UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C03G6.6C03G6.61e-174chrV 7,358,148contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domain IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3bra-2F23H11.1n/achrIII 911,744The bra-2 gene encodes a homolog of the human BMP receptor-associated molecule (BRAM1), paralogous to bra-1, that may act upon the SMA-6 TGF-beta signalling pathway
4C32F10.4C32F10.4n/achrI 5,809,249
5C36C5.12C36C5.12n/achrV 3,158,933contains similarity to Pfam domain PF01579 Domain of unknown function DUF19 contains similarity to Interpro domains IPR016638 (Uncharacterised conserved protein UPF0376), IPR002542 (Protein of unknown function DUF19)
6C05D11.13C05D11.13n/achrIII 6,443,485contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG2839-PA;; FLYBASE:CG2839
7srh-193F47D2.9n/achrV 4,289,288C. elegans SRH-193 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
8srw-33T26H5.5n/achrV 15,450,551C. elegans SRW-33 protein; contains similarity to Pfam domain PF06976 Protein of unknown function (DUF1300) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR010726 (Protein of unknown function DUF1300), IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
9col-116F17E9.1n/achrIV 8,357,297C. elegans COL-116 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
10ncx-9C13D9.8n/achrV 4,993,269ncx-9 encodes a putative Na[+]/Ca[2+] exchanger of uncertain stoichiometry and affinity, orthologous to human SLC24A6 and paralogous to NCX-6/-8 and NCX-10; NCX-9 may function intracellularly; NCX-9 has tandem Calx-alpha domains predicted to carry out ion transport; NCX-9 has no obvious function in mass RNAi assays.
11F49H6.5F49H6.5n/achrV 17,024,380The F49H6.5 gene encodes a homolog of the human gene MOCS1A, which when mutated leads to molybdenum cofactor deficiency (OMIM:252150).
12srbc-20C45H4.11n/achrV 2,147,858C. elegans SRBC-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
13skr-5F47H4.10n/achrV 17,348,283The skr-5 gene encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae that has no known function in vivo, since skr-5(RNAi) animals are at least superficially normal.
14ttr-2K03H1.4n/achrIII 9,928,259K03H1.4 encodes a protein containing a predicted signal sequence followed by a transthyretin-like domain; the product of K03H1.4 belongs to a family of apparently nematode-specific proteins whose function is not yet known.
15C13A2.6C13A2.6n/achrV 7,271,247contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
16C31B8.4C31B8.4n/achrV 2,897,526contains similarity to Homo sapiens cDNA FLJ77065, highly similar to Homo sapiens golgi autoantigen, golgin subfamily a, 4 (GOLGA4), mRNA; ENSEMBL:ENSP00000349305
17W03F11.1W03F11.1n/achrI 2,220,892W03F11.1 encodes a protein with three chitin-binding peritrophin-A domains; like CEJ-1 and CPG-2, W03F11.1 may participate in eggshell synthesis and early embryonic development; W03F11.1 is required for fertility in mass RNAi assays; W03F11.1's multiple peritrophin-A domains might enable mechanical cross-linking of chitin.
18str-182C12D8.12n/achrV 10,232,595C. elegans STR-182 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
19C13A2.3C13A2.3n/achrV 7,283,523contains similarity to Pfam domain PF03269 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF268 contains similarity to Interpro domain IPR004951 (Protein of unknown function DUF268, Caenorhabditis species)
20C11D2.1C11D2.1n/achrIV 6,191,401
21spp-20K04A8.8n/achrV 6,557,433C. elegans SPP-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF05184 Saposin-like type B, region 1 contains similarity to Interpro domains IPR011001 (Saposin-like), IPR007856 (Saposin-like type B, 1), IPR008139 (Saposin B)
22old-2ZK938.5n/achrII 9,848,462old-2 encodes a transmembrane protein tyrosine kinase (also known as 'kin-28') that affects mean and maximum life span with multiple paralogs in C. elegans; the expression of old-2 was experimentally verified by RT-PCR.
23D1086.7D1086.7n/achrV 14,084,866contains similarity to Synechocystis sp Hypothetical protein slr1028.; TR:P73139
24fbxa-162C08E3.5n/achrII 1,608,500This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
25T19D12.3T19D12.3n/achrII 6,660,581
26tag-38B0222.4n/achrV 9,145,742C. elegans TAG-38 protein; contains similarity to Pfam domains PF00282 (Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain) , PF00266 (Aminotransferase class-V) contains similarity to Interpro domains IPR002129 (Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase), IPR015424 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region), IPR006025 (Peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site), IPR000192 (Aminotransferase, class V/Cysteine desulphurase), IPR015421 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1)
27C17B7.4C17B7.4n/achrV 3,339,687contains similarity to Pfam domain PF01579 Domain of unknown function DUF19 contains similarity to Interpro domains IPR016638 (Uncharacterised conserved protein UPF0376), IPR003559 (Cytolethal distending toxin C), IPR002542 (Protein of unknown function DUF19)
28Y57G11C.20Y57G11C.20n/achrIV 14,844,297contains similarity to Interpro domain IPR000003 ()
29C07D10.1C07D10.1n/achrII 7,399,714contains similarity to Pfam domain PF00646 F-box domain contains similarity to Interpro domain IPR001810 (Cyclin-like F-box)
30ZC196.2ZC196.2n/achrV 8,740,693contains similarity to Pfam domain PF00635 MSP (Major sperm protein) domain contains similarity to Interpro domains IPR008962 (PapD-like), IPR000535 (Major sperm protein)
31F48G7.2F48G7.2n/achrV 637,034
32dhs-26ZK816.5n/achrX 3,361,621dhs-26 encodes a short-chain dehydrogenase predicted to be mitochondrial.
33C43F9.4C43F9.4n/achrIV 10,588,322
34uev-2F56D2.4n/achrIII 5,583,632uev-2 encodes a ubiquitin-conjugating enzyme (UBC or E2) variant that contains the characteristic UBC motif, but lacks the critical active-site cysteine residue necessary for catalytic activity; as loss of UEV-2 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of UEV-2 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; based on similarity to Saccharomyces cerevisiae and human proteins, however, UEV-2 may play a role in cell cycle control or response to stress or DNA damage.
35ttr-5C40H1.5n/achrIII 9,330,525C40H1.5 encodes a protein containing a predicted signal sequence followed by a transthyretin-like domain; the product of C40H1.5 belongs to a family of apparently nematode-specific proteins whose function is not yet known.
36col-114D2024.8n/achrIV 7,246,056C. elegans COL-114 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
37T14B4.8T14B4.8n/achrII 6,720,967
38grl-23E02A10.2n/achrV 12,576,078grl-23 encodes a hedgehog-like protein, with (from N- to C-terminus) a signal sequence, a glycine-rich low-complexity region, a Ground-like (Grl) domain, and an acid-rich low-complexity region; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
39C06E4.8C06E4.8n/achrIV 7,284,853contains similarity to Interpro domain IPR009057 (Homeodomain-like)
40ocr-3T10B10.7n/achrX 15,171,101ocr-3 encodes a predicted TRPV channel (transient receptor potential cation channel, subfamily V) containing six membrane-spanning regions, cytoplasmic ankyrin repeats, and a long, unconserved cytoplasmic tail that is related to the mammalian TRPV1 cation channel (OMIM:602076) activated by capsaicin and other noxious stimuli; although the precise role of OCR-3 in C. elegans development and/or behavior is not yet known, OCR-3 expression is detected solely in the rectal gland cells and occasionally the glial socket cells of the head, suggesting that OCR-3 may function in sensory signal transduction in these cell types.
41F43H9.4F43H9.4n/achrV 8,027,713contains similarity to Interpro domain IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
42C45B2.3C45B2.3n/achrX 6,083,106
43scl-2F49E11.10n/achrIV 13,058,350C. elegans SCL-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00188 SCP-like extracellular protein contains similarity to Interpro domains IPR014044 (SCP-like extracellular), IPR002413 (Ves allergen), IPR001283 (Allergen V5/Tpx-1 related)
44ttr-1K03H1.6n/achrIII 9,929,635ttr-1 encodes a protein containing a predicted signal sequence followed by a transthyretin-like domain; although TTR-1 belongs to a family of apparently nematode-specific proteins whose function is not yet known, loss of ttr-1 function via RNAi can result in enhanced dauer formation and daf-16-dependent lifespan extension.
45mef-2W10D5.1n/achrI 9,097,999mef-2 encodes a transcription factor that is the sole C. elegans member of the MEF2 subgroup of MADS box transcription factors; loss of mef-2 activity does not result in a strong visible phenotype, although mef-2 mutant adults are slightly dumpy (Dpy); in vitro, MEF-2 is able to bind a consensus MEF2 DNA binding site and interact with the class II histone deacetylase encoded by C10E2.3 (hda-4/hda-7); mef-2 mRNA is detected at all stages of development and expression of mef-2 reporter gene fusions begins in neurons during late embryogenesis and continues in all tissues throughout postembryonic development; mef-2 mutations do not appear to interact with mutations in other myogenic factors such as hlh-1, hlh-8, pha-1, and unc-120.
46F31E3.6F31E3.6n/achrIII 6,982,722
47F26G1.3F26G1.3n/achrII 4,759,013F26G1.3 encodes a protein containing a transthyretin-like domain; the product of F26G1.3 belongs to a family of apparently nematode-specific proteins whose function is not yet known.
48fbxa-164C08E3.7n/achrII 1,613,450This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
49ins-11C17C3.4n/achrII 5,556,897ins-11 encodes an insulin-like peptide of the insulin superfamily of proteins (OMIM:176730, 147440); INS-11 is one of 38 insulin-like peptides in C. elegans and is expressed in the labial sensory neurons, the nerve ring, and other neurons; although the precise role of INS-11 in C. elegans development is not yet clear, loss of INS-11 function via RNA-mediated interference can result in animals that are smaller than wild type (Sma).
50srw-120K12D9.5n/achrV 2,995,551C. elegans SRW-120 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)