UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1B0303.11B0303.110chrIII 8,706,616contains similarity to Pfam domain PF00324 Amino acid permease contains similarity to Interpro domain IPR004841 (Amino acid permease-associated region)
2nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
4F38B2.4F38B2.4n/achrX 11,287,008F38B2.4 is orthologous to the human gene ADENYLATE KINASE 1 (AK1; OMIM:103000), which when mutated leads to hemolytic anemia.
5D2092.6D2092.6n/achrI 6,597,924contains similarity to Homo sapiens Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8; ENSEMBL:ENSP00000302239
6K02F3.10K02F3.10n/achrIII 851,885contains similarity to Interpro domain IPR001412 (Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site)
7F01D5.2F01D5.2n/achrII 13,998,627contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domains IPR001368 (TNFR/CD27/30/40/95 cysteine-rich region), IPR000480 (Glutelin), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
8C24G7.2C24G7.2n/achrI 4,105,880contains similarity to Pfam domain PF00858 Amiloride-sensitive sodium channel contains similarity to Interpro domain IPR001873 (Na+ channel, amiloride-sensitive)
9DH11.4DH11.4n/achrII 7,993,221contains similarity to Pfam domain PF00168 C2 domain contains similarity to Interpro domains IPR008973 (C2 calcium/lipid-binding region, CaLB), IPR000008 (C2 calcium-dependent membrane targeting)
10F20B6.5F20B6.5n/achrX 4,199,245contains similarity to Homo sapiens Conserved hypothetical protein; VG:OTTHUMP00000076919
11F19C7.1F19C7.1n/achrIV 4,606,991contains similarity to Pfam domain PF06879 Protein of unknown function (DUF1261) contains similarity to Interpro domain IPR009673 (Protein of unknown function DUF1261)
12T14G11.3T14G11.3n/achrX 2,684,999contains similarity to Homo sapiens inner membrane protein, mitochondrial isoform 2; ENSEMBL:ENSP00000366526
13tag-18T14G12.3n/achrX 3,732,674C. elegans TAG-18 protein ;
14clec-185C25G4.1n/achrIV 12,440,827C. elegans CLEC-185 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
15clec-262ZC15.2n/achrV 20,309,111C. elegans CLEC-262 protein; contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domains IPR006583 (CW), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR001304 (C-type lectin)
16nduf-2.2T26A5.3n/achrIII 6,466,129T26A5.3 encodes a predicted mitochondrial protein whose mature sequence has near-identity (95%) to GAS-1; T26A5.3 transcription is detectable by RT-PCR, but not visible by promoter-GFP fusion; however, a transgene containing a fusion of the gas-1 promoter to the T26A5.3 protein-coding sequence is able to fully rescue gas-1 mutants, indicating that T26A5.3 encodes a fully functional mitochondrial 49 kDa subunit that may rescue gas-1(fc21) mutants from lethality; mutants homozygous for a T26A5.3 deletion have normal anesthetic sensitivity and normal sensitivity to oxygen (unlike gas-1 mutants) but a shortened lifespan at normal laboratory oxygen levels (20%); animals doubly mutant for gas-1 and T26A5.3 have maternal-effect lethality, but sterile surviving parents are abnormally long-lived (2.7 times longer than wild-type and 4.2 times longer than gas-1 mutants); double mutants remain hypersensitive to oxygen.
17F22E12.1F22E12.1n/achrV 10,455,572contains similarity to Pfam domain PF00014 Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain contains similarity to Interpro domains IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa), IPR000694 (Proline-rich region)
18F49H6.3F49H6.3n/achrV 17,015,023contains similarity to Pfam domain PF06653 Protein of unknown function (DUF1164) contains similarity to Interpro domain IPR009545 (Protein of unknown function DUF1164)
19abu-1AC3.3n/achrV 10,381,053abu-1 encodes a transmembrane protein with a predicted signal sequence, a glutamine/asparagine-rich domain and multiple cysteine-rich repeats (DUF139); abu-1 expression is induced by blockage of the unfolded-protein response in the endoplasmic reticulum, and ABU-1 may help protect the organism from damage by improperly folded nascent protein.
20C07A9.5C07A9.5n/achrIII 9,682,077contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)
21F40A3.6F40A3.6n/achrV 7,893,039
22C34C6.4C34C6.4n/achrII 8,697,694contains similarity to Pfam domains PF00732 (GMC oxidoreductase) , PF05199 (GMC oxidoreductase) contains similarity to Interpro domains IPR013027 (FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase), IPR012132 (Glucose-methanol-choline oxidoreductase), IPR007867 (Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal), IPR000172 (Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal), IPR001100 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I)
23M116.5M116.5n/achrIV 8,417,632contains similarity to Pfam domains PF00307 (Calponin homology (CH) domain) (4), PF02187 (Growth-Arrest-Specific Protein 2 Domain) contains similarity to Interpro domains IPR003108 (Growth-arrest-specific protein 2), IPR002017 (Spectrin repeat), IPR016146 (Calponin-homology), IPR001715 (Calponin-like actin-binding), IPR001589 (Actinin-type, actin-binding, conserved site)
24R05D3.6R05D3.6n/achrIII 8,350,531R05D3.6 encodes the epsilon subunit of the soluble, catalytic F1 portion of ATP synthase (mitochondrial respiratory chain [MRC] complex V); RNAi experiments indicate that loss of R05D3.6 activity has minor effects on growth rate.
25C34H4.2C34H4.2n/achrIV 1,554,675contains similarity to Pfam domain PF03409 Protein of unknown function (DUF274) contains similarity to Interpro domain IPR005071 (Protein of unknown function DUF274)
26K10C2.4K10C2.4n/achrX 6,447,827K10C2.4 encodes a putative fumarylacetoacetate hydrolase, orthologous to human FAH (OMIM:276700, mutated in type I tyrosinemia), that is required for tyrosine metabolism, resistance to oxidative and protein-folding stresses, and more generally for normally rapid growth, normal locomotion, fertility, and viability; K10C2.4 is expressed in hypodermis and intestine; the intestines of K10C2.4(RNAi) animals atrophy rapidly, and show an abnormally active oxidative stress response (seen via gst-4::GFP) and ER stress response (seen via hsp-4::GFP); while RNAi against enzymes upstream of K10C2.4 suppresses the K10C2.4(RNAi) phenotype, excess dietary tyrosine or homogentisic acid enhances it, and exogenous succinylacetone (SA) mimics it, consistent with the hypothesis that blocked SA metabolism is toxic in K10C2.4(RNAi) animals.
27F02C12.1F02C12.1n/achrX 13,404,175contains similarity to Interpro domain IPR000433 (Zinc finger, ZZ-type)
28abcx-1C56E6.1n/achrII 6,536,117C. elegans ABCX-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF07539 Down-regulated in metastasis contains similarity to Interpro domains IPR011430 (Down-regulated in metastasis), IPR016024 (Armadillo-type fold)
29ucr-1F56D2.1n/achrIII 5,593,099C. elegans UCR-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00675 (Insulinase (Peptidase family M16)) , PF05193 (Peptidase M16 inactive domain) contains similarity to Interpro domains IPR001431 (Peptidase M16, zinc-binding site), IPR011765 (Peptidase M16, N-terminal), IPR000209 (Peptidase S8 and S53, subtilisin, kexin, sedolisin), IPR011237 (Peptidase M16, core), IPR007863 (Peptidase M16, C-terminal), IPR011249 (Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like, metal-binding)
30mdh-1F20H11.3n/achrIII 6,607,404mdh-1 encodes a homolog of malate dehydrogenase that is predicted to be mitochondrial.
31ZK1321.4ZK1321.4n/achrII 9,772,248contains similarity to Pfam domain PF00595 PDZ domain (Also known as DHR or GLGF) contains similarity to Interpro domains IPR006643 (ZASP), IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
32rpl-30Y106G6H.3n/achrI 10,436,561rpl-30 encodes a large ribosomal subunit L30 protein; by homology, RPL-30 is predicted to function in protein biosynthesis; in C. elegans, loss of rpl-30 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any obvious abnormalities.
33abu-7C03A7.8n/achrV 5,164,061abu-7 encodes a transmembrane protein with a predicted signal sequence, a glutamine/asparagine-rich domain and multiple cysteine-rich repeats (DUF139); abu-7 expression is induced by blockage of the unfolded-protein response in the endoplasmic reticulum, and ABU-7 may help protect the organism from damage by improperly folded nascent protein.
34H25P06.1H25P06.1n/achrI 11,317,448contains similarity to Pfam domains PF00349 (Hexokinase) , PF03727 (Hexokinase) contains similarity to Interpro domain IPR001312 (Hexokinase)
35T22B2.6T22B2.6n/achrX 3,915,288
36dbr-1C55B7.8n/achrI 6,491,723dbr-1 encodes a homolog of the RNA lariat-debranching enzyme; DBR-1 is predicted to function in RNA processing by hydrolyzing the 2'-5' phosphodiester bond at the branchpoint of excised lariat intron RNA, thus converting the introns into linear molecules that can subsequently be degraded by exonucleases; in C. elegans, DBR-1 activity is required for embryonic and germline development, as well as for normal rates of postembryonic growth; overexpression of C. elegans DBR-1 in Saccharomyces cerevisiae can complement the RNA processing defects of a dbr1 null mutant strain, restoring debranching activity and intron degradation to near wild-type levels.
37M01G12.9M01G12.9n/achrI 12,111,806contains similarity to Lactococcus lactis ORF (Fragment).; TR:Q48730
38F48F5.2F48F5.2n/achrV 20,441,470contains similarity to Homo sapiens Intestinal mucin; TR:O43420
39R02D3.1R02D3.1n/achrIV 248,522The R02D3.1 gene encodes an ortholog of the human gene ALPHA-AMINOADIPATE SEMIALDEHYDE SYNTHASE (AASS; OMIM:605113), which when mutated leads to hyperlysinemia (OMIM:238700).
40cyc-1C54G4.8n/achrI 8,023,821cyc-1 encodes a component of complex III ( cytochrome c reductase) required for normal ATP production; reduction of ATP production by cyc-1(RNAi) decreases growth rate and body size, slows behavior, and increases lifespan; cyc-1 encodes a protein predicted by Eisenberg and coworkers, with 52% accuracy, to be mitochondrial
41F10G7.6F10G7.6n/achrII 4,692,543contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
42F52F12.7F52F12.7n/achrI 9,929,922F52F12.7 is orthologous to the human gene STEROIDOGENIC ACUTE REGULATORY PROTEIN (STAR; OMIM:600617), which when mutated leads to disease.
43C01B7.5C01B7.5n/achrV 8,800,549contains similarity to Pfam domain PF00595 PDZ domain (Also known as DHR or GLGF) contains similarity to Interpro domain IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
44R11D1.9R11D1.9n/achrV 12,729,002contains similarity to Pfam domain PF05046 Mitochondrial large subunit ribosomal protein (Img2) contains similarity to Interpro domain IPR007740 (Ribosomal protein L49/IMG2)
45T22C8.2T22C8.2n/achrII 8,616,005contains similarity to Pfam domain PF01630 Hyaluronidase contains similarity to Interpro domains IPR013785 (Aldolase-type TIM barrel), IPR001968 (Glycoside hydrolase, family 56), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR017430 (Glycoside hydrolase,family 56,Hyaluronidase), IPR001329 (Glycoside hydrolase, family 56, allergen Api/Dol m 2)
46W02G9.4W02G9.4n/achrV 2,668,540contains similarity to Pfam domain PF00431 CUB domain contains similarity to Interpro domain IPR000859 (CUB)
47clec-166F38A1.5n/achrIV 1,250,233C. elegans CLEC-166 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
48C06H2.2C06H2.2n/achrV 11,126,240contains similarity to Pfam domain PF01852 START domain contains similarity to Interpro domain IPR002913 (Lipid-binding START)
49lgc-21C33G3.3n/achrX 14,065,977C. elegans LGC-21 protein; contains similarity to Pfam domain PF02931 Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain contains similarity to Interpro domains IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding)
50F18H3.4F18H3.4n/achrX 13,530,481contains similarity to Mus musculus GRIP1-associated protein 1 (GRASP-1) (HCMV-interacting protein).; SW:Q8VD04