UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1mau-2C09H6.30chrI 8,127,936mau-2 encodes an ortholog of budding yeast Scc4p, Drosophila CG4203, and human KIAA0892; MAU-2 is required (with PQN-85 and SCC-3) for normal mitotic chromosome segregation, and for cellular (e.g., neuronal) or axonal migration; MAU-2 is required for migration both embryonically and postembryonically, along both dorsoventral and longitudinal body axes; MAU-2 guides the axonal projection of AVM (and probably other neurons) by some cell-autonomous mechanism independent of SLT-1; MAU-2 is also required for normal larval development, locomotion, excretory canals and osmoregulation, phasmid morphology, and egg-laying; the primary sequences of MAU-2 and its Scc4-like orthologs are composed of tetratricopeptide repeats, and are highly divergent between yeast and metazoa; MAU-2 is expressed ubiquitously in embryos during late gastrulation, subsequently becoming restricted to neurons; mau-2 transcripts are abundant in oocytes, and maternal transcripts alone can support normal MAU-2 protein synthesis through the L3 larval stage (but not in L4 larvae or adults); MAU-2's N-terminal 371 residues of MAU-2 are its most conserved domain, and are sufficient to transgenically rescue mau-2 mutants; despite its behavioral phenotype, MAU-2 is thought to act early in development, since the uncoordinated phenotype of mau-2 mutants is maternal; while the uncoordinated phenotype of mau-2 mutants can be rescued either maternally or zygotically, the egg-laying phenotype of mau-2 mutants is purely zygotic; partially penetrant mau-2 dye-filling phenotypes occur on one side of the body, suggesting that MAU-2 acts on a whole side of an embryo at a time; while mau-2(RNAi) has no obvious early embryonic phenotype, joint mau-2/scc-3(RNAi) grossly deranges chromosomal segregation in early embryos, and mau-2(RNAi) enhances the lagging of anaphase chromosomes induced by pqn-85(RNAi).
2pfd-5R151.9n/achrIII 7,198,447pfd-5 encodes a putative prefoldin 5 subunit, orthologous to human PFDN5 (OMIM:604899), that is required for normal microtubule growth, embryonic and larval viability, fertility, vulval development, and locomotion; PFD-5 is expressed in most, if not all, tissues; pfd-5(RNAi) animals show sterile progeny, larval arrest or lethality, uncoordination, and abnormal body shapes, and pfd-5(RNAi) embryos show a reduced microtubule growth rate.
3C25G6.1C25G6.1n/achrX 1,271,143contains similarity to Pfam domain PF03803 Scramblase contains similarity to Interpro domain IPR005552 (Scramblase)
4btb-13ZC204.11n/achrII 1,654,256C. elegans BTB-13 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000209 (Peptidase S8 and S53, subtilisin, kexin, sedolisin), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
5exos-1Y48A6B.5n/achrIII 11,009,701C. elegans EXOS-1 protein ; contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is Csl4-PA;; FLYBASE:CG6249
6F52D2.7F52D2.7n/achrX 1,964,366
7F58B3.7F58B3.7n/achrIV 11,639,167contains similarity to Pfam domains PF01585 (G-patch domain) , PF00076 (RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain)) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR016967 (Splicing factor, SPF45), IPR003954 (RNA recognition, region 1), IPR000467 (D111/G-patch), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1), IPR009145 (U2 auxiliary factor small subunit)
8end-3F58E10.5n/achrV 14,015,253end-3 encodes a GATA zinc finger protein, paralogous to end-1, that helps specify mesoendodermal (as opposed to mesectodermal) lineages derived from the E blastomere.
9F48E3.2F48E3.2n/achrX 7,491,715contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005829 (Sugar transporter, conserved site), IPR005828 (General substrate transporter), IPR003663 (Sugar transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
10nhr-258C26B2.4n/achrIV 8,045,986C. elegans NHR-258 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
11srab-2C04F5.5n/achrV 5,104,023C. elegans SRAB-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF02175 C.elegans integral membrane protein Srb contains similarity to Interpro domains IPR001005 (SANT, DNA-binding), IPR002184 (Serpentine beta receptor), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
12F41G4.1F41G4.1n/achrX 16,841,928contains similarity to Strongylocentrotus purpuratus 33 kDa inner dynein arm light chain, axonemal (p33).; SW:Q26630
13Y54G11A.11Y54G11A.11n/achrII 14,350,230contains similarity to Pfam domain PF05129 Transcription elongation factor Elf1 like contains similarity to Interpro domain IPR007808 (Protein of unknown function DUF701, zinc-binding putative)
14str-134C05E4.6n/achrV 744,563C. elegans STR-134 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
15srbc-61F08E10.2n/achrV 17,477,416C. elegans SRBC-61 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
16T22H2.4T22H2.4n/achrI 11,694,849contains similarity to Pfam domain PF03860 Domain of Unknown Function (DUF326) contains similarity to Interpro domain IPR005560 (Protein of unknown function DUF326)
17adr-2T20H4.4n/achrIII 7,231,956adr-2 encodes an adenosine deaminase that acts on RNA (ADAR); ADARs are RNA-editing enzymes that deaminate adenosines to create inosines in double-stranded RNA (dsRNA); adr-2 is expressed ubiquitously in early embryos, as well as in the germline of early adults; ADR-2 is required for ADAR activity in vivo, and for normal chemotaxis.
18T05G5.4T05G5.4n/achrIII 9,749,322contains similarity to Homo sapiens Trichohyalin; ENSEMBL:ENSP00000290632
19ZK856.4ZK856.4n/achrV 10,183,835contains similarity to Interpro domain IPR011001 (Saposin-like)
20F19D8.2F19D8.2n/achrX 13,835,397contains similarity to Homo sapiens Splice isoform 1 of Q9UMN6 Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia protein 4; ENSEMBL:ENSP00000222270
21F44E5.3F44E5.3n/achrII 11,763,830contains similarity to Homo sapiens Hypothetical protein; ENSEMBL:ENSP00000304160
22ZC239.16ZC239.16n/achrII 3,225,022contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
23F37B4.10F37B4.10n/achrV 2,876,718contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
24K07D4.2K07D4.2n/achrII 4,045,127
25R08F11.1R08F11.1n/achrV 3,781,014contains similarity to Pfam domain PF04685 Protein of unknown function, DUF608 contains similarity to Interpro domains IPR006775 (Protein of unknown function DUF608), IPR014551 (Beta-glucosidase, GBA2 type), IPR008928 (Six-hairpin glycosidase-like)
26C14F11.2C14F11.2n/achrX 6,211,298contains similarity to Pfam domains PF00560 (Leucine Rich Repeat) (6), PF00307 (Calponin homology (CH) domain) contains similarity to Interpro domains IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype), IPR016146 (Calponin-homology), IPR001715 (Calponin-like actin-binding), IPR003590 (Leucine-rich repeat, ribonuclease inhibitor subtype)
27R05F9.9R05F9.9n/achrII 4,900,966
28F01G12.1F01G12.1n/achrX 16,395,930contains similarity to Pfam domain PF04145 Ctr copper transporter family contains similarity to Interpro domain IPR007274 (Ctr copper transporter)
29nhr-33ZK455.6n/achrX 11,319,573C. elegans NHR-33 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
30F39H12.2F39H12.2n/achrX 832,122contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
31T17A3.9T17A3.9n/achrIII 152,890
32K02E7.4K02E7.4n/achrII 1,073,572contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domain IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
33E04F6.10E04F6.10n/achrII 7,215,446
34F29B9.1F29B9.1n/achrIV 4,666,256contains similarity to Pfam domain PF08242 Methyltransferase domain contains similarity to Interpro domain IPR013217 (Methyltransferase type 12)
35sel-2F10F2.1n/achrIII 4,604,205sel-2 encodes a PH, BEACH and WD40 domain-containing protein that is homologous to mammalian neurobeachin/BCL8B and LRBA (LPS-responsive, beige-like anchor protein); during development, SEL-2 functions to regulate endosomal traffic in polarized epithelial cells such as the vulval precursor cells (VPCs) and intestinal cells; specifically, in a subset of the VPCs, SEL-2 activity is required for proper levels and apical localization of LIN-12/Notch and for LET-23/EGFR downregulation; sel-2::yfp reporters are expressed in a number of cell types, including the VPCs and intestinal cells; a rescuing SEL-2::GFP reporter is expressed most strongly in the rectal epithelial cells and hypodermal seam cells where it localizes to the cytoplasm and the perinuclear region.
36F31D5.1F31D5.1n/achrII 4,220,835contains similarity to Pfam domain PF05978 Eukaryotic protein of unknown function (DUF895) contains similarity to Interpro domains IPR010291 (Protein of unknown function DUF895, eukaryotic), IPR003976 (Potassium channel, two pore-domain, TREK), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
37srx-121C04E12.8n/achrV 3,371,855C. elegans SRX-121 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
38ZK380.2ZK380.2n/achrX 1,633,167contains similarity to Interpro domain IPR011072 (HR1 rho-binding repeat)
39K10C2.2K10C2.2n/achrX 6,433,006contains similarity to Interpro domain IPR000832 (GPCR, family 2, secretin-like)
40C07B5.6C07B5.6n/achrX 9,520,189contains similarity to Helicobacter pylori Hypothetical protein HP1327.; TR:O25885
41srh-308F58E10.6n/achrV 14,016,755C. elegans SRH-308 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
42D1046.3D1046.3n/achrIV 8,931,564contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier)
43Y54G11A.1Y54G11A.1n/achrII 14,262,654contains similarity to Mesocricetus auratus Nucleolin (Protein C23).; SW:NUCL_MESAU
44rfc-2F58F6.4n/achrIV 1,350,136rfc-2 encodes a member of the AAA family that are ATPases associated with DNA replication and has highest similarity to the mouse Replication factor C 40 kDa subunit, and affects embryonic viability, fertility, and locomotion in a large-scale RNAi screen.
45rap-1C27B7.8n/achrIV 8,917,869rap-1 encodes a member of the Ras superfamily of small GTPases; the activated protein interacts with W05B10.4 and T14G10.2 in yeast two-hybrid assays and rap-1 is expressed in some neurons in the head and tail, the rectal epithelial cells, body muscle, hypodermis, and in the somatic cells of the gonad.
46H08J19.1H08J19.1n/achrX 15,643,559contains similarity to Homo sapiens formin-like 3 isoform 1; ENSEMBL:ENSP00000335655
47hlh-19F57C12.3n/achrX 556,516C. elegans HLH-19 protein; contains similarity to Pfam domain PF00010 Helix-loop-helix DNA-binding domain contains similarity to Interpro domains IPR001092 (Basic helix-loop-helix dimerisation region bHLH), IPR011598 (Helix-loop-helix DNA-binding)
48srh-17C47E8.2n/achrV 14,662,094C. elegans SRH-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
49C36B7.4C36B7.4n/achrX 7,086,834
50F09E5.9F09E5.9n/achrII 5,346,983