UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C03B1.9C03B1.97e-117chrX 6,346,694
2F35E2.2F35E2.2n/achrI 11,737,158This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
3grl-1C24G6.7n/achrV 5,532,342grl-1 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a central proline-rich region, and a C-terminal Ground-like (Grl) domain; GRL-1 is expressed in intestine, neurons, and larval arcade cells; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
4clec-90F57C9.2n/achrI 4,846,413C. elegans CLEC-90 protein; contains similarity to Interpro domains IPR002919 (Protease inhibitor I8, cysteine-rich trypsin inhibitor-like), IPR001304 (C-type lectin)
5Y116A8C.9Y116A8C.9n/achrIV 16,943,608contains similarity to Danio rerio Transmembrane protein 185-like.; SW:Q7SYC7
6fbxa-45F09C6.6n/achrV 16,898,926This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
7srb-7F37C12.17n/achrIII 7,178,120C. elegans SRB-7 protein; contains similarity to Pfam domains PF02117 (C.elegans Sra family integral membrane protein) , PF02175 (C.elegans integral membrane protein Srb) contains similarity to Interpro domains IPR001463 (Sodium:alanine symporter), IPR002184 (Serpentine beta receptor), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
8F55F8.3F55F8.3n/achrI 5,651,700contains similarity to Pfam domains PF04047 (Periodic tryptophan protein 2 WD repeat associated presumed domain) , PF00400 (WD domain, G-beta repeat) (5)contains similarity to Interpro domains IPR000009 (Protein phosphatase 2A, regulatory subunit PR55), IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR007190 (Periodic tryptophan protein-associated region), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
9cdh-8F18F11.3n/achrIV 351,612cdh-8 encodes a cadherin that may be nematode specific; CDH-8 is predicted to function as a membrane protein that plays a role in cell adhesion and/or morphogenesis, but as loss of cdh-8 activity via mutation or large-scale RNAi experiments results in no obvious abnormalities, the precise role of cdh-8 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
10B0511.5B0511.5n/achrI 10,630,197contains similarity to Pfam domain PF00100 Zona pellucida-like domain contains similarity to Interpro domain IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
11C09G9.3C09G9.3n/achrIV 8,871,534contains similarity to Pfam domain PF01681 C6 domain contains similarity to Interpro domain IPR002601 (Protein of unknown function C6)
12srsx-27C51E3.2n/achrV 10,151,415C. elegans SRSX-27 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
13clec-11C54C8.7n/achrI 12,460,190C. elegans CLEC-11 protein; contains similarity to Pfam domains PF00431 (CUB domain) , PF00059 (Lectin C-type domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
14T15B7.12T15B7.12n/achrV 6,818,884contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
15sru-19T04A11.8n/achrIV 12,499,445C. elegans SRU-19 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
16K08D10.11K08D10.11n/achrIV 4,185,528
17sre-8F40G12.1n/achrV 14,258,150C. elegans SRE-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)
18fkb-7B0511.1n/achrI 10,669,451fkb-7 encodes a peptidylprolyl cis/trans isomerase homologous to mammalian FK506-binding proteins; by homology, FKB-7 could function in a number of different processes including protein folding, signal transduction, and regulation of muscle contraction; however, as loss of fkb-7 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any obvious abnormalities, the precise role of FKB-7 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
19C03B1.10C03B1.10n/achrX 6,357,809contains similarity to Homo sapiens cDNA FLJ42885 fis, clone BRHIP3007586; HI:HIT000044748
20srx-119F49C5.1n/achrII 12,528,893C. elegans SRX-119 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
21F35F10.14F35F10.14n/achrV 3,319,580
22immp-1C24H11.6n/achrIII 11,775,731C. elegans IMMP-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00717 Peptidase S24-like contains similarity to Interpro domains IPR001733 (Peptidase S26B, eukaryotic signal peptidase), IPR015927 (Peptidase S24, S26A, S26B and S26C), IPR014037 (Peptidase S26A), IPR011056 (Peptidase S24, S26A and S26B, C-terminal), IPR000223 (Peptidase S26A, signal peptidase I)
23phat-1C46H11.8n/achrI 5,045,010C. elegans PHAT-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
24sri-69Y102A5C.32n/achrV 17,007,786C. elegans SRI-69 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
25Y79H2A.4Y79H2A.4n/achrIII 12,041,576contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
26C09G12.1C09G12.1n/achrIV 3,503,022C09G12.1 encodes a paired-like homeodomain protein of the K50 class, which has no obvious function in mass RNAi assays.
27B0250.8B0250.8n/achrV 20,465,482contains similarity to Mycoplasma mycoides FtsY protein.; TR:O05289
28F56H6.11F56H6.11n/achrI 12,309,058contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
29C30E1.8C30E1.8n/achrX 16,917,982contains similarity to Pfam domain PF03409 Protein of unknown function (DUF274) contains similarity to Interpro domain IPR005071 (Protein of unknown function DUF274)
30gcy-9ZK455.2n/achrX 11,335,257gcy-9 encodes a membrane guanylyl cyclase; gcy-9 expression is reportedly weak and variable in non-neuronal tissues.
31srw-139C44C3.7n/achrV 2,984,742C. elegans SRW-139 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
32F48C1.3F48C1.3n/achrI 5,314,472
33W06G6.9W06G6.9n/achrV 16,646,169contains similarity to Ralstonia solanacearum Hypothetical protein RSc2317.; TR:Q8XX01
34sri-9Y102A5C.29n/achrV 17,002,496C. elegans SRI-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000565 (DNA topoisomerase, type IIA, subunit B)
35ndx-6EEED8.8n/achrII 5,389,360The ndx-6 gene encodes a NUDIX hydrolase.
36lin-8B0454.1n/achrII 3,058,509lin-8 is a class A synthetic multivulva (synMuv) gene that functions redundantly with class B synMuv genes to negatively regulate Ras-mediated signaling during vulval induction.
37athp-1C44B9.4n/achrIII 10,887,899C. elegans ATHP-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF02178 (AT hook motif) (2), PF00628 (PHD-finger) contains similarity to Interpro domains IPR008984 (SMAD/FHA domain), IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR000637 (HMG-I and HMG-Y, DNA-binding), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR000294 (Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic region), IPR000253 (Forkhead-associated), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
38apx-1K08D9.3n/achrV 3,216,670apx-1 encodes one of ten C. elegans DSL (Delta, Serrate, LAG-2) proteins, integral transmembrane and secreted proteins that function as signaling ligands for the Notch family receptors GLP-1 and LIN-12; in the 4-cell embryo, maternally supplied APX-1 functions as a GLP-1 ligand for an inductive interaction that specifies the fate of the ABp blastomere; later in embryogenesis, APX-1 is required for formation of the LIN-12-dependent, invariant asymmetrical twist that occurs as part of normal gut morphogenesis; during larval development, APX-1 is required redundantly with DSL-1 and LAG-2 for the LIN-12-mediated lateral signal that spatially patterns the primary and secondary vulval cell lineages; in the early embryo, APX-1 is first detected at the anterior edge of the P1 blastomere, with later expression visible in P2 at sites of contact with ABp, and in the cytoplasm of the EMS and P3 blastomeres; expression in the vulval precursor cells (VPCs) is detected in the primary VPC, P6.p, and its descendants; embryonic APX-1 expression is dependent upon PIE-1 activity, while later vulval expression is mediated by the Ras signaling pathway and the SUR-2 transcriptional cofactor.
39srd-41F17A2.6n/achrX 12,327,467C. elegans SRD-41 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR003006 (Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site)
40str-71T23F1.4n/achrV 15,458,547C. elegans STR-71 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
41C35D6.3C35D6.3n/achrIV 16,347,259contains similarity to Interpro domain IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ)
42srh-136F36D3.6n/achrV 16,496,767C. elegans SRH-136 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
43C56E6.4C56E6.4n/achrII 6,527,652contains similarity to Pfam domain PF03607 Doublecortin contains similarity to Interpro domain IPR003533 (Doublecortin)
44D1007.9D1007.9n/achrI 4,591,009
45fbxb-44K05F6.5n/achrII 1,539,392K05F6.5 encodes an unusual paraoxonase-like protein with an N-terminal F-box domain; it is homologous to the human PARAOXONASE 1 gene (PON1, OMIM:168820), which in some allelic forms is associated with susceptibility to coronary artery disease.
46C44C10.5C44C10.5n/achrX 11,691,705contains similarity to Homo sapiens Structural maintenance of chromosomes protein 1A; ENSEMBL:ENSP00000323421
47T08G5.7T08G5.7n/achrV 14,044,675contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR003656 (Zinc finger, BED-type predicted), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
48ZC190.9ZC190.9n/achrV 8,692,862
49mcd-1Y51H1A.6n/achrII 13,891,577mcd-1 encodes a highly acidic C2H2-type zinc-finger protein that, in conjunction with LIN-35/Rb, DPL-1/DP, EFL-1/E2F, LIN-37/Mip40, and LIN-52, promotes the developmentally programmed progression of cells through full apoptosis; MCD-1 can promote ectopic apoptosis in cells normally fated to live, and is thus active in such cells; MCD-1 is not required for CED-3-independent cell death, does not regulate CED-9, and probably does not transcriptionally regulate egl-1; MCD-1 and its partners do not act together with CED-1 or CED-8, and their function in cell death is distinct from the LET-60/RAS or SynMuv pathways; however, MCD-1 is redundantly required with some class B/C synMuv proteins for viability (LIN-9, LIN-35/Rb, or LIN-37/Mip40) and normally rapid growth (DPL-1/DP, LIN-13, LIN-53, LIN-54, or MYS-1); in mcd-1(n4005) animals, cells that would normally undergo apoptosis can instead pass through an episode of pre-apoptotic condensation, after which they sometimes revert to normal shape, survive, and differentiate; MCD-1 contains an N-terminal low-complexity region and a single central zinc-finger, but no other recognizable protein domains; MCD-1 is paralogous to Y48E1B.7, but has no obvious non-nematode orthologs.
50sru-4C33A12.10n/achrIV 9,498,965C. elegans SRU-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)