UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1bli-1C09G5.60chrII 10,710,464The bli-1 gene encodes an unusual cuticular collagen that is required for proper strut formation within the unique medial layer of the adult cuticle; bli-1 interacts genetically with other cuticular collagens such as bli-2 and rol-1, and may be processed for secretion by BLI-4, a Kex2/subtilisin serine endoproteinase; consistent with its role in adult cuticle formation, bli-1 mRNA is highly expressed only during the L4 larval stage.
2nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3bli-2F59E12.123e-21chrII 5,651,887A cuticle collagen involved in strut assembly in the adult cuticle.
4C56A3.3C56A3.3n/achrV 13,533,300C56A3.3 encodes a homolog of the functionally active Fmrf Receptor (FR; CG2114) of D. melanogaster; it is thus possible that C56A3.3 is a receptor for one of the FMRF-like neurotransmitters in C. elegans (e.g., FLP-1 through FLP-12).
5col-49K09H9.34e-16chrI 3,137,817col-49 encodes a cuticle collagen.
6T20D4.6T20D4.6n/achrV 3,411,676contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR014752 (Arrestin, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
7F08F8.2F08F8.2n/achrIII 7,360,724contains similarity to Pfam domain PF00368 Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductase contains similarity to Interpro domains IPR004554 (Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I, catalytic), IPR009029 (Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, substrate-binding), IPR002202 (Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, catalytic)
8F40A3.7F40A3.7n/achrV 7,897,725contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
9ZK84.1ZK84.1n/achrII 6,021,961contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR003980 (Histamine H3 receptor)
10dsc-4K02D7.4n/achrIV 317,817dsc-4 encodes the C. elegans ortholog of the large subunit of the microsomal triglyceride transfer protein; dsc-4 affects the length of the defecation cycle and genetically interacts with clk-1 with respect to defecation cycle length, and also with respect to the clk-1- dependent adjustment of defecation cycle length to temperature; a DSC-4::GFP fusion protein is expressed in the intestine beginning during embryonic elongation and continuing on through adulthood.
11T10E10.4T10E10.4n/achrX 6,318,637T10E10.4 encodes a large (966-residue) protein, predicted to be secreted, with two N-terminal chitin-binding peritrophin-A domains followed by 14 cysteine-rich domains and one C-terminal EB module; the general organization of T10E10.4 protein resembles that of K04H4.2; T10E10.4 has no obvious function in mass RNAi assays but, like CEJ-1 and CPG-2, might participate in chitin synthesis.
12C10A4.1C10A4.1n/achrX 7,417,182contains similarity to Pfam domain PF05699 hAT family dimerisation domain contains similarity to Interpro domain IPR008906 (HAT dimerisation)
13nhr-266F56H1.2n/achrI 5,738,931C. elegans NHR-266 protein; contains similarity to Pfam domains PF02206 (Domain of unknown function) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR003125 (Protein of unknown function WSN)
14R08C7.5R08C7.5n/achrIV 4,431,281contains similarity to Pfam domain PF03941 Inner centromere protein, ARK binding region contains similarity to Interpro domains IPR005819 (Histone H5), IPR005635 (Inner centromere protein, ARK binding region)
15F47F6.3F47F6.3n/achrII 1,264,985contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
16dhs-7E04F6.7n/achrII 7,207,642dhs-7 encodes a short-chain dehydrogenase predicted to be mitochondrial.
17kcc-1R13A1.2n/achrIV 7,215,841C. elegans KCC-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00324 Amino acid permease contains similarity to Interpro domains IPR000076 (K-Cl co-transporter), IPR004841 (Amino acid permease-associated region), IPR006029 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region)
18F55C12.6F55C12.6n/achrII 5,875,271contains similarity to Pfam domain PF06852 Protein of unknown function (DUF1248) contains similarity to Interpro domain IPR009658 (Protein of unknown function DUF1248)
19col-91F09G8.67e-22chrIII 8,262,929col-91 encodes a cuticle collagen; loss of col-91 via large-scale RNAi results in no obvious defects.
20F41D3.11F41D3.11n/achrI 12,277,794contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
21grd-14T01B10.2n/achrX 8,500,290grd-14 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence and a C-terminal Ground domain; the Ground domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins; GRD-14 is required for normal growth to full size, locomotion, and vulval morphogenesis; all of these requirements may reflect common defects in cholesterol-dependent hedgehog-like signalling or in vesicle trafficking.
22F55A4.4F55A4.4n/achrX 1,025,409contains similarity to Pfam domain PF00035 Double-stranded RNA binding motif contains similarity to Interpro domains IPR001159 (Double-stranded RNA binding), IPR014720 (Double-stranded RNA-binding-like)
23csp-3Y47H9C.6n/achrI 11,888,911csp-3 encodes a protein that is homologous to the C-terminal domain of caspase-like cysteine proteases; unlike other caspases, CSP-3 does not contain a middle or N-terminal domain, and thus may either function in concert with the middle domains of other caspases or may play a regulatory (dominant negative) role in caspase activation; as loss of csp-3 activity via large-scale RNAi does not result in any obvious abnormalities, the precise role of CSP-3 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
24alh-3F36H1.6n/achrIV 11,024,207alh-3 encodes an aldehyde dehydrogenase predicted to be mitochondrial.
25col-125C29F4.12e-18chrIV 11,225,985C. elegans COL-125 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
26ZK180.6ZK180.6n/achrIV 4,522,552contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
27F55C5.2F55C5.2n/achrV 12,264,926contains similarity to Pfam domain PF03009 Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family contains similarity to Interpro domain IPR004129 (Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase)
28ech-8F01G10.2n/achrIV 10,237,849C. elegans ECH-8 protein; contains similarity to Pfam domains PF00725 (3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain) , PF02737 (3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR008927 (6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal-like), IPR006108 (3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal), IPR013328 (Dehydrogenase, multihelical), IPR006176 (3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding), IPR016040 (NAD(P)-binding)
29T04F3.1T04F3.1n/achrV 11,747,105contains similarity to Pfam domain PF00155 Aminotransferase class I and II contains similarity to Interpro domains IPR001176 (1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase), IPR015422 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2), IPR015424 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region), IPR004839 (Aminotransferase, class I and II), IPR015421 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1)
30col-65K08C9.49.999999999999999e-27chrI 11,489,885C. elegans COL-65 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
31C07H6.3C07H6.3n/achrIII 7,511,662contains similarity to Pfam domain PF02985 HEAT repeat contains similarity to Interpro domains IPR000357 (HEAT), IPR016024 (Armadillo-type fold)
32T21C9.6T21C9.6n/achrV 10,584,474contains similarity to Pfam domains PF00391 (PEP-utilising enzyme, mobile domain) , PF01326 (Pyruvate phosphate dikinase, PEP/pyruvate binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR008279 (PEP-utilising enzyme, mobile region), IPR013815 (ATP-grasp fold, subdomain 1), IPR002192 (Pyruvate phosphate dikinase, PEP/pyruvate-binding), IPR013816 (ATP-grasp fold, subdomain 2)
33srr-3F36D3.3n/achrV 16,507,773C. elegans SRR-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF03268 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF267 contains similarity to Interpro domain IPR004950 (Protein of unknown function DUF267, Caenorhabditis species)
34col-180C44C10.10.00000000000001chrX 11,711,753C. elegans COL-180 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
35C27A2.4C27A2.4n/achrII 5,058,455contains similarity to Pfam domain PF00328 Histidine acid phosphatase contains similarity to Interpro domain IPR000560 (Histidine acid phosphatase)
36Y17D7B.4Y17D7B.4n/achrV 18,776,427
37C18E9.9C18E9.9n/achrII 8,988,878contains similarity to Thermoplasma volcanium Hypothetical protein TV1312.; TR:Q978V3
38K09E10.2K09E10.2n/achrIV 12,309,919contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
39T20B3.1T20B3.1n/achrV 16,818,064contains similarity to Pfam domain PF00755 Choline/Carnitine o-acyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR000542 (Acyltransferase ChoActase/COT/CPT)
40T15D6.1T15D6.1n/achrI 12,371,988contains similarity to Pfam domain PF04590 Protein of unknown function, DUF595 contains similarity to Interpro domain IPR007669 (Protein of unknown function DUF595)
41ptr-18Y38F1A.3n/achrII 12,972,260ptr-18 encodes a nematode-specific member of the sterol sensing domain (SSD) proteins, distantly paralogous to Drosophila PATCHED (PTC) and human PTCH (OMIM:601309, mutated in basal cell nevus syndrome); PTR-18 is strongly required for normal molting from L3 to adult stage (a role conserved in C. briggsae); PTR-18 is also required for male tail development and vulval morphogenesis, and (partly) for endocytosis of yolk by oocytes.
42M04F3.3M04F3.3n/achrI 4,764,191contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
43col-113C34D4.152e-21chrIV 7,151,565C. elegans COL-113 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR009143 (Wnt-6 protein), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
44C23G10.6C23G10.6n/achrIII 6,193,307contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
45R07A4.4R07A4.4n/achrX 10,753,200contains similarity to Pfam domain PF00024 PAN domain contains similarity to Interpro domains IPR000884 (Thrombospondin, type I), IPR003609 (Apple-like), IPR003014 (N/apple PAN), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
46C30H6.5C30H6.5n/achrIV 17,373,653contains similarity to Pfam domain PF00024 PAN domain contains similarity to Interpro domains IPR003609 (Apple-like), IPR003014 (N/apple PAN)
47dao-4ZC373.6n/achrX 10,075,753dao-4 encodes a novel protein, conserved amongst nematodes; dao-4 transcripts are expressed at higher levels in wild-type adult animals than in daf-2 mutant adults at 25C, suggesting that dao-4 expression is positively regulated by DAF-2/insulin-like receptor signaling; reduced dao-4 expression in daf-2 mutants is dependent upon DAF-16.
48T07C12.9T07C12.9n/achrV 9,957,579contains similarity to Pfam domain PF01234 NNMT/PNMT/TEMT family contains similarity to Interpro domain IPR000940 (Methyltransferase, NNMT/PNMT/TEMT)
49pat-2F54F2.1n/achrIII 8,821,993pat-2 encodes an alpha integrin subunit; during embryogenesis, pat-2 is essential for body wall muscle assembly and function and hence, proper elongation and hatching.
50C29F5.1C29F5.1n/achrII 6,304,849