UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C10A4.7C10A4.77e-109chrX 7,414,514
2T20F7.1T20F7.1n/achrX 16,875,523contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
3B0302.5B0302.5n/achrX 17,194,125
4C52B11.5C52B11.5n/achrX 1,274,112contains similarity to Pfam domains PF00071 (Ras family) , PF08477 (Miro-like protein) contains similarity to Interpro domains IPR003577 (Ras small GTPase, Ras type), IPR013684 (Miro-like), IPR003578 (Ras small GTPase, Rho type), IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR001806 (Ras GTPase), IPR003579 (Ras small GTPase, Rab type), IPR013753 (Ras)
5W03H9.2W03H9.2n/achrII 14,144,403contains similarity to Homo sapiens Conserved hypothetical protein; HI:HIT000046554
6cyp-33E3F42A9.4n/achrIV 8,615,428C. elegans CYP-33E3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I)
7skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
8C29F7.7C29F7.7n/achrX 13,442,218contains similarity to Peromyscus maniculatus Alcohol dehydrogenase 2 (EC 1.1.1.1).; SW:ADH2_PERMA
9sre-12T07H8.7n/achrV 6,978,417C. elegans SRE-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor), IPR001680 (WD40 repeat)
10T07F10.5T07F10.5n/achrV 12,866,209contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domains IPR002168 (Lipase, GDXG, active site), IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
11seld-1Y45F10A.4n/achrIV 13,507,532C. elegans SELD-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF02769 (AIR synthase related protein, C-terminal domain) , PF00586 (AIR synthase related protein, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR016188 (PurM, N-terminal-like), IPR000728 (AIR synthase related protein), IPR010918 (AIR synthase related protein, C-terminal), IPR004536 (Selenide water dikinase)
12W06D12.1W06D12.1n/achrV 17,736,716contains similarity to Pfam domain PF00100 Zona pellucida-like domain contains similarity to Interpro domain IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
13D2085.4D2085.4n/achrII 8,667,037contains similarity to Pfam domains PF00612 (IQ calmodulin-binding motif) , PF00632 (HECT-domain (ubiquitin-transferase)) contains similarity to Interpro domains IPR000569 (HECT), IPR000048 (IQ calmodulin-binding region)
14F20H11.1F20H11.1n/achrIII 6,590,715contains similarity to Pfam domain PF00130 Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR002219 (Protein kinase C, phorbol ester/diacylglycerol binding)
15ekl-1F22D6.6n/achrI 7,096,946C. elegans EKL-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00567 Tudor domain contains similarity to Interpro domains IPR008191 (Maternal tudor protein), IPR002999 (Tudor)
16ZC395.4ZC395.4n/achrIII 5,270,595contains similarity to Homo sapiens Putative uncharacterized protein (Fragment); ENSEMBL:ENSP00000333119
17Y39A1A.6Y39A1A.6n/achrIII 10,616,526contains similarity to Interpro domains IPR005727 (Ribosomal protein L22, bacterial-type), IPR001063 (Ribosomal protein L22/L17)
18C46H11.2C46H11.2n/achrI 5,051,289contains similarity to Pfam domains PF00743 (Flavin-binding monooxygenase-like) , PF00070 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase) contains similarity to Interpro domains IPR013027 (FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase), IPR000759 (Adrenodoxin reductase), IPR000960 (Flavin-containing monooxygenase FMO), IPR000103 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class-II), IPR001327 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, NAD-binding region), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR001100 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I)
19F34H10.2F34H10.2n/achrX 9,630,584contains similarity to Anabaena sp Hypothetical protein Alr0331.; TR:Q8YZX4
20his-65H02I12.7n/achrIV 11,401,254his-65 encodes an H2A histone.
21F55C10.4F55C10.4n/achrV 11,387,665contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
22Y54E5A.6Y54E5A.6n/achrI 14,709,596contains similarity to Pfam domains PF01207 (Dihydrouridine synthase (Dus)) , PF00035 (Double-stranded RNA binding motif) contains similarity to Interpro domains IPR013785 (Aldolase-type TIM barrel), IPR001159 (Double-stranded RNA binding), IPR014720 (Double-stranded RNA-binding-like), IPR000632 (Yeast Mrs6p protein), IPR001269 (Dihydrouridine synthase, DuS)
23R105.1R105.1n/achrIV 4,635,811contains similarity to Pfam domain PF03762 Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI) contains similarity to Interpro domain IPR005515 (Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI))
24F18F11.1F18F11.1n/achrIV 335,994contains similarity to Interpro domain IPR014467 (Peroxisomal membrane protein 4)
25W03A5.6W03A5.6n/achrIII 5,440,330
26M04F3.2M04F3.2n/achrI 4,766,635contains similarity to Bradyrhizobium japonicum 30S ribosomal protein S6.; SW:Q89MW3
27C54E10.1C54E10.1n/achrV 18,816,778contains similarity to Pfam domain PF00635 MSP (Major sperm protein) domain contains similarity to Interpro domains IPR008962 (PapD-like), IPR000535 (Major sperm protein)
28srw-58H24D24.2n/achrV 15,947,853C. elegans SRW-58 protein; contains similarity to Pfam domain PF06976 Protein of unknown function (DUF1300) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR010726 (Protein of unknown function DUF1300), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
29itsn-1Y116A8C.36n/achrIV 17,122,917tag-11/Y116A8C.36 encodes a homolog of human NCF1, which when mutated leads to chronic granulomatous disease (OMIM:306400).
30F47G9.6F47G9.6n/achrV 11,330,067contains similarity to Methanosarcina acetivorans Predicted protein.; TR:Q8TS27
31sru-29C50C10.2n/achrV 9,812,012C. elegans SRU-29 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
32lig-4C07H6.1n/achrIII 7,523,062lig-4 encodes an ortholog of DNA ligase IV in budding yeast (DNL4) and human (LIG4; OMIM:601837, mutated in LIG4 syndrome); LIG-4 is required for resistance to ionizing radiation (IR) in somatic tissues (such as motor neurons, vulva, or uterus) and in endoreduplicating intestinal cells, but not in the germline (e.g., in dog-1-induced lesions); LIG-4 is required for non-homologous end-joining of double-stranded breaks (DSB) in somatic genomic DNA; although LIG-4 is not strongly required in the germline, it is active on DSB of DNA injected into syncytial gonads, and its absence enhances the hypersensitivity of rad-51(RNAi) germlines to ionizing radiation; in meiotic cells deprived of homologous DNA repair by a rad-51(Ig08701) mutation, both LIG-4 and BRC-2 can promote chromosomal aggregation (presumably by repairing meiotic double-stranded breaks in DNA), but they do so independently; mutant lig-4 late-stage embryos or dauer larvae are hypersensitive to radiation-induced DNA damage in somatic cells; after irradiation, lig-4 mutants tend to display various postembryonic phenotypes (such as slow growth, uncoordinated locomotion, impaired egg-laying, or vulval defects) that are thought to reflect missegregation of fragmented chromosomes; LIG-4 is N-terminally acetylated on a serine residue.
33srw-88T06G6.7n/achrI 12,721,084C. elegans SRW-88 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
34hsr-9T05F1.6n/achrI 9,628,707hsr-9 encodes a protein containing a BRCT (BRCA 1 C terminus) domain that is found in proteins that regulate the cell cycle checkpoint in response to DNA damage; HSR-9 activity is required for a normal response to DNA damage caused by gamma-irradiation; loss of HSR-9 function via RNA-mediated interference after gamma-irradiation results in defects in mitotic cell cycle arrest, reduction of apoptosis of pachytene nuclei, and radiation sensitivity of progeny; the expression pattern and subcellular localization of HSR-9 are not yet known.
35F18A12.7F18A12.7n/achrII 3,412,942contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
36F22G12.3F22G12.3n/achrI 13,153,129This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
37kgb-1T07A9.3n/achrIV 407,854kgb-1 encodes a serine/threonine kinase that is a member of the JNK (Jun-N-terminal kinase) subfamily of MAP (mitogen-activated protein)kinases; loss of kgb-1 activity results in temperature-sensitive sterility in hermaphrodites and males; in hermaphrodites, this sterility is associated with disorganized gonads and endomitotic oocytes that have likely failed to undergo oocyte maturation; in kgb-1 mutant males, sperm is present, but is non-functional; KGB-1 interacts in vitro with all four C. elegans germline helicases, GLH-1, -2, -3, and -4, that localize to P granules in vivo; Northern analyses indicate that kgb-1 mRNA is present in both somatic and germline tissues.
38alr-1R08B4.2n/achrX 11,123,705C. elegans ALR-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00046 Homeobox domain contains similarity to Interpro domains IPR012287 (Homeodomain-related), IPR000047 (Helix-turn-helix motif, lambda-like repressor), IPR013847 (POU), IPR001356 (Homeobox), IPR009057 (Homeodomain-like)
39C18G1.6C18G1.6n/achrV 4,752,187contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
40ced-11ZK512.3n/achrIII 9,122,267The ced-11 gene encodes a predicted transmembrane ion channel related to the long transient receptor potential channel (LTRPC) subfamily of TRP channels found in Drosophila and mammals; CED-11 functions as a downstream effector in the programmed cell death pathway and may play a role in affecting the morphological changes seen in the nucleus, cytoplasm, and plasma membrane of apoptotic cells.
41C01G6.9C01G6.9n/achrII 9,294,851contains similarity to Plasmodium falciparum SET-domain protein, putative.; TR:Q8IC77
42ZK550.2ZK550.2n/achrIV 17,247,626contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
43F52B11.2F52B11.2n/achrIV 14,084,140F52B11.2 is orthologous to the human gene PHOSPHOMANNOMUTASE 2 (PMS2; OMIM:601785), which when mutated leads to congenital disorder of glycosylation, type Ia.
44fbxa-84T09F5.11n/achrV 15,183,260This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
45W03G1.3W03G1.3n/achrIV 512,107
46F13H8.3F13H8.3n/achrII 6,264,731contains similarity to Pfam domain PF01156 Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase contains similarity to Interpro domain IPR001910 (Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase)
47coq-5ZK652.9n/achrIII 7,857,812coq-5 encodes a putative 2-hexaprenyl-6-methoxy-1,4-benzoquinone methyltransferase, homologous to COQ5 in S. cerevisiae and to a family of methyltransferases involved in ubiquinone, menaquinone, biotin and sterol biosynthesis and in phosphatidylethanolamine methylation; COQ-5 is required for ubiquinone (coenzyme Q9) biosynthesis and for normally short lifespan; coq-5 can transgenically rescue a coq-5 deletion in S. cerevisiae; coq-5(RNAi) animals have reduced levels of coenzyme Q9 and superoxide, and have abnormally long lifespans.
48clec-265M02F4.7n/achrX 3,032,455C. elegans CLEC-265 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR002353 (Type II antifreeze protein)
49figl-1F32D1.1n/achrV 4,343,730F32D1.1 encodes an homolog of human SPASTIN (OMIM:604277, mutated in spastic paraplegia), FIDGETIN (OMIM:605295, mutated in fidget mice), and FIDGETIN-LIKE-1, and of Drosophila SPASTIN; recombinant F32D1.1 protein has N-ethylmaleimide-sensitive ATPase activity in vitro, which is strongly dependent on the C368 residue immediately C-terminal to its Walker A motif; F32D1.1 is required for persistence of the germline in RNAi assays.
50math-37R52.9n/achrII 2,121,460C. elegans MATH-37 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)