UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C09F5.3C09F5.30chrIII 664,551contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
2vps-26T20D3.7n/achrIV 9,340,583C. elegans VPS-26 protein; contains similarity to Pfam domain PF03643 Vacuolar protein sorting-associated protein 26 contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR005377 (Vacuolar protein sorting-associated protein 26)
3skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
4F39B2.7F39B2.7n/achrI 14,772,840contains similarity to Pfam domain PF01926 GTPase of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR005289 (GTP-binding), IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR001806 (Ras GTPase), IPR002917 (GTP-binding protein, HSR1-related), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR006073 (GTP1/OBG), IPR004520 (tRNA modification GTPase TrmE)
5srd-19F53F1.11n/achrV 13,428,164C. elegans SRD-19 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
6R11G1.2R11G1.2n/achrX 3,653,706
7srsx-29C51E3.4n/achrV 10,155,688C. elegans SRSX-29 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
8T02G6.7T02G6.7n/achrI 11,828,074contains similarity to Pfam domains PF00337 (Galactoside-binding lectin) , PF08277 (PAN-like domain) contains similarity to Interpro domains IPR006583 (CW), IPR001079 (Galectin, galactose-binding lectin), IPR013320 (Concanavalin A-like lectin/glucanase, subgroup), IPR008985 (Concanavalin A-like lectin/glucanase)
9C10B5.3C10B5.3n/achrV 8,584,165
10glr-7C43H6.9n/achrX 2,415,895glr-7 encodes a protein containing a ligand-gated ion channel domain and is a predicted non-NMDA type ionotropic glutamate receptor; expressed in the pharyngeal nervous system.
11srh-187F10G2.8n/achrV 7,339,214C. elegans SRH-187 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
12F54F3.4F54F3.4n/achrV 12,923,361contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
13flh-2C26E6.2n/achrIII 4,953,580C. elegans FLH-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF04500 FLYWCH zinc finger domain contains similarity to Interpro domain IPR007588 (Zinc finger, FLYWCH-type)
14K05C4.4K05C4.4n/achrI 14,736,077contains similarity to Homo sapiens Hypothetical protein KIAA1185; ENSEMBL:ENSP00000253061
15M01E5.1M01E5.1n/achrI 13,275,251contains similarity to Ichthyophthirius multifiliis Immobilization antigen isoform.; TR:Q9BMH3
16Y51B9A.4Y51B9A.4n/achrII 9,408,334contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
17srbc-70F30B5.6n/achrIV 4,227,430C. elegans SRBC-70 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
18sru-48T03G11.2n/achrX 5,180,802C. elegans SRU-48 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
19daf-8R05D11.1n/achrI 8,586,024daf-8 encodes a Smad protein that represses dauer development, perhaps by antagonizing DAF-3 activity, and promotes a commitment to reproductive growth; genetic interactions suggest partial functional redundancy with daf-14 with respect to the TGF-beta signaling pathway that regulates dauer formation.
20nhl-1F54G8.4n/achrIII 9,150,557The nhl-1 gene encodes an RBCC protein, orthologous to the mammalian protein BERP; its C. elegans paralogs include ncl-1 and lin-41.
21R11A8.2R11A8.2n/achrIV 10,359,115contains similarity to Interpro domains IPR008991 (Translation protein SH3-like), IPR005824 (KOW), IPR000467 (D111/G-patch)
22spd-3H34C03.1n/achrIV 6,763,933C. elegans SPD-3 protein ;
23srh-52R08H2.7n/achrV 15,375,587C. elegans SRH-52 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
24his-64F22B3.1n/achrIV 11,407,277his-64 encodes an H4 histone.
25C41D7.1C41D7.1n/achrII 357,032
26C05C8.8C05C8.8n/achrV 7,253,723contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
27grl-12F28A12.2n/achrV 8,636,381grl-12 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence and a C-terminal Ground-like (Grl) domain; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
28Y102A5C.4Y102A5C.4n/achrV 16,923,224contains similarity to Pfam domain PF05075 Protein of unknown function (DUF684) contains similarity to Interpro domain IPR007767 (Protein of unknown function DUF684)
29duo-1F38B7.5n/achrV 11,556,440C. elegans DUO-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00443 (Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase) , PF02338 (OTU-like cysteine protease) contains similarity to Interpro domains IPR003323 (Ovarian tumour, otubain), IPR001394 (Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2)
30F14F7.5F14F7.5n/achrIII 13,033,511contains similarity to Pfam domain PF02206 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR003125 (Protein of unknown function WSN)
31mom-4F52F12.3n/achrI 9,898,245mom-4 encodes a MAP kinase kinase kinase-related protein orthologous to Drosophila Tak1 and the vertebrate MAPKKK7 proteins; during embryonic development, mom-4 activity is required for positive regulation of the Wnt pathway signaling that governs anterior/posterior (A/P) polarity: MOM-4 stimulates the WRM-1/LIT-1-dependent phosphorylation of POP-1, a TCF/LEF-related transcription factor, leading to its downregulation in posterior daughters of A/P cell divisions.
32B0361.7B0361.7n/achrIII 7,284,829contains similarity to Pfam domain PF00328 Histidine acid phosphatase contains similarity to Interpro domain IPR000560 (Histidine acid phosphatase)
33opt-1C06G8.2n/achrIV 10,792,535opt-1 encodes a high-affinity, proton-coupled oligopeptide transporter; when expressed in Xenopus ooctyes, OPT-1 exhibits proton-coupled transport activity for a broad spectrum of peptide substrates; opt-1 mRNA is detected at all stages of development, but is expressed at highest levels in late larval and adult stages; additionally, an opt-1::GFP reporter exhibits expression primarily in vulval, pharyngeal, and anal muscles; as loss of opt-1 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities, the precise role of opt-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
34C04G6.7C04G6.7n/achrII 5,101,080contains similarity to Interpro domains IPR006081 (Alpha defensin), IPR001778 (Pollen allergen Poa pIX/Phl pVI, C-terminal), IPR001008 (Mollusc metallothionein, family 2)
35F42A9.6F42A9.6n/achrIV 8,610,474
36C09D4.2C09D4.2n/achrI 5,492,333
37C08A9.9C08A9.9n/achrX 17,107,104contains similarity to Pfam domain PF03353 DUF278 contains similarity to Interpro domain IPR005020 (Protein of unknown function DUF278)
38F15E11.5F15E11.5n/achrV 2,343,260contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
39K12D9.1K12D9.1n/achrV 3,015,027contains similarity to Pfam domains PF08242 (Methyltransferase domain) , PF08241 (Methyltransferase domain) , PF01209 (ubiE/COQ5 methyltransferase family) contains similarity to Interpro domains IPR004033 (UbiE/COQ5 methyltransferase), IPR013217 (Methyltransferase type 12), IPR013216 (Methyltransferase type 11)
40xpa-1K07G5.2n/achrI 7,160,236xpa-1 encodes an ortholog of human XPA, the xeroderma pigmentosum complementation group A protein (OMIM:278700, mutations are associated with sensitivity to ultraviolet light and carcinomata at an early age); by homology, XPA-1 is predicted to function as a DNA-binding protein that is required for nucleotide excision repair of damaged DNA; in C. elegans, loss of xpa-1 activity via mutation or RNA-mediated interference (RNAi) results in increased sensitivity to UV irradiation at all stages of development; xpa-1 mRNA is detected in eggs and mixed stage populations.
41T04H1.5T04H1.5n/achrV 12,251,820contains similarity to Pfam domain PF01585 G-patch domain contains similarity to Interpro domains IPR000467 (D111/G-patch), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
42M04D8.4M04D8.4n/achrIII 10,030,454contains similarity to Clostridium perfringens Hypothetical protein CPE0262.; TR:Q8XNS0
43T07E3.3T07E3.3n/achrIII 6,904,401contains similarity to Interpro domain IPR012336 (Thioredoxin-like fold)
44B0205.9B0205.9n/achrI 10,722,143contains similarity to Pfam domain PF04435 Domain of unknown function (DUF545) contains similarity to Interpro domain IPR006570 (SPK)
45sqv-3R10E11.4n/achrIII 9,779,478sqv-3 encodes a beta(1,4)-galactosyltransferase, biochemically active in vitro, that is required for cytokinesis of one-cell embryos, vulval morphogenesis, and chondroitin synthesis; SQV-3 is orthologous to human human galactosyltransferase I (B4GALT7; OMIM:604327, mutated in the progeroid form of Ehlers-Danlos syndrome); sqv-3 transgenically rescues hamster cells lacking galactosyl transferase I; the common requirement for SQV-3 in both cytokinesis and morphogenesis may be to promote filling an extracellular space with hygroscopic proteoglycans (either in the eggshell, or underneath the L4 cuticle), which in turn may cause the space to fill with fluid.
46nhr-102T06C12.6n/achrV 15,875,252nhr-102 encodes a nuclear receptor that is most highly conserved amongst nematode species.
47ZC477.4ZC477.4n/achrIV 7,098,647
48W06D11.3W06D11.3n/achrX 12,299,278contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Involved in maintaining genome stability. Homologous to E. coli RecQ and human BLM and WRN proteins that are defective in the cancer-prone disorder Bloom's syndrome and the premature aging disorder Werner's syndrome, respectively; SGD:YMR190C
49T21C9.1T21C9.1n/achrV 10,577,614contains similarity to Pfam domain PF00595 PDZ domain (Also known as DHR or GLGF) contains similarity to Interpro domain IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
50math-36R52.8n/achrII 2,118,724C. elegans MATH-36 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)