UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1gosr-2.1B0272.21e-121chrX 9,440,914C. elegans GOSR-2.1 protein; contains similarity to Pfam domain PF05008 Vesicle transport v-SNARE protein contains similarity to Interpro domain IPR007705 (Vesicle transport v-SNARE)
2H40L08.1H40L08.1n/achrX 15,082,354contains similarity to Pfam domain PF00627 UBA/TS-N domain contains similarity to Interpro domains IPR009060 (UBA-like), IPR000533 (Tropomyosin), IPR000449 (Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal)
3M02G9.1M02G9.1n/achrII 10,330,867contains similarity to Pfam domain PF02363 Cysteine rich repeat contains similarity to Interpro domains IPR003341 (Cysteine rich repeat, tripleX), IPR015333 (Pollen allergen ole e 6)
4C34F6.8C34F6.8n/achrX 11,216,944contains similarity to Pfam domain PF00180 Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR004790 (Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, eukaryotic), IPR001804 (Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase)
5set-15R11E3.4n/achrIV 4,777,653set-15 encodes a SET domain-containing protein required for normally short lifespan; SET-15 has no non-nematode orthologs, but several paralogs (SET-6, SET-13, SET-19, SET-20, SET-21, and SET-32); other than extending lifespan, set-15(RNAi) has no obvious phenotype.
6glit-1F55D10.3n/achrX 4,713,649C. elegans GLIT-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
7aps-2F02E8.3n/achrX 4,458,734aps-2 encodes an adaptin: specifically, it encodes an ortholog of the sigma2 subunit of adaptor protein complex 2 (AP2), which mediates endocytosis from the plasma membrane; APS-2 is required for embryonic and larval development and for normal body morphogenesis, but is not required for endocytosis of yolk protein in developing oocytes; APS-2 is expressed in nearly all cells during embryogenesis, but during larval and adult stages, expression is confined to neurons and some hypodermal cells, including vulval hypodermal cells during the fourth larval stage.
8clec-53T03F1.10n/achrI 3,872,447C. elegans CLEC-53 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR003990 (Pancreatitis-associated protein), IPR002352 (Eosinophil major basic protein), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
9acl-8T05H4.1n/achrV 6,451,547C. elegans ACL-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF01553 Acyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR002123 (Phospholipid/glycerol acyltransferase)
10K01D12.8K01D12.8n/achrV 12,402,922contains similarity to Xenopus tropicalis Splicing factor, arginine/serine-rich 1.; SW:Q6DII2
11C15C6.1C15C6.1n/achrI 12,202,933contains similarity to Caulobacter crescentus Hypothetical protein CC0499.; TR:Q9AAU5
12rad-23ZK20.3n/achrII 11,652,044C. elegans RAD-23 protein; contains similarity to Pfam domains PF09280 (XPC-binding domain) , PF00627 (UBA/TS-N domain) (2), PF00240 (Ubiquitin family) contains similarity to Interpro domains IPR004806 (UV excision repair protein Rad23), IPR003072 (Orphan nuclear receptor, NOR1 type), IPR000104 (Antifreeze protein, type I), IPR014761 (UV excision repair protein Rad23, C-terminal), IPR000626 (Ubiquitin), IPR009060 (UBA-like), IPR006636 (Heat shock chaperonin-binding), IPR000449 (Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal), IPR015940 (Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal, eukaryote), IPR015360 (XPC-binding domain)
13tag-289F14F3.3n/achrX 10,523,120C. elegans TAG-289 protein; contains similarity to Pfam domain PF03062 MBOAT family contains similarity to Interpro domain IPR004299 (Membrane bound O-acyl transferase, MBOAT)
14B0205.8B0205.8n/achrI 10,729,585contains similarity to Homo sapiens hypothetical protein LOC25940; ENSEMBL:ENSP00000238823
15M01A10.3M01A10.3n/achrI 5,549,799contains similarity to Pfam domain PF05817 Ribophorin II (RPN2) contains similarity to Interpro domain IPR008814 (Ribophorin II)
16K07E3.2K07E3.2n/achrX 8,105,875
17F49E12.6F49E12.6n/achrII 8,414,691The F49E12.6 gene encodes a protein with two E2F domains that may be involved in apoptosis.
18K01A2.5K01A2.5n/achrII 303,020contains similarity to Pfam domain PF00561 alpha/beta hydrolase fold contains similarity to Interpro domains IPR000073 (Alpha/beta hydrolase fold-1), IPR003089 (Alpha/beta hydrolase)
19C36B7.6C36B7.6n/achrX 7,098,999contains similarity to Pfam domain PF05602 Cleft lip and palate transmembrane protein 1 (CLPTM1) contains similarity to Interpro domain IPR008429 (Cleft lip and palate transmembrane 1)
20grd-12F02D8.2n/achrV 14,979,221grd-12 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a central low-complexity proline-rich domain, and a C-terminal Ground domain; GRD-12 is expressed in intestine, rectal epithelium, undefined head and tail cells, vulva, and hypodermis; the Ground domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins; GRD-12 is required for normal growth to full size, locomotion, and vulval morphogenesis; all of these requirements may reflect common defects in cholesterol-dependent hedgehog-like signalling or in vesicle trafficking.
21stc-1F54C9.2n/achrII 8,564,862C. elegans STC-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00012 Hsp70 protein contains similarity to Interpro domains IPR001023 (Heat shock protein Hsp70), IPR013126 (Heat shock protein 70)
22ZK381.2ZK381.2n/achrIV 6,966,550contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
23hog-1W06B11.4n/achrX 5,852,661hog-1 encodes a hedgehog-like protein, with a solitary Hint/Hog domain; the function of HOG-1's isolated Hint/Hog domain is unknown; in proteins where they coexist with other, N-terminal, domains, the Hint/Hog domain is predicted to cut its host protein into two halves and then covalently link cholesterol to the C-terminus of the N-terminal domain; HOG-1 is weakly required for normal molting; HOG-1 is also required for normal adult alae formation, growth to full size, cuticle adhesion, and locomotion; all of these requirements may reflect common defects in cholesterol-dependent hedgehog-like signalling or in vesicle trafficking.
24C40H1.6C40H1.6n/achrIII 9,331,786contains similarity to Pfam domain PF08694 Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1 contains similarity to Interpro domains IPR016135 (Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like), IPR014806 (Protein of unknown function DUF1782)
25pat-6T21D12.4n/achrIV 263,062pat-6 encodes the worm ortholog of alpha-parvin; it is required for muscle assembly and function, with mutations leading to embryonic lethality.
26C31E10.7C31E10.7n/achrX 14,002,346C31E10.7 is orthologous to the human gene UNKNOWN (PROTEIN FOR MGC:10230) (CYB5; OMIM:250790), which when mutated leads to disease.
27F47G4.2F47G4.2n/achrI 14,080,352contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
28T07G12.3T07G12.3n/achrIV 10,535,145contains similarity to Pfam domain PF02995 Protein of unknown function (DUF229) contains similarity to Interpro domains IPR017849 (Alkaline phosphatase-like, alpha/beta/alpha), IPR004245 (Protein of unknown function DUF229), IPR017850 (Alkaline-phosphatase-like, core domain)
29lbp-5W02D3.7n/achrI 6,731,777lbp-5 encodes a predicted intracellular fatty acid binding protein (iFABP) that is most similar to the vertebrate muscle and heart FABPs; by homology, LBP-5 is predicted to function as an intracellular transporter for small hydrophobic molecules such as lipids and steroid hormones; loss of lbp-5 activity via large-scale RNAi screens indicates that, in C. elegans, LBP-5 is required for movement.
30sft-4C54H2.5n/achrX 5,779,970sft-4 encodes a member of the SURF family highly conserved with the mouse Surf-4 gene, and conservation includes an encoded dilysine motif that is implicated in endoplasmic reticulum localization of the mouse protein.
31his-33F17E9.13n/achrIV 8,335,508his-33 encodes an H2A histone; by homology, HIS-33 is predicted to function as a nucleosome component required for packaging of DNA into chromatin; his-33 is a replication-dependent histone locus that resides in the HIS5 cluster on chromosome IV.
32R04B3.3R04B3.3n/achrX 2,474,889
33Y54E5A.1Y54E5A.1n/achrI 14,690,180contains similarity to Pfam domains PF00487 (Fatty acid desaturase) , PF08557 (Sphingolipid Delta4-desaturase (DES)) contains similarity to Interpro domains IPR013866 (Sphingolipid delta4-desaturase, N-terminal), IPR010257 (Fatty acid desaturase, type 1, N-terminal), IPR011388 (Sphingolipid delta4-desaturase), IPR005804 (Fatty acid desaturase, type 1)
34C46H11.7C46H11.7n/achrI 5,042,625contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domains IPR002919 (Protease inhibitor I8, cysteine-rich trypsin inhibitor-like), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
35C03H12.1C03H12.1n/achrX 15,692,830contains similarity to Interpro domain IPR012336 (Thioredoxin-like fold)
36F49C12.9F49C12.9n/achrIV 9,315,482contains similarity to Pfam domain PF00627 UBA/TS-N domain contains similarity to Interpro domains IPR009060 (UBA-like), IPR000449 (Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal), IPR015940 (Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal, eukaryote)
37F53B1.6F53B1.6n/achrX 2,116,438contains similarity to Pfam domain PF00753 Metallo-beta-lactamase superfamily contains similarity to Interpro domains IPR000209 (Peptidase S8 and S53, subtilisin, kexin, sedolisin), IPR001279 (Beta-lactamase-like)
38C30C11.1C30C11.1n/achrIII 8,450,050contains similarity to Pfam domain PF01783 Ribosomal L32p protein family contains similarity to Interpro domain IPR002677 (Ribosomal protein L32p)
39pyr-1D2085.1n/achrII 8,654,903pyr-1 is orthologous to the human gene CARBAMYL PHOSPHATE SYNTHETASE I (CPS1, which when mutated leads to hyperammonemia (OMIM:237300); PYR-1 protein is predicted to be mitochondrial with 68% accuracy.
40B0303.2B0303.2n/achrIII 8,685,551contains similarity to Pfam domain PF01234 NNMT/PNMT/TEMT family contains similarity to Interpro domain IPR000940 (Methyltransferase, NNMT/PNMT/TEMT)
41F46H5.4F46H5.4n/achrX 7,249,770contains similarity to Pfam domain PF06920 Dedicator of cytokinesis contains similarity to Interpro domains IPR011608 (PRD), IPR002052 (N-6 adenine-specific DNA methylase, conserved site), IPR010703 (Dedicator of cytokinesis), IPR016024 (Armadillo-type fold), IPR000008 (C2 calcium-dependent membrane targeting)
42F46C5.9F46C5.9n/achrII 8,809,612contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
43F47G9.3F47G9.3n/achrV 11,315,117contains similarity to Pfam domains PF00100 (Zona pellucida-like domain) , PF00024 (PAN domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR003609 (Apple-like), IPR003014 (N/apple PAN), IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
44fkb-4ZC455.10n/achrV 12,786,120fkb-4 encodes a peptidylprolyl cis/trans isomerase homologous to mammalian FK506 immunosuppressant-binding protein 9; FKB-4 expression is positively regulated by signaling through the DAF-2 insulin receptor-like pathway and in part, through the activity of the DAF-16 fork-head transcription factor suggesting that FKB-4 could play a role in metabolism and longevity; as loss of FKB-4 function via RNA-mediated interference does not result in any abnormalities, the precise role of FKB-4 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; FKB-4 contains a predicted endoplasmic reticulum (ER) retention sequence and is thus proposed to localize to the ER.
45unc-45F30H5.1n/achrIII 497,067C. elegans UNC-45 protein; contains similarity to Pfam domains PF07719 (Tetratricopeptide repeat) , PF00515 (Tetratricopeptide repeat) (2)contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR001440 (Tetratricopeptide TPR-1), IPR013105 (Tetratricopeptide TPR2), IPR016024 (Armadillo-type fold), IPR013026 (Tetratricopeptide region)
46F25G6.2F25G6.2n/achrV 8,576,005contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Symplekin; ENSEMBL:ENSP00000245934
47C05E11.7C05E11.7n/achrX 4,583,603
48rnf-121C16C10.5n/achrIII 4,169,952C. elegans RNF-121 protein; contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
49gei-15M03A8.4n/achrX 6,821,678C. elegans GEI-15 protein ;
50F08G2.7F08G2.7n/achrII 13,838,597contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Suppresor of mar1-1 (sir2) mutation; SGD:YDR310C