UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1ced-5C02F4.10chrIV 10,488,503The ced-5 gene a homolog of the human protein DOCK180 that is required for the cell engulfment stage of programmed cell death.
2dct-12Y57A10C.7n/achrII 12,431,464C. elegans DCT-12 protein ;
3T27A3.6T27A3.6n/achrI 6,106,790T27A3.6 is orthologous to the human gene MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYSTHESIS PROTEIN E (MOCS2; OMIM:603708), which when mutated leads to disease.
4F43H9.3F43H9.3n/achrV 8,024,072contains similarity to Homo sapiens PAP associated domain containing 4; ENSEMBL:ENSP00000296783
5C50C3.1C50C3.1n/achrIII 8,192,662contains similarity to Pfam domain PF00642 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) contains similarity to Interpro domain IPR000571 (Zinc finger, CCCH-type)
6F13E9.1F13E9.1n/achrIV 10,868,951contains similarity to Pfam domains PF00560 (Leucine Rich Repeat) (4), PF00787 (PX domain) contains similarity to Interpro domains IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR001683 (Phox-like), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype)
7F15H10.7F15H10.7n/achrV 10,404,755contains similarity to Pfam domain PF02995 Protein of unknown function (DUF229) contains similarity to Interpro domains IPR004245 (Protein of unknown function DUF229), IPR017850 (Alkaline-phosphatase-like, core domain)
8cka-1C28D4.2n/achrIV 9,734,654cka-1 encodes an isoform of choline kinase whose activity has been verified in vitro, and that has a strong preference for choline over ethanolamine; CKA-1 and CKA-2 comprise a related group ('A') of choline kinases.
9F52C12.3F52C12.3n/achrIV 1,950,714
10T01B11.1T01B11.1n/achrIV 8,448,108contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
11dcr-1K12H4.8n/achrIII 8,076,021The dcr-1 gene encodes a bidentate ribonuclease that is homologous to E. coli RNAse III; dcr-1 is required both for RNA interference and for synthesis of small developmental RNAs; DCR-1 interacts in vivo with RDE-4, a double-stranded RNA (dsRNA) binding protein required for RNAi that interacts with trigger dsRNAs and may function to deliver dsRNAs to DCR-1 for endonucleolytic processing.
12rab-10T23H2.5n/achrI 6,457,920rab-10 encodes a Rab-like GTPase that is a member of the Ras superfamily of small GTPases; rab-10 activity is required, upstream of rme-1, for basolateral endocytic recycling in the intestine, but not in oocytes or coelomocytes; a RAB-10::GFP fusion protein is widely expressed and in the intestine, localizes to endosomes and the Golgi.
13K07C5.2K07C5.2n/achrV 10,340,201contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
14R02E12.5R02E12.5n/achrX 3,997,923
15B0205.9B0205.9n/achrI 10,722,143contains similarity to Pfam domain PF04435 Domain of unknown function (DUF545) contains similarity to Interpro domain IPR006570 (SPK)
16B0564.7B0564.7n/achrIV 13,102,647contains similarity to Aedes aegypti Cell cycle progression.; TR:Q16U20
17ilys-2C45G7.2n/achrIV 2,468,243C. elegans ILYS-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF05497 Destabilase contains similarity to Interpro domain IPR008597 (Destabilase)
18M18.6M18.6n/achrIV 12,122,042contains similarity to Interpro domain IPR003111 (Peptidase S16, lon N-terminal)
19F47G9.6F47G9.6n/achrV 11,330,067contains similarity to Methanosarcina acetivorans Predicted protein.; TR:Q8TS27
20sra-4AH6.8n/achrII 9,542,193C. elegans SRA-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
21clec-144T27D12.3n/achrII 11,831,976C. elegans CLEC-144 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
22C29H12.5C29H12.5n/achrII 6,111,947contains similarity to Pfam domain PF00385 'chromo' (CHRromatin Organisation MOdifier) domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR000953 (Chromo domain), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR016197 (Chromo domain-like)
23btb-19F57C2.2n/achrII 14,521,504C. elegans BTB-19 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
24rfc-1C54G10.2n/achrV 14,644,310C. elegans RFC-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00004 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) , PF08519 (Replication factor RFC1 C terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR013725 (DNA replication factor RFC1, C-terminal), IPR003959 (AAA ATPase, core), IPR008921 (DNA polymerase III clamp loader subunit, C-terminal), IPR012178 (DNA replication factor C, large subunit), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR001984 (Peptidase S16, Lon protease)
25sre-9C17E7.3n/achrV 3,896,569C. elegans SRE-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)
26F13A2.2F13A2.2n/achrV 4,384,088
27F43D2.3F43D2.3n/achrV 14,632,476contains similarity to Homo sapiens Orphan nuclear receptor NR1D1; ENSEMBL:ENSP00000246672
28D1046.4D1046.4n/achrIV 8,935,680contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
29str-165F55B12.6n/achrV 13,832,194C. elegans STR-165 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR001358 (Neuropeptide Y2 receptor)
30str-170T08B6.7n/achrIV 4,878,848C. elegans STR-170 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
31acl-2T06E8.1n/achrV 10,029,692T06E8.1 is orthologous to the human gene 1-ACYLGLYCEROL-3-PHOSPHATE O-ACYLTRANSFERASE 2 (LYSOPHOSPHATIDIC ACID ACYLTRANSFERASE, BETA) (AGPAT2; OMIM:603100), which when mutated leads to disease; T06E8.1 protein is predicted to be mitochondrial.
32F46F11.6F46F11.6n/achrI 5,617,576contains similarity to Pfam domain PF00646 F-box domain contains similarity to Interpro domain IPR001810 (Cyclin-like F-box)
33ZK945.4ZK945.4n/achrII 10,104,330contains similarity to Pfam domains PF00621 (RhoGEF domain) , PF00169 (PH domain) contains similarity to Interpro domains IPR000219 (Dbl homology (DH) domain), IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR015721 (Rho GTP exchange factor)
34nhr-257C17A2.1n/achrII 3,853,795C. elegans NHR-257 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
35M04B2.2M04B2.2n/achrIV 11,529,284contains similarity to Pfam domains PF01170 (Putative RNA methylase family UPF0020) , PF02926 (THUMP domain) contains similarity to Interpro domains IPR004114 (THUMP), IPR001091 (Site-specific DNA-methyltransferase (cytosine-N4-specific)), IPR000241 (Putative RNA methylase)
36F56H1.5F56H1.5n/achrI 5,757,572F56H1.5 encodes a putative ATP/ADP-activated metallocarboxypeptidase that may function in vivo as an alpha-tubulin C-terminal tyrosine carboxypeptidase; F56H1.5 is orthologous to murine AGTPBP-1/Nna1/pcd (upregulated in damaged mouse spinal cord and mutated in Purkinje cell degeneration) and human AGTPBP1 (OMIM:606830); murine AGTPBP-1 is genetically required for tubulin carboxypeptidase activity in vivo, and F56H1.5's nearest paralog EEED8.6 has biochemical traits consistent with tubulin carboxypeptidase activity; F56H1.5 and its mammalian AGTPBP1 orthologs, along with other proteins, comprise a M14D3 peptidase subfamily.
37pme-2E02H1.4n/achrII 9,594,003pme-2 encodes a poly(ADP-ribose) polymerase (PARP) orthologous to human PARP2 (OMIM:607725); PME-2 has a predicted C-terminal catalytic domain; PME-2 has PARP activity in vitro, which is blocked by mammalian PARP inhibitors; since these inhibitors also cause embryonic lethality in worms exposed to ionizing radiation, PME-1 is likely to be required in vivo for repairing broken DNA.
38F19C7.6F19C7.6n/achrIV 4,595,282
39tat-3W09D10.2n/achrIII 10,725,682C. elegans TAT-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00702 haloacid dehalogenase-like hydrolase contains similarity to Interpro domains IPR006539 (Phospholipid-translocating P-type ATPase, flippase), IPR001757 (ATPase, P-type, K/Mg/Cd/Cu/Zn/Na/Ca/Na/H-transporter), IPR005834 (Haloacid dehalogenase-like hydrolase)
40srw-16T10H4.5n/achrV 15,274,096C. elegans SRW-16 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR008365 (Prostanoid receptor)
41B0244.7B0244.7n/achrIII 5,732,127contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
42str-108F10A3.13n/achrV 16,166,795C. elegans STR-108 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
43D2085.6D2085.6n/achrII 8,660,679D2085.6 is orthologous to the human gene CLASS A GLCNAC-INOSITOL PHOSPHOLIPID ASSEMBLY PROTEIN (PIGA; OMIM:311770), which when mutated leads to paroxysmal nocturnal hemoglobinuria.
44opt-1C06G8.2n/achrIV 10,792,535opt-1 encodes a high-affinity, proton-coupled oligopeptide transporter; when expressed in Xenopus ooctyes, OPT-1 exhibits proton-coupled transport activity for a broad spectrum of peptide substrates; opt-1 mRNA is detected at all stages of development, but is expressed at highest levels in late larval and adult stages; additionally, an opt-1::GFP reporter exhibits expression primarily in vulval, pharyngeal, and anal muscles; as loss of opt-1 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities, the precise role of opt-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
45grl-28T24A6.15n/achrV 3,551,603grl-28 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a central low-complexity region, and a C-terminal Ground-like (Grl) domain; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
46C11E4.7C11E4.7n/achrX 9,617,962
47C29F7.7C29F7.7n/achrX 13,442,218contains similarity to Peromyscus maniculatus Alcohol dehydrogenase 2 (EC 1.1.1.1).; SW:ADH2_PERMA
48K11G9.3K11G9.3n/achrV 6,670,893contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
49nhr-249ZK381.3n/achrIV 6,972,292C. elegans NHR-249 protein; contains similarity to Pfam domain PF00104 Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
50E02H4.2E02H4.2n/achrX 14,279,950contains similarity to Homo sapiens Type-1 protein phosphatase skeletal muscle glycogen targeting subunit; ENSEMBL:ENSP00000284601