UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1cyp-35A2C03G6.150chrV 7,363,242C. elegans CYP-35A2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV)
2K06A5.6K06A5.6n/achrI 6,465,004contains similarity to Pfam domains PF08028 (Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain) , PF02770 (Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain) , PF00441 (Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain) , PF02771 (Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR013107 (Acyl-CoA dehydrogenase, type 2, C-terminal), IPR006090 (Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, type 1), IPR013786 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal), IPR006091 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, central region), IPR006089 (Acyl-CoA dehydrogenase, conserved site), IPR013764 (Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, type1/2, C-terminal), IPR009100 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, middle and N-terminal), IPR006092 (Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal)
3ugt-21C33A12.6n/achrIV 9,501,385C. elegans UGT-21 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
4B0272.3B0272.3n/achrX 9,432,002contains similarity to Pfam domains PF00725 (3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain) , PF02737 (3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR013328 (Dehydrogenase, multihelical), IPR008927 (6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal-like), IPR006176 (3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding), IPR006168 (NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase), IPR006108 (3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal), IPR006180 (3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, conserved site), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR006036 (Potassium uptake protein TrkA)
5tag-257F46G11.3n/achrX 5,784,865C. elegans TAG-257 protein; contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
6nuo-1C09H10.3n/achrII 11,099,005nuo-1 encodes a encodes a 51 kDa subunit of mitochondrial complex I that is required for oxidative phosphorylation, resistance to volatile anesthetics, and progression through development; nuo-1 is orthologous to human NDUFV1 (OMIM:161015, mutated in Leigh syndrome); nuo-1(ua1) induces a developmental arrest at the third larval (L3) stage that blocks reproduction, and thus is lethal to a population homozygous for nuo-1(ua1); yet arrested L3 nuo-1(ua1) animals have an individual lifespan significantly longer than normal.
7C05D11.1C05D11.1n/achrIII 6,438,225contains similarity to Pfam domains PF00675 (Insulinase (Peptidase family M16)) , PF05193 (Peptidase M16 inactive domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR011765 (Peptidase M16, N-terminal), IPR011237 (Peptidase M16, core), IPR007863 (Peptidase M16, C-terminal), IPR011249 (Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like, metal-binding)
8ugt-48C18C4.3n/achrV 5,546,863C. elegans UGT-48 protein; contains similarity to Pfam domains PF04101 (Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain) , PF00201 (UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase) contains similarity to Interpro domains IPR001412 (Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site), IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase), IPR007235 (Glycosyl transferase, family 28, C-terminal)
9frs-2F22B5.9n/achrII 8,465,894C. elegans FRS-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF03483 (B3/4 domain) , PF03484 (tRNA synthetase B5 domain) contains similarity to Interpro domains IPR009061 (Putative DNA binding), IPR004531 (Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, beta subunit, archae/euk cytosolic), IPR005146 (B3/B4 tRNA-binding domain), IPR005147 (tRNA synthetase, B5)
10nud-1F53A2.4n/achrIII 13,341,947nud-1 encodes the C. elegans ortholog of the Aspergillus nidulans nudC, which mediates nuclear migration along Aspergillus hyphae.
11C29F7.2C29F7.2n/achrX 13,417,071contains similarity to Pfam domains PF02958 (Domain of unknown function (DUF227)) , PF07914 (Protein of unknown function (DUF1679)) contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR012877 (Protein of unknown function DUF1679, Caenorhabditis species), IPR004119 (Protein of unknown function DUF227), IPR015897 (CHK kinase-like)
12gst-42D1053.1n/achrX 11,727,007gst-42 is orthologous to the human gene GLUTATHIONE TRANSFERASE ZETA-1 (also known as MALEYLACETOACETATE ISOMERASE; GSTZ1; OMIM:603758), which when mutated is thought to lead to a variety of type I tyrosinemia.
13ZK856.5ZK856.5n/achrV 10,187,411contains similarity to Pfam domain PF00149 Calcineurin-like phosphoesterase contains similarity to Interpro domain IPR004843 (Metallophosphoesterase)
14coq-8C35D10.4n/achrIII 4,865,152coq-8 encodes a putative protein kinase orthologous to ABC1 (COQ8) from S. cerevisiae and UbiB from E. coli, and paralogous to C. elegans D2023.6 and its (uncharacterized) eukaryotic orthologs; COQ-8 is required for ubiquinone (coenzyme Q9) biosynthesis and for normally short lifespan; alternative hypotheses for COQ-8's biochemical function are that it is a 2-polyprenylphenol 6-hydroxylase, or that it may activate proteins necessary for monooxygenase activity via phosphorylation; coq-8 is expressed in several tissues during larval development, but in later adult life its expression is restricted to neurons; coq-8 mutants have slowed pharyngeal pumping, and eventually arrest as paralysed larvae before dying; coq-8(RNAi) animals have reduced levels of coenzyme Q9 and superoxide, and have abnormally long lifespans; coq-8 mutants are not rescued by dietary coenzyme Q.
15fbxa-64T28A11.21n/achrV 3,277,607This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
16hum-5T02C12.1n/achrIII 4,032,950C. elegans HUM-5 protein; contains similarity to Pfam domains PF00612 (IQ calmodulin-binding motif) , PF06017 (Myosin tail) , PF00063 (Myosin head (motor domain)) contains similarity to Interpro domains IPR010926 (Myosin tail 2), IPR000048 (IQ calmodulin-binding region), IPR001609 (Myosin head, motor region)
17F52D1.1F52D1.1n/achrX 463,783contains similarity to Pfam domain PF01055 Glycosyl hydrolases family 31 contains similarity to Interpro domains IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR000322 (Glycoside hydrolase, family 31)
18ZK1307.8ZK1307.8n/achrII 9,625,448contains similarity to Pfam domains PF07915 (Glucosidase II beta subunit-like protein) , PF00036 (EF hand) contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR001907 (Peptidase S14, ClpP), IPR002172 (Low density lipoprotein-receptor, class A, cysteine-rich), IPR009011 (Mannose-6-phosphate receptor, binding), IPR000886 (Endoplasmic reticulum, targeting sequence), IPR012913 (Glucosidase II beta subunit-like)
19ugt-1AC3.7n/achrV 10,396,677C. elegans UGT-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
20lgc-50T20B12.9n/achrIII 7,393,409C. elegans LGC-50 protein; contains similarity to Pfam domains PF02931 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain) , PF02932 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region) contains similarity to Interpro domains IPR002289 (Gamma-aminobutyric-acid A receptor, beta subunit), IPR006028 (Gamma-aminobutyric acid A receptor), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding), IPR006029 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region)
21ddb-1M18.5n/achrIV 12,117,957M18.5 is orthologous to the human gene DAMAGE-SPECIFIC DNA BINDING PROTEIN 1 (127KD) (DDB1; OMIM:600045), which when mutated leads to disease.
22B0286.3B0286.3n/achrII 4,371,091contains similarity to Pfam domains PF01259 (SAICAR synthetase) , PF00731 (AIR carboxylase) contains similarity to Interpro domains IPR001636 (SAICAR synthetase), IPR000031 (1-(5-Phosphoribosyl)-5-amino-4-imidazole-carboxylate (AIR) carboxylase), IPR013816 (ATP-grasp fold, subdomain 2)
23F55E10.6F55E10.6n/achrX 8,345,470contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
24F25B4.1F25B4.1n/achrV 5,713,763F25B4.1 is orthologous to the human gene GLYCINE CLEAVAGE SYSTEM T-PROTEIN (AMT; OMIM:238310), which when mutated leads to glycine encephalopathy.
25M03B6.1M03B6.1n/achrX 13,842,218
26nhr-68H12C20.3n/achrV 11,574,552C. elegans NHR-68 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
27pcp-2F23B2.12n/achrIV 9,162,862C. elegans PCP-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF05577 Serine carboxypeptidase S28 contains similarity to Interpro domains IPR008758 (Peptidase S28), IPR000258 (Bacterial ice-nucleation proteins octamer repeat)
28K04A8.1K04A8.1n/achrV 6,567,604contains similarity to Pfam domain PF03269 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF268 contains similarity to Interpro domain IPR004951 (Protein of unknown function DUF268, Caenorhabditis species)
29F25E5.1F25E5.1n/achrV 7,468,526contains similarity to Interpro domain IPR009091 (Regulator of chromosome condensation/beta-lactamase-inhibitor protein II)
30K04A8.10K04A8.10n/achrV 6,569,901contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
31M88.2M88.2n/achrIII 4,541,915contains similarity to Aedes aegypti Mitochondrial ribosomal protein, S34, putative.; TR:Q17JQ1
32irs-1R11A8.6n/achrIV 10,370,700irs-1 encodes a predicted cytoplasmic isoleucyl-tRNA synthetase (IleRS), an aminoacyl-tRNA synthetase that catalyzes the attachment of isoleucine to its cognate tRNA and is thus required for protein biosynthesis; loss of irs-1 activity via RNA-mediated interference (RNAi) results in sterility, embryonic lethality, and slower rates of growth, indicating that IRS-1 is essential for development.
33pas-4C36B1.4n/achrI 8,727,906pas-4 encodes a proteasome alpha-type seven subunit of the core 20S proteasome subcomplex; loss of pas-4 activity via RNAi results in a wide variety of defects including embryonic and larval lethality, sterility, abnormal locomotion, slow growth, and abnormal transgene expression and subcellular localization; loss of pas-4 activity also results in activation of SKN-1, a transcription factor required in adult worms for the acute response to oxidative stress and maternally for embryonic development.
34C26E6.6C26E6.6n/achrIII 4,936,354contains similarity to Pfam domain PF00297 Ribosomal protein L3 contains similarity to Interpro domains IPR009000 (Translation elongation and initiation factors/Ribosomal, beta-barrel), IPR000597 (Ribosomal protein L3)
35dpy-20T22B3.1n/achrIV 11,698,305dpy-20 encodes a BED zinc finger protein, with no known homologs outside of nematodes, that is required for normal body morphology.
36kqt-2M60.5n/achrX 8,244,691kqt-2 encodes one of three C. elegans KCNQ-like potassium channel subunits for which mutations in humans are associated with heredity diseases that affect epithelial cells, cardiac muscle and neurons; a KQT-2::GFP fusion protein is expressed exclusively in the intestine.
37K10D11.6K10D11.6n/achrIV 12,988,061contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
38H23N18.4H23N18.4n/achrV 4,902,178contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
39tsfm-1F55C5.5n/achrV 12,270,895F55C5.5 encodes a translational elongation factor Ts (EF-Ts) that binds two different EF-Tu proteins (EF-TU1/Y71H2AM.23 and EF-TU2/C43E11.4) in vitro, stimulating guanine-nucleotide exchange and mRNA translation; F55C5.5 is predicted to be mitochondrial and has a putative N-terminal transit peptide sequence; F55C5.5 is required in mass RNAi assays for normally rapid growth and for maintenance of the germline.
40F10F2.2F10F2.2n/achrIII 4,631,042contains similarity to Pfam domains PF02769 (AIR synthase related protein, C-terminal domain) (2), PF00586 (AIR synthase related protein, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR016188 (PurM, N-terminal-like), IPR001220 (Legume lectin, beta domain), IPR000728 (AIR synthase related protein), IPR010073 (Phosphoribosylformylglycinamidine synthase, eukaryotes and proteobacteria), IPR010918 (AIR synthase related protein, C-terminal), IPR002016 (Haem peroxidase, plant/fungal/bacterial)
41cdr-2C54D10.1n/achrV 12,415,171C. elegans CDR-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00043 Glutathione S-transferase, C-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR004046 (Glutathione S-transferase, C-terminal), IPR010987 (Glutathione S-transferase, C-terminal-like)
42gly-13B0416.6n/achrX 9,295,081gly-13 encodes an experimentally verified UDP-N-acetylglucosamine alpha-3-D-mannoside beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase I (GnT I), that is the primary GnT I enzyme in vivo, and that can act on unusual substrates; gly-13 is expressed throughout development in many cell types; gly-13 has no obvious function in vivo, since a deletion allele of gly-13 is phenotypically normal even as a double or triple mutant with gly-12 and gly-14.
43cln-3.1F07B10.1n/achrV 11,264,600cln-3.1 encodes a predicted transmembrane protein that comprises one of three C. elegans homologs of human CLN3, (OMIM:607042, mutations are associated with Batten disease (also known as juvenile neuronal ceroid lipofuscinosis), a recessively inherited childhood neurodegenerative lysosomal storage disease); as loss of cln-3.1 activity via deletion mutation results in no obvious abnormalities, the precise role of cln-3.1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
44C17H12.4C17H12.4n/achrIV 6,800,609contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
45tag-210W08E3.3n/achrI 13,342,122C. elegans TAG-210 protein; contains similarity to Pfam domains PF01926 (GTPase of unknown function) , PF06071 (Protein of unknown function (DUF933)) contains similarity to Interpro domains IPR012675 (Beta-grasp fold, ferredoxin-type), IPR013029 (Protein of unknown function DUF933), IPR004396 (Conserved hypothetical protein CHP00092), IPR002917 (GTP-binding protein, HSR1-related), IPR012676 (TGS-like), IPR006073 (GTP1/OBG)
46clec-26T20B3.12n/achrV 16,849,392C. elegans CLEC-26 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
47Y49G5A.1Y49G5A.1n/achrV 5,286,867contains similarity to Pfam domain PF00014 Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain contains similarity to Interpro domain IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa)
48Y56A3A.19Y56A3A.19n/achrIII 11,915,313contains similarity to Pfam domain PF00550 Phosphopantetheine attachment site contains similarity to Interpro domains IPR006163 (Phosphopantetheine-binding), IPR009081 (Acyl carrier protein-like), IPR003231 (Acyl carrier protein (ACP))
49T11G6.4T11G6.4n/achrIV 10,850,812contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR008075 (Lipocalin-1 receptor), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
50H03A11.1H03A11.1n/achrX 15,211,201H03A11.1 encodes an FAM20 ortholog; murine FAM20A is a secreted protein expressed in hematopoietic cells.