UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1clh-5C07H4.20chrII 9,096,575The clh-5 gene encodes a chloride channel, whose human homologs include CLC1 and CLCN5; the latter homolog is imvolved in receptor-mediated endocytosis.
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3ger-1R01H2.5n/achrIII 7,066,371C. elegans GER-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01370 NAD dependent epimerase/dehydratase family contains similarity to Interpro domains IPR001509 (NAD-dependent epimerase/dehydratase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR016040 (NAD(P)-binding)
4F20D1.2F20D1.2n/achrX 14,972,677contains similarity to Pfam domain PF00566 TBC domain contains similarity to Interpro domains IPR001763 (Rhodanese-like), IPR000195 (RabGAP/TBC)
5F47G9.1F47G9.1n/achrV 11,325,591contains similarity to Interpro domain IPR009038 (GOLD)
6ZK632.7ZK632.7n/achrIII 9,821,105contains similarity to Interpro domain IPR011009 (Protein kinase-like)
7T08A11.2T08A11.2n/achrIII 4,266,506T08A11.2 encodes the C. elegans ortholog of splicing factor 3b subunit 1, also known as SAP155; by homology, the product of T08A11.2 is predicted to be a component of the U2 snRNP that is required for pre-mRNA splicing; large-scale RNAi assays indicate that T08A11.2 activity is essential for a number of processes including embryonic development, normal adult lifespan, vulval morphogenesis, locomotion, and transgene expression and localization.
8Y8A9A.3Y8A9A.3n/achrII 3,791,812contains similarity to Interpro domain IPR009071 (High mobility group box, HMG)
9ZK930.1ZK930.1n/achrII 11,912,200contains similarity to Pfam domains PF02985 (HEAT repeat) , PF00069 (Protein kinase domain) , PF00400 (WD domain, G-beta repeat) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR000357 (HEAT), IPR001680 (WD40 repeat), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like), IPR016024 (Armadillo-type fold)
10F17A9.3F17A9.3n/achrV 6,106,582contains similarity to Pfam domain PF07716 Basic region leucine zipper contains similarity to Interpro domains IPR011700 (Basic leucine zipper), IPR004827 (Basic-leucine zipper (bZIP) transcription factor)
11alh-2K04F1.15n/achrV 1,646,053C. elegans ALH-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00171 Aldehyde dehydrogenase family contains similarity to Interpro domains IPR016163 (Aldehyde dehydrogenase, C-terminal), IPR016162 (Aldehyde dehydrogenase, N-terminal), IPR016161 (Aldehyde/histidinol dehydrogenase), IPR015590 (Aldehyde dehydrogenase), IPR016160 (Aldehyde dehydrogenase, conserved site)
12mep-1M04B2.1n/achrIV 11,526,270mep-1 is required for repression by the fem-3 3' UTR in vivo, and for maintenance of somatic (versus germline) differentiation; MEP-1 protein has zinc-finger domains and a glutamine/asparagine-rich domain.
13ver-3F59F3.1n/achrX 10,995,095C. elegans VER-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF07686 (Immunoglobulin V-set domain) (2), PF00047 (Immunoglobulin domain) (4), PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) , PF07679 (Immunoglobulin I-set domain) contains similarity to Interpro domains IPR003598 (Immunoglobulin subtype 2), IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR013098 (Immunoglobulin I-set), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR003596 (Immunoglobulin V-set, subgroup), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR013106 (Immunoglobulin V-set), IPR007110 (Immunoglobulin-like), IPR003599 (Immunoglobulin subtype), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site), IPR013151 (Immunoglobulin)
14B0478.3B0478.3n/achrIV 6,964,202contains similarity to Interpro domains IPR013090 (Phospholipase A2, active site), IPR016090 (Phospholipase A2), IPR001211 (Phospholipase A2, eukaryotic)
15T08D2.1T08D2.1n/achrX 162,831contains similarity to Pfam domain PF01105 emp24/gp25L/p24 family/GOLD contains similarity to Interpro domains IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR009038 (GOLD), IPR000348 (emp24/gp25L/p24)
16ncbp-1F37E3.1n/achrI 6,423,903F37E3.1 encodes a putative nuclear cap-binding complex subunit ('CBP80') orthologous to budding yeast STO1 and human NCBP1 (OMIM:600469); in RNAi assays, F37E3.1 is required for embryonic and vulval development, normal locomotion, and general viability; by orthology to NCBP1, F37E3.1 is expected to participate in nonsense-mediated mRNA decay via a pioneer round of translation; F37E3.1(RNAi) induces expression of a gpdh-1::GFP transgene, perhaps because F37E3.1 prevents protein misfolding.
17fipr-15F13E9.3n/achrIV 10,880,611C. elegans FIPR-15 protein; contains similarity to Interpro domain IPR005137 (Photosystem I assembly BtpA)
18rnp-5K02F3.11n/achrIII 853,412rnp-5 encodes a putative member of the exon-exon junction complex, orthologous to human RNPS1 (OMIM:606447); RNP-5 is dispensable for embryonic viability.
19srx-105F40H7.8n/achrII 3,700,613C. elegans SRX-105 protein ;
20sdc-3C25D7.3n/achrV 15,043,550sdc-3 encodes a protein that contains two mutationally separable domains: a zinc finger motif required for dosage compensation and a myosin- like putative ATP- binding region required for her-1 regulation of sex determination; SDC-3 activates dosage compensation by directing the dosage compensation protein complex to the hermaphrodite X chromosomes, and is functionally redundant with SDC-2 with respect to dosage compensation; SDC-1, SDC-2, and SDC-3 proteins form a complex.
21T09B4.9T09B4.9n/achrI 6,179,413contains similarity to Pfam domain PF04280 Tim44-like domain contains similarity to Interpro domains IPR007379 (Mitochondrial import inner membrane translocase, subunit Tim44), IPR017303 (Import inner membrane translocase, TIM44 subunit, mitochondria), IPR005682 (Mitochondrial import inner membrane translocase, subunit Tim44, subtype)
22M03C11.3M03C11.3n/achrIII 10,409,775contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Essential protein required for the maturation of 25S rRNA and 60S ribosomal subunit assembly, localizes to the nucleolus; SGD:YKL172W
23F46H5.4F46H5.4n/achrX 7,249,770contains similarity to Pfam domain PF06920 Dedicator of cytokinesis contains similarity to Interpro domains IPR011608 (PRD), IPR002052 (N-6 adenine-specific DNA methylase, conserved site), IPR010703 (Dedicator of cytokinesis), IPR016024 (Armadillo-type fold), IPR000008 (C2 calcium-dependent membrane targeting)
24M03C11.8M03C11.8n/achrIII 10,432,042contains similarity to Pfam domains PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) , PF00176 (SNF2 family N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR000330 (SNF2-related), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
25drr-2T12D8.2n/achrIII 13,643,031C. elegans DRR-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
26tag-135D1054.15n/achrV 10,807,021C. elegans TAG-135 protein; contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR009146 (Groucho/transducin-like enhancer), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
27T07G12.8T07G12.8n/achrIV 10,553,796contains similarity to Thermoplasma volcanium ABC transport system permease protein P1P2A1A2.; TR:Q978R0
28pqn-20C37A2.2n/achrI 6,794,248The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
29tag-72C25A1.3n/achrI 10,160,921C. elegans TAG-72 protein; contains similarity to Pfam domains PF03291 (mRNA capping enzyme) , PF08242 (Methyltransferase domain) , PF08241 (Methyltransferase domain) contains similarity to Interpro domains IPR004971 (mRNA capping enzyme, large subunit), IPR016899 (mRNA (guanine-N(7))-methyltransferase), IPR002296 (N6 adenine-specific DNA methyltransferase, N12 class), IPR013217 (Methyltransferase type 12), IPR013216 (Methyltransferase type 11)
30rle-1M142.6n/achrIII 10,941,254C. elegans RLE-1 protein; contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR000694 (Proline-rich region), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
31haf-8Y57G11C.1n/achrIV 14,696,948The haf-8 gene encodes a homolog of human CHM, which when mutated leads to choroideraemia (OMIM:303100).
32snr-2W08E3.1n/achrI 13,339,794C. elegans SNR-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01423 LSM domain contains similarity to Interpro domains IPR001163 (Like-Sm ribonucleoprotein, core), IPR006649 (Like-Sm ribonucleoprotein, eukaryotic and archaea-type, core), IPR010920 (Like-Sm ribonucleoprotein-related, core)
33T13H5.4T13H5.4n/achrII 8,524,376contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR000690 (Zinc finger, C2H2-type matrin)
34Y37E11B.5Y37E11B.5n/achrIV 3,596,256contains similarity to Pfam domains PF01207 (Dihydrouridine synthase (Dus)) , PF00642 (Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000571 (Zinc finger, CCCH-type), IPR013785 (Aldolase-type TIM barrel), IPR001269 (Dihydrouridine synthase, DuS)
35glt-6R05G6.6n/achrIV 7,505,011glt-6 encodes an ortholog of glutamate/aspartate and neutral amino acid transporters.
36npp-11F53F10.5n/achrI 3,819,703C. elegans NPP-11 protein; contains similarity to Interpro domains IPR003072 (Orphan nuclear receptor, NOR1 type), IPR000104 (Antifreeze protein, type I), IPR001778 (Pollen allergen Poa pIX/Phl pVI, C-terminal), IPR007758 (Nucleoporin, Nsp1-like, C-terminal)
37F21H12.1F21H12.1n/achrII 6,098,704contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
38F54C4.1F54C4.1n/achrIII 88,394contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is mRpL40-PA;; FLYBASE:CG5242
39C07A9.5C07A9.5n/achrIII 9,682,077contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)
40F25B4.5F25B4.5n/achrV 5,680,736contains similarity to Interpro domain IPR003107 (RNA-processing protein, HAT helix)
41eif-3.EB0511.10n/achrI 10,641,393eif-3.E encodes the C. elegans ortholog of the translation initiation factor 3 subunit e (eIF3e/Int-6); by homology, EIF-3.E is predicted to be a component of three different protein complexes, the eIF3 translation initiation factor, the 26S proteasome, and the COP9 signalosome; such association suggests that EIF-3.E may serve as a regulatory factor that coordinates the translational and degradative activities of these various complexes; in C. elegans, large-scale RNAi screens indicate that eif-3.E is required for embryonic, larval, and germline development, as well as proper vulval morphogenesis.
42Y47G7B.2Y47G7B.2n/achrII 2,706,989
43dpy-26C25G4.5n/achrIV 12,448,610dpy-26 encodes a novel, acidic protein that is highly conserved in other Caenorhabditis species; during development, dpy-26 activity is required for both dosage compensation and meiotic chromosome segregation; DPY-26 localizes to all meiotic chromosomes in the germline and to the hermaphrodite X chromosomes in somatic cells; SDC-1, SDC-2, and SDC-3 proteins form a complex and these three proteins, in turn, colocalize with DPY-26, DPY-27, and MIX-1 proteins both on the X chromosome and on a transgenic her-1(+) array.
44F33H2.5F33H2.5n/achrI 15,009,733contains similarity to Pfam domains PF00136 (DNA polymerase family B) , PF03104 (DNA polymerase family B, exonuclease domain) , PF08490 (Domain of unknown function (DUF1744)) contains similarity to Interpro domains IPR006055 (Exonuclease), IPR006172 (DNA-directed DNA polymerase, family B), IPR006133 (DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease), IPR006134 (DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved region), IPR013697 (Region of unknown function DUF1744), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
45C25A1.4C25A1.4n/achrI 10,171,209contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
46arx-7M01B12.3n/achrI 3,069,767arx-7 encodes the C. elegans ortholog of the p16Arc subunit of the actin-related protein (Arp)2/3 complex.
47F44E7.9F44E7.9n/achrV 5,791,637contains similarity to Pfam domain PF07019 Rab5-interacting protein (Rab5ip) contains similarity to Interpro domain IPR010742 (Rab5-interacting)
48mut-15T01C3.8n/achrV 15,003,779C. elegans MUT-15 protein ;
49Y45F10D.7Y45F10D.7n/achrIV 13,792,547Y45F10D.7 encodes a WD40 repeat-containing protein that is the C. elegans ortholog of human WDR36, mutations in which cause primary open angle glaucoma type 1G (GLC1G, OMIM:609887); large-scale RNAi experiments indicate that Y45F10D.7 activity is required for embryonic and larval development; the Saccharomyces cerevisiae homolog of WDR36, Utp21, is a component of the small-subunit (SSU) processome required for formation of 18S rRNA.
50B0261.1B0261.1n/achrI 5,266,041contains similarity to Pfam domain PF00249 Myb-like DNA-binding domain contains similarity to Interpro domains IPR001005 (SANT, DNA-binding), IPR014778 (Myb, DNA-binding), IPR009057 (Homeodomain-like)