UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1ggr-1C09G5.10chrII 10,698,711ggr-1 encodes a predicted member of the GABA/ glycine receptor family of ligand-gated chloride channels that affects thermotaxis; expressed in AIB, PVR, PVQ, AVH, and SMDV neurons and in some motor neurons in the ventral cord, and in the egg-laying muscles.
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3Y56A3A.6Y56A3A.6n/achrIII 11,874,979contains similarity to Interpro domains IPR003072 (Orphan nuclear receptor, NOR1 type), IPR000694 (Proline-rich region), IPR002951 (Atrophin)
4T06E4.5T06E4.5n/achrV 9,631,723contains similarity to Interpro domains IPR001046 (Natural resistance-associated macrophage protein), IPR001266 (Ribosomal protein S19e)
5F41F3.1F41F3.1n/achrV 4,655,174
6F14D2.9F14D2.9n/achrII 3,354,397contains similarity to Xenopus laevis Putative uncharacterized protein.; TR:Q08AY0
7scl-23B0545.3n/achrIV 88,065C. elegans SCL-23 protein; contains similarity to Pfam domain PF00188 SCP-like extracellular protein contains similarity to Interpro domains IPR002413 (Ves allergen), IPR001283 (Allergen V5/Tpx-1 related), IPR014044 (SCP-like extracellular)
8F18A12.4F18A12.4n/achrII 3,405,348F18A12.4 encodes a neprilysin; neprilysins are thermolysin-like zinc metallopeptidases, found on the outer surface of animal cells, that negatively regulate small signalling peptides (e.g., enkephalin, tachykinin, insulin, and natriuretic peptides) by cleaving them; F18A12.4 has no clear orthologs in other organisms.
9T05E11.7T05E11.7n/achrIV 11,103,651contains similarity to Pfam domain PF03057 Protein of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR004296 (Protein of unknown function DUF236), IPR005819 (Histone H5)
10T19D2.1T19D2.1n/achrX 3,935,349contains similarity to Pfam domains PF00090 (Thrombospondin type 1 domain) (4), PF01421 (Reprolysin (M12B) family zinc metalloprotease) contains similarity to Interpro domains IPR008085 (Thrombospondin, subtype 1), IPR000884 (Thrombospondin, type I), IPR006025 (Peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site), IPR013273 (Peptidase M12B, ADAM-TS), IPR001590 (Peptidase M12B, ADAM/reprolysin)
11C25G4.8C25G4.8n/achrIV 12,461,585contains similarity to Pfam domain PF06887 Protein of unknown function (DUF1265) contains similarity to Interpro domain IPR009676 (Protein of unknown function DUF1265)
12srw-108R11G11.5n/achrV 528,386C. elegans SRW-108 protein ;
13F25B3.2F25B3.2n/achrV 9,578,510contains similarity to Lactococcus lactis Oligopeptide transport system permease protein oppC.; SW:OPPC_LACLA
14Y45F10A.3Y45F10A.3n/achrIV 13,511,278contains similarity to Mus musculus Probable arylformamidase (EC 3.5.1.9) (Kynurenine formamidase) (KF).; SW:Q8K4H1
15srg-46F32H5.5n/achrV 13,364,203C. elegans SRG-46 protein ;
16Y56A3A.2Y56A3A.2n/achrIII 11,856,255contains similarity to Pfam domain PF02163 Peptidase family M50 contains similarity to Interpro domains IPR008915 (Peptidase M50), IPR006025 (Peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site), IPR001193 (Peptidase M50, mammalian sterol-regulatory element binding protein)
17kcc-1R13A1.2n/achrIV 7,215,841C. elegans KCC-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00324 Amino acid permease contains similarity to Interpro domains IPR000076 (K-Cl co-transporter), IPR004841 (Amino acid permease-associated region), IPR006029 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region)
18C01G5.3C01G5.3n/achrIV 6,537,601contains similarity to Homo sapiens hypothetical protein; ENSEMBL:ENSP00000352916
19T21G5.2T21G5.2n/achrI 6,870,894
20F21C3.6F21C3.6n/achrI 7,284,859contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Caldesmon; ENSEMBL:ENSP00000354826
21Y51A2D.18Y51A2D.18n/achrV 18,484,174contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005829 (Sugar transporter, conserved site), IPR005828 (General substrate transporter), IPR003663 (Sugar transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
22F54H12.5F54H12.5n/achrIII 7,971,111This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
23C39D10.6C39D10.6n/achrX 7,896,965
24R05H5.4R05H5.4n/achrII 10,198,961contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR000980 (SH2 motif), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
25R01H2.4R01H2.4n/achrIII 7,062,521contains similarity to Interpro domain IPR000215 (Protease inhibitor I4, serpin)
26Y116A8C.23Y116A8C.23n/achrIV 17,054,490contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
27W02B8.4W02B8.4n/achrII 13,922,543contains similarity to Pfam domain PF04870 Protein of unknown function, DUF644 contains similarity to Interpro domain IPR006954 (Protein of unknown function DUF644)
28CD4.1CD4.1n/achrV 5,608,204
29fbxb-65C43D7.2n/achrV 19,330,120This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
30eat-2Y48B6A.40.00001chrII 14,169,168eat-2 encodes a ligand-gated ion channel subunit most closely related to the non-alpha-subunits of nicotinic acetylcholine receptors (nAChR); EAT-2 functions postsynaptically in pharyngeal muscle to regulate the rate of pharyngeal pumping; eat-2 is also required for normal life span and defecation; a functional EAT-2::GFP fusion protein localizes to two small dots near the junction of pharyngeal muscles pm4 and pm5, which is the site of the posterior-most MC motor neuron processes and the MC synapse; eat-2 genetically interacts with eat-18, which encodes a predicted novel transmembrane protein expressed in pharyngeal muscle and required for proper function of pharyngeal nicotonic receptors.
31T28D6.7T28D6.7n/achrIII 11,345,403contains similarity to Pfam domain PF01852 START domain contains similarity to Interpro domain IPR002913 (Lipid-binding START)
32T07C12.8T07C12.8n/achrV 9,954,532contains similarity to Interpro domain IPR000998 (MAM)
33C06C3.9C06C3.9n/achrII 9,377,271
34T26A8.2T26A8.2n/achrIV 8,427,897contains similarity to Homo sapiens UPF0513 membrane protein; ENSEMBL:ENSP00000258173
35F31B12.2F31B12.2n/achrX 10,822,704contains similarity to Mus musculus Splicing factor, arginine/serine-rich 12 (Serine-arginine-richssplicing regulatory protein 86) (SRrp86).; SW:SFRC_MOUSE
36wht-3C16C10.12n/achrIII 4,149,469C16C10.12 encodes an ATP-binding cassette (ABC) transporter; C16C10.12 activity is required for efficient RNA interference (RNAi) of a germline-expressed target, pop-1.
37C36E8.4C36E8.4n/achrIII 4,014,026contains similarity to Pfam domain PF00018 SH3 domain contains similarity to Interpro domains IPR001060 (Cdc15/Fes/CIP4), IPR001452 (Src homology-3)
38T16A1.3T16A1.3n/achrII 2,084,511
39ubq-2ZK1010.1n/achrIII 12,978,145ubq-2 encodes a bifunctional protein that contains two domains; an N-terminal ubiquitin peptide, and a C-terminal large ribosomal subunit protein L40 peptide.
40Y75B8A.25Y75B8A.25n/achrIII 12,278,010contains similarity to Homo sapiens Golgi autoantigen, golgin subfamily B member 1; ENSEMBL:ENSP00000315938
41T09E11.6T09E11.6n/achrI 12,367,467contains similarity to Pfam domain PF02485 Core-2/I-Branching enzyme contains similarity to Interpro domain IPR003406 (Glycosyl transferase, family 14)
42nhr-217T09E11.2n/achrI 12,341,975C. elegans NHR-217 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
43T26E4.4T26E4.4n/achrV 15,791,503contains similarity to Oryctolagus cuniculus Galactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase 2 (EC 2.4.1.69) (Secretorsblood group alpha-2-fucosyltransferase) (GDP-L-fucose:beta-D-sgalactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase 2) (Alpha(1,2)FT 2)s(Fucosyltransferase 2).; SW:FUT2_RABIT
44T05C1.2T05C1.2n/achrII 4,482,363
45F26F4.8F26F4.8n/achrIII 4,904,678contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
46Y116A8C.19Y116A8C.19n/achrIV 17,039,245Y116A8C.19 encodes a CCCH tandem zinc finger (TZF) protein; based upon its sequence similarity to C. elegans POS-1, the product of Y116A8C.19 is predicted to function as an RNA-binding protein.
47osm-6R31.3n/achrV 11,925,995osm-6 encodes a novel protein that is orthologous to the IFT52 component of the intraflagellar transport particle; osm-6 activity is required cell autonomously for proper sensory cilium structure and thus for normal ciliated sensory neuron function; OSM-6 is a component of the intraflagellar transport particle subcomplex B, and OSM-6::GFP reporter fusions are expressed exclusively in ciliated sensory neurons.
48ZC404.7ZC404.7n/achrV 6,779,108
49B0041.5B0041.5n/achrI 4,649,524contains similarity to Interpro domain IPR010916 (TonB box, conserved site)
50ZK1053.4ZK1053.4n/achrI 13,243,185contains similarity to Schizosaccharomyces pombe Nucleoporin nup124 (Nuclear pore protein nup124).; SW:N124_SCHPO