UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1mnm-2C10A4.81e-124chrX 7,423,795C. elegans MNM-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007086 (Zinc finger, C2H2-subtype), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR003656 (Zinc finger, BED-type predicted), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
2F46F5.14F46F5.14n/achrII 800,774contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
3F20B6.7F20B6.7n/achrX 4,207,129
4srt-73T06C10.2n/achrIV 7,880,158C. elegans SRT-73 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
5tax-2F36F2.5n/achrI 9,023,241tax-2 is orthologous to the human gene ROD PHOTORECEPTOR CNG-CHANNEL BETA SUBUNIT (CNGB1; OMIM:600724), which when mutated leads to disease.
6Y40B1B.7Y40B1B.7n/achrI 13,427,466contains similarity to Rattus norvegicus Coiled-coil domain-containing protein 86 (Cytokine-induced proteinswith coiled-coil domain).; SW:Q5XIB5
7ZK666.1ZK666.1n/achrII 10,471,061contains similarity to Dictyostelium discoideum Hypothetical protein.; TR:Q8T282
8C24H10.1C24H10.1n/achrX 5,073,103C24H10.1 encodes a claudin homolog that may be required for normal cohesion of apical junctions in epithelia; C24H10.1 is worm-specific, with obvious homologs only in C. elegans; C24H10.1 has no obvious function in mass RNAi assays; claudins are integral membrane proteins with four transmembrane sequences that are found in mammalian tight junctions (TJs), induce TJs when transgenically expressed in cells normally lacking them, and can mediate the specific conductance of of specific ions (e.g., magnesium or calcium) through TJs while blocking the flow of water.
9srw-142H05B21.3n/achrV 2,957,658C. elegans SRW-142 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
10srw-55T05G11.6n/achrV 15,939,538C. elegans SRW-55 protein; contains similarity to Pfam domain PF06976 Protein of unknown function (DUF1300) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR010726 (Protein of unknown function DUF1300)
11F35G12.7F35G12.7n/achrIII 4,586,958contains similarity to Pfam domain PF03091 CutA1 divalent ion tolerance protein contains similarity to Interpro domains IPR004323 (Divalent ion tolerance protein, CutA1), IPR011322 (Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta)
12C49F5.3C49F5.3n/achrX 11,983,268contains similarity to Phytophthora infestans SECY-independent transporter protein.; TR:Q9T238
13srx-48T26H8.2n/achrV 15,303,024C. elegans SRX-48 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
14M110.3M110.3n/achrII 8,215,496contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
15fbxb-106F29A7.1n/achrII 2,763,216This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
16srt-61T27C10.1n/achrI 10,905,441C. elegans SRT-61 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
17srbc-13K09C6.5n/achrV 847,788C. elegans SRBC-13 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
18T24E12.3T24E12.3n/achrII 3,776,733
19acr-9C40C9.2n/achrX 13,644,544acr-9 encodes a predicted member of the alpha subunit family of nicotinic acetylcholine receptors.
20fkh-10C25A1.2n/achrI 10,164,375fkh-10 encodes one of 15 forkhead transcriptional regulators encoded by the C. elegans genome; by homology, FKH-10 is predicted to function as a transcription factor that regulates gene expression during development; however, as loss of fkh-10 activity via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any obvious abnormalities, the precise role of FKH-10 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; nevertheless, reporter gene studies indicate that throughout larval and adult stages, fkh-10 expression is detected almost exclusively in six pairs of neuronal nuclei near the terminal bulb of the pharynx, suggesting that FKH-10 may have a specific function in neuronal differentiation.
21F47B7.3F47B7.3n/achrX 3,763,711contains similarity to Pfam domain PF02343 Domain of unknown function DUF130 contains similarity to Interpro domain IPR003326 (Protein of unknown function DUF130)
22F09F9.3F09F9.3n/achrX 4,120,310
23lam-3T22A3.8n/achrI 10,614,936lam-3 is orthologous to human LAMININ ALPHA-2 (LAMA2; OMIM:156225), which when mutated leads to merosin-deficient congenital muscular dystrophy.
24ver-1T17A3.1n/achrIII 160,182C. elegans VER-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00047 (Immunoglobulin domain) (2), PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) , PF07679 (Immunoglobulin I-set domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR003598 (Immunoglobulin subtype 2), IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR013098 (Immunoglobulin I-set), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR009134 (Vascular endothelial growth factor receptor, VEGFR, N-terminal), IPR003596 (Immunoglobulin V-set, subgroup), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR007110 (Immunoglobulin-like), IPR003599 (Immunoglobulin subtype), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR013151 (Immunoglobulin)
25T24E12.2T24E12.2n/achrII 3,783,547
26F59D12.3F59D12.3n/achrX 15,649,663contains similarity to Pfam domain PF04590 Protein of unknown function, DUF595 contains similarity to Interpro domain IPR007669 (Protein of unknown function DUF595)
27M151.3M151.3n/achrII 3,629,023contains similarity to Homo sapiens Isoform 2 of Girdin; ENSEMBL:ENSP00000263630
28T27A10.5T27A10.5n/achrX 3,573,294
29F20C5.5F20C5.5n/achrIV 8,768,884contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
30srb-3C27D6.8n/achrII 5,166,058C. elegans SRB-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF02117 (C.elegans Sra family integral membrane protein) , PF02175 (C.elegans integral membrane protein Srb) contains similarity to Interpro domains IPR002184 (Serpentine beta receptor), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
31JC8.4JC8.4n/achrIV 13,243,908contains similarity to Pfam domain PF00383 Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region contains similarity to Interpro domains IPR016192 (APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding), IPR002125 (CMP/dCMP deaminase, zinc-binding), IPR016193 (Cytidine deaminase-like)
32R13.2R13.2n/achrIV 10,826,996contains similarity to Pfam domain PF00292 'Paired box' domain contains similarity to Interpro domains IPR001523 (Paired box protein, N-terminal), IPR011991 (Winged helix repressor DNA-binding), IPR009057 (Homeodomain-like)
33F44A6.3F44A6.3n/achrX 10,213,400contains similarity to Human parainfluenza 1 virus RNA polymerase alpha subunit (EC 2.7.7.48) (Nucleocapsidsphosphoprotein).; SW:RRPP_PI1HB
34M01G12.5M01G12.5n/achrI 12,130,715contains similarity to Interpro domain IPR000215 (Protease inhibitor I4, serpin)
35srsx-11C13D9.4n/achrV 4,978,533C. elegans SRSX-11 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
36M01E11.1M01E11.1n/achrI 5,582,772contains similarity to Pfam domain PF04140 Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase (ICMT) family contains similarity to Interpro domain IPR007269 (Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase)
37C44C10.5C44C10.5n/achrX 11,691,705contains similarity to Homo sapiens Structural maintenance of chromosomes protein 1A; ENSEMBL:ENSP00000323421
38srh-228C35D6.1n/achrIV 16,340,479C. elegans SRH-228 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
39clec-227F08H9.5n/achrV 14,473,432C. elegans CLEC-227 protein; contains similarity to Pfam domains PF00431 (CUB domain) (2), PF00059 (Lectin C-type domain) contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
40C46A5.8C46A5.8n/achrIV 7,769,193
41C07B5.6C07B5.6n/achrX 9,520,189contains similarity to Helicobacter pylori Hypothetical protein HP1327.; TR:O25885
42K08D9.2K08D9.2n/achrV 3,228,961contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
43srw-98K04F1.3n/achrV 1,677,402C. elegans SRW-98 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
44C01F6.1C01F6.1n/achrIV 9,098,665C01F6.1 encodes a putative calcium-dependent phospholipid binding protein of the copine family; C01F6.1 is required for sperm to normally migrate towards a PUFA-based signal exuded by oocytes; C01F6.1(RNAi) hermaphrodites are infertile, both through aberrant loss of their own sperm and through failure of males to effectively inseminate them.
45F26D2.15F26D2.15n/achrV 16,438,363contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR001100 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I)
46srg-16F15A4.4n/achrII 12,468,465C. elegans SRG-16 protein; contains similarity to Pfam domain PF02118 C.elegans Srg family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
47C08B11.3C08B11.3n/achrII 8,025,126contains similarity to Pfam domain PF01388 ARID/BRIGHT DNA binding domain contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR016024 (Armadillo-type fold), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type), IPR001606 (AT-rich interaction region)
48fbxb-34W08F4.2n/achrII 589,015This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
49C47F8.4C47F8.4n/achrI 12,317,914contains similarity to Pfam domain PF03360 Glycosyltransferase family 43 contains similarity to Interpro domain IPR005027 (Glycosyl transferase, family 43)
50F42A6.5F42A6.5n/achrIV 3,331,304contains similarity to Interpro domain IPR001357 (BRCT)