UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C01G10.10C01G10.100chrV 15,081,298contains similarity to Pfam domain PF00814 Glycoprotease family contains similarity to Interpro domains IPR009180 (Peptidase M22, O-sialoglycoprotein endopeptidase), IPR000905 (Peptidase M22, glycoprotease)
2B0280.9B0280.9n/achrIII 7,121,829contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR001680 (WD40 repeat), IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
3C05C8.2C05C8.2n/achrV 7,231,951contains similarity to Interpro domain IPR004087 (K Homology)
4gip-2C45G3.3n/achrI 9,227,490gip-2 encodes a member of the Biotin/lipoate A/B protein ligase family.
5tag-345F55F8.5n/achrI 5,656,990C. elegans TAG-345 protein; contains similarity to Pfam domains PF08154 (NLE (NUC135) domain) , PF00400 (WD domain, G-beta repeat) (4)contains similarity to Interpro domains IPR012972 (NLE), IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
6gex-3F28D1.10n/achrIV 12,406,527The gex-3 gene encodes a homolog of NAP1/NCKAP1, a mammalian protein ligand of the small GTPase Rac1, and of Drosophila HEM2/NAP1/KETTE; gex-3 is required for tissue morphogenesis and cell migrations; in gex-3 mutants, cells differentiate properly but fail to become organized.
7lap-1ZK353.6n/achrIII 8,400,522The lap-1 gene encodes a homolog of the zinc metalloprotease leucine aminopeptidase LAP that is predicted to be mitochondrial.
8T04A8.6T04A8.6n/achrIII 4,692,695T04A8.6 encodes an ortholog of S. cerevisiae NOP15 that may suppress tumorous growth in the germline; like PRO-1, -2, and -3, T04A8.6 is probably required for ribosome biogenesis, suggesting a link between biogenesis in the distal sheath and control of cell division in the germline.
9C03H5.3C03H5.3n/achrII 387,056contains similarity to Interpro domain IPR002408 (Natriuretic peptide, brain type)
10K01C8.6K01C8.6n/achrII 8,278,000contains similarity to Drosophila pseudoobscura 39S ribosomal protein L10, mitochondrial precursor (L10mt) (MRP-L10).; SW:Q29NV5
11npp-18Y43F4B.4n/achrIII 13,297,775C. elegans NPP-18 protein; contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
12ZK1236.1ZK1236.1n/achrIII 8,430,360contains similarity to Pfam domains PF06421 (GTP-binding protein LepA C-terminus) , PF03144 (Elongation factor Tu domain 2) , PF00009 (Elongation factor Tu GTP binding domain) , PF00679 (Elongation factor G C-terminus) contains similarity to Interpro domains IPR003577 (Ras small GTPase, Ras type), IPR000795 (Protein synthesis factor, GTP-binding), IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR001806 (Ras GTPase), IPR004161 (Translation elongation factor EFTu/EF1A, domain 2), IPR006297 (GTP-binding protein LepA), IPR000640 (Translation elongation factor EFG/EF2, C-terminal), IPR013842 (GTP-binding protein LepA, C-terminal), IPR009022 (Elongation factor G, III and V)
13H01G02.1H01G02.1n/achrIV 11,803,772
14ZK1127.4ZK1127.4n/achrII 7,054,517contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG9286-PA;; FLYBASE:CG9286
15E02H1.6E02H1.6n/achrII 9,597,035E02H1.6 encodes an ortholog of human TAF9 (OMIM:600822; also known as AK6, adrenal gland protein AD-004 like protein, ADLP) and of S. cerevisiae Fap7p; like its human ortholog, E02H1.6 is nuclear, and is predicted to likewise be a TATA box binding protein (TBP)-associated factor mediating activation of RNA polymerase II; E02H1.6 prefers ATP and dATP as phosphate donors; E02H1.6's biochemical activity is unusual, since it also prefers AMP and dAMP as substrates, and tolerates CMP, TMP and shikimate acid as substrates as well; since yeast Fap7p promotes pre-rRNA cleavage, E02H1.6 may be multifunctional; in RNAi assays, E02H1.6 is required for normally fast growth; E02H1.6 is coexpressed with pme-2 in an operon, and thus, like PME-2, may function in DNA repair.
16mel-46T06A10.1n/achrIV 16,859,204C. elegans MEL-46 protein; contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR000629 (RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
17arx-7M01B12.3n/achrI 3,069,767arx-7 encodes the C. elegans ortholog of the p16Arc subunit of the actin-related protein (Arp)2/3 complex.
18F59A3.3F59A3.3n/achrI 5,506,231contains similarity to Pfam domain PF00467 KOW motif contains similarity to Interpro domains IPR005825 (Ribosomal protein L24/L26, conserved site), IPR008991 (Translation protein SH3-like), IPR005824 (KOW), IPR003256 (Ribosomal protein L24)
19ruvb-1C27H6.2n/achrV 9,979,753C. elegans RUVB-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF06068 TIP49 C-terminus contains similarity to Interpro domains IPR010339 (TIP49, C-terminal), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal)
20mog-5EEED8.5n/achrII 5,402,615The mog-5 gene encodes a DEAH helicase orthologous to the Drosophila CG8241, the human HRH1, and the S. cerevisiae PRP22 proteins.
21F55H12.2F55H12.2n/achrI 8,868,112contains similarity to Interpro domain IPR000242 (Tyrosine specific protein phosphatase)
22cyp-13A11F14F7.2n/achrIII 13,022,359C. elegans CYP-13A11 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002402 (Cytochrome P450, E-class, group II), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
23C55A6.9C55A6.9n/achrV 11,522,512contains similarity to Pfam domain PF03985 Paf1 contains similarity to Interpro domain IPR007133 (RNA polymerase II-associated, Paf1)
24R17.2R17.2n/achrIII 10,842,361contains similarity to Pfam domain PF03372 Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family contains similarity to Interpro domain IPR005135 (Endonuclease/exonuclease/phosphatase)
25K08F4.1K08F4.1n/achrIV 10,124,631contains similarity to Pfam domain PF00004 ATPase family associated with various cellular activities (AAA) contains similarity to Interpro domains IPR003959 (AAA ATPase, core), IPR001199 (Cytochrome b5), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
26npp-11F53F10.5n/achrI 3,819,703C. elegans NPP-11 protein; contains similarity to Interpro domains IPR003072 (Orphan nuclear receptor, NOR1 type), IPR000104 (Antifreeze protein, type I), IPR001778 (Pollen allergen Poa pIX/Phl pVI, C-terminal), IPR007758 (Nucleoporin, Nsp1-like, C-terminal)
27nst-1K01C8.9n/achrII 8,281,963nst-1 encodes a homolog of human GNL3 (OMIM:608011, nucleostemin) and GNL3L, and of S. cerevisiae NUG1; NST-1 may suppress tumorous growth in the germline; like PRO-1, -2, and -3, NST-1 is probably required for ribosome biogenesis, suggesting a link between biogenesis in the distal sheath and control of cell division in the germline; nucleostemin is a nucleolar protein found in stem cells that is required in quantitatively correct amounts (neither too little nor too much) for continued cell division and survival by stem cells or transformed cells; NST-1 is required in mass RNAi assays for normally rapid growth, larval viability, and normal body morphology and pigmentation.
28F27C1.3F27C1.3n/achrI 5,426,839contains similarity to Pfam domain PF03057 Protein of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR004296 (Protein of unknown function DUF236), IPR002952 (Eggshell protein)
29C03F11.3C03F11.3n/achrX 5,399,097contains similarity to Pfam domain PF01130 CD36 family contains similarity to Interpro domain IPR002159 (CD36 antigen)
30B0001.5B0001.5n/achrIV 12,142,216contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Gtpase-activating protein activity toward the essential bud-site assembly GTPase Cdc42; SGD:YPL115C
31ZK1058.5ZK1058.5n/achrIII 3,921,159contains similarity to Pfam domains PF08242 (Methyltransferase domain) , PF08241 (Methyltransferase domain) contains similarity to Interpro domains IPR017280 (Methyltransferase, METTL2, predicted), IPR013217 (Methyltransferase type 12), IPR013216 (Methyltransferase type 11)
32Y32B12B.2Y32B12B.2n/achrV 16,544,097contains similarity to Vitis vinifera Putative uncharacterized protein.; TR:A5AD22
33E04A4.5E04A4.5n/achrIV 4,744,928contains similarity to Pfam domain PF02466 Tim17/Tim22/Tim23 family contains similarity to Interpro domains IPR005678 (Mitochondrial import inner membrane translocase, subunit Tim17), IPR003397 (Mitochondrial import inner membrane translocase, subunit Tim17/22)
34ZK795.3ZK795.3n/achrIV 12,559,996contains similarity to Pfam domain PF04427 Brix domain contains similarity to Interpro domain IPR007109 (Brix)
35xpo-3C49H3.10n/achrIV 7,920,396imb-6 encodes an importin-beta-like protein orthologous to vertebrate Exportin-t, a specific mediator of tRNA export from the nucleus; IMB-6 is predicted to function by binding tRNAs directly in the presence of the RAN-1 GTPase and facilitating their nucleocytoplasmic transport; in C. elegans, loss of imb-6 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any obvious abnormalities.
36srg-47C53A5.8n/achrV 14,555,611C. elegans SRG-47 protein; contains similarity to Interpro domains IPR000175 (Sodium:neurotransmitter symporter), IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
37K07F5.14K07F5.14n/achrIV 9,863,121contains similarity to Danio rerio Novel protein.; TR:Q1LV47
38F53F4.3F53F4.3n/achrV 13,592,537F53F4.3 encodes a putative alpha-tubulin folding cofactor B, orthologous to human CKAP1 (OMIM:601303); F53F4.3 is dispensable in early embryos for microtubule nucleation or elongation, and has no obvious function in mass RNAi assays.
39C07D8.6C07D8.6n/achrX 7,342,092contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
40gly-20C03E10.4n/achrV 11,284,282gly-20 is orthologous to the human gene MANNOSYL (ALPHA-1,6-)-GLYCOPROTEIN BETA-1,2-N-ACETYLGLUCOSAMINYLTRANSFERASE (MGAT2; OMIM:602616), which when mutated leads to carbohydrate-deficient glycoprotein syndrome, type II.
41cya-2F59H6.7n/achrII 2,023,091C. elegans CYA-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00134 Cyclin, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR006670 (Cyclin), IPR011028 (Cyclin-like), IPR013763 (Cyclin-related), IPR006671 (Cyclin, N-terminal)
42R05D11.4R05D11.4n/achrI 8,599,872contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014014 (RNA helicase, DEAD-box type, Q motif), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
43vps-54T21C9.2n/achrV 10,571,379The vps-54 gene encodes an ortholog of VPS54 in S. cerevisiae, a protein involved in vacuolar trafficking.
44tag-72C25A1.3n/achrI 10,160,921C. elegans TAG-72 protein; contains similarity to Pfam domains PF03291 (mRNA capping enzyme) , PF08242 (Methyltransferase domain) , PF08241 (Methyltransferase domain) contains similarity to Interpro domains IPR004971 (mRNA capping enzyme, large subunit), IPR016899 (mRNA (guanine-N(7))-methyltransferase), IPR002296 (N6 adenine-specific DNA methyltransferase, N12 class), IPR013217 (Methyltransferase type 12), IPR013216 (Methyltransferase type 11)
45R74.7R74.7n/achrIII 4,205,094contains similarity to Pfam domain PF01728 FtsJ-like methyltransferase contains similarity to Interpro domains IPR015507 (Ribosomal RNA methyltransferase J), IPR002877 (Ribosomal RNA methyltransferase RrmJ/FtsJ)
46T28D6.6T28D6.6n/achrIII 11,334,762contains similarity to Pfam domains PF01926 (GTPase of unknown function) , PF02824 (TGS domain) contains similarity to Interpro domains IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR002917 (GTP-binding protein, HSR1-related), IPR006073 (GTP1/OBG), IPR004095 (TGS), IPR006074 (GTP1/OBG, conserved site)
47F58G11.6F58G11.6n/achrV 13,680,190F58G11.6 (also known as ccz-1 or hps-4) encodes an ortholog of human C7orf28A and C7orf28B, with more distant similarity to human HPS4 (OMIM:606682) and S. cerevisiae Ccz1p in its N-terminal CHiPS domain; the CHiPS domain of F58G11.6 is predicted to have a longin-like fold; by analogy with Ccz1p and C. elegans SAND-1, F58G11.6 might be required for normal (RAB-7-mediated) traffic between early and late endosomes, or for autophagy; F58G11.6 is bound by SAND-1.
48F19F10.9F19F10.9n/achrV 7,573,793The F19F10.9 gene encodes a homolog of the human SART1 gene, which encodes a protein recognised by IgE that may be involved in atopic disease.
49C16C10.2C16C10.2n/achrIII 4,178,135contains similarity to Pfam domain PF03998 Utp11 protein contains similarity to Interpro domain IPR007144 (Small-subunit processome, Utp11)
50C18D11.3C18D11.3n/achrIII 11,823,825contains similarity to Homo sapiens Transcription factor MLL UPN95022; TR:Q86YN8