UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1prg-2C01G5.20chrIV 6,528,248C. elegans PRG-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF02171 (Piwi domain) , PF02170 (PAZ domain) contains similarity to Interpro domains IPR003165 (Stem cell self-renewal protein Piwi), IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
2T19D12.7T19D12.7n/achrII 6,648,354contains similarity to Interpro domain IPR007110 (Immunoglobulin-like)
3srw-119K12D9.7n/achrV 2,999,188C. elegans SRW-119 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
4nhr-163C33G8.12n/achrV 6,984,709C. elegans NHR-163 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
5srg-23Y25C1A.11n/achrII 3,095,026C. elegans SRG-23 protein; contains similarity to Pfam domain PF02118 C.elegans Srg family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
6JC8.7JC8.7n/achrIV 13,248,845contains similarity to Homo sapiens Uncharacterized protein C4orf27; ENSEMBL:ENSP00000261511
7C35C5.6C35C5.6n/achrX 11,566,764contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG2478-PA;; FLYBASE:CG2478
8str-19T23D5.7n/achrV 15,743,832C. elegans STR-19 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
9mdf-1C50F4.11n/achrV 9,542,977mdf-1 encodes a coiled-coil domain-containing protein that is orthologous to the Saccharomyces cerevisiae mitotic spindle checkpoint protein Mad1p; consistent with a role as a checkpoint protein, MDF-1 is required in C. elegans for mitotic genome stability and hence, long-term survival and fertility; in vitro, MDF-1 interacts with MDF-2, the C. elegans Mad2p ortholog.
10cyp-14A3K09A11.4n/achrX 13,272,959C. elegans CYP-14A3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
11mop-25.3T27C10.3n/achrI 10,891,011mop-25.3 encodes a divergent ortholog of fission yeast Mo25p, budding yeast Hym1p, Aspergillus nidulans HymA, human CAB39, and human CAB39L; MOP-25.3 is paralogous to MOP-25.1 and MOP-25.2; MOP-25.3 is required for embryonic development in mass RNAi assays.
12F13G3.10F13G3.10n/achrI 7,313,972contains similarity to Interpro domain IPR010989 (t-SNARE)
13fbxa-185F47H4.4n/achrV 17,333,561C. elegans FBXA-185 protein; contains similarity to Pfam domains PF01485 (IBR domain) , PF00097 (Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR002867 (Zinc finger, C6HC-type)
14xnp-1B0041.7n/achrI 4,668,742xnp-1 encodes an ATP-dependent DNA helicase of the SNF2 family that is orthologous to human XNP/ATR-X, which is associated with a number of X-linked mental retardation syndromes; in C. elegans, xnp-1 activity is required at high temperatures for embryogenesis, somatic gonad development, fertility, and vulval morphogenesis; in addition, animals doubly mutant for xnp-1 and lin-35/Rb, hpl-2/HP1, or nucleosome remodelling and histone deacetylase (NuRD) complex members such as lin-53 and let-418, display larval arrest with growth cessation but continued cell proliferation; xnp-1 is also required, with lin-35/Rb and hpl-2/HP1, for proper regulation of transgene expression; xnp-1 mRNA, detectable in embryos and the germline by in situ hybridization, is expressed at highest levels in embryos with decreasing levels seen in successive larval stages; xnp-1 transcriptional reporter fusions exhibit strong expression beginning at mid-embryogenesis but fading by embryonic morphogenesis; at hatching, expression is observed in all dividing cells including the P lineage, and at later larval stages expression is observed in the vulval precursor cells.
15R09E12.6R09E12.6n/achrV 767,566contains similarity to Pfam domain PF06869 Protein of unknown function (DUF1258) contains similarity to Interpro domain IPR009667 (Protein of unknown function DUF1258)
16clec-115C49A1.6n/achrI 14,246,758C. elegans CLEC-115 protein; contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domains IPR006583 (CW), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR001304 (C-type lectin)
17C41D11.1C41D11.1n/achrI 4,458,028
18T12A2.1T12A2.1n/achrIII 6,261,458contains similarity to Pfam domains PF01979 (Amidohydrolase family) , PF07969 (Amidohydrolase family) contains similarity to Interpro domains IPR011550 (Amidohydrolase-like), IPR013108 (Amidohydrolase 3), IPR006680 (Amidohydrolase 1), IPR005920 (Imidazolonepropionase)
19cpb-3B0414.5n/achrI 5,790,196cpb-3 encodes a CPEB orthologous to Drosophila ORB, zebrafish ZORBA, and human CPEB1, and paralogous to FOG-1 and CPB-1/2; CPB-3 inhibits physiological apoptosis in oocytes, keeping it down to a normal level of ~50% in hermaphrodite gonads; independently of apoptosis, CPB-3 is also required for normal oogenesis, sperm/oocyte switching (upstream of FEM-3), and the transistion from mitosis to meiosis by oocytes (in parallel with GLD-3); cpb-3(RNAi) results in elevated (though not 100%) physiological germ cell apoptosis, independent of CEP-1; in cpb-3(RNAi) animals, excess physiological apoptosis actually promotes fertility, since cpb-3(RNAi) hermaphrodites have larger brood sizes than those with apoptosis suppressed by ced-3(n717), and aging ced-3(n717);cpb-3(RNAi) animals have abnormal oocytes that fail to exit pachytene and proceed through diakinesis; CPB-3 is mainly cytoplasmic, and strongly expressed in pachytene oocytes; cpb-3(bt17);daz-1(tj3) hermaphrodites have a synthetic phenotype of total sterility and masculinization; CPB-3 colocalizes with DAZ-1 in vivo, coimmunoprecipitates with DAZ-1, and binds DAZ-1 in two-hybrid assays.
20str-114F59B1.1n/achrV 3,650,602C. elegans STR-114 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
21T20B6.2T20B6.2n/achrIII 2,895,298contains similarity to Pfam domain PF02206 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR003125 (Protein of unknown function WSN)
22Y75B8A.7Y75B8A.7n/achrIII 12,156,145contains similarity to Pfam domain PF04006 Mpp10 protein contains similarity to Interpro domains IPR012173 (U3 small nucleolar ribonucleoprotein complex, subunit Mpp10p), IPR007151 (Mpp10 protein)
23fbxb-108F08D12.6n/achrII 2,766,099This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
24str-18T23D5.6n/achrV 15,741,213C. elegans STR-18 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
25str-112F10D2.4n/achrV 7,137,353C. elegans STR-112 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
26F10E7.11F10E7.11n/achrII 7,121,124contains similarity to Pfam domain PF01448 ELM2 domain contains similarity to Interpro domains IPR001005 (SANT, DNA-binding), IPR000949 (ELM2)
27ZK1037.1ZK1037.1n/achrV 15,311,784contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
28srw-69F18E3.5n/achrV 7,428,134C. elegans SRW-69 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
29E03H4.2E03H4.2n/achrI 12,403,805contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domain IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
30T26E4.1T26E4.1n/achrV 15,780,361contains similarity to Pfam domain PF01030 (Receptor L domain)
31str-61F14F8.1n/achrV 16,670,286C. elegans STR-61 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
32str-89F59A1.4n/achrV 17,670,073C. elegans STR-89 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
33T10B11.6T10B11.6n/achrI 6,944,267contains similarity to Pfam domain PF05705 Eukaryotic protein of unknown function (DUF829) contains similarity to Interpro domain IPR008547 (Protein of unknown function DUF829, eukaryotic)
34srh-228C35D6.1n/achrIV 16,340,479C. elegans SRH-228 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
35F52D2.6F52D2.6n/achrX 1,977,920
36W01H2.2W01H2.2n/achrX 4,218,344
37him-14ZK1127.11n/achrII 7,067,448him-14 encodes a germline-specific member of the MutS family of DNA mismatch repair (MMR) proteins that is orthologous to human MSH4 and Saccharomyces cerevisiae Msh4p; during the pachytene stage of meiosis, HIM-14 activity is required for promoting crossing over between homologous chromosomes and thus, for chiasmata formation and proper chromosome segregation; in contrast, HIM-14 activity does not appear to be required for mismatch repair, nor for chromosome pairing or synapsis; him-14 mRNA expression is detected exclusively in the germline.
38lin-49F42A9.2n/achrIV 8,623,398C. elegans LIN-49 protein; contains similarity to Pfam domains PF00628 (PHD-finger) , PF00439 (Bromodomain) contains similarity to Interpro domains IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR001487 (Bromodomain), IPR002219 (Protein kinase C, phorbol ester/diacylglycerol binding), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
39K12H4.2K12H4.2n/achrIII 8,047,973contains similarity to Pfam domain PF02410 Domain of unknown function DUF143 contains similarity to Interpro domain IPR004394 (Iojap-related protein)
40T06C12.14T06C12.14n/achrV 15,900,422contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
41nhr-38K01H12.3n/achrIV 9,711,556C. elegans NHR-38 protein; contains similarity to Pfam domain PF00105 Zinc finger, C4 type (two domains) contains similarity to Interpro domains IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type)
42srbc-41F16B4.10n/achrV 1,613,815C. elegans SRBC-41 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR000832 (GPCR, family 2, secretin-like)
43T11F9.12T11F9.12n/achrV 11,494,950contains similarity to Interpro domain IPR011735 (Conserved hypothetical protein, HtrL)
44K03B4.1K03B4.1n/achrV 4,690,455
45T27E7.5T27E7.5n/achrIV 14,537,655contains similarity to Bacillus stearothermophilus D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase precursor (EC 3.4.16.4) (DD-speptidase) (DD-carboxypeptidase) (CPase) (PBP5).; SW:DACA_BACST
46srg-22Y25C1A.10n/achrII 3,092,472C. elegans SRG-22 protein; contains similarity to Pfam domain PF02118 C.elegans Srg family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
47srx-7C14C6.1n/achrV 561,828C. elegans SRX-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
48sra-27F18C5.1n/achrII 6,569,673C. elegans SRA-27 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
49coq-4T03F1.2n/achrI 3,869,644coq-4 encodes an ortholog of S. cerevisiae COQ4; while COQ-4 is conserved between eukaryotes and bacteria, its biochemical function is unknown; by orthology, COQ-4 is predicted to peripherally associate with the matrix face of the mitochondrial inner membrane, in a complex with COQ-3 (and perhaps COQ-6), and to be required to maintain a steady-state level of CLK-1/COQ-7 protein; COQ-4 is required for ubiquinone (coenzyme Q9) biosynthesis and for normally short lifespan; coq-4(RNAi) animals have reduced levels of coenzyme Q9 and superoxide, and have abnormally long lifespans.
50srg-2C18F10.5n/achrIII 6,259,346srg-2 encodes a predicted seven transmembrane domain G protein-coupled chemosensory receptor; an SRG-2::GFP fusion protein is expressed exclusively in the cilia of ASK sensory neurons, which are believed to be involved in chemotaxis to lysine and sensory regulation of egg laying; localization of SRG-2 to ASK cilia does not appear to depend upon wild-type activity of either odr-4 or odr-8.