UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1lin-13C03B8.40chrIII 7,704,833Gene Function : lin-13 encodes a large (2248-residue) nuclear protein with multiple zinc fingers of the C2H2 class and a LXCXE retinoblastoma protein-binding motif, that is required for survival through larval development and for negative regulation of vulval fates during postembryonic development.
2tag-192T04D1.4n/achrI 4,692,225C. elegans TAG-192 protein; contains similarity to Pfam domains PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) , PF07533 (Associated with TFs and helicases) , PF00385 ('chromo' (CHRromatin Organisation MOdifier) domain) , PF00176 (SNF2 family N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR000953 (Chromo domain), IPR000330 (SNF2-related), IPR000104 (Antifreeze protein, type I), IPR001005 (SANT, DNA-binding), IPR000694 (Proline-rich region), IPR016197 (Chromo domain-like), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR006576 (BRK), IPR009057 (Homeodomain-like), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
3nhr-175F09F3.10n/achrV 13,867,645C. elegans NHR-175 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
4str-43T23D5.9n/achrV 15,751,514C. elegans STR-43 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
5nas-14F09E8.6n/achrIV 13,172,108nas-14 encodes an astacin-like metalloprotease; large-scale expression studies reveal that a nas-14::GFP promoter fusion is expressed in the pharynx.
6acs-17C46F4.2n/achrX 5,939,959C. elegans ACS-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF00501 AMP-binding enzyme contains similarity to Interpro domain IPR000873 (AMP-dependent synthetase and ligase)
7Y39E4B.10Y39E4B.10n/achrIII 13,147,942contains similarity to Buchnera aphidicola Hypothetical protein BUsg080.; SW:Y080_BUCAP
8F17E5.2F17E5.2n/achrX 12,396,800contains similarity to Pfam domains PF00153 (Mitochondrial carrier protein) (3), PF00036 (EF hand) (3)contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR003842 (Vacuolating cytotoxin), IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR002030 (Mitochondrial brown fat uncoupling protein), IPR002167 (Graves disease carrier protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
9R08C7.5R08C7.5n/achrIV 4,431,281contains similarity to Pfam domain PF03941 Inner centromere protein, ARK binding region contains similarity to Interpro domains IPR005819 (Histone H5), IPR005635 (Inner centromere protein, ARK binding region)
10gcy-21F22E5.3n/achrII 2,662,347gcy-21 is predicted to encode a guanylate cyclase.
11BE10.4BE10.4n/achrIII 12,815,049contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
12dyb-1F47G6.1n/achrI 1,486,779The dyb-1 gene encodes a homolog of mammalian alpha-dystrobrevin (DTNA; OMIM:601239), mutation of which can lead to left ventricular noncompaction with congenital heart defects.
13srh-83F09G2.7n/achrV 7,165,183C. elegans SRH-83 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
14T19C3.5T19C3.5n/achrIII 626,220contains similarity to Pfam domains PF02886 (LBP / BPI / CETP family, C-terminal domain) , PF01273 (LBP / BPI / CETP family, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domain IPR001124 (Lipid-binding serum glycoprotein)
15fox-1T07D1.4n/achrX 2,448,279fox-1 encodes an RNA-binding protein of the RNA recognition motif (RRM) superfamily of ribonucleic acid binding proteins; during C. elegans development, FOX-1 functions redundantly with other numerator elements to effect proper dosage compensation in the early embryo; in influencing dosage compensation, FOX-1 likely acts via post-transcriptional regulation of xol-1 mRNA levels; in addition to its role in dosage compensation, fox-1 activity is also required for normal male mating behavior; Western analysis and lacZ reporter constructs indicate that FOX-1 is expressed throughout the life cycle, beginning at the 18-20-cell stage of embryogenesis and continuing on through larval stages and into adult hermaphrodites and males; while early embryonic expression of fox-1 is ubiquitous, postembryonic expression is limited to a subset of head and tail neurons.
16sulp-8ZK287.2n/achrV 9,671,599sulp-8 encodes one of eight C. elegans members of the sulfate permease family of anion transporters; by homology, SULP-8 is predicted to function as an anion transporter that regulates cellular pH and volume via transmembrane movement of electrolytes and fluids; a SULP-8::GFP fusion is expressed in the basolateral membrane of the excretory cell, intestine, and rectal gland cells.
17F31D5.2F31D5.2n/achrII 4,216,907contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF05978 (Eukaryotic protein of unknown function (DUF895)) contains similarity to Interpro domains IPR010291 (Protein of unknown function DUF895, eukaryotic), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
18lam-2C54D1.5n/achrX 7,147,481lam-2 encodes a laminin gamma subunit; lam-2 activity is required for embryonic development and for regulation of muscle arm extension; loss of lam-2 function via large-scale RNAi screens results in embryonic, larval, and adult lethality, sterility, body morphology defects, and abnormal locomotion.
19srh-78DC2.2n/achrV 218,314C. elegans SRH-78 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
20C50B8.5C50B8.5n/achrV 13,582,800contains similarity to Candida albicans Hypothetical membrane protein.; TR:O94057
21haf-8Y57G11C.1n/achrIV 14,696,948The haf-8 gene encodes a homolog of human CHM, which when mutated leads to choroideraemia (OMIM:303100).
22eat-2Y48B6A.4n/achrII 14,169,168eat-2 encodes a ligand-gated ion channel subunit most closely related to the non-alpha-subunits of nicotinic acetylcholine receptors (nAChR); EAT-2 functions postsynaptically in pharyngeal muscle to regulate the rate of pharyngeal pumping; eat-2 is also required for normal life span and defecation; a functional EAT-2::GFP fusion protein localizes to two small dots near the junction of pharyngeal muscles pm4 and pm5, which is the site of the posterior-most MC motor neuron processes and the MC synapse; eat-2 genetically interacts with eat-18, which encodes a predicted novel transmembrane protein expressed in pharyngeal muscle and required for proper function of pharyngeal nicotonic receptors.
23srz-60C04C3.1n/achrIV 3,429,627C. elegans SRZ-60 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
24F58A4.6F58A4.6n/achrIII 9,614,710contains similarity to Homo sapiens Hypothetical protein FLJ36688; ENSEMBL:ENSP00000256538
25tbx-35ZK177.10n/achrII 5,524,762C. elegans TBX-35 protein; contains similarity to Pfam domain PF00907 T-box contains similarity to Interpro domains IPR008967 (p53-like transcription factor, DNA-binding), IPR001699 (Transcription factor, T-box)
26far-5F15B9.3n/achrV 12,996,198far-5 encodes a member of a class of fatty acid-and retinol-binding proteins that are known to be secreted by parasitic nematodes and plants; far-5 binds lipid in fluorescence-based assays, however, the precise function of far-5 is not known.
27ZK1320.5ZK1320.5n/achrII 9,664,562contains similarity to Interpro domain IPR008107 (Mycoplasma P48 major surface lipoprotein)
28T05A8.5T05A8.5n/achrII 2,733,284contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
29C34F6.9C34F6.9n/achrX 11,220,316contains similarity to Interpro domain IPR001394 (Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2)
30ZK829.1ZK829.1n/achrIV 11,941,464contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR002424 (Insect alcohol dehydrogenase family), IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
31D1086.2D1086.2n/achrV 14,097,873contains similarity to Pfam domain PF01358 (Poly A polymerase regulatory subunit)
32srbc-34Y113G7B.9n/achrV 20,202,676C. elegans SRBC-34 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
33gck-2ZC404.9n/achrV 6,790,540C. elegans GCK-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) , PF00780 (CNH domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001180 (Citron-like), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
34F09G2.3F09G2.3n/achrV 7,186,673contains similarity to Pfam domain PF01384 Phosphate transporter family contains similarity to Interpro domain IPR001204 (Phosphate transporter)
35arx-3Y79H2A.6n/achrIII 12,055,279arx-3 encodes the C. elegans ortholog of the p41Arc subunit of the actin-related protein (Arp)2/3 complex.
36F54D10.8F54D10.8n/achrII 3,826,789contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
37unc-24F57H12.2n/achrIV 7,980,963unc-24 encodes a protein that contains a stomatin-like domain and a lipid transfer domain; unc-24 activity is essential for normal locomotion and for wild-type sensitivity to lipid-soluble volatile anesthetics; unc-24 is genetically epistatic to unc-79 and to unc-1, which encodes an additional stomatin whose stability and localization to the nerve ring are dependent upon UNC-24; unc-24 is expressed in the touch receptor neurons as well as neurons in the ventral cord.
38ZC204.14ZC204.14n/achrII 1,662,200
39nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
40F10D11.5F10D11.5n/achrI 8,443,821contains similarity to Interpro domain IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
41F21D9.4F21D9.4n/achrV 19,255,280contains similarity to Interpro domain IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
42slt-1F40E10.4n/achrX 14,678,771slt-1 encodes the sole C. elegans homolog of Drosophila Split, a secreted extracellular protein containing leucine-rich and EGF-like repeats that functions as a ligand for the Robo receptor; during C. elegans larval development, slt-1 acts via the SAX-3/Robo receptor, and in parallel with UNC-6/Netrin, to direct ventral axon guidance and guidance at the midline; during embryonic development, slt-1 also functions to regulate anterior-posterior migrations of the CAN neurons; slt-1::gfp reporters are initially expressed at high levels in the anterior part of the embryo, with more moderate levels seen in dorsal tail muscles and lower levels seen in cells in the center of the body; in L1 larvae, slt-1::gfp is expressed in both dorsal and ventral muscles, with higher levels seen in dorsal muscle cells; slt-1::gfp is also expressed in a number of additional cells including some neurons, pharyngeal cells, and the anal sphincter muscle.
43srh-44B0334.7n/achrII 11,516,530C. elegans SRH-44 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
44atgp-2C38C6.2n/achrII 14,641,992atgp-2 encodes an amino acid transporter glycoprotein subunit; when co-expressed in Xenopus oocytes with either the AAT-1 or AAT-3 catalytic subunit, ATGP-2 facilitates amino acid uptake and exchange, showing a relatively high affinity for small and some large neutral amino acids; when co-expressed with AAT-9, ATGP-2 is able to enhance the activity of this catalytic subunit; ATGP-2 can covalently associate with AAT-1 or AAT-3 in the Xenopus expression system; when co-expressed with AAT-1 or AAT-3, ATGP-2 localizes to the cell surface of oocytes, but when expressed alone, ATGP-2 localizes intracellularly.
45mog-4C04H5.6n/achrII 14,556,957The mog-4 gene encodes a DEAH helicase orthologous to the Drosophila CG10689 and the S. cerevisiae PRP2 proteins.
46T23B12.4T23B12.4n/achrV 8,463,927contains similarity to Pfam domain PF04112 Mak10 subunit, NatC N(alpha)-terminal acetyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR007244 (Mak10 subunit, NatC N(alpha)-terminal acetyltransferase)
47K09D9.3K09D9.3n/achrV 4,020,029
48R06C7.6R06C7.6n/achrI 7,246,472contains similarity to Mus musculus Uncharacterized protein C8orf32 homolog.; SW:Q80WB5
49F12A10.4F12A10.4n/achrII 5,489,365F12A10.4 encodes a neprilysin; neprilysins are thermolysin-like zinc metallopeptidases, found on the outer surface of animal cells, that negatively regulate small signalling peptides (e.g., enkephalin, tachykinin, insulin, and natriuretic peptides) by cleaving them; F12A10.4 has no clear orthologs in other organisms.
50B0285.7B0285.7n/achrIII 4,360,726contains similarity to Pfam domain PF01433 Peptidase family M1 contains similarity to Interpro domains IPR014782 (Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase, N-terminal), IPR001930 (Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase)