UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1nhx-2B0495.40chrII 7,692,262nhx-2 encodes a sodium/proton exchanger expressed in the apical membranes of intestinal cells; NHX-2 is required for normally high growth rates, and for propagation or maintenance of the germline, NHX-2 is thought to prevent intracellular acidification by catalysing the electroneutral exchange of extracellular sodium for an intracellular proton.
2sra-25T26E3.9n/achrI 12,687,150C. elegans SRA-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
3amt-4C05E11.5n/achrX 4,567,404amt-4 encodes a member of the ammonium transporter protein family.
4clec-56F08H9.7n/achrV 14,475,609C. elegans CLEC-56 protein; contains similarity to Pfam domains PF00431 (CUB domain) (2), PF00059 (Lectin C-type domain) contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
5clec-57F08H9.6n/achrV 14,470,810C. elegans CLEC-57 protein; contains similarity to Pfam domains PF00431 (CUB domain) (2), PF00059 (Lectin C-type domain) contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
6dct-18F58G1.4n/achrII 12,932,607C. elegans DCT-18 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000886 (Endoplasmic reticulum, targeting sequence)
7R07H5.8R07H5.8n/achrIV 11,210,138contains similarity to Pfam domain PF00294 pfkB family carbohydrate kinase contains similarity to Interpro domains IPR011611 (Carbohydrate/purine kinase), IPR002139 (Ribokinase), IPR001805 (Adenosine kinase), IPR002173 (Carbohydrate/puine kinase, PfkB, conserved site)
8F32A5.3F32A5.3n/achrII 7,234,327contains similarity to Pfam domain PF00450 Serine carboxypeptidase contains similarity to Interpro domain IPR001563 (Peptidase S10, serine carboxypeptidase)
9K10C2.1K10C2.1n/achrX 6,425,780contains similarity to Pfam domain PF00450 Serine carboxypeptidase contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR001563 (Peptidase S10, serine carboxypeptidase)
10T16G1.6T16G1.6n/achrV 12,936,341contains similarity to Pfam domains PF02958 (Domain of unknown function (DUF227)) , PF07914 (Protein of unknown function (DUF1679)) contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR012877 (Protein of unknown function DUF1679, Caenorhabditis species), IPR004119 (Protein of unknown function DUF227), IPR015897 (CHK kinase-like)
11lbp-7T22G5.2n/achrV 13,879,814lbp-7 encodes a predicted intracellular fatty acid binding protein (iFABP) that is most similar to the vertebrate muscle and heart FABPs; by homology, LBP-7 is predicted to function as an intracellular transporter for small hydrophobic molecules such as lipids and steroid hormones; as loss of lbp-7 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities, the precise role of LBP-7 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
12gsto-1C29E4.7n/achrIII 7,946,235gsto-1 encodes an experimentally verified thiol oxidoreductase and dehydroascorbate reductase, required for normal stress resistance; formally, GSTO-1 is an omega-class glutathione transferase (GST; EC 2.5.1.18), but it has little activity in vitro on classic GST substrates; GSTO-1 is expressed in postembryonic intestine; gsto-1(RNAi) induces hypersensitivity to heat-, arsenite-, juglone-, paraquat-, or cumene hydroperoxide-induced stresses, whereas overexpression of GSTO-1 enhances resistance to them; gsto-1 transcription is upregulated by stress; ELT-2 may directly activate gsto-1 transcription in developing gut via a 300-nucleotide sequence upstream of gsto-1's ATG start site.
13F01F1.9F01F1.9n/achrIII 5,862,653contains similarity to Pfam domain PF02127 Aminopeptidase I zinc metalloprotease (M18) contains similarity to Interpro domain IPR001948 (Peptidase M18, aminopeptidase I)
14aqp-11ZK525.2n/achrIII 13,673,891aqp-11 encodes a putative aquaporin with no function in mass RNAi assays, perhaps reflecting genetic redundancy with its paralogs AQP-9 and AQP-10; AQP-11 is orthologous to Drosophila CG12251 and human AQP11 (OMIM:609914), AQP12A (OMIM:609789), and AQP12B.
15W04G3.5W04G3.5n/achrX 11,074,823contains similarity to Pfam domain PF00156 Phosphoribosyl transferase domain contains similarity to Interpro domains IPR005946 (Phosphoribosyl pyrophosphokinase), IPR000836 (Phosphoribosyltransferase)
16W09D10.3W09D10.3n/achrIII 10,708,021contains similarity to Pfam domain PF00542 Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR013823 (Ribosomal protein L7/L12, C-terminal), IPR014719 (Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like), IPR008932 (Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation)
17F58B4.5F58B4.5n/achrV 10,933,422contains similarity to Pfam domains PF02958 (Domain of unknown function (DUF227)) , PF07914 (Protein of unknown function (DUF1679)) contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR012877 (Protein of unknown function DUF1679, Caenorhabditis species), IPR004119 (Protein of unknown function DUF227), IPR015897 (CHK kinase-like)
18ugt-48C18C4.3n/achrV 5,546,863C. elegans UGT-48 protein; contains similarity to Pfam domains PF04101 (Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain) , PF00201 (UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase) contains similarity to Interpro domains IPR001412 (Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site), IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase), IPR007235 (Glycosyl transferase, family 28, C-terminal)
19K06A4.5K06A4.5n/achrV 9,506,309contains similarity to Pfam domain PF06052 3-hydroxyanthranilic acid dioxygenase contains similarity to Interpro domains IPR011051 (Cupin, RmlC-type), IPR016700 (3-hydroxyanthranilate 3, 4-dioxygenase, metazoan), IPR010329 (3-hydroxyanthranilic acid dioxygenase)
20sur-5K03A1.5n/achrX 7,303,412sur-5 encodes a protein with high similarity to H. sapiens Acetoacetyl-coenzyme A synthetase; sur-5 negatively regulates let-60 during vulval induction, based on genetic analysis, and genetically synergises with lin-45 with respect to larval death, uncoordinated movement and egg-laying defects; sur-5 is strongly expressed in most cells of C. elegans, including the VPCs and is localized primarily to the nucleus.
21ugt-63C04F5.7n/achrV 5,109,468C. elegans UGT-63 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
22C26B9.5C26B9.5n/achrX 5,330,863contains similarity to Pfam domain PF05577 Serine carboxypeptidase S28 contains similarity to Interpro domain IPR008758 (Peptidase S28)
23F25B4.6F25B4.6n/achrV 5,683,638F25B4.6 is orthologous to the human gene 3-HYDROXY-3-METHYLGLUTARYL COA SYNTHASE (HMGCS2; OMIM:600234), which when mutated leads to disease.
24egl-45C27D11.1n/achrIII 7,826,432egl-45 encodes a homolog of eukaryotic translation initiation factor 3, subunit 10, that affects development of the HSNs that affect egg laying.
25cct-1T05C12.7n/achrII 8,186,346cct-1 encodes a putative alpha subunit of the eukaryotic cytosolic ('T complex') chaperonin, orthologous to human TCP1 (OMIM:186980), and required for normal pronuclear-centrosome rotation, positioning of the mitotic spindle, meiosis, and distal tip cell migration; CCT-1 is also required to repress SKN-1-dependent transcription of gst-4, and for fertility and viability; CCT-1 is expressed in larval and adult pharynx, intestine, body wall muscle, and neurons, as well as adult rectal epithelium; cct-1 mRNA is enriched in cultured touch receptor neurons.
26folt-2F37B4.7n/achrV 2,874,024folt-2 encodes a putative folate transporter; FOLT-2 is orthologous to human SLC19A1 (OMIM:600424), SLC19A2 (OMIM:603941, mutated in thiamine-responsive megaloblastic anemia syndrome), and SLC19A3 (OMIM:606152, mutated in biotin-responsive basal ganglia disease); heterologously expressed FOLT-2 does not significantly transport folate; FOLT-2 has no obvious function in mass RNAi assays, perhaps because of genetic redundancy with its paralogs FOLT-1 and FOLT-3.
27Y48E1B.8Y48E1B.8n/achrII 13,587,287contains similarity to Pfam domain PF03407 Protein of unknown function (DUF271) contains similarity to Interpro domain IPR005069 (Protein of unknown function DUF271)
28C29F7.3C29F7.3n/achrX 13,419,306contains similarity to Pfam domain PF00406 Adenylate kinase contains similarity to Interpro domains IPR000764 (Uridine kinase), IPR000850 (Adenylate kinase), IPR006266 (UMP-CMP kinase), IPR011769 (Adenylate/cytidine kinase, N-terminal)
29gas-1K09A9.5n/achrX 15,588,527The gas-1 gene encodes a 49 kDa subunit of mitochondrial complex I that is required for oxidative phosphorylation, resistance to volatile anesthetics, fecundity, and normal lifespan; gas-1 is expressed in the nematode neuromuscular system; its subcellular distribution appears to be mitochondrial; drug effects on mutants versus wild-type indicate that gas-1 functions at least partially through presynaptic effects; gas-1 mutants have strongly reduced Complex I-dependent metabolism in mitochondria, while Complex II-dependent metabolism is conversely increased in mutants; gas-1 mitochondria look structurally normal.
30K12C11.1K12C11.1n/achrI 1,343,024The K12C11.1 gene encodes an ortholog of the human gene PEPTIDASE D (PEPD), which when mutated leads to prolidase deficiency (OMIM:170100).
31phb-2T24H7.1n/achrII 6,252,083phb-2 encodes one of two subunits of the mitochondrial prohibitin complex; loss of phb-2 activity via RNAi indicates that phb-2 function is required for mitochondrial biogenesis and maintenance and for embryonic, germline, and somatic gonad development.
32T25B6.2T25B6.2n/achrX 9,036,480T25B6.2 encodes two isoforms of a neprilysin; neprilysins are thermolysin-like zinc metallopeptidases, found on the outer surface of animal cells, that negatively regulate small signalling peptides (e.g., enkephalin, tachykinin, insulin, and natriuretic peptides) by cleaving them; T25B6.2 is orthologous to Ac-mep-1, a gut luminal neprilysin which is specifically expressed in the adult life stage of Ancylostoma caninum hookworms, and whose protein product is localized to the microvilli of the gastrointestinal tract, suggesting a role in digestion.
33K11D12.5K11D12.5n/achrV 5,030,085contains similarity to Pfam domain PF03083 MtN3/saliva family contains similarity to Interpro domains IPR001411 (Tetracycline resistance protein, TetB), IPR004316 (MtN3 and saliva related transmembrane protein)
34Y76A2B.3Y76A2B.3n/achrIII 13,541,717contains similarity to Pfam domain PF00501 AMP-binding enzyme contains similarity to Interpro domain IPR000873 (AMP-dependent synthetase and ligase)
35eft-1ZK328.2n/achrIII 6,011,147eft-1 encodes an elongation factor 2 (EF-2)-like protein; by homology, EFT-1 is predicted to function as a GTPase required for the elongation step of protein synthesis; loss of eft-1 activity via large-scale RNAi indicates that eft-1 is an essential gene required for embryonic development, reproduction, and the overall health of the animal; eft-1 mRNA is detectable at all stages of C. elegans development.
36ugt-12T19H12.9n/achrV 4,888,389C. elegans UGT-12 protein; contains similarity to Pfam domains PF04101 (Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain) , PF00201 (UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase) contains similarity to Interpro domains IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase), IPR007235 (Glycosyl transferase, family 28, C-terminal)
37ugt-46B0310.5n/achrX 528,055C. elegans UGT-46 protein; contains similarity to Pfam domains PF04101 (Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain) , PF00201 (UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase) contains similarity to Interpro domains IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase), IPR007235 (Glycosyl transferase, family 28, C-terminal)
38F11C1.3F11C1.3n/achrX 12,983,754contains similarity to Pfam domain PF01130 CD36 family contains similarity to Interpro domain IPR002159 (CD36 antigen)
39eif-3.DR08D7.3n/achrIII 8,970,522eif-3.D encodes the C. elegans ortholog of the translation initiation factor 3 subunit d (eIF3d/Moe1); by homology, EIF-3.D is predicted to function as part of the eIF3 translation initiation complex but also as part of a Ras-mediated pathway that regulates mitotic spindle formation; in C. elegans, large-scale RNAi screens indicate that eif-3.D is required for embryonic and germline development, locomotion, and normal rates of post-embryonic growth; in the early embryo, eif-3.D is specifically required for the fidelity of meiotic divisions and normal pseudocleavage; eif-3.D function is likely conserved, as expression of eif-3.D in Schizosaccharomyces pombe can rescue the mitotic spindle and growth defects associated with moe1 mutant cells; to date, eif-3.D expression has been reported in anterior neurons and the pharynx, beginning at late stages of embryogenesis.
40daf-36C12D8.5n/achrV 10,224,591daf-36 encodes a protein homologous to the catalytic subunit of Rieske-like oxygenases; DAF-36 functions in a hormone biosynthetic pathway producing a ligand for the DAF-12 nuclear receptor that regulates the developmental decision between reproductive growth and dauer formation; a daf-36::gfp reporter fusion is expressed in the intestine, the head mesodermal cell, two unidentified head neurons (not XXXR/L) and, in dauers, the lateral seam cells; DAF-36 localizes to the cytoplasm in the intestine and to a cytosolic meshwork in dauer seam cells.
41alh-9F01F1.6n/achrIII 5,858,031C. elegans ALH-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF00171 Aldehyde dehydrogenase family contains similarity to Interpro domains IPR016163 (Aldehyde dehydrogenase, C-terminal), IPR016162 (Aldehyde dehydrogenase, N-terminal), IPR016161 (Aldehyde/histidinol dehydrogenase), IPR015590 (Aldehyde dehydrogenase), IPR016160 (Aldehyde dehydrogenase, conserved site)
42B0272.3B0272.3n/achrX 9,432,002contains similarity to Pfam domains PF00725 (3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain) , PF02737 (3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR013328 (Dehydrogenase, multihelical), IPR008927 (6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal-like), IPR006176 (3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding), IPR006168 (NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase), IPR006108 (3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal), IPR006180 (3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, conserved site), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR006036 (Potassium uptake protein TrkA)
43dhs-28M03A8.1n/achrX 6,819,210dhs-28 encodes an ortholog of human 17-BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE 4 (HSD17B4; OMIM:601860, mutated in D-bifunctional protein deficiency), which contains a C-terminal SCP-2 sterol transfer domain; the deletion allele dhs-28(ok450) is superficially wild-type.
44C44B7.7C44B7.7n/achrII 6,879,653contains similarity to Homo sapiens Uncharacterized protein C7orf24; ENSEMBL:ENSP00000275428
45F35D11.4F35D11.4n/achrII 4,603,738contains similarity to Pfam domain PF01928 CYTH domain contains similarity to Interpro domains IPR008172 (Adenylate cyclase), IPR008173 (Adenylyl cyclase CyaB)
46F38E11.5F38E11.5n/achrIV 9,461,841F38E11.5 encodes a beta' (beta-prime) subunit of the coatomer (COPI) complex; in mass RNAi assays, F38E11.5 is required for fertility and general health.
47gst-13T26C5.1n/achrII 9,231,840C. elegans GST-13 protein; contains similarity to Pfam domains PF00043 (Glutathione S-transferase, C-terminal domain) , PF02798 (Glutathione S-transferase, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR004046 (Glutathione S-transferase, C-terminal), IPR004045 (Glutathione S-transferase, N-terminal), IPR010987 (Glutathione S-transferase, C-terminal-like)
48T23B12.2T23B12.2n/achrV 8,468,082contains similarity to Pfam domain PF00573 Ribosomal protein L4/L1 family contains similarity to Interpro domains IPR013005 (Ribosomal protein L4/L1e, bacterial-type), IPR002136 (Ribosomal protein L4/L1e)
49K02G10.3K02G10.3n/achrX 4,675,475contains similarity to Rattus norvegicus Transmembrane protein 135.; SW:Q5U4F4
50T25D3.2T25D3.2n/achrII 155,462contains similarity to Mus musculus 39S ribosomal protein L28, mitochondrial precursor (L28mt) (MRP-L28).; SW:Q9D1B9