UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C02B8.6C02B8.60chrX 8,134,694contains similarity to Pfam domains PF00097 (Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)) , PF02825 (WWE domain) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR004170 (WWE), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
2F22F7.6F22F7.6n/achrV 2,116,951contains similarity to Homo sapiens N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase; ENSEMBL:ENSP00000309096
3fbxb-79R07H5.7n/achrIV 11,189,235C. elegans FBXB-79 protein; contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
4R01H2.1R01H2.1n/achrIII 7,062,968
5F11C3.1F11C3.1n/achrI 14,869,588contains similarity to Xenopus laevis ATP-dependent DNA helicase PIF1 (EC 3.6.1.-).; SW:Q0R4F1
6lis-1T03F6.5n/achrIII 13,373,822lis-1 encodes an ortholog of human LIS1, which when mutated leads to lissencephaly (OMIM:247200); it also encodes an ortholog of the Aspergillus nidulans nudF, which mediates nuclear migration along Aspergillus hyphae.
7tbx-8T07C4.2n/achrIII 10,348,548C. elegans TBX-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF00907 T-box contains similarity to Interpro domains IPR008967 (p53-like transcription factor, DNA-binding), IPR000694 (Proline-rich region), IPR001699 (Transcription factor, T-box)
8srsx-27C51E3.2n/achrV 10,151,415C. elegans SRSX-27 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
9C24A3.1C24A3.1n/achrX 9,003,584contains similarity to Aedes aegypti Condensin, SMC5-subunit, putative (Fragment).; TR:Q16IF0
10T15B7.12T15B7.12n/achrV 6,818,884contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
11F54F11.1F54F11.1n/achrII 13,505,368contains similarity to Interpro domain IPR013830 (Esterase, SGNH hydrolase-type)
12C49H3.9C49H3.9n/achrIV 7,908,266contains similarity to Pfam domain PF07967 C3HC zinc finger-like contains similarity to Interpro domain IPR012935 (Zinc finger, C3HC-like)
13T02H6.3T02H6.3n/achrII 692,115
14R148.2R148.2n/achrIII 3,184,321
15K02E7.4K02E7.4n/achrII 1,073,572contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domain IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
16K09F5.4K09F5.4n/achrX 7,710,385
17sru-4C33A12.10n/achrIV 9,498,965C. elegans SRU-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
18R09E10.5R09E10.5n/achrIV 10,299,194contains similarity to Pfam domains PF03782 (AMOP domain) , PF06119 (Nidogen-like) contains similarity to Interpro domains IPR005533 (AMOP), IPR003886 (Nidogen, extracellular region), IPR016060 (Complement control module)
19F08D12.7F08D12.7n/achrII 2,768,193F08D12.7 encodes a novel protein conserved amongst Caenorhaditis species; although loss of F08D12.7 activity via RNAi results in no obvious defects, F08D12.7 transcripts are enriched in L1-stage muscle and upregulated in L2 larvae in response to overexpression of hlh-2 and hlh-8; in addition, in analyses of the early embryonic transcriptome, F08D12.7 transcripts are classified as strictly maternal; an F08D12.7::gfp reporter fusion is expressed in the vm1 and vm2 vulval muscles, the intestinal and anal depressor muscles, the hypodermis, distal tip cell, ventral nerve cord, head and tail neurons, and body wall muscle.
20C03B1.10C03B1.10n/achrX 6,357,809contains similarity to Homo sapiens cDNA FLJ42885 fis, clone BRHIP3007586; HI:HIT000044748
21ztf-8ZC395.8n/achrIII 5,271,035C. elegans ZTF-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR004355 (Type IV secretion system CagA exotoxin), IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
22cdh-1R10F2.1n/achrIII 2,923,253cdh-1 encodes a cadherin that is similar, in the extracellular domain, to the Drosophila cadherin Dachsous (Ds); although the precise role of cdh-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known, loss of cdh-1 activity via RNAi using the hypersensitive rrf-3 strain can result in locomotion and growth defects, as well as larval lethality.
23T05B4.13T05B4.13n/achrV 4,126,750contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
24trxr-2ZK637.10n/achrIII 8,915,015C. elegans TRXR-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF02852 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain) , PF07992 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase) , PF00070 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase) contains similarity to Interpro domains IPR013027 (FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase), IPR000447 (FAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase), IPR000103 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class-II), IPR012999 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site), IPR004099 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation), IPR006338 (Thioredoxin and glutathione reductase selenoprotein), IPR016156 (FAD/NAD-linked reductase, dimerisation), IPR001327 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, NAD-binding region), IPR000815 (Mercuric reductase), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR001100 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I)
25T14F9.2T14F9.2n/achrX 2,235,334
26ZC373.5ZC373.5n/achrX 10,073,415contains similarity to Pfam domain PF00596 Class II Aldolase and Adducin N-terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR001303 (Class II aldolase/adducin, N-terminal)
27ZK563.5ZK563.5n/achrX 3,378,206contains similarity to Aedes aegypti Putative uncharacterized protein.; TR:Q17A46
28F11A5.6F11A5.6n/achrV 16,203,986contains similarity to Bradyrhizobium japonicum Bll7368 protein.; TR:Q89DS1
29phat-1C46H11.8n/achrI 5,045,010C. elegans PHAT-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
30nhr-271T03E6.3n/achrV 16,579,462C. elegans NHR-271 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
31T14G10.8T14G10.8n/achrIV 10,146,609contains similarity to Homo sapiens Splice isoform 1 of P08235 Mineralocorticoid receptor; ENSEMBL:ENSP00000281330
32Y52B11A.9Y52B11A.9n/achrI 11,036,452contains similarity to Interpro domains IPR003604 (Zinc finger, U1-type), IPR005824 (KOW), IPR002358 (Ribosomal protein L6, conserved site-1), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
33athp-1C44B9.4n/achrIII 10,887,899C. elegans ATHP-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF02178 (AT hook motif) (2), PF00628 (PHD-finger) contains similarity to Interpro domains IPR008984 (SMAD/FHA domain), IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR000637 (HMG-I and HMG-Y, DNA-binding), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR000294 (Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic region), IPR000253 (Forkhead-associated), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
34hlh-8C02B8.4n/achrX 8,118,315The hlh-8 gene encodes a helix-loop-helix protein required for normal muscle development, and hence for normal defecation and egg-laying.
35srh-233Y113G7A.1n/achrV 20,046,361C. elegans SRH-233 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
36K09C4.6K09C4.6n/achrX 3,275,175
37M03E7.2M03E7.2n/achrV 5,617,970contains similarity to Plasmodium berghei 58 kDa phosphoprotein (Heat shock-related protein) (HRP).; SW:Q08168
38nspc-14F42F12.7n/achrX 12,358,778C. elegans NSPC-14 protein ;
39Y37E11B.6Y37E11B.6n/achrIV 3,598,943Y37E11B.6 encodes an ortholog of Rpp21 (Rpr2), a protein subunit of the endoribonuclease RNAse P, which cleaves tRNA precursors to produce their mature 5' end.
40C25A1.5C25A1.5n/achrI 10,178,041contains similarity to Pfam domains PF04116 (Fatty acid hydroxylase superfamily) , PF00173 (Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR006694 (Fatty acid hydroxylase), IPR001199 (Cytochrome b5)
41K02D7.2K02D7.2n/achrIV 312,624K02D7.2 encodes an ortholog of human SNAI2/SLUG (OMIM:602150, mutated in Waardenburg syndrome type IID) and Drosophila ESCARGOT; based on its orthology to SNAI2, K02D7.2 is predicted to be a transcriptional inhibitor.
42C11D2.2C11D2.2n/achrIV 6,187,162contains similarity to Pfam domain PF00026 Eukaryotic aspartyl protease contains similarity to Interpro domains IPR009007 (Peptidase aspartic, catalytic), IPR001969 (Peptidase aspartic, active site), IPR001461 (Peptidase A1)
43srx-137F09F3.13n/achrV 13,863,436C. elegans SRX-137 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR002229 (Blood group Rhesus C/E and D polypeptide), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
44Y38H6C.14Y38H6C.14n/achrV 20,527,484contains similarity to Leishmania major strain Friedlin Proteophosphoglycan 5.; TR:Q4FX62
45viln-1C10H11.1n/achrI 4,753,615C. elegans VILN-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF02209 Villin headpiece domain contains similarity to Interpro domains IPR007122 (Gelsolin), IPR003128 (Villin headpiece)
46srv-8F53F1.7n/achrV 13,419,959C. elegans SRV-8 protein; contains similarity to Interpro domains IPR002456 (GPCR, family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B1), IPR002455 (GPCR, family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B)
47F52G3.4F52G3.4n/achrX 16,950,151
48C18G1.7C18G1.7n/achrV 4,746,815contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR002455 (GPCR, family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
49nhr-116F09C6.9n/achrV 16,913,761C. elegans NHR-116 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
50F02E11.4F02E11.4n/achrII 3,276,774contains similarity to Interpro domain IPR002625 (Smr protein/MutS2 C-terminal)