UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1nhr-147C03G6.80chrV 7,347,394C. elegans NHR-147 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
2nhr-266F56H1.2n/achrI 5,738,931C. elegans NHR-266 protein; contains similarity to Pfam domains PF02206 (Domain of unknown function) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR003125 (Protein of unknown function WSN)
3srb-1C27D6.10n/achrII 5,170,361C. elegans SRB-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF02175 C.elegans integral membrane protein Srb contains similarity to Interpro domain IPR002184 (Serpentine beta receptor)
4srbc-11C18B10.1n/achrV 7,494,565C. elegans SRBC-11 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
5F26A1.6F26A1.6n/achrIII 4,816,522contains similarity to Lumbricus rubellus Amine oxidase-like protein (Fragment).; TR:Q94610
6T25F10.4T25F10.4n/achrV 6,761,420contains similarity to Interpro domain IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding)
7F59D6.4F59D6.4n/achrV 3,030,897contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
8B0496.1B0496.1n/achrIV 7,446,888contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ), IPR000210 (BTB/POZ-like)
9C56A3.3C56A3.3n/achrV 13,533,300C56A3.3 encodes a homolog of the functionally active Fmrf Receptor (FR; CG2114) of D. melanogaster; it is thus possible that C56A3.3 is a receptor for one of the FMRF-like neurotransmitters in C. elegans (e.g., FLP-1 through FLP-12).
10Y1A5A.2Y1A5A.2n/achrIII 3,984,495contains similarity to Corynebacterium efficiens Putative nitrate transport protein.; TR:Q8FPW8
11fbxb-38C33C12.5n/achrII 2,168,256This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
12nhr-79T26H2.90.0000001chrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
13nhr-159C17E7.71.9999999999999997e-19chrV 3,876,286C. elegans NHR-159 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
14D2089.3D2089.3n/achrII 10,663,519contains similarity to Homo sapiens hypothetical protein LOC150383; ENSEMBL:ENSP00000325301
15srx-19T05A12.1n/achrIV 6,874,033C. elegans SRX-19 protein ;
16T25D1.2T25D1.2n/achrX 16,516,558contains similarity to Pfam domain PF06869 Protein of unknown function (DUF1258) contains similarity to Interpro domains IPR009667 (Protein of unknown function DUF1258), IPR011332 (Ribosomal protein, zinc-binding)
17F40A3.7F40A3.7n/achrV 7,897,725contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
18C53C11.2C53C11.2n/achrX 17,337,870
19him-14ZK1127.11n/achrII 7,067,448him-14 encodes a germline-specific member of the MutS family of DNA mismatch repair (MMR) proteins that is orthologous to human MSH4 and Saccharomyces cerevisiae Msh4p; during the pachytene stage of meiosis, HIM-14 activity is required for promoting crossing over between homologous chromosomes and thus, for chiasmata formation and proper chromosome segregation; in contrast, HIM-14 activity does not appear to be required for mismatch repair, nor for chromosome pairing or synapsis; him-14 mRNA expression is detected exclusively in the germline.
20K02E2.1K02E2.1n/achrV 20,348,590contains similarity to Salmo salar NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 (EC 1.6.5.3).; SW:NU2M_SALSA
21C02B10.6C02B10.6n/achrIV 5,071,570contains similarity to Pfam domain PF00102 Protein-tyrosine phosphatase contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR016130 (Protein-tyrosine phosphatase, active site), IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase)
22insc-1F43E2.3n/achrII 7,361,541C. elegans INSC-1 protein; contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR000225 (Armadillo), IPR016024 (Armadillo-type fold)
23F28D1.8F28D1.8n/achrIV 12,388,613contains similarity to Interpro domains IPR000104 (Antifreeze protein, type I), IPR007110 (Immunoglobulin-like), IPR001778 (Pollen allergen Poa pIX/Phl pVI, C-terminal), IPR003599 (Immunoglobulin subtype)
24srsx-36T26E4.15n/achrV 15,808,853C. elegans SRSX-36 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
25T18D3.5T18D3.5n/achrX 12,464,020contains similarity to Streptococcus pneumoniae Com protein (Fragment).; TR:Q9RIM4
26nhr-223T26E4.8n/achrV 15,796,934C. elegans NHR-223 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
27C08G5.6C08G5.6n/achrII 771,341
28str-204F10D2.1n/achrV 7,160,334C. elegans STR-204 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
29C53B4.1C53B4.1n/achrIV 8,969,350contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005829 (Sugar transporter, conserved site), IPR005828 (General substrate transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
30R10D12.6R10D12.6n/achrV 13,949,458contains similarity to Pfam domain PF01679 Uncharacterized protein family UPF0057 contains similarity to Interpro domain IPR000612 (Protein of unknown function UPF0057)
31F55A4.4F55A4.4n/achrX 1,025,409contains similarity to Pfam domain PF00035 Double-stranded RNA binding motif contains similarity to Interpro domains IPR001159 (Double-stranded RNA binding), IPR014720 (Double-stranded RNA-binding-like)
32F33H2.8F33H2.8n/achrI 15,032,079contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8IBJ6
33W03G1.8W03G1.8n/achrIV 527,981
34str-63C17B7.1n/achrV 3,352,167C. elegans STR-63 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
35R07A4.4R07A4.4n/achrX 10,753,200contains similarity to Pfam domain PF00024 PAN domain contains similarity to Interpro domains IPR000884 (Thrombospondin, type I), IPR003609 (Apple-like), IPR003014 (N/apple PAN), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
36sre-14C42C1.1n/achrIV 12,260,640C. elegans SRE-14 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR000326 (Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase), IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)
37sre-6F28H7.9n/achrV 10,761,699C. elegans SRE-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)
38F14F9.6F14F9.6n/achrV 5,148,306
39lgc-20B0491.4n/achrII 11,341,749C. elegans LGC-20 protein; contains similarity to Interpro domains IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding)
40math-50ZK250.8n/achrII 1,957,153math-50 encodes a protein which has a meprin-associated Traf homology (MATH) domain and may be involved in apoptosis.
41F40H6.2F40H6.2n/achrIII 6,042,332
42F55B12.2F55B12.2n/achrV 13,816,154contains similarity to Pfam domain PF04590 Protein of unknown function, DUF595 contains similarity to Interpro domain IPR007669 (Protein of unknown function DUF595)
43Y116A8C.5Y116A8C.5n/achrIV 16,925,748Y116A8C.5 encodes a neprilysin; neprilysins are thermolysin-like zinc metallopeptidases, found on the outer surface of animal cells, that negatively regulate small signalling peptides (e.g., enkephalin, tachykinin, insulin, and natriuretic peptides) by cleaving them; Y116A8C.5 has no clear orthologs in other organisms.
44srg-39T19C4.2n/achrV 11,151,861C. elegans SRG-39 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
45bbs-2F20D12.3n/achrIV 7,935,876bbs-2 is orthologous to human BBS2 (OMIM:606151, mutated in Bardet-Biedl syndrome 2); while the function of BBS-2 is unknown, it shares conserved domains with its human paralogs BBS1 and BBS7, which also are mutated in other Bardet-Biedl syndromes.
46C10A4.1C10A4.1n/achrX 7,417,182contains similarity to Pfam domain PF05699 hAT family dimerisation domain contains similarity to Interpro domain IPR008906 (HAT dimerisation)
47srv-6C52B9.5n/achrX 4,258,053C. elegans SRV-6 protein ;
48C17A2.2C17A2.2n/achrII 3,847,228contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
49F42G2.6F42G2.6n/achrII 2,428,176contains similarity to Pfam domain PF00046 Homeobox domain contains similarity to Interpro domains IPR012287 (Homeodomain-related), IPR000533 (Tropomyosin), IPR001356 (Homeobox), IPR009057 (Homeodomain-like)
50hyl-2K02G10.6n/achrX 4,698,095hyl-2 encodes a predicted transmembrane protein that is related to Saccharomyces cerevisiae LAG1 (longevity assurance gene), a protein preferentially expressed in young yeasts; by homology, HYL-2 is predicted to have several possible functions, including regulation of lipid, particularly ceramide, biosynthesis, regulation of lipid transport, and regulation of protein translocation in the endoplasmic reticulum ; however, as loss of hyl-2 activity via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any obvious abnormalities, the precise role of hyl-2 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.