UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C08F1.6C08F1.66e-149chrII 1,787,707
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
4hch-1F40E10.1n/achrX 14,698,114hch-1 encodes a member of the zinc-dependent metalloprotease family that contains an epidermal growth factor-like domain, a CUB domain, and a TSP1 domain and affects hatching and QL neuroblast migration.
5T28C6.3T28C6.3n/achrIV 8,820,742contains similarity to Homo sapiens HIV Tat-specific factor 1; ENSEMBL:ENSP00000218364
6F58E1.11F58E1.11n/achrII 1,692,234contains similarity to Interpro domain IPR002034 (Alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase, conserved site)
7fbxb-62F55C9.8n/achrV 19,301,505This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
8sdz-14F14B6.1n/achrI 12,216,990C. elegans SDZ-14 protein ;
9F23D12.5F23D12.5n/achrX 14,450,814F23D12.5 encodes a putative histone H3 di/trimethyllysine-27 (H3K27me2/me3) demethylase; F23D12.5 contains a C-terminal JmjC domain, and is homologous to human JMJD3, UTX (OMIM:300128), and UTY (OMIM:400009); F23D12.5 is expected to antagonize transcriptional repression by polycomb repressor complexes, which mark stem cells (and presumably germline) by H3K27me3-mediated repression of somatic genes; however, F23D12.5 has no obvious function in mass RNAi assays.
10T05D4.2T05D4.2n/achrIII 13,562,369contains similarity to Mus musculus Similar to SPEER 2.; TR:Q80ZP2
11F27C1.4F27C1.4n/achrI 5,423,026
12T26E3.5T26E3.5n/achrI 12,663,411This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
13taf-7.1F54F7.1n/achrX 11,836,759The taf-7.1 gene encodes an ortholog of mammalian TATA-binding protein associated factor TAF7L (TAFIIQ, OMIM:300314) that in mice exhibits testis-specific expression; TAF-7 function in C. elegans is not yet known, as taf-7 inactivation by RNA interference does not result in any obvious developmental defects.
14col-121F56D5.1n/achrIV 9,395,553col-121 encodes a cuticle collagen required for resistance to the endocrine disrupting chemical bisphenol A (BPA); col-121(nx3) and col-121(RNAi) animals are hypersensitive to BPA, but are otherwise wild-type (e.g., they have normal body shape); BPA hypersensitivity has also been observed for dpy-2(e8), dpy-7(e88) and dpy-10(e128) mutants.
15fbxb-54K05F6.7n/achrII 1,555,788C. elegans FBXB-54 protein; contains similarity to Pfam domains PF07735 (F-box associated) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domains IPR001404 (Heat shock protein Hsp90), IPR001810 (Cyclin-like F-box), IPR012885 (F-box associated type 2)
16Y73C8C.8Y73C8C.8n/achrV 3,112,017contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
17dsl-1W09G12.4n/achrIV 1,207,661dsl-1 encodes a secreted protein with a single DSL and EGF domain in series, resembling Delta/LAG-2; DSL-1, with APX-1 and LAG-2, is collectively required for LIN-12/Notch-mediated lateral signalling during postembryonic vulval development; DSL-1, when misexpressed by lag-2 sequences, can rescue the larval-lethal and anchor cell phenotypes of lag-2(q420ts); dsl-1(RNAi) animals have abnormal vulvae in a genetic background sensitized for lateral signalling defects; dsl-1(ok810) mutants, while viable and fertile, have a 4% penetrant defect in lateral signaling, which exceeds 13% with apx-1 and lag-2 RNAi; dsl-1 is strongly transcribed in P6.p cells; SUR-2 regulates dsl-1 along with apx-1 and lag-2; DSL-1 belongs to a nematode-specific family of Delta/LAG-2-like proteins that includes DSL-2, -3, -5, -6, and -7.
18K02E7.7K02E7.7n/achrII 1,055,525
19fbxb-117F55C9.1n/achrV 19,283,568This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
20EGAP1.1EGAP1.1n/achrIII 5,936,384n/a
21fbxb-25F58E1.2n/achrII 1,684,456This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
22C35D6.4C35D6.4n/achrIV 16,351,255C35D6.4 encodes a CCCH tandem zinc finger (TZF) protein; based upon its sequence similarity to other TZF proteins, such as MEX-5 and POS-1, the product of C35D6.4 is predicted to function as an RNA-binding protein.
23F45D3.1F45D3.1n/achrV 12,527,844contains similarity to Schizosaccharomyces pombe Hypothetical 92.4 kDa protein C1685.14C in chromosome II.; TR:O74334
24F55C9.3F55C9.3n/achrV 19,287,274contains similarity to Pfam domain PF02170 PAZ domain contains similarity to Interpro domain IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ)
25fbxb-103F53C3.2n/achrII 3,907,716This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
26R11.4R11.4n/achrX 16,210,394contains similarity to Leishmania major Hypothetical protein.; TR:Q9GRL1
27dct-13Y116A8C.17n/achrIV 17,024,680Y116A8C.17 encodes a CCCH tandem zinc finger (TZF) protein; based upon its sequence similarity to other TZF proteins, such as MEX-5 and POS-1, the product of Y116A8C.17 is predicted to function as an RNA-binding protein.
28K03A11.1K03A11.1n/achrX 13,053,489contains similarity to Interpro domain IPR001130 (Deoxyribonuclease, TatD-related)
29Y65A5A.3Y65A5A.3n/achrIV 16,416,285contains similarity to Human papillomavirus type 13 Probable E4 protein.; SW:VE4_HPV13
30fbxb-57F55C9.4n/achrV 19,289,333This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
31F13H10.1F13H10.1n/achrIV 11,004,784contains similarity to Oryza sativa Putative pM5 collagenase.; TR:Q93W04
32F43G6.5F43G6.5n/achrII 11,815,623contains similarity to Pfam domains PF04926 (Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain) , PF01909 (Nucleotidyltransferase domain) , PF04928 (Poly(A) polymerase central domain) contains similarity to Interpro domains IPR007012 (Poly(A) polymerase, central region), IPR002934 (Nucleotidyltransferase), IPR007010 (Poly(A) polymerase, RNA-binding region), IPR014492 (Poly(A) polymerase), IPR011068 (Nucleotidyltransferase, class I, C-terminal-like)
33K09E3.6K09E3.6n/achrX 17,114,487contains similarity to Pfam domain PF03353 DUF278 contains similarity to Interpro domain IPR005020 (Protein of unknown function DUF278)
34ZK637.2ZK637.2n/achrIII 8,888,857contains similarity to Pfam domain PF05811 Eukaryotic protein of unknown function (DUF842) contains similarity to Interpro domain IPR008560 (Protein of unknown function DUF842, eukaryotic)
35F34D10.3F34D10.3n/achrIII 3,734,527contains similarity to Interpro domain IPR004061 (Sphingosine 1-phosphate receptor)
36F58E1.12F58E1.12n/achrII 1,693,958
37fbxb-16ZC204.10n/achrII 1,651,202fbxb-16 encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; FBXB-16 also contains a C-terminal type 2 F-box-associated domain of presently unknown function.
38acbp-6Y17G7B.1n/achrII 11,972,918C. elegans ACBP-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF00887 Acyl CoA binding protein contains similarity to Interpro domains IPR014352 (FERM/acyl-CoA-binding protein, 3-helical bundle), IPR000582 (Acyl-CoA-binding protein, ACBP)
39F31D5.6F31D5.6n/achrII 4,211,553This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
40srx-73F41F3.7n/achrV 4,664,669C. elegans SRX-73 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
41F55G7.2F55G7.2n/achrX 11,930,695contains similarity to Pfam domain PF08123 Histone methylation protein DOT1 contains similarity to Interpro domain IPR013110 (Histone methylation DOT1)
42fbxb-37T16A1.8n/achrII 2,092,797This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
43C44C10.7C44C10.7n/achrX 11,687,559contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
44F28C6.1F28C6.1n/achrII 8,591,963F28C6.1 encodes an AP-2-like transcription factor that is ~60% identical to that of F28C6.2 which lies immediately adjacent to F28C6.1 on chromosome II; loss of F28C6.1 activity via large-scale RNAi experiments results in embryonic and larval lethality.
45sdz-28R52.1n/achrII 2,131,740C. elegans SDZ-28 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) , PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
46mdt-31F32H2.2n/achrI 8,966,630C. elegans MDT-31 protein; contains similarity to Pfam domain PF05669 SOH1 contains similarity to Interpro domain IPR008831 (SOH1)
47F55C9.5F55C9.5n/achrV 19,290,786contains similarity to Interpro domain IPR000345 (Cytochrome c heme-binding site)
48R07C3.5R07C3.5n/achrII 931,761
49egl-26C23H3.1n/achrII 70,469egl-26 encodes a protein that contains an H-box and an NC domain that is a member of the LRAT (lecithin retinol acyltransferase) subfamily of the NlpC/P60 superfamily of enzymes; egl-26 activity is required for fertility, egg laying, and vulval development, specifically the connection of the uterus to the vulva mediated by proper morphogenesis of vulF, the most dorsal vulval cell; EGL-26 is an apical membrane protein that is expressed in many cells, including vulF, and appears to be expressed near the vulva and uterus only during the L4 larval stage; EGL-26 membrane localization is necessary for its function.
50Y116A8B.1Y116A8B.1n/achrIV 17,216,790contains similarity to Oryza sativa P0660F12.13 protein (P0614D08.10 protein).; TR:Q94CR6