UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C08F11.11C08F11.115e-51chrIV 13,647,063contains similarity to Pfam domain PF07403 Protein of unknown function (DUF1505) contains similarity to Interpro domain IPR009981 (Protein of unknown function DUF1505)
2D1054.10D1054.10n/achrV 10,792,403contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8IIV3
3F46F5.14F46F5.14n/achrII 800,774contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
4ZK813.3ZK813.3n/achrX 3,442,136contains similarity to Homo sapiens G patch domain containing 8; ENSEMBL:ENSP00000335486
5Y62H9A.5Y62H9A.5n/achrX 11,882,452contains similarity to Oceanobacillus iheyensis Hypothetical protein.; TR:Q8ERS5
6Y45F10C.2Y45F10C.20.000000000009chrIV 13,662,361contains similarity to Pfam domain PF07403 Protein of unknown function (DUF1505) contains similarity to Interpro domain IPR009981 (Protein of unknown function DUF1505)
7C08F11.12C08F11.120.00000000002chrIV 13,651,230contains similarity to Pfam domain PF07403 Protein of unknown function (DUF1505) contains similarity to Interpro domain IPR009981 (Protein of unknown function DUF1505)
8ZK813.2ZK813.2n/achrX 3,444,031
9C44B7.5C44B7.5n/achrII 6,871,922contains similarity to Interpro domain IPR005018 (DOMON related)
10F48E3.4F48E3.4n/achrX 7,494,618contains similarity to Interpro domains IPR001314 (Peptidase S1A, chymotrypsin), IPR001254 (Peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap), IPR009003 (Peptidase, trypsin-like serine and cysteine)
11C49F5.7C49F5.7n/achrX 11,995,234contains similarity to Homo sapiens Similar to PDZ domain proteins; ENSEMBL:ENSP00000298474
12oma-2ZC513.6n/achrV 8,030,304The oma-2 gene encodes a zinc finger protein of the TIS11 finger type that is paralogous to OMA-1; while either oma-1 or oma-2 individually have no obvious mutant phenotype, a normal copy of at least one of these genes is required for oocyte maturation.
13vit-5C04F6.1n/achrX 3,406,006vit-5 encodes a vitellogenin, a lipid-binding protein precursor related to vertebrate vitellogenins and mammalian ApoB-100, a core LDL particle constituent; by homology, VIT-5 is predicted to function as a lipid transport protein; loss of vit-5 activity via large-scale RNA-mediated interference (RNAi) screens indicates that VIT-5 is required for embryogenesis and normal rates of postembryonic growth; VIT-5 is a major yolk component and is expressed exclusively in the adult hermaphrodite intestine from which it is secreted into the pseudocoelomic space and taken up by oocytes.
14F55B11.2F55B11.2n/achrIV 14,422,746contains similarity to Xenopus laevis Similar to LGN protein.; TR:Q8AVU7
15skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
16F54F7.3F54F7.3n/achrX 11,849,694contains similarity to Amsacta moorei entomopoxvirus AMV135.; TR:Q9EMR4
17F53H4.2F53H4.2n/achrX 15,857,486contains similarity to Interpro domains IPR001220 (Legume lectin, beta domain), IPR000209 (Serine proteases, subtilase family)
18vit-1K09F5.2n/achrX 7,730,476C. elegans VIT-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00094 (von Willebrand factor type D domain) , PF09172 (Domain of unknown function (DUF1943)) , PF01347 (Lipoprotein amino terminal region) contains similarity to Interpro domains IPR015819 (Lipid transport protein, beta-sheet shell), IPR011030 (Vitellinogen, superhelical), IPR015818 (Vitellinogen, open beta-sheet, subdomain 2), IPR001747 (Lipid transport protein, N-terminal), IPR015816 (Vitellinogen, beta-sheet N-terminal), IPR001846 (von Willebrand factor, type D), IPR015255 (Vitellinogen, open beta-sheet)
19C35B1.4C35B1.4n/achrIV 4,079,997
20K07A1.6K07A1.6n/achrI 9,592,533K07A1.6 encodes a putative secreted TIL-domain protease inhibitor paralogous to SWM-1, ISL-1, and the products of 11 other C. elegans genes; K07A1.6 and its relatives are collectively similar to other TIL-domain protease inhibitors from nematodes, insects, and vertebrates; K07A1.6 has no obvious function in mass RNAi assays.
21cpg-3R06C7.4n/achrI 7,245,503cgp-3 encodes a putatively secreted protein with an N-terminal low-complexity domain containing 15 potential chondroitin attachment sites, and a C-terminal EGF-like region; cpg-3 mRNA is enriched in oogenesis, but CPG-3 has no obvious function in mass RNAi assays.
22puf-5F54C9.8n/achrII 8,576,562C. elegans PUF-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF00806 Pumilio-family RNA binding repeat contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR001313 (Pumilio RNA-binding region), IPR016024 (Armadillo-type fold)
23clec-91ZK858.3n/achrI 9,126,597C. elegans CLEC-91 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR002353 (Type II antifreeze protein)
24C25A8.4C25A8.4n/achrIV 7,006,427contains similarity to Pfam domain PF00704 Glycosyl hydrolases family 18 contains similarity to Interpro domains IPR011583 (Chitinase II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR001223 (Glycoside hydrolase, family 18, catalytic domain), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core)
25C28C12.2C28C12.2n/achrIV 8,499,682
26Y45F10C.4Y45F10C.40.00000001chrIV 13,663,763contains similarity to Pfam domain PF07403 Protein of unknown function (DUF1505) contains similarity to Interpro domain IPR009981 (Protein of unknown function DUF1505)
27pos-1F52E1.1n/achrV 8,414,649pos-1 encodes a CCCH-type zinc-finger protein; during embryogenesis, maternally provided POS-1 is essential for proper fate specification of germ cells, intestine, pharynx, and hypodermis; POS-1's role in cell fate specification is likely as a translational regulator, as POS-1 is required, in posterior blastomeres, for positive regulation of apx-1 mRNA translation and negative regulation of glp-1 mRNA translation via direct binding to the spatial control region (SCR) in the glp-1 mRNA 3' UTR; in regulating mRNA translation, POS-1 interacts with SPN-4, an RNP-type RNA binding protein, that may function to negatively regulate POS-1 activity; pos-1 mRNA is first detected in the gonads of L4 and adult animals, and is present uniformly in oocytes and newly fertilized embryos; during early embryonic divisions, pos-1 mRNA is present at higher levels in germline blastomeres until it disappears following the division of P4; POS-1 protein is first apparent at low levels in 1-cell embryos, with subsequent expression mirroring that of pos-1 mRNA: high levels in germline blastomeres until its disappearance after the P4 division; in the germline blastomeres P1, P2, P3, and P4, POS-1 colocalizes with cytoplasmic and perinuclear P granules.
28Y62H9A.4Y62H9A.4n/achrX 11,880,601contains similarity to Branchiostoma floridae Homeobox protein DLL homolog.; SW:HMDL_BRAFL
29sra-25T26E3.9n/achrI 12,687,150C. elegans SRA-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
30clec-87C25A1.8n/achrI 10,184,962clec-87 encodes a putatively secreted C-type lectin, paralogous to CLEC-88, C25B8.4, F26D10.12, and ZK858.3; CLEC-87 has a single chondroitin attachment site verified by mass spectrometry; CLEC-87 has no obvious function in mass RNAi assays.
31B0513.4B0513.4n/achrIV 13,880,800contains similarity to Ixodes scapularis Putative secreted protein.; TR:Q8MVF5
32W05F2.3W05F2.3n/achrI 3,368,102
33C17G1.2C17G1.2n/achrX 9,922,096contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8IJE7
34F22B3.4F22B3.4n/achrIV 11,411,714F22B3.4 encodes a putative glucosamine-fructose 6-phosphate aminotransferase, paralogous to F07A11.2, thought to catalyse the first step of the hexosamine pathway to UDP-N-acetylglucosamine or UDP-N-acetylgalactosamine; F22B3.4 transcripts are enriched during oogenesis; F22B3.4(RNAi) animals have an osmotically-sensitive embryonic lethal phenotype, presumably because of defects in chitin and eggshell synthesis.
35dod-23F49E12.2n/achrII 8,398,700C. elegans DOD-23 protein ;
36C23G10.11C23G10.11n/achrIII 6,215,297contains similarity to Interpro domain IPR003059 (Colicin lysis protein)
37Y62H9A.6Y62H9A.6n/achrX 11,883,508contains similarity to Brucella melitensis Hypothetical cytosolic protein BMEI0237.; TR:Q8YJ49
38EEED8.3EEED8.3n/achrII 5,414,802EEED8.3 encodes a protein with similarity to fatty acid-binding proteins; loss of EEED8.3 activity via RNAi results in 20-30% embryonic lethality.
39C10G8.4C10G8.4n/achrV 5,312,109C10G8.4 encodes a putative secreted TIL-domain protease inhibitor paralogous to SWM-1, ISL-1, and the products of 11 other C. elegans genes; C10G8.4 and its relatives are collectively similar to other TIL-domain protease inhibitors from nematodes, insects, and vertebrates; C10G8.4 has no obvious function in mass RNAi assays.
40sodh-1K12G11.3n/achrV 11,888,912C. elegans SODH-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00107 (Zinc-binding dehydrogenase) , PF08240 (Alcohol dehydrogenase GroES-like domain) contains similarity to Interpro domains IPR013149 (Alcohol dehydrogenase, zinc-binding), IPR011032 (GroES-like), IPR013154 (Alcohol dehydrogenase GroES-like), IPR002085 (Alcohol dehydrogenase superfamily, zinc-containing), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR002328 (Alcohol dehydrogenase, zinc-containing, conserved site)
41gln-5F26D10.10n/achrIV 17,272,909C. elegans GLN-5 protein; contains similarity to Pfam domains PF03951 (Glutamine synthetase, beta-Grasp domain) , PF00120 (Glutamine synthetase, catalytic domain) contains similarity to Interpro domains IPR008147 (Glutamine synthetase, beta-Grasp), IPR014746 (Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic region), IPR008146 (Glutamine synthetase, catalytic region)
42T01H3.4T01H3.4n/achrII 7,881,603T01H3.4 encodes an unfamiliar protein; T01H3.4 and T01H3.5 share an operon divergently transcribed from another operon containing vha-4.
43ZC395.5ZC395.5n/achrIII 5,268,152
44col-2W01B6.7n/achrIV 10,084,918col-2 encodes a member of the collagen superfamily containing collagen triple helix repeats (20 copies); expression peaks during the molt that separates the L2 larval and dauer stages as the dauer cuticle is being formed, and mRNA is expressed at low levels in post-dauer L4 larvae and in adult animals.
45tbh-1H13N06.6n/achrX 15,501,790tbh-1 encodes a putative dopamine beta-hydroxylate orthologous to human DBH (OMIM:609312, mutated in dopamine beta-hydroxylase deficiency).
46F49E12.1F49E12.1n/achrII 8,402,502contains similarity to Pfam domains PF01549 (ShK domain-like) , PF03098 (Animal haem peroxidase) contains similarity to Interpro domains IPR010255 (Haem peroxidase), IPR002007 (Haem peroxidase, animal), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
47C17E4.3C17E4.3n/achrI 9,417,878contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
48C14B1.2C14B1.2n/achrIII 3,702,706contains similarity to Bacillus anthracis Hypothetical protein.; TR:Q81T15
49W02D9.6W02D9.6n/achrI 12,560,492contains similarity to Homo sapiens similar to KIAA1107 protein; ENSEMBL:ENSP00000176186
50T01C3.3T01C3.3n/achrV 14,992,169contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)