UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1rnh-1.3C04F12.91.0000000000000001e-71chrI 9,710,453C. elegans RNH-1.3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00075 RNase H contains similarity to Interpro domains IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold), IPR002156 (Ribonuclease H)
2sra-25T26E3.9n/achrI 12,687,150C. elegans SRA-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
3ZK836.2ZK836.2n/achrV 12,199,854contains similarity to Pfam domains PF02779 (Transketolase, pyrimidine binding domain) , PF00676 (Dehydrogenase E1 component) contains similarity to Interpro domains IPR011603 (2-oxoglutarate dehydrogenase, E1 component), IPR005475 (Transketolase, central region), IPR001017 (Dehydrogenase, E1 component)
4pgl-2B0523.3n/achrIII 8,672,707pgl-2 encodes a novel protein of 532 amino acids that, in C. elegans, is one of three PGL protein family members; PGL-2 associates with P granules during postembryonic development; PGL-2 interacts with PGL-1, an additional P granule component, in yeast two-hybrid assays, but neither protein is required for proper localization of the other.
5B0495.2B0495.2n/achrII 7,700,550contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR008351 (JNK MAP kinase), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core)
6zim-3T07G12.11n/achrIV 10,559,796zmp-3 encodes a protein with two C-terminal noncanonical C2H2 zinc-fingers whose paralogs include HIM-8, ZIM-1/-2, and C02F5.12; ZIM-3 is specifically required for homolog pairing, synapsis, and segregation of chromosomes I and IV during meiosis; zim-3(tm2303) oocytes ending prophase have ~4 bivalents and ~4 univalents, the latter of which are consistently chromosomes I and IV; ZIM-3 associates with the right end of chromosome I and the left end of chromosome IV, which may indicate an association with their pairing centers; while the C-terminal region of ZIM-3 most closely resembles those of its orthologs in other Caenorhabditis species, its N-terminal region instead most closely resembles those of its paralogs in C. elegans, indicating coevolving, species-specific functions; ZIM-3 foci, like HIM-8 foci, associate with the nuclear envelope during meiotic prophase; zim-3 mutants also have some defective segregation of the X chromosome (yielding a Him phenotype), but this may be an indirect effect of autosomal asynapsis.
7K06B9.2K06B9.2n/achrIV 4,192,443K06B9.2 encodes a putative UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase, paralogous to C36A4.4 and orthologous to human UAP1 (OMIM:602862) and UAP1L1; K06B9.2 is thought to catalyse the fourth step of the hexosamine pathway to UDP-N-acetylglucosamine or UDP-N-acetylgalactosamine; K06B9.2 transcripts are enriched during oogenesis; K06B9.2(RNAi) animals have an osmotically-sensitive embryonic lethal phenotype, presumably because of defects in chitin and eggshell synthesis.
8C50B6.7C50B6.7n/achrV 13,323,656contains similarity to Pfam domains PF02806 (Alpha amylase, C-terminal all-beta domain) , PF00128 (Alpha amylase, catalytic domain) contains similarity to Interpro domains IPR006046 (Glycoside hydrolase family 13), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR006048 (Alpha-amylase, C-terminal all beta), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core), IPR006047 (Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic region), IPR006589 (Glycosyl hydrolase, family 13, subfamily, catalytic region), IPR013780 (Glycosyl hydrolase, family 13, all-beta)
9R11A8.1R11A8.1n/achrIV 10,356,114contains similarity to Homo sapiens Hypothetical protein; ENSEMBL:ENSP00000299601
10H11L12.1H11L12.1n/achrX 17,710,993
11mlt-7ZK430.8n/achrII 4,398,894C. elegans MLT-7 protein; contains similarity to Pfam domains PF01549 (ShK domain-like) , PF03098 (Animal haem peroxidase) contains similarity to Interpro domains IPR010255 (Haem peroxidase), IPR013090 (Phospholipase A2, active site), IPR002007 (Haem peroxidase, animal), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
12fbxa-114Y113G7B.7n/achrV 20,197,592This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
13C41G7.3C41G7.3n/achrI 9,516,858contains similarity to Pfam domains PF00013 (KH domain) , PF03073 (TspO/MBR family) contains similarity to Interpro domains IPR004307 (TspO/MBR-related protein), IPR004087 (K Homology), IPR004088 (K Homology, type 1)
14puf-12ZK945.3n/achrII 10,101,606C. elegans PUF-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF08144 CPL (NUC119) domain contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR001313 (Pumilio RNA-binding region), IPR012959 (CPL), IPR016024 (Armadillo-type fold)
15R52.2R52.2n/achrII 2,127,157contains similarity to Pfam domains PF03564 (Protein of unknown function (DUF1759)) , PF05585 (Protein of unknown function (DUF1758)) contains similarity to Interpro domains IPR009007 (Peptidase aspartic, catalytic), IPR008737 (Protein of unknown function DUF1758), IPR005312 (Protein of unknown function DUF1759), IPR001878 (Zinc finger, CCHC-type)
16K02C4.3K02C4.3n/achrII 8,083,916contains similarity to Pfam domain PF00443 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase contains similarity to Interpro domain IPR001394 (Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2)
17cut-4E04D5.3n/achrII 10,437,905C. elegans CUT-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00100 Zona pellucida-like domain contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
18syp-3F39H2.4n/achrI 8,663,589syp-3 encodes a coiled-coil protein; SYP-3 activity is required during meiosis for chromosome synapsis and chiasma formation, specifically for proper assembly of the central region of the synaptonemal complex; thus, SYP-3 is essential activity is essential for normal embryonic development; immunolocalization studies indicate that SYP-3 is likely a structural component of the central element of the synaptonemal complex.
19bra-2F23H11.1n/achrIII 911,744The bra-2 gene encodes a homolog of the human BMP receptor-associated molecule (BRAM1), paralogous to bra-1, that may act upon the SMA-6 TGF-beta signalling pathway
20C06E8.5C06E8.5n/achrIII 7,003,767contains similarity to Pfam domain PF02886 LBP / BPI / CETP family, C-terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR001124 (Lipid-binding serum glycoprotein)
21T09A5.9T09A5.9n/achrII 7,858,979contains similarity to Pfam domain PF00560 Leucine Rich Repeat contains similarity to Interpro domains IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype), IPR003603 (U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal)
22ptr-2C32E8.8n/achrI 3,791,060ptr-2 encodes an ortholog of Drosophila and human PTCHD3, which defines one of seven paralogous families of sterol sensing domain (SSD) proteins; PTR-2 is required for cytokinesis in somatic cells, but not in the germline (the converse of PTC-1's function); PTR-2 is partially required for normal molting from L4 to adult stages; PTR-2 is also required for normal male tail development, growth to full size, locomotion, and viability.
23math-24C46F9.3n/achrII 1,901,084The C46F9.3 gene encodes a protein with a meprin-associated Traf homology (MATH) domain that may be involved in apoptosis.
24C35D10.6C35D10.6n/achrIII 4,859,975contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
25rad-54W06D4.6n/achrI 9,067,667rad-54 is orthologous to the human gene RAD54 (RAD54L; OMIM:603615), which when mutated leads to disease.
26bath-2F52C6.11n/achrII 1,922,182C. elegans BATH-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) , PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
27C50F7.4C50F7.4n/achrIV 7,729,765contains similarity to Pfam domains PF08442 (ATP-grasp domain) , PF00549 (CoA-ligase) contains similarity to Interpro domains IPR013650 (ATP-grasp fold, succinyl-CoA synthetase-type), IPR005811 (ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase), IPR005809 (Succinyl-CoA synthetase, beta subunit), IPR013815 (ATP-grasp fold, subdomain 1), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR013816 (ATP-grasp fold, subdomain 2), IPR016102 (Succinyl-CoA synthetase-like)
28klc-1M7.2n/achrIV 11,085,048klc-1 encodes one of two C. elegans kinesin light chains; by homology, KLC-1 is predicted to function, along with kinesin-like heavy chains, as part of a multimeric kinesin complex involved in intracellular transport; consistent with this, KLC-1 has been shown to interact with UNC-116/kinesin, KCA-1/kinesin cargo adaptor, and the ARX-2/Arp2/3 complex component in yeast two-hybrid assays; RNAi experiments indicate that klc-1 activity is required for normal embryonic development.
29F35B3.4F35B3.4n/achrX 17,020,129contains similarity to Pfam domain PF01682 DB module contains similarity to Interpro domain IPR002602 (Protein of unknown function DB)
30btb-20F57C2.1n/achrII 14,522,887C. elegans BTB-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
31spo-11T05E11.4n/achrIV 11,123,963spo-11 encodes an ortholog of Spo11p in S. cerevisiae that is required for meiotic DNA recombination, and (in conjunction with CHK-2 and MRE-11) for the localization of RAD-51 to foci in late zygotene/early pachytene nuclei; like its yeast ortholog, SPO-11 is related to a subunit of archaebacterial topoisomerase VI, and probably causes double-stranded DNA breaks through a topoisomerase-like transesterase mechanism; however, unlike Spo11p, SPO-11 is dispensable for homologous synapsis and formation of the synaptonemal complex; SPO-11 is active even in syp-1 mutants where its double-stranded breaks cannot be correctly processed; spo-11 is transcribed in the germline.
32F08G5.1F08G5.1n/achrIV 12,409,650contains similarity to Homo sapiens Putative protein TPRXL; ENSEMBL:ENSP00000322097
33F52H3.4F52H3.4n/achrII 10,041,733contains similarity to Schizosaccharomyces pombe Protein gar2.; SW:P41891
34bir-2C50B8.2n/achrV 13,569,366The bir-2 gene encodes a protein with two BIR domains that may be involved in apoptosis.
35klp-18C06G3.2n/achrIV 7,041,936klp-18 encodes a kinesin motor protein whose motor domain is most similar to that of the Xenopus and human klp2 proteins; loss of klp-18 activity via RNAi indicates that KLP-18 is required for the assembly of a disordered array of acentrosomal (female meiotic) microtubules into an organized, functional, bipolar spindle; in addition, KLP-18 may also play a role in cortex dynamics during post-meiotic development; antibody staining indicates that during meiosis and mitosis (early embryonic) KLP-18 localizes to: 1) spindles, and especially spindle poles, during prometaphase, metaphase, and early anaphase, and 2) the interzone during late anaphase and telophase; in early embryos, KLP-18 is also seen around the nucleus and cell cortex at sites of cell-cell contact; KLP-18 expression in later embryos and larvae is confined to the germ line which, in adults, stains brightly in both distal and proximal regions.
36W06D4.4W06D4.4n/achrI 9,061,846contains similarity to Interpro domain IPR014644 (Protein arginine N-methyltransferase)
37ulp-5K02F2.4n/achrI 6,813,375C. elegans ULP-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF02902 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain contains similarity to Interpro domain IPR003653 (Peptidase C48, SUMO/Sentrin/Ubl1)
38F55A11.7F55A11.7n/achrV 11,785,988contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
39fbxa-151ZC47.7n/achrIII 1,266,254This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
40C05C8.5C05C8.5n/achrV 7,233,733contains similarity to Pfam domain PF00929 Exonuclease contains similarity to Interpro domains IPR013520 (Exonuclease, RNase T and DNA polymerase III), IPR006055 (Exonuclease), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
41mut-14C14C11.6n/achrV 5,659,724mut-14 mutants exhibit germline transposon activation, a deficient response to RNAi, resistance to co-suppression, and transgene desilencing.
42M02D8.2M02D8.2n/achrX 8,739,895
43F02D8.4F02D8.4n/achrV 14,986,177contains similarity to Pfam domain PF00246 Zinc carboxypeptidase contains similarity to Interpro domains IPR000834 (Peptidase M14, carboxypeptidase A), IPR009020 (Proteinase inhibitor, propeptide)
44F59D6.3F59D6.3n/achrV 3,026,073contains similarity to Pfam domain PF00026 Eukaryotic aspartyl protease contains similarity to Interpro domains IPR009007 (Peptidase aspartic, catalytic), IPR001461 (Peptidase A1)
45F49E8.2F49E8.2n/achrIV 7,549,959contains similarity to Interpro domains IPR011767 (Glutaredoxin active site), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
46srsx-26C51E3.1n/achrV 10,149,791C. elegans SRSX-26 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
47ftr-1Y113G7B.4n/achrV 20,192,960This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
48F16A11.2F16A11.2n/achrI 9,391,956contains similarity to Pfam domain PF01139 Uncharacterized protein family UPF0027 contains similarity to Interpro domain IPR001233 (Protein of unknown function UPF0027)
49trm-1ZC376.5n/achrV 14,184,351C. elegans TRM-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF02005 N2,N2-dimethylguanosine tRNA methyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR002905 (N2,N2-dimethylguanosine tRNA methyltransferase)
50set-14R06F6.4n/achrII 10,794,856set-14 encodes a divergent ortholog of human SMYD1 (OMIM:606846), SMYD2 (OMIM:610663), and SYMD3 (OMIM:608783); SET-14 is paralogous to SET-10, SET-18, and SET-30; SET-14 has no obvious function in individual RNAi assays of vulval development, or in mass RNAi assays.