UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C04F12.7C04F12.78e-102chrI 9,696,226contains similarity to Legionella pneumophila CITA.; TR:O54543
2bra-2F23H11.1n/achrIII 911,744The bra-2 gene encodes a homolog of the human BMP receptor-associated molecule (BRAM1), paralogous to bra-1, that may act upon the SMA-6 TGF-beta signalling pathway
3R09E10.6R09E10.6n/achrIV 10,293,542contains similarity to Coturnix coturnix Nectinepsin.; TR:Q90351
4F08H9.2F08H9.2n/achrV 14,460,857contains similarity to Interpro domain IPR004064 (EDG-6 sphingosine 1-phosphate receptor)
5ZK938.1ZK938.1n/achrII 9,830,005contains similarity to Pfam domain PF00149 Calcineurin-like phosphoesterase contains similarity to Interpro domains IPR004843 (Metallophosphoesterase), IPR006186 (Serine/threonine-specific protein phosphatase and bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase)
6nspd-4T23B7.1n/achrII 4,842,734C. elegans NSPD-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF05611 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF780) contains similarity to Interpro domain IPR008498 (Protein of unknown function DUF780, Caenorhabditis species)
7C25A8.1C25A8.1n/achrIV 7,011,175
8ZK1251.1ZK1251.1n/achrIV 9,683,245contains similarity to Pfam domains PF00808 (Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone) , PF00125 (Core histone H2A/H2B/H3/H4) contains similarity to Interpro domains IPR009072 (Histone-fold), IPR007125 (Histone core), IPR002119 (Histone H2A), IPR003958 (Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone)
9F47B8.5F47B8.5n/achrV 14,326,311contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domains IPR002485 (Protein of unknown function DUF13), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000976 (Wilm's tumour protein), IPR003071 (Orphan nuclear receptor, HMR type)
10F44D12.4F44D12.4n/achrIV 10,027,010contains similarity to Interpro domain IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
11col-179C34F6.3n/achrX 11,201,934C. elegans COL-179 protein; contains similarity to Pfam domain PF01391 Collagen triple helix repeat (20 copies) contains similarity to Interpro domains IPR000596 (Cholecystokinin receptor, type A), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
12sss-1F32B6.5n/achrIV 9,893,216C. elegans SSS-1 protein ;
13C02F5.5C02F5.5n/achrIII 8,236,454
14ssq-4T28H11.1n/achrIV 5,017,101C. elegans SSQ-4 protein; contains similarity to Interpro domains IPR013027 (FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase), IPR002952 (Eggshell protein), IPR000817 (Prion protein), IPR000103 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class-II), IPR000158 (Cell division protein FtsZ, N-terminal), IPR013286 (Annexin, type VII)
15T08B2.12T08B2.12n/achrI 6,231,810contains similarity to Equine herpesvirus 1 Glycoprotein X precursor.; SW:Q6S6W0
16R10E9.2R10E9.2n/achrIII 3,963,390contains similarity to Arabidopsis thaliana Hypothetical protein (At2g34570).; TR:Q8GWS9
17gst-9R05F9.5n/achrII 4,892,523gst-9 encodes a predicted glutathione S-transferase; by homology, GST-9 is predicted to play a role in the detoxification of environmental toxins and xenobiotics by transferring glutathione to reactive electrophilic compounds; however, as loss of gst-9 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities, the precise role of GST-9 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
18F21H7.5F21H7.5n/achrV 16,238,153contains similarity to Pfam domain PF00635 MSP (Major sperm protein) domain contains similarity to Interpro domains IPR008962 (PapD-like), IPR000535 (Major sperm protein)
19F37A8.1F37A8.1n/achrIII 3,928,769contains similarity to Rattus norvegicus Myotonic dystrophy kinase-related Cdc42-binding kinase MRCK-beta.; TR:O54875
20ssp-9E03H12.10n/achrIV 4,994,521C. elegans SSP-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF00635 MSP (Major sperm protein) domain contains similarity to Interpro domains IPR008962 (PapD-like), IPR000535 (Major sperm protein)
21C39H7.1C39H7.1n/achrIV 5,632,623contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
22F17E9.5F17E9.5n/achrIV 8,346,163
23T28H11.7T28H11.7n/achrIV 5,015,779contains similarity to Interpro domain IPR004148 (BAR)
24sss-2F47B8.11n/achrV 14,346,480C. elegans SSS-2 protein ;
25ZK484.5ZK484.5n/achrI 6,087,568
26ssp-31ZK1225.6n/achrI 13,219,303C. elegans SSP-31 protein; contains similarity to Pfam domain PF00635 MSP (Major sperm protein) domain contains similarity to Interpro domains IPR008962 (PapD-like), IPR000535 (Major sperm protein)
27ssq-1K07F5.11n/achrIV 9,853,029C. elegans SSQ-1 protein; contains similarity to Interpro domain IPR002952 (Eggshell protein)
28E03H12.5E03H12.5n/achrIV 4,977,628contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR005819 (Histone H5), IPR001946 (Adrenergic receptor, alpha-2A)
29gsp-4T03F1.5n/achrI 3,838,957C. elegans GSP-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00149 Calcineurin-like phosphoesterase contains similarity to Interpro domains IPR004843 (Metallophosphoesterase), IPR006186 (Serine/threonine-specific protein phosphatase and bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase)
30K06A5.2K06A5.2n/achrI 6,468,758contains similarity to Pfam domain PF05884 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF856) contains similarity to Interpro domains IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter), IPR008574 (Protein of unknown function DUF856, Caenorhabditis species)
31R10E4.7R10E4.7n/achrIII 4,295,916contains similarity to Interpro domain IPR015813 (Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase, catalytic core)
32F36A4.3F36A4.3n/achrIV 4,269,952contains similarity to Pfam domain PF05912 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF870) contains similarity to Interpro domain IPR008588 (Protein of unknown function DUF870, Caenorhabditis species)
33nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
34col-19ZK1193.1n/achrX 422,242col-19 encodes a member of the collagen superfamily containing collagen triple helix repeats (20 copies) that is required for normal structure of the alae; expressed during the L2-to-dauer and L4-to-adult molts with strongest expression in adult animals.
35C35D10.2C35D10.2n/achrIII 4,871,376contains similarity to Interpro domain IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
36snf-9C49C3.1n/achrIV 17,313,754C. elegans SNF-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF00209 Sodium:neurotransmitter symporter family contains similarity to Interpro domain IPR000175 (Sodium:neurotransmitter symporter)
37msp-74F09C12.7n/achrII 5,115,201msp-74 encodes a protein that belongs to a family of proteins called the Major Sperm Proteins (MSPs) that is conserved in nematodes; this family consists of closely related, small, basic proteins that make up 15% of sperm protein; this multigene family consists of over fifty genes, including many pseudogenes; MSPs are involved in both extracellular signaling and cytoskeletal functions during reproduction-MSP antagonizes Eph/ephrin signaling, in part, by binding VAB-1 Eph receptor tyrosine kinase on oocytes and sheath cells to promote oocyte maturation and MAPK activation; MSPs assemble into fibrous networks that drive movement of the C. elegans sperm; msp genes are expressed only in late primary spermatocytes.
38scl-22T05A10.5n/achrX 10,790,085C. elegans SCL-22 protein; contains similarity to Pfam domain PF00188 SCP-like extracellular protein contains similarity to Interpro domains IPR014044 (SCP-like extracellular), IPR002413 (Ves allergen), IPR001283 (Allergen V5/Tpx-1 related)
39T23B3.5T23B3.5n/achrI 6,705,973contains similarity to Interpro domains IPR003993 (Treacher Collins syndrome, treacle), IPR015425 (Actin-binding FH2), IPR000694 (Proline-rich region), IPR005819 (Histone H5)
40ssq-2T28H11.5n/achrIV 4,996,828C. elegans SSQ-2 protein; contains similarity to Interpro domains IPR003982 (Leukotriene B4 type 2 receptor), IPR001399 (VP6 blue-tongue virus inner capsid protein)
41ivd-1C02B10.1n/achrIV 5,087,748The C02B10.1 gene encodes an isovaleryl-CoA dehydrogenase; this function has been verified by both sequence homology and direct biochemical assay.
42Y106G6A.4Y106G6A.4n/achrI 9,931,412contains similarity to Homo sapiens Splice isoform 3 of Q99963 SH3-containing GRB2-like protein 3; ENSEMBL:ENSP00000321799
43C45G9.4C45G9.4n/achrIII 5,063,224contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR005819 (Histone H5)
44B0238.9B0238.9n/achrV 5,276,818contains similarity to Aedes aegypti Putative uncharacterized protein.; TR:Q16RM2
45W06H3.1W06H3.1n/achrV 16,791,022contains similarity to Mus musculus 16 days embryo heart cDNA, RIKEN full-length enriched library,sclone:I920192H21 product:inner membrane protein, mitochondrial, fullsinsert sequence.; TR:Q3TEY5
46F46H5.5F46H5.5n/achrX 7,256,401
47msp-32R05F9.3n/achrII 4,898,889msp-32 encodes a protein that belongs to a family of proteins called the Major Sperm Proteins (MSPs) that is conserved in nematodes; msp-32 has a C. briggsae homolog as predicted by the Wobble Aware Bulk Aligner (WABA); the msp family consists of closely related, small, basic proteins that make up 15% of sperm protein; this multigene family consists of over fifty genes, including many pseudogenes; MSPs are involved in both extracellular signaling and cytoskeletal functions during reproduction-MSP antagonizes Eph/ephrin signaling, in part, by binding VAB-1 Eph receptor tyrosine kinase on oocytes and sheath cells to promote oocyte maturation and MAPK activation; MSPs assemble into fibrous networks that drive movement of the C. elegans sperm; msp genes are expressed only in late primary spermatocytes.
48ZC317.6ZC317.6n/achrV 5,467,199
49C24D10.2C24D10.2n/achrIV 5,163,991contains similarity to Interpro domain IPR000079 (High mobility group protein HMG14 and HMG17)
50ssp-11T28H11.6n/achrIV 4,999,632C. elegans SSP-11 protein; contains similarity to Pfam domain PF00635 MSP (Major sperm protein) domain contains similarity to Interpro domains IPR008962 (PapD-like), IPR000535 (Major sperm protein)