotype, a normal copy of at least one of these genes is required for oocyte maturation.
44grl-17C56A3.1n/achrV 13,562,991grl-17 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a central proline-rich low-complexity region, and a C-terminal Ground-like (Grl) domain; GRL-17 is expressed in pharynx, rectal epithelium, amphid socket cells, larval arcade cells, and larval hypodermis; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
45C35C5.9C35C5.9n/achrX 11,536,770contains similarity to Haemophilus influenzae Monofunctional biosynthetic peptidoglycan transglycosylases(EC 2.4.2.-) (Monofunctional TGase).; SW:MTGA_HAEIN
46clec-61ZK666.7n/achrII 10,489,551C. elegans CLEC-61 protein; contains similarity to Pfam domain PF00092 von Willebrand factor type A domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR002035 (von Willebrand factor, type A)
47hsp-12.6F38E11.2n/achrIV 9,446,611hsp-12.6 encodes a small heat-shock protein with very short N- and C-terminal domains flanking its central region of similarity to alpha-crystallins; HSP-12.6 is required in vivo for normal lifespan; HSP-12.6 is predominantly and ubiquitously expressed in L1 larvae without any obvious induction by stressors; but, in adult hermaphrodites, at least one HSP-12 is also expressed in spermatids (and perhaps spermatocytes), as well as in some vulval cells; moreover, hsp-12.6 is upregulated in 6- and 10-day-old daf-2 mutants, and this upregulation is highly reproducible (like that of five other genes, vit-2, vit-5, fat-3, nid-1, and mtl-1), strongly suggesting that hsp-12.6's expression may contribute to prolonged lifespan in dauer larvae; the hsp-12.6 promoter is predicted to have both DAF-16 and HSF-1 binding sites; hsp-12.6(RNAi) animals are shorter-lived than normal; recombinant HSP-12.6 is monomeric, and lacks molecular chaperone activity in vitro; hsp-12.6 induction requires DAF-16 and HSP-1, but not SMK-1.
48Y62H9A.6Y62H9A.6n/achrX 11,883,508contains similarity to Brucella melitensis Hypothetical cytosolic protein BMEI0237.; TR:Q8YJ49
49C06G3.3C06G3.3n/achrIV 7,036,272
50W02D9.7W02D9.7n/achrI 12,559,462contains similarity to Vibrio vulnificus Septum formation inhibitor-activating ATPase.; TR:Q8DFS3