UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description                                       
1B0252.1B0252.10chrII 6,921,631contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
2C32D5.11C32D5.11n/achrII 6,354,177contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
3F43G9.4F43G9.4n/achrI 8,611,732contains similarity to Brugia malayi Putative uncharacterized protein BMBAC01P19.03a.; TR:Q8IHI9
4C24F3.2C24F3.2n/achrIV 10,223,062contains similarity to Pfam domain PF00782 Dual specificity phosphatase, catalytic domain contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR016278 (Tyrosine protein phosphatase, dual specificity, 12), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase), IPR000340 (Protein-tyrosine phosphatase, dual specificity)
5F54D5.9F54D5.9n/achrII 11,543,652F54D5.9 encodes an F-box protein orthologous to to human FBXO47 (OMIM:609498, deleted in renal cell carcinoma) and paralogous to PROM-1, that suppresses excess embryonic cell division; F54D5.9(RNAi) animals show hyperproliferating embryonic tissues, while having no obvious meiotic defects.
6T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
7R148.4R148.4n/achrIII 3,172,188
8ZC410.3ZC410.3n/achrIV 9,077,529contains similarity to Pfam domain PF01532 Glycosyl hydrolase family 47 contains similarity to Interpro domain IPR001382 (Glycoside hydrolase, family 47)
9srsx-18C04E6.2n/achrV 5,923,404C. elegans SRSX-18 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
10col-8F11H8.3n/achrIII 7,020,027col-8 encodes a collagen, individually dispensable for viability and gross morphology, which is specifically expressed in dauers and adults but not in eggs or L4 larvae, like col-7, col-18, and col-19; the amino- and carboxyl-terminal cysteine-rich regions of COL-8 are most closely related to those of COL-19, COL-35, and COL-39.
11C10H11.8C10H11.8n/achrI 4,736,771contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
12ZK669.3ZK669.3n/achrII 7,941,811contains similarity to Pfam domain PF03227 Gamma interferon inducible lysosomal thiol reductase (GILT) contains similarity to Interpro domain IPR004911 (Gamma interferon inducible lysosomal thiol reductase GILT)
13C38D4.4C38D4.4n/achrIII 4,794,206contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Delayed Anaerobic Gene; SGD:YJR151C
14T20D4.7T20D4.7n/achrV 3,409,192contains similarity to Pfam domains PF08534 (Redoxin) , PF00578 (AhpC/TSA family) contains similarity to Interpro domains IPR011594 (Thioredoxin-like), IPR013740 (Redoxin), IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR000866 (Alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen), IPR006662 (Thioredoxin-related)
15C50B8.1C50B8.1n/achrV 13,566,397contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
16srsx-33T19B10.10n/achrV 11,251,949C. elegans SRSX-33 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
17srj-14C03G6.3n/achrV 7,371,464C. elegans SRJ-14 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
18F33E11.2F33E11.2n/achrV 298,304contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR003980 (Histamine H3 receptor)
19F44D12.7F44D12.7n/achrIV 10,035,774contains similarity to Pfam domain PF00635 MSP (Major sperm protein) domain contains similarity to Interpro domains IPR008962 (PapD-like), IPR000535 (Major sperm protein)
20inx-9ZK792.3n/achrIV 11,677,349inx-9 encodes an innexin, an integral transmembrane channel protein that is a structural component of invertebrate gap junctions; although the precise role of INX-9 in C. elegans development and/or behavior is not yet known, INX-9 may play a role in gonad or germline development, as INX-9 expression is detected solely in the sheath cells of the somatic gonad and particularly, the sheath cells in contact with proximal oocytes.
21srz-54Y102A5C.25n/achrV 16,981,243C. elegans SRZ-54 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
22D2007.1D2007.1n/achrIII 8,155,633
23srn-1K12B6.5n/achrV 6,285,660C. elegans SRN-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
24F41E6.7F41E6.7n/achrV 8,598,409
25B0545.4B0545.4n/achrIV 109,498contains similarity to Pfam domain PF05699 hAT family dimerisation domain contains similarity to Interpro domain IPR008906 (HAT dimerisation)
26R02D5.4R02D5.4n/achrV 14,484,482contains similarity to Homo sapiens Splice isoform 1 of P49639 Homeobox protein Hox-A1; ENSEMBL:ENSP00000325321
27F35G12.5F35G12.5n/achrIII 4,585,670contains similarity to Wigglesworthia glossinidia brevipalpis RpoD protein.; TR:Q8D286
28B0238.9B0238.9n/achrV 5,276,818contains similarity to Aedes aegypti Putative uncharacterized protein.; TR:Q16RM2
29D1022.5D1022.5n/achrII 7,458,058
30T25B2.1T25B2.1n/achrX 6,175,044contains similarity to Pfam domains PF00620 (RhoGAP domain) , PF00130 (Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain)) contains similarity to Interpro domains IPR001060 (Cdc15/Fes/CIP4), IPR008936 (Rho GTPase activation protein), IPR000533 (Tropomyosin), IPR002219 (Protein kinase C, phorbol ester/diacylglycerol binding), IPR000695 (H+ transporting ATPase, proton pump), IPR000198 (RhoGAP)
31ers-1Y41E3.4n/achrIV 15,010,805ers-1 encodes a glutaminyl (Q) tRNA synthetase that affects growth and embryonic and larval viability in large-scale RNAi screens; it is predicted to be mitochondrial.
32prom-1F26H9.1n/achrI 9,288,599prom-1 encodes an F-box protein orthologous to to human FBXO47 (OMIM:609498, deleted in renal cell carcinoma) and paralogous to F54D5.9, that is required during meiotic prophase I for homologous chromosome pairing and rapid meiotic progression; prom-1 mutants exhibit increased germline apoptosis, reduced and variable bivalent formation in meiotic prophase, reduced meiotic recombination, delayed meiotic entry, delayed and asynchronous nuclear reorganization in meiotic prophase, high embryonic lethality (averaging ~90%, but varying from 46-99% even in a null prom-1[ok1140] mutant strain), decreased brood sizes, and an abnormally high frequency of male progeny (22%, probably due to nonsegregating X chromsomes); the apoptotic phenotype of prom-1 is suppressed by spo-11(ok79), and prom-1 mutants show accumulated RAD-51 protein in meiotic nuclei, indicating that prom-1 meiotic defects arises from a failure to resolve meiotic double-stranded DNA breaks.
33C16C10.3C16C10.3n/achrIII 4,174,219contains similarity to Pfam domains PF02170 (PAZ domain) , PF02171 (Piwi domain) contains similarity to Interpro domains IPR003165 (Stem cell self-renewal protein Piwi), IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
34F43G6.8F43G6.8n/achrII 11,813,118contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
35K03H4.2K03H4.2n/achrV 13,153,453contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:O96209
36ZK337.2ZK337.2n/achrI 14,977,996contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007086 (Zinc finger, C2H2-subtype), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR003656 (Zinc finger, BED-type predicted), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
37F56A8.5F56A8.5n/achrIII 13,266,279This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
38col-51T28F2.8n/achrI 3,654,613col-51 encodes a cuticle collagen.
39fbxb-86T27E9.8n/achrIII 13,478,975This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
40skr-17C06A8.4n/achrII 7,784,177skr-17 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a core component of the SCF (Skp1p, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that facilitates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-17 has no known function in vivo, since skr-17(RNAi) animals are at least superficially normal, and SKR-17 does not appear to interact in vitro with any of the C. elegans cullin homologs.
41hke-4.1T28F3.3n/achrIV 17,286,682C. elegans HKE-4.1 protein; contains similarity to Pfam domain PF02535 ZIP Zinc transporter contains similarity to Interpro domain IPR003689 (Zinc/iron permease)
42srd-4ZK863.5n/achrV 12,185,574C. elegans SRD-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
43C04G6.5C04G6.5n/achrII 5,085,937contains similarity to Pfam domain PF01679 Uncharacterized protein family UPF0057 contains similarity to Interpro domain IPR000612 (Protein of unknown function UPF0057)
44srv-33T13A10.13n/achrIV 6,283,633C. elegans SRV-33 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
45gei-14K01C8.5n/achrII 8,274,744gei-14 encodes a novel protein that interacts with GEX-3 in yeast two-hybrid assays.
46rnp-8R119.7n/achrI 366,516C. elegans RNP-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
47C08B6.5C08B6.5n/achrV 10,118,697contains similarity to Danio rerio Glutamate receptor delta-2 subunit precursor (GluR delta-2).; SW:Q68Y21
48Y57G11C.18Y57G11C.18n/achrIV 14,841,760contains similarity to Interpro domain IPR000767 (Disease resistance protein)
49srd-11F53F4.9n/achrV 13,618,750C. elegans SRD-11 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
50nhr-133F44C8.8n/achrV 2,211,309C. elegans NHR-133 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)