UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C08B11.8C08B11.80chrII 8,040,793contains similarity to Pfam domain PF03155 ALG6, ALG8 glycosyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR004856 (ALG6, ALG8 glycosyltransferase)
2lpd-9T21C9.5n/achrV 10,579,970lpd-9 encodes a novel protein conserved amongst C. elegans, C. briggsae, and C. remanei; loss of lpd-9 activity via RNAi indicates that LPD-9 is required for fat storage and for larval growth and development.
3npp-14C03D6.4n/achrI 9,662,535npp-14 is orthologous to the human gene NUCLEOPORIN, 214-KD (NUP214; OMIM:114350), which encodes part of the nucleopore complex mediating nucleocytoplasmic transport; NUP214, as a fusion gene with DEK (OMIM:125264), is found in a subset of acute myeloid leukemia.
4F52C12.1F52C12.1n/achrIV 1,961,538contains similarity to Pfam domain PF06087 Tyrosyl-DNA phosphodiesterase contains similarity to Interpro domains IPR001736 (Phospholipase D/Transphosphatidylase), IPR010347 (Tyrosyl-DNA phosphodiesterase)
5C27A12.9C27A12.9n/achrI 6,064,908contains similarity to Pfam domain PF01663 Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase contains similarity to Interpro domains IPR017849 (Alkaline phosphatase-like, alpha/beta/alpha), IPR002591 (Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase), IPR017850 (Alkaline-phosphatase-like, core domain)
6tag-229W09G3.3n/achrI 13,804,628C. elegans TAG-229 protein; contains similarity to Pfam domain PF08755 Hemimethylated DNA-binding protein YccV like contains similarity to Interpro domain IPR011722 (Hemimethylated DNA-binding region)
7syn-3F55A11.2n/achrV 11,766,040C. elegans SYN-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF00804 (Syntaxin) , PF05739 (SNARE domain) contains similarity to Interpro domains IPR010989 (t-SNARE), IPR006011 (Syntaxin, N-terminal), IPR000727 (Target SNARE coiled-coil region), IPR006012 (Syntaxin/epimorphin, conserved site)
8rpa-1F18A1.5n/achrII 7,665,772rpa-1 encodes the C. elegans ortholog of the replication protein A (RPA) large subunit; by homology, RPA-1 is predicted to function as a DNA-binding and oligonucleotide oligosaccharide-binding (OB) protein that is required for DNA replication, repair, and recombination; large-scale RNAi screens indicate that rpa-1 is essential for embryonic development, and that in yeast two-hybrid assays interacts with the product of M04F3.1, the RPA medium subunit; in situ hybridization studies indicate that rpa-1 transcripts are expressed in germ cells.
9T03G11.6T03G11.6n/achrX 5,178,330contains similarity to Pfam domains PF05219 (DREV methyltransferase) , PF08242 (Methyltransferase domain) contains similarity to Interpro domains IPR013217 (Methyltransferase type 12), IPR007884 (DREV methyltransferase)
10Y38C9A.1Y38C9A.1n/achrV 112,782contains similarity to Leishmania major strain Friedlin Proteophosphoglycan ppg4.; TR:Q4FX63
11sna-2T13F2.7n/achrIV 9,776,092sna-2 encodes an snRNP-binding protein (SNA-2/SL75p) homologous to Ascaris SL95p (SL 175kd); SNA-2 is found in at least two Sm snRNPs, SL1 and Y, but not in SL2; in snRNP SL1, SNA-2 associates with the SNA-1/SL21p protein, while associating with SUT-1/SL26p (a paralog of SNA-1) in snRNP Y; sna-2(RNAi) is lethal; SNA-2 can bind either SNA-1 or SUT-1 even in the absence of RNA.
12C24D10.6C24D10.6n/achrIV 5,159,856contains similarity to Homo sapiens Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1; ENSEMBL:ENSP00000361923
13T05E7.1T05E7.1n/achrI 6,205,413contains similarity to Pfam domains PF08840 (BAAT / Acyl-CoA thioester hydrolase C terminal) , PF04775 (Acyl-CoA thioester hydrolase / Bile acid-CoA amino acid N-acetyltransferase) contains similarity to Interpro domains IPR006862 (Acyl-CoA thioester hydrolase/bile acid-CoA amino acid N-acetyltransferase), IPR014940 (BAAT/Acyl-CoA thioester hydrolase C-terminal), IPR016662 (Acyl-CoA thioesterase, long chain)
14F53F4.3F53F4.3n/achrV 13,592,537F53F4.3 encodes a putative alpha-tubulin folding cofactor B, orthologous to human CKAP1 (OMIM:601303); F53F4.3 is dispensable in early embryos for microtubule nucleation or elongation, and has no obvious function in mass RNAi assays.
15cash-1K07C5.8n/achrV 10,364,141cash-1 encodes an ortholog of Drosophila CKA and the human striatins STRN, STRN3, and STRN4 that is required for vulval development; CASH-1 has an N-terminal region which may bind caveolin or calmodulin, and a C-terminal region with five tandem WD domains; by its orthology with CKA and striatins, CASH-1 is predicted to act as a scaffold linking signal transduction proteins (such as JKK-1 and JNK-1) to transcription factors (such as JUN-1 or FOS-1); CASH-1 is expressed broadly, in both larval and adult pharynx, intestine, rectal epithelium, hypodermis, and neurons, as well as the developing vulva and the adult reproductive system.
16mrp-4F21G4.2n/achrX 9,886,947mrp-4 encodes a putative member of subfamily C of the ATP-binding cassette transporters; MRP-4 is required, redundantly with its paralog WHT-2, for sperm to normally migrate towards a PUFA-based signal exuded by oocytes; hermaphrodites subjected to double wht-2(RNAi) mrp-4(RNAi) are infertile, both through aberrant loss of their own sperm and through failure of males to effectively inseminate them; in mammalian eicosanoid signalling, subfamily C ABC transporters are required for PUFA and eicosanoid transport.
17K06H7.7K06H7.7n/achrIII 8,084,529
18gly-20C03E10.4n/achrV 11,284,282gly-20 is orthologous to the human gene MANNOSYL (ALPHA-1,6-)-GLYCOPROTEIN BETA-1,2-N-ACETYLGLUCOSAMINYLTRANSFERASE (MGAT2; OMIM:602616), which when mutated leads to carbohydrate-deficient glycoprotein syndrome, type II.
19F40G9.2F40G9.2n/achrIII 191,482contains similarity to Pfam domain PF05051 Cytochrome C oxidase copper chaperone (COX17) contains similarity to Interpro domain IPR007745 (Cytochrome C oxidase copper chaperone)
20F28B3.1F28B3.1n/achrI 4,946,480contains similarity to Pfam domain PF00501 AMP-binding enzyme contains similarity to Interpro domains IPR000010 (Proteinase inhibitor I25, cystatin), IPR000873 (AMP-dependent synthetase and ligase)
21skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
22T01D1.5T01D1.5n/achrII 188,286
23F56G4.6F56G4.6n/achrI 11,369,184contains similarity to Interpro domain IPR001623 (Heat shock protein DnaJ, N-terminal)
24nhl-2F26F4.7n/achrIII 4,896,829C. elegans NHL-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00097 (Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)) , PF00643 (B-box zinc finger) (2), PF01436 (NHL repeat) (4)contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR003649 (B-box, C-terminal), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR000315 (Zinc finger, B-box), IPR001258 (NHL repeat)
25vps-54T21C9.2n/achrV 10,571,379The vps-54 gene encodes an ortholog of VPS54 in S. cerevisiae, a protein involved in vacuolar trafficking.
26F09F7.3F09F7.3n/achrIII 5,560,978contains similarity to Pfam domains PF04566 (RNA polymerase Rpb2, domain 4) , PF04561 (RNA polymerase Rpb2, domain 2) , PF04567 (RNA polymerase Rpb2, domain 5) , PF04565 (RNA polymerase Rpb2, domain 3) , PF00562 (RNA polymerase Rpb2, domain 6) , PF04560 (RNA polymerase Rpb2, domain 7) , PF04563 (RNA polymerase beta subunit) contains similarity to Interpro domains IPR007120 (DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6), IPR007641 (RNA polymerase Rpb2, domain 7), IPR007644 (RNA polymerase, beta subunit, protrusion), IPR015712 (DNA-directed RNA polymerase, subunit 2), IPR007645 (RNA polymerase Rpb2, domain 3), IPR007642 (RNA polymerase Rpb2, domain 2), IPR014724 (RNA polymerase Rpb2, OB-fold), IPR007646 (RNA polymerase Rpb2, domain 4), IPR007647 (RNA polymerase Rpb2, domain 5), IPR007121 (RNA polymerase, beta subunit, conserved site)
27C32E8.5C32E8.5n/achrI 3,782,660contains similarity to Pfam domain PF00498 FHA domain contains similarity to Interpro domains IPR008984 (SMAD/FHA domain), IPR000253 (Forkhead-associated)
28npp-5F07A11.3n/achrII 11,598,202C. elegans NPP-5 protein; contains similarity to Interpro domain IPR007252 (Nuclear pore protein 84/107)
29arx-7M01B12.3n/achrI 3,069,767arx-7 encodes the C. elegans ortholog of the p16Arc subunit of the actin-related protein (Arp)2/3 complex.
30T01B7.6T01B7.6n/achrII 8,723,943contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
31wrm-1B0336.1n/achrIII 5,724,932wrm-1 encodes, along with bar-1 and hmp-2, one of three C. elegans beta-catenin-like proteins; during development, wrm-1 functions in noncanonical Wnt signaling pathways that specify cell fates in the early embryo, the somatic gonad, and postembryonic hypodermal lineages.
32K08F4.1K08F4.1n/achrIV 10,124,631contains similarity to Pfam domain PF00004 ATPase family associated with various cellular activities (AAA) contains similarity to Interpro domains IPR003959 (AAA ATPase, core), IPR001199 (Cytochrome b5), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
33brf-1F45E12.2n/achrII 7,307,210brf-1 encodes an ortholog of mammalian B-RELATED FACTOR (also known as BRF, TDS4, PCF4, or hTFIIIB90); BRF is thought to act as a molecular bridge between TATA-binding protein (TBP) associated factors that functions in TFIIIB (RNA polymerase III associated transcription factors).
34git-1F14F3.2n/achrX 10,526,597C. elegans GIT-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF01412 (Putative GTPase activating protein for Arf) , PF00023 (Ankyrin repeat) (2)contains similarity to Interpro domains IPR013724 (Spa2 homology (SHD) of GIT), IPR001164 (Arf GTPase activating protein), IPR002110 (Ankyrin)
35F33H1.3F33H1.3n/achrII 10,173,524contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG2685-PA;; FLYBASE:CG2685
36qdpr-1T03F6.1n/achrIII 13,394,312The T03F6.1 gene encodes an ortholog of the human gene QUINOID DIHYDROPTERIDINE REDUCTASE (QDPR; DHPR), which when mutated leads to phenylketonuria II (OMIM:261630).
37xpg-1F57B10.6n/achrI 6,560,500F57B10.6 is orthologous to the human gene EXCISION REPAIR CROSS-COMPLEMENTING RODENT REPAIR DEFICIENCY, COMPLEMENTATION GROUP 5 (XERODERMA PIGMENTOSUM, COMPLEMENTATION GROUP G (COCKAYNE SYNDROME)) (ERCC5; OMIM:133530), which when mutated leads to disease.
38tag-216K08F9.2n/achrV 15,135,533C. elegans TAG-216 protein; contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
39C50F4.12C50F4.12n/achrV 9,538,883contains similarity to Interpro domain IPR003690 (Mitochodrial transcription termination factor-related)
40T04F8.2T04F8.2n/achrX 11,654,994contains similarity to Anopheles gambiae str PEST AGAP011701-PA (Fragment).; TR:Q7PZ34
41ucp-4K07B1.3n/achrV 9,335,690C. elegans UCP-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR002030 (Mitochondrial brown fat uncoupling protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
42apm-3F53H8.1n/achrX 956,347apm-3 encodes an adaptin, orthologous to the mu3 subunit of adaptor protein complex 3 (AP-3); APM-3 is also orthologous to human HPS, which when mutated leads to Hermansky-Pudlak syndrome (OMIM:203300); based on structural similarity, APM-3 is predicted to be involved in the formation of intracellular transport vesicles, and genetic analyses indicate that apm-3 activity is required for biogenesis of lysosome-related gut granules.
43R151.8R151.8n/achrIII 7,228,224contains similarity to Interpro domains IPR001005 (SANT, DNA-binding), IPR009057 (Homeodomain-like)
44F59H6.3F59H6.3n/achrII 2,018,441
45W02D9.3W02D9.3n/achrI 12,536,484contains similarity to Pfam domain PF00505 HMG (high mobility group) box contains similarity to Interpro domains IPR000910 (High mobility group box, HMG1/HMG2), IPR009071 (High mobility group box, HMG)
46mrs-1F58B3.5n/achrIV 11,633,685mrs-1 encodes a predicted cytoplasmic methionyl-tRNA synthetase (MetRS), a class I aminoacyl-tRNA synthetase that catalyzes the attachment of methionine to its cognate tRNA and is thus required for protein biosynthesis; MRS-1 is essential for embryogenesis and required also for a normal rate of postembryonic growth.
47D1043.1D1043.1n/achrII 11,585,601contains similarity to Pfam domain PF02985 HEAT repeat contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
48prp-17F49D11.1n/achrI 10,938,676C. elegans PRP-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
49dnj-17T03F6.2n/achrIII 13,392,282This gene encodes a protein containing a DnaJ ('J') domain.
50K11E4.2K11E4.2n/achrX 13,718,299contains similarity to Pfam domain PF00017 SH2 domain contains similarity to Interpro domains IPR006020 (Phosphotyrosine interaction region), IPR000980 (SH2 motif)