UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description                                       
1C07G3.2C07G3.25.0000000000000003e-113chrV 3,524,079contains similarity to Pfam domain PF08719 Domain of unknown function (DUF1768) contains similarity to Interpro domain IPR012816 (Conserved hypothetical protein CHP02464)
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3D2085.7D2085.7n/achrII 8,647,166
4ncs-3K03E6.3n/achrX 1,055,449ncs-3 encodes a neuronal calcium sensor (NCS) protein with no obvious null phenotype.
5skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
6T04F3.2T04F3.2n/achrV 11,758,108contains similarity to Pfam domain PF00086 Thyroglobulin type-1 repeat contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR000716 (Thyroglobulin type-1)
7ser-5F16D3.7n/achrI 8,385,819F16D3.7 encodes a homolog of mammalian alpha-adrenergic receptors that is expressed in vulval and bodywall muscle cells, intestine, and head neurons; heterologously expressed F16D3.7 has no effect on adenylate cyclase signalling; F16D3.7 has no obvious function in RNAi assays of brood size, egg laying, pharyngeal pumping, locomotion, or male mating.
8ptr-8F44F4.4n/achrII 10,891,194ptr-8 encodes a nematode-specific member of the sterol sensing domain (SSD) proteins, distantly paralogous to Drosophila PATCHED (PTC) and human PTCH (OMIM:601309, mutated in basal cell nevus syndrome); PTR-8 is weakly required for normal molting from L4 to adult stages; PTR-8 is also required for normal growth to full size and locomotion; PTR-8 is expressed in hypodermis.
9F47C12.1F47C12.1n/achrIV 4,001,937contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (4), PF00754 (F5/8 type C domain) , PF07645 (Calcium binding EGF domain) (2), PF07699 (GCC2 and GCC3) (3), PF00431 (CUB domain) , PF07974 (EGF-like domain) , PF02494 (HYR domain) (2), PF00084 (Sushi domain (SCR repeat)) (6)contains similarity to Interpro domains IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR003410 (Hyalin), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR008979 (Galactose-binding like), IPR000859 (CUB), IPR011641 (GCC2 and GCC3), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR016060 (Complement control module), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR000421 (Coagulation factor 5/8 type, C-terminal), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR013091 (EGF calcium-binding)
10ZC581.9ZC581.9n/achrI 6,667,794ZC581.9 encodes a serine/threonine protein kinase related to the vertebrate SCY1-like family of protein kinases; loss of ZC581.9 activity in an RNAi-hypersensitive strain results in axon guidance defects indicating that ZC581.9 likely plays a role in regulation of axon navigation.
11ZK1086.2ZK1086.2n/achrX 13,792,979contains similarity to Shewanella oneidensis Hypothetical protein.; TR:Q8EJA6
12F54F7.7F54F7.7n/achrX 11,868,588contains similarity to Pfam domain PF08123 Histone methylation protein DOT1 contains similarity to Interpro domain IPR013110 (Histone methylation DOT1)
13H01M10.1H01M10.1n/achrX 2,579,387
14F32D8.10F32D8.10n/achrV 10,907,944contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000832 (GPCR, family 2, secretin-like), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
15F58H1.4F58H1.4n/achrV 11,937,362contains similarity to Interpro domain IPR006207 (Cystine knot, C-terminal)
16atg-11T08A9.1n/achrX 7,337,446T08A9.1 is orthologous to the human gene LIKELY ORTHOLOG OF MOUSE COILED COIL FORMING PROTEIN 1 (RB1CC1; OMIM:606837), which when mutated leads to disease.
17T23D8.3T23D8.3n/achrI 9,974,837T23D8.3 encodes an ortholog of yeast and human LTV1 that inhibits DHC-1 in vivo; in mass RNAi assays, T23D8.3 is required for embryonic and larval development, normally large brood sizes, and normally fast growth.
18nhr-226T27B7.3n/achrV 2,295,897C. elegans NHR-226 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR000083 (Fibronectin, type I), IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
19T02E1.8T02E1.8n/achrI 8,236,518
20F08G12.3F08G12.3n/achrX 11,301,106contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8I5Q0
21C52A10.2C52A10.2n/achrV 5,235,946contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
22clec-89C09D1.2n/achrI 4,072,314C. elegans CLEC-89 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR003990 (Pancreatitis-associated protein), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
23cyp-23A1B0304.3n/achrII 4,514,151The B0304.3 gene encodes a homolog of the human gene CYP7B1, which when mutated leads to giant cell hepatitis (OMIM:231100).
24tag-151F10G7.1n/achrII 4,711,891C. elegans TAG-151 protein; contains similarity to Pfam domains PF08142 (AARP2CN (NUC121) domain) , PF04950 (Protein of unknown function (DUF663)) contains similarity to Interpro domains IPR012948 (AARP2CN), IPR007034 (Protein of unknown function DUF663)
25ire-1C41C4.4n/achrII 8,118,482ire-1 encodes a transmembrane serine/threonine protein kinase and site-specific endoribonuclease orthologous to Saccharomyces cerevisiae inositol-requiring 1 protein kinase (Ire1) and human endoplasmic reticulum-to-nucleus signaling 1 (ERN1, OMIM:604033); IRE-1 is required for the unfolded protein response (UPR) that counteracts cellular stress induced by accumulation of unfolded proteins in the endoplasmic reticulum (ER); in response to ER stress, IRE-1 cleaves xbp-1 mRNA to produce transcriptionally active XBP-1 that positively regulates UPR gene expression in order to maintain ER homeostasis.
26nhr-176F14H3.11n/achrV 16,072,040C. elegans NHR-176 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
27ZC239.15ZC239.15n/achrII 3,224,089contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
28C49A9.6C49A9.6n/achrIV 6,212,029contains similarity to Pfam domain PF03312 Protein of unknown function, DUF272 contains similarity to Interpro domain IPR004987 (Protein of unknown function DUF272)
29F20D6.5F20D6.5n/achrV 8,163,572contains similarity to Pfam domains PF02958 (Domain of unknown function (DUF227)) , PF07914 (Protein of unknown function (DUF1679)) contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR012877 (Protein of unknown function DUF1679, Caenorhabditis species), IPR004119 (Protein of unknown function DUF227), IPR015897 (CHK kinase-like), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
30T10B10.5T10B10.5n/achrX 15,197,450contains similarity to Pfam domain PF00168 C2 domain contains similarity to Interpro domains IPR008973 (C2 calcium/lipid-binding region, CaLB), IPR000008 (C2 calcium-dependent membrane targeting)
31K04F10.1K04F10.1n/achrI 6,365,571The K04F10.1 gene encodes a homolog of SCA1, which when mutated leads to spinocerebellar ataxia 1 (OMIM:164400).
32irk-3K04G11.5n/achrX 14,356,108C. elegans IRK-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF01007 Inward rectifier potassium channel contains similarity to Interpro domains IPR013521 (Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, conserved region 2), IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR013518 (Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic), IPR001838 (Potassium channel, inwardly rectifying, Kir-like)
33tag-224B0496.8n/achrIV 7,450,248tag-224 encodes an ortholog of Drosophila CG6522-PA and of human LMCD1 and TESTIN; TAG-224 is dispensable for Wnt-directed planar cell polarity and the fully asymmetrical division of B.a versus B.p cells.
34F59A3.1F59A3.1n/achrI 5,525,077F59A3.1 encodes one of two C. elegans carboxypeptidase D homologs; loss of F59A3.1 activity via large-scale RNAi screens in a sensitized, rrf-3 mutant background results in larval lethality, abnormal locomotion, and abnormal morphogenesis of the vulval epithelium resulting in rupture; high-throughput expression studies report F59A3.1 expression in the pharynx only.
35F56F10.2F56F10.2n/achrX 861,193contains similarity to Pfam domain PF00646 F-box domain contains similarity to Interpro domain IPR001810 (Cyclin-like F-box)
36W02B12.9W02B12.9n/achrII 11,470,937contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
37C05D11.5C05D11.5n/achrIII 6,410,742contains similarity to Pfam domain PF01261 Xylose isomerase-like TIM barrel contains similarity to Interpro domains IPR013279 (Apoptosis regulator, Bcl-X), IPR012307 (Xylose isomerase-type TIM barrel), IPR013022 (Xylose isomerase-like, TIM barrel)
38F56F10.3F56F10.3n/achrX 863,092F56F10.3 encodes the C. elegans cysteine dioxygenase ortholog; by homology to mammalian enzymes, the product of F56F10.3 is predicted to function in cysteine catabolism by catalyzing the oxidation of cysteine to cysteine sulfanate.
39ZK265.7ZK265.7n/achrI 8,265,494contains similarity to Drosophila yakuba Salivary glue protein Sgs-3 precursor.; SW:P13728
40B0554.5B0554.5n/achrV 425,501contains similarity to Pfam domain PF05978 Eukaryotic protein of unknown function (DUF895) contains similarity to Interpro domains IPR010291 (Protein of unknown function DUF895, eukaryotic), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
41nhr-100C28D4.1n/achrIV 9,729,825nhr-100 encodes a member of the superfamily of nuclear receptors, which is one of the most abundant class of transcriptional regulators; nuclear receptors have a well conserved DNA binding domain and a less conserved C-terminal ligand binding domain.
42K02E11.7K02E11.7n/achrV 14,253,882contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
43C06E2.1C06E2.1n/achrX 8,873,724contains similarity to Interpro domain IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
44F23A7.5F23A7.5n/achrX 16,233,076contains similarity to Homo sapiens Isoform 3 of Cyclin-L1; VG:OTTHUMP00000173336
45F45E1.2F45E1.2n/achrX 8,003,850
46C39B10.5C39B10.5n/achrX 10,447,468contains similarity to Saccharomyces cerevisiae bZIP protein; transcription factor; SGD:YIR018W
47C11G10.2C11G10.2n/achrX 15,142,124contains similarity to Homo sapiens Thyroid hormone receptor-associated protein complex 240 kDa component; ENSEMBL:ENSP00000262436
48F54B3.2F54B3.2n/achrII 10,269,583contains similarity to Schizosaccharomyces pombe Hypothetical protein.; TR:Q9UT52
49fbxa-10T12B5.3n/achrIII 953,160This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
50C28F5.4C28F5.4n/achrII 7,521,547contains similarity to Pfam domains PF00675 (Insulinase (Peptidase family M16)) , PF05193 (Peptidase M16 inactive domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR001431 (Peptidase M16, zinc-binding site), IPR011765 (Peptidase M16, N-terminal), IPR011237 (Peptidase M16, core), IPR007863 (Peptidase M16, C-terminal), IPR011249 (Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like, metal-binding)