UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1B0273.3B0273.30chrIV 5,485,115contains similarity to Tetraodon nigroviridis Chromosome 18 SCAF15038, whole genome shotgun sequence. (Fragment).; TR:Q4RJG8
2K02B2.1K02B2.1n/achrIV 5,942,943contains similarity to Pfam domains PF01591 (6-phosphofructo-2-kinase) , PF00300 (Phosphoglycerate mutase family) contains similarity to Interpro domains IPR016260 (Bifunctional 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2, 6-bisphosphate 2-phosphatase), IPR001345 (Phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase), IPR003094 (Fructose-2,6-bisphosphatase), IPR013079 (6-phosphofructo-2-kinase), IPR013078 (Phosphoglycerate mutase)
3cdd-2F49E8.4n/achrIV 7,547,502A functional cytidine deaminase that affects morphology of embryos; it is expressed at all life cycle stages.
4C27A2.1C27A2.1n/achrII 5,064,604contains similarity to Pfam domain PF02463 RecF/RecN/SMC N terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR003395 (RecF/RecN/SMC protein, N-terminal)
5C03B8.2C03B8.2n/achrIII 7,716,234
6xtr-2F17A2.1n/achrX 12,316,529xtr-2 encodes a protein with similarity to TRA-2A and TRA-2B in a region known as the MX region, hypothesized to be a protein-protein interaction domain involved in negatively regulating tra-2 activity in the germ line.
7stl-1F30A10.5n/achrI 9,487,412C. elegans STL-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01145 SPFH domain / Band 7 family contains similarity to Interpro domains IPR001107 (Band 7 protein), IPR001972 (Stomatin)
8F44E2.8F44E2.8n/achrIII 8,849,158contains similarity to Pfam domain PF08719 Domain of unknown function (DUF1768) contains similarity to Interpro domain IPR012816 (Conserved hypothetical protein CHP02464)
9R07E5.13R07E5.13n/achrIII 4,414,076This gene encodes a homolog of mammalian BRAIN PROTEIN 44-LIKE (BRP44L).
10F30A10.10F30A10.10n/achrI 9,508,859contains similarity to Pfam domains PF00443 (Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase) , PF02809 (Ubiquitin interaction motif) contains similarity to Interpro domain IPR001394 (Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2)
11F55A3.7F55A3.7n/achrI 10,786,484contains similarity to Pfam domain PF08644 FACT complex subunit (SPT16/CDC68) contains similarity to Interpro domains IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR013953 (FACT complex subunit Spt16p/Cdc68p)
12cyn-7Y75B12B.2n/achrV 15,186,997cyn-7 encodes a cyclophilin A isoform; while not tested for peptidyl-prolyl isomerase activity in vitro, it is very similar to CYN-3 and closely resembles the prototypical CypA, and is therefore likely to be a member of the cytosolic CsA-binding cyclophilin subfamily; CYN-7 was required for embryonic viability in one set of mass RNAi assays.
13F33H2.2F33H2.2n/achrI 15,025,433contains similarity to Homo sapiens Protein FAM91A1; ENSEMBL:ENSP00000335082
14ent-1ZK809.4n/achrIV 11,654,417ent-1 encodes a predicted equilibrative nucleoside transporter 1 that affects growth.
15C28A5.1C28A5.1n/achrIII 4,431,952contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8IJR3
16vps-33.2C56C10.1n/achrII 6,602,269C. elegans VPS-33.2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00995 Sec1 family contains similarity to Interpro domain IPR001619 (Sec1-like protein)
17K04G2.6K04G2.6n/achrI 8,041,954contains similarity to Pfam domain PF02985 HEAT repeat contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR000357 (HEAT), IPR016024 (Armadillo-type fold)
18R01H10.7R01H10.7n/achrIII 10,264,464contains similarity to Interpro domain IPR001849 (Pleckstrin-like)
19sna-2T13F2.7n/achrIV 9,776,092sna-2 encodes an snRNP-binding protein (SNA-2/SL75p) homologous to Ascaris SL95p (SL 175kd); SNA-2 is found in at least two Sm snRNPs, SL1 and Y, but not in SL2; in snRNP SL1, SNA-2 associates with the SNA-1/SL21p protein, while associating with SUT-1/SL26p (a paralog of SNA-1) in snRNP Y; sna-2(RNAi) is lethal; SNA-2 can bind either SNA-1 or SUT-1 even in the absence of RNA.
20R08D7.1R08D7.1n/achrIII 8,966,795contains similarity to Drosophila pseudoobscura GA12417-PA (Fragment).; TR:Q293H8
21T19B10.8T19B10.8n/achrV 11,243,290contains similarity to Pfam domain PF07819 PGAP1-like protein contains similarity to Interpro domain IPR012908 (PGAP1-like)
22D1043.1D1043.1n/achrII 11,585,601contains similarity to Pfam domain PF02985 HEAT repeat contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
23T12E12.2T12E12.2n/achrIV 5,546,641contains similarity to Pfam domain PF00385 'chromo' (CHRromatin Organisation MOdifier) domain contains similarity to Interpro domains IPR000953 (Chromo domain), IPR016197 (Chromo domain-like)
24F52B5.3F52B5.3n/achrI 8,321,160The F52B5.3 gene encodes a DEAH helicase orthologous to the Drosophila SpindleE protein.
25W02D9.3W02D9.3n/achrI 12,536,484contains similarity to Pfam domain PF00505 HMG (high mobility group) box contains similarity to Interpro domains IPR000910 (High mobility group box, HMG1/HMG2), IPR009071 (High mobility group box, HMG)
26col-141T15B7.5n/achrV 6,830,181C. elegans COL-141 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
27T28A8.6T28A8.6n/achrIII 13,500,236contains similarity to Pfam domain PF04435 Domain of unknown function (DUF545) contains similarity to Interpro domain IPR006570 (SPK)
28nspb-6H04M03.2n/achrIV 5,895,659C. elegans NSPB-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF07312 Protein of unknown function (DUF1459) contains similarity to Interpro domain IPR009924 (Protein of unknown function DUF1459)
29cua-1Y76A2A.2n/achrIII 13,447,397The cua-1 gene encodes a putative E1-E2 ATPase orthologous to the human gene KIAA1347 (ATP7A; OMIM:604384), which when mutated leads to Hailey-Hailey disease.
30F56D1.1F56D1.1n/achrII 5,479,410contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
31syn-16ZC155.7n/achrIII 5,208,372C. elegans SYN-16 protein; contains similarity to Pfam domains PF00804 (Syntaxin) , PF05739 (SNARE domain) contains similarity to Interpro domains IPR010989 (t-SNARE), IPR006011 (Syntaxin, N-terminal), IPR000727 (Target SNARE coiled-coil region)
32F59E12.1F59E12.1n/achrII 5,655,915contains similarity to Pfam domain PF00439 Bromodomain contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR001487 (Bromodomain)
33R02D3.7R02D3.7n/achrIV 254,500contains similarity to Interpro domains IPR009060 (UBA-like), IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like)
34F57B10.4F57B10.4n/achrI 6,567,540contains similarity to Trichomonas vaginalis G3 Viral A-type inclusion protein, putative.; TR:A2E8Z5
35ZK1193.2ZK1193.2n/achrX 411,499contains similarity to Pfam domains PF00092 (von Willebrand factor type A domain) , PF00059 (Lectin C-type domain) contains similarity to Interpro domains IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR001304 (C-type lectin), IPR006582 (Region of unknown fuction MD, Caenorhabditis elegans), IPR002035 (von Willebrand factor, type A)
36ehbp-1F25B3.1n/achrV 9,553,309C. elegans EHBP-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00307 Calponin homology (CH) domain contains similarity to Interpro domains IPR016146 (Calponin-homology), IPR001715 (Calponin-like actin-binding)
37C18H2.2C18H2.2n/achrIII 7,679,866contains similarity to Interpro domain IPR008962 (PapD-like)
38C35D10.5C35D10.5n/achrIII 4,862,879contains similarity to Pfam domain PF03981 Ubiquinol-cytochrome C chaperone contains similarity to Interpro domain IPR007129 (Ubiquinol-cytochrome C chaperone)
39C48B4.10C48B4.10n/achrIII 9,563,945contains similarity to Homo sapiens Transmembrane 9 superfamily protein member 2 precursor; ENSEMBL:ENSP00000245361
40ZK1067.3ZK1067.3n/achrII 9,224,144contains similarity to Mus musculus Serine/threonine-protein kinase Nek9 (EC 2.7.1.37) (NimA-relatedsprotein kinase 9).; SW:NEK9_MOUSE
41msh-2H26D21.2n/achrI 3,695,931The msh-2 gene encodes a DNA mismatch repair protein homolog that is orthologous to human MSH2 (OMIM:120435); mutation of the human MSH2 gene leads to hereditary non-polyposis colon cancer (OMIM:120436).
42apc-2K06H7.6n/achrIII 8,082,080apc-2 encodes an ortholog of subunit 2 of anaphase-promoting complex (APC, a cyclin-specific E3 RING ubiquitin ligase); APC-2 and S. cerevisiae's Apc2p have 32% identity in their cullin domains (considered crucial for function), but otherwise share no obvious similarity; inactivating apc-2 with RNAi causes embryos to arrest at the meiotic one-cell stage, implying that APC-2 is required for the metaphase-to-anaphase transition of meiosis I; this RNAi phenotype of apc-2 is shared by apc-1, apc-4, apc-11, cdc-16, cdc-23, and cdc-27; by analogy with other APC subunits with hypomorphic alleles, APC-2 is likely to be required for asymmetrical segregation of cell fate determinants in two-cell embryos.
43F54D5.14F54D5.14n/achrII 11,580,652contains similarity to Pfam domain PF02463 RecF/RecN/SMC N terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR003395 (RecF/RecN/SMC protein, N-terminal)
44tag-353F25D7.2n/achrI 10,401,993C. elegans TAG-353 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000626 (Ubiquitin)
45K10C8.1K10C8.1n/achrV 12,693,876contains similarity to Pfam domain PF04857 CAF1 family ribonuclease contains similarity to Interpro domains IPR006941 (Ribonuclease CAF1), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
46T28A8.5T28A8.5n/achrIII 13,502,424contains similarity to Pfam domain PF04435 Domain of unknown function (DUF545) contains similarity to Interpro domain IPR006570 (SPK)
47C38C10.2C38C10.2n/achrIII 9,388,833C38C10.2 is orthologous to the human gene SOLUTE CARRIER FAMILY 17 (ANION/SUGAR TRANSPORTER), MEMBER 5 (SLC17A5; OMIM:604322), which when mutated leads to disease.
48htp-1F41H10.10n/achrIV 5,390,947C. elegans HTP-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF02301 HORMA domain contains similarity to Interpro domain IPR003511 (DNA-binding HORMA)
49H21P03.2H21P03.2n/achrIV 11,481,604contains similarity to Pfam domain PF08743 Nse4 contains similarity to Interpro domain IPR014854 (Nse4)
50T23H2.3T23H2.3n/achrI 6,444,050contains similarity to Pfam domains PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) , PF00176 (SNF2 family N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR000330 (SNF2-related), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)