UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1glh-3B0414.60chrI 5,793,722glh-3 encodes a predicted DEAD-like RNA helicase; GLH-3 interacts with itself and with CSN-5, KGB-1, ZYX-1, and GLH-1 in vitro, and is expressed in association with P granules throughout development.
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3F08F8.2F08F8.2n/achrIII 7,360,724contains similarity to Pfam domain PF00368 Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductase contains similarity to Interpro domains IPR004554 (Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I, catalytic), IPR009029 (Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, substrate-binding), IPR002202 (Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, catalytic)
4K11H12.7K11H12.7n/achrIV 666,215
5fbxa-71T20H9.3n/achrIII 2,256,678C. elegans FBXA-71 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
6F31D5.5F31D5.5n/achrII 4,199,547contains similarity to Pfam domain PF01825 Latrophilin/CL-1-like GPS domain contains similarity to Interpro domain IPR000203 (GPS)
7T05H4.4T05H4.4n/achrV 6,439,469The T05H4.4 gene encodes a homolog of the human gene B5R, which when mutated leads to methemoglobinemia (OMIM:250800).
8C18H9.5C18H9.5n/achrII 6,693,979contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
9T10E10.4T10E10.4n/achrX 6,318,637T10E10.4 encodes a large (966-residue) protein, predicted to be secreted, with two N-terminal chitin-binding peritrophin-A domains followed by 14 cysteine-rich domains and one C-terminal EB module; the general organization of T10E10.4 protein resembles that of K04H4.2; T10E10.4 has no obvious function in mass RNAi assays but, like CEJ-1 and CPG-2, might participate in chitin synthesis.
10T20D4.6T20D4.6n/achrV 3,411,676contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR014752 (Arrestin, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
11F31D5.4F31D5.4n/achrII 4,179,466contains similarity to Pfam domain PF01825 Latrophilin/CL-1-like GPS domain contains similarity to Interpro domain IPR000203 (GPS)
12msp-38K08F4.8n/achrIV 10,143,514msp-38 encodes a member of the major sperm protein family; msp-38 has a C. briggsae homolog as predicted by the Wobble Bulk Aware Bulk Aligner (WABA).
13rcq-5E03A3.20.000002chrIII 4,055,367C. elegans RCQ-5 protein; contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR004589 (DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
14B0222.1B0222.1n/achrV 9,134,798contains similarity to Pfam domain PF01705 CX module contains similarity to Interpro domains IPR003566 (T-cell surface glycoprotein CD5), IPR002619 (Protein of unknown function CX), IPR000694 (Proline-rich region)
15C29E6.4C29E6.4n/achrIV 11,881,077contains similarity to Pfam domain PF00024 PAN domain contains similarity to Interpro domains IPR003609 (Apple-like), IPR003014 (N/apple PAN), IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
16ran-3C26D10.1n/achrII 8,323,764C. elegans RAN-3 protein; contains similarity to Interpro domains IPR009091 (Regulator of chromosome condensation/beta-lactamase-inhibitor protein II), IPR000408 (Regulator of chromosome condensation, RCC1)
17F46B6.4F46B6.4n/achrV 9,778,673contains similarity to Pfam domain PF01926 GTPase of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR016496 (GTP-binding protein, HflX), IPR002917 (GTP-binding protein, HSR1-related), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR006073 (GTP1/OBG)
18uvt-2C24H10.5n/achrX 5,076,202uvt-2 encodes a protein that contains four EF-hand calcium binding motifs with similarity to human calmodulin; mRNA weakly expressed in L1 through L4 larval stages and in the adult hermaphrodite.
19T25B2.1T25B2.1n/achrX 6,175,044contains similarity to Pfam domains PF00620 (RhoGAP domain) , PF00130 (Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain)) contains similarity to Interpro domains IPR001060 (Cdc15/Fes/CIP4), IPR008936 (Rho GTPase activation protein), IPR000533 (Tropomyosin), IPR002219 (Protein kinase C, phorbol ester/diacylglycerol binding), IPR000695 (H+ transporting ATPase, proton pump), IPR000198 (RhoGAP)
20cee-1F26F4.1n/achrIII 4,913,131C. elegans CEE-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF04190 Protein of unknown function (DUF410) contains similarity to Interpro domain IPR007317 (Protein of unknown function DUF410)
21B0001.7B0001.7n/achrIV 12,152,686contains similarity to Herpestes ichneumon Acetylcholine receptor protein, alpha chain (Fragment).; SW:ACHA_HERIC
22sulp-8ZK287.2n/achrV 9,671,599sulp-8 encodes one of eight C. elegans members of the sulfate permease family of anion transporters; by homology, SULP-8 is predicted to function as an anion transporter that regulates cellular pH and volume via transmembrane movement of electrolytes and fluids; a SULP-8::GFP fusion is expressed in the basolateral membrane of the excretory cell, intestine, and rectal gland cells.
23ceeh-1K02F3.6n/achrIII 830,425ceeh-1 encodes a soluble epoxide hydrolase (sEH) orthologous to human ABHD7 and ABHD9; recombinant CEEH-1 is biochemically active in vitro on epoxyeicosatrienoic acids and leukotoxins (EpOMEs); conversely, CEEH-1 is inhibited by urea-based antagonists of mammalian sEH that elevate EpOME levels when fed to C. elegans; perhaps because of genetic redundancy with its paralog CEEH-2, CEEH-1 has no obvious function in mass RNAi assays.
24T23B12.4T23B12.4n/achrV 8,463,927contains similarity to Pfam domain PF04112 Mak10 subunit, NatC N(alpha)-terminal acetyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR007244 (Mak10 subunit, NatC N(alpha)-terminal acetyltransferase)
25ddl-1F59E12.10n/achrII 5,647,512ddl-1 encodes a coiled-coil protein orthologous to vertebrate CCD53; loss of ddl-1 activity via RNAi results in a daf-16-dependent increase in lifespan.
26nph-4R13H4.1n/achrV 11,837,428nph-4 encodes an ortholog of human NPHP4 (OMIM:607215, mutated in juvenile nephronophthisis and Senior-Loken syndrome-4) that is required for normal chemotaxis, lifespan, and male mating behavior; NPH-4 is expressed in diverse neurons (amphid and phasmid sensory, URX, labial, male lumbar and cloacal ganglia, and male-specific CEM, HOB and RnB); within neurons, NPH-4 is a ciliary protein, localized to the transistion zone at cilial bases rather than ciliary axonemes, and absent from somata, axons, or dendrites; NPH-4 colocalizes with NPH-1 and PKD-2 in male-specific sensory cilia, and is required for the normal ciliary localization of NPH-1; NPH-4 expression requires DAF-19, and mutating an X-box in nph-4's promoter abolishes nph-4 expression; NPH-4 is required for NPH-1's localization to transistion zones; morphologically, nph-4 mutant cilia are normal, indicating a function for NPH-4 in signal transduction.
27M02G9.3M02G9.3n/achrII 10,319,023contains similarity to Pfam domain PF02363 Cysteine rich repeat contains similarity to Interpro domains IPR003341 (Cysteine rich repeat, tripleX), IPR013032 (EGF-like region, conserved site)
28nduf-2.2T26A5.3n/achrIII 6,466,129T26A5.3 encodes a predicted mitochondrial protein whose mature sequence has near-identity (95%) to GAS-1; T26A5.3 transcription is detectable by RT-PCR, but not visible by promoter-GFP fusion; however, a transgene containing a fusion of the gas-1 promoter to the T26A5.3 protein-coding sequence is able to fully rescue gas-1 mutants, indicating that T26A5.3 encodes a fully functional mitochondrial 49 kDa subunit that may rescue gas-1(fc21) mutants from lethality; mutants homozygous for a T26A5.3 deletion have normal anesthetic sensitivity and normal sensitivity to oxygen (unlike gas-1 mutants) but a shortened lifespan at normal laboratory oxygen levels (20%); animals doubly mutant for gas-1 and T26A5.3 have maternal-effect lethality, but sterile surviving parents are abnormally long-lived (2.7 times longer than wild-type and 4.2 times longer than gas-1 mutants); double mutants remain hypersensitive to oxygen.
29F09C8.1F09C8.1n/achrX 16,161,517contains similarity to Pfam domain PF00657 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase contains similarity to Interpro domains IPR001087 (Lipase, GDSL), IPR013830 (Esterase, SGNH hydrolase-type)
30F54D10.8F54D10.8n/achrII 3,826,789contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
31clec-160F09G8.8n/achrIII 8,274,384C. elegans CLEC-160 protein; contains similarity to Pfam domains PF00092 (von Willebrand factor type A domain) , PF00059 (Lectin C-type domain) contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR002035 (von Willebrand factor, type A)
32T27A8.3T27A8.3n/achrX 16,062,905contains similarity to Pfam domain PF00557 metallopeptidase family M24 contains similarity to Interpro domains IPR000994 (Peptidase M24, catalytic core), IPR011991 (Winged helix repressor DNA-binding)
33sfxn-1.1AH6.2n/achrII 9,518,171C. elegans SFXN-1.1 protein; contains similarity to Pfam domain PF03820 Tricarboxylate carrier contains similarity to Interpro domain IPR004686 (Tricarboxylate/iron carrier)
34srt-64C03A7.9n/achrV 5,168,964C. elegans SRT-64 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
35dbr-1C55B7.8n/achrI 6,491,723dbr-1 encodes a homolog of the RNA lariat-debranching enzyme; DBR-1 is predicted to function in RNA processing by hydrolyzing the 2'-5' phosphodiester bond at the branchpoint of excised lariat intron RNA, thus converting the introns into linear molecules that can subsequently be degraded by exonucleases; in C. elegans, DBR-1 activity is required for embryonic and germline development, as well as for normal rates of postembryonic growth; overexpression of C. elegans DBR-1 in Saccharomyces cerevisiae can complement the RNA processing defects of a dbr1 null mutant strain, restoring debranching activity and intron degradation to near wild-type levels.
36lgc-17T01H10.6n/achrX 12,123,239C. elegans LGC-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF02931 Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain contains similarity to Interpro domains IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding)
37srx-117C14C11.5n/achrV 5,645,343C. elegans SRX-117 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
38gnrr-6F13D2.2n/achrX 11,179,951C. elegans GNRR-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
39W03C9.1W03C9.1n/achrII 11,961,452contains similarity to Homo sapiens RNA binding protein; ENSEMBL:ENSP00000301740
40F22H10.4F22H10.4n/achrX 16,684,977
41T10H4.4T10H4.4n/achrV 15,271,231contains similarity to Interpro domain IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold)
42F11G11.13F11G11.13n/achrII 4,875,478contains similarity to Pfam domain PF00217 ATP:guanido phosphotransferase, C-terminal catalytic domain contains similarity to Interpro domains IPR000749 (ATP:guanido phosphotransferase), IPR014746 (Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic region)
43srw-8F59D6.5n/achrV 3,033,490C. elegans SRW-8 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
44T08G5.9T08G5.9n/achrV 14,045,861contains similarity to Pfam domain PF00635 MSP (Major sperm protein) domain contains similarity to Interpro domains IPR008962 (PapD-like), IPR000535 (Major sperm protein)
45F26C11.3F26C11.3n/achrII 9,906,024contains similarity to Interpro domains IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR016060 (Complement control module)
46T07D3.3T07D3.3n/achrII 895,627contains similarity to Homo sapiens CGI16-iso; ENSEMBL:ENSP00000368599
47srz-70C09G12.6n/achrIV 3,478,198C. elegans SRZ-70 protein ;
48M116.5M116.5n/achrIV 8,417,632contains similarity to Pfam domains PF00307 (Calponin homology (CH) domain) (4), PF02187 (Growth-Arrest-Specific Protein 2 Domain) contains similarity to Interpro domains IPR003108 (Growth-arrest-specific protein 2), IPR002017 (Spectrin repeat), IPR016146 (Calponin-homology), IPR001715 (Calponin-like actin-binding), IPR001589 (Actinin-type, actin-binding, conserved site)
49nhr-163C33G8.12n/achrV 6,984,709C. elegans NHR-163 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
50F28G4.5F28G4.5n/achrV 16,290,444contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domains IPR002656 (Acyltransferase 3), IPR006621 (Nose resistant to fluoxetine-4, N-terminal)