UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1B0238.13B0238.130chrV 5,245,859contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3E04F6.4E04F6.4n/achrII 7,190,903contains similarity to Pfam domains PF08371 (Phospholipase D/viral envelope) , PF00614 (Phospholipase D Active site motif) (2)contains similarity to Interpro domains IPR013582 (Phospholipase D/viral envelope), IPR001736 (Phospholipase D/Transphosphatidylase)
4nhr-54F36D3.2n/achrV 16,504,904C. elegans NHR-54 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
5F32H5.4F32H5.4n/achrV 13,362,228contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
6C52E4.5C52E4.5n/achrV 11,984,169contains similarity to Pfam domain PF01532 Glycosyl hydrolase family 47 contains similarity to Interpro domain IPR001382 (Glycoside hydrolase, family 47)
7cav-2C56A3.7n/achrV 13,558,462cav-2 encodes one of two C. elegans proteins related to caveolins, integral transmembrane proteins that are believed to function in regulation of signal transduction and that are the major component of caveolae, specialized lipid rafts found in the plasma membrane of most cell types; as loss of cav-2 function via large-scale RNA-mediated interference (RNAi) screens does not result in any obvious abnormalities, the role of cav-2 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; cav-2 mRNA is expressed in eggs and mixed stage populations.
8sru-24F31F4.13n/achrV 669,671C. elegans SRU-24 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domains IPR003839 (Protein of unknown function DUF215), IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
9C06E4.3C06E4.3n/achrIV 7,261,440contains similarity to Pfam domains PF07993 (Male sterility protein) , PF01370 (NAD dependent epimerase/dehydratase family) , PF00106 (short chain dehydrogenase) contains similarity to Interpro domains IPR002424 (Insect alcohol dehydrogenase family), IPR001509 (NAD-dependent epimerase/dehydratase), IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR013120 (Male sterility, NAD-binding)
10str-48C34D4.8n/achrIV 7,123,053C. elegans STR-48 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
11cwn-2W01B6.1n/achrIV 10,069,006cwn-2 encodes a member of the WNT family; expressed at highest levels in embryos and expression declines and is almost absent by the third larval stage.
12F38H4.3F38H4.3n/achrIV 11,845,293contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
13D1014.7D1014.7n/achrV 8,119,293contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
14glb-13F19H6.2n/achrX 12,374,995glb-13 encodes a globin with no obvious function in mass RNAi assays.
15AC8.4AC8.4n/achrX 227,022
16C18E3.3C18E3.3n/achrI 4,205,990contains similarity to Staphylococcus saprophyticus subsp saprophyticus Uro-adherence factor A precursor.; SW:Q4A0V8
17F40F4.7F40F4.7n/achrX 3,244,931contains similarity to Pfam domain PF00583 Acetyltransferase (GNAT) family contains similarity to Interpro domains IPR000182 (GCN5-related N-acetyltransferase), IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
18C29F4.3C29F4.3n/achrIV 11,222,963contains similarity to Spodoptera litura nucleopolyhedrovirus Hypothetical protein.; TR:Q91BF2
19gst-6F11G11.3n/achrII 4,880,483gst-6 encodes a predicted glutathione S-transferase.
20T01D3.1T01D3.1n/achrV 13,691,269contains similarity to Pfam domain PF00008 (EGF-like domain)
21mom-1T07H6.2n/achrX 6,295,619mom-1 encodes a predicted O-acyltransferase that is orthologous to Porcupine proteins conserved across a wide range of species; MOM-1 functions as part of a Wnt/MAPK signaling pathway that is required maternally for endoderm induction in the early embryo; by homology, MOM-1 is predicted to be a membrane-spanning endoplasmic reticulum protein that stimulates post-translational processing of Wnt signaling molecules such as MOM-2; embryonic mosaic analysis indicates that MOM-1 activity is required in the signaling cell, P2, for proper specification of endoderm, consistent with its predicted role in processing MOM-2/Wnt.
22nit-1ZK1058.6n/achrIII 3,923,096C. elegans NIT-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00795 Carbon-nitrogen hydrolase contains similarity to Interpro domains IPR003010 (Nitrilase/cyanide hydratase and apolipoprotein N-acyltransferase), IPR000132 (Nitrilase/cyanide hydratase, conserved site)
23Y43E12A.2Y43E12A.2n/achrIV 10,983,505contains similarity to Interpro domain IPR001878 (Zinc finger, CCHC-type)
24K07G5.4K07G5.4n/achrI 7,167,846contains similarity to Interpro domain IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)
25ugt-61F39G3.1n/achrV 4,743,888C. elegans UGT-61 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
26gop-1C34E10.3n/achrIII 5,256,655C. elegans GOP-1 protein; contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
27W10G11.17W10G11.17n/achrII 3,564,777
28F55G11.7F55G11.7n/achrIV 12,961,290contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
29C32E8.3C32E8.3n/achrI 3,787,036contains similarity to Pfam domain PF05517 p25-alpha contains similarity to Interpro domain IPR008907 (P25-alpha)
30B0238.1B0238.10chrV 5,241,934contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
31ZK418.7ZK418.7n/achrIII 7,079,862contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR003842 (Vacuolating cytotoxin), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
32C49A9.1C49A9.1n/achrIV 6,229,082contains similarity to Pfam domain PF03312 Protein of unknown function, DUF272 contains similarity to Interpro domain IPR004987 (Protein of unknown function DUF272)
33rpy-1C18H9.7n/achrII 6,703,848rpy-1 is orthologous to the human gene 43KDA ACETYLCHOLINE RECEPTOR-ASSOCIATED PROTEIN (RAPSN; OMIM:601592), which when mutated leads to congenital myasthenic syndrome.
34gpa-6F48C11.1n/achrX 13,192,522gpa-6 encodes a member of the G protein alpha subunit family of heterotrimeric GTPases that affects response to water-soluble odorants; it is expressed in AWA amphid neurons, the PHB sensory cell, and (at low levels) in ASI amphid neurons.
35F58F9.4F58F9.4n/achrIV 6,231,716contains similarity to Pfam domain PF03312 Protein of unknown function, DUF272 contains similarity to Interpro domain IPR004987 (Protein of unknown function DUF272)
36W02B12.1W02B12.1n/achrII 11,450,148contains similarity to Pfam domain PF00657 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase contains similarity to Interpro domains IPR001087 (Lipase, GDSL), IPR013830 (Esterase, SGNH hydrolase-type)
37maa-1C18D11.2n/achrIII 11,821,012maa-1 encodes a novel, transmembrane acyl-CoA-binding protein; maa-1 activity, together with that of rme-1, is required for normal rates of endosomal recycling and for proper endosomal shape and morphology; a rescuing MAA-1::GFP fusion protein is expressed in the hypodermis (excluding the seam cells) and the intestine, as well as in an area near the dorsal and ventral nerve cords; within the hypodermis and intestine, MAA-1::GFP localizes to endosomal and Golgi vesicle membranes.
38fozi-1K01B6.1n/achrIII 9,291,244fozi-1 encodes an unusual zinc-finger protein that has two C2H2 zinc-finger motifs that probably mediate transcriptional regulation along with a glutamine-rich region and a vestigial formin homology 2 (FH2) domain that has lost its ability to polymerize actin but retained its ability to dimerize; during postembryonic development, FOZI-1 acts with MAB-5 and redundantly with HLH-1/CeMyoD to autonomously specify coelomocyte and striated body wall muscle fates; in addition, fozi-1 is required for the fully asymmetrical phenotypic distinction of ASER cells from ASEL cells; fozi-1 mutant animals variably express flp-4, gcy-6, gcy-7 and lim-6, genes normally restricted to ASEL, in ASER as well, while maintaining expression of ASER-specific genes; ectopic FOZI-1 expression in ASEL can suppress lim-6 expression; fozi-1 genetically interacts with several regulatory proteins and miRNAs; FOZI-1 is a nuclear protein that is expressed in neuronal lineages beginning at the 2-fold stage of embryogenesis, and then in neurons and cells derived from the M mesoblast during larval development; expression in the M lineage corresponds to cells that will generate coelomocytes and body wall muscles and is not seen in the sex myoblasts (SMs); FOZI-1 expression in the M lineage requires the Hox co-factor CEH-20.
39F35E8.4F35E8.4n/achrV 15,910,554contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
40F55A4.2F55A4.2n/achrX 1,015,147
41M117.3M117.3n/achrIV 11,823,697M117.3 can encode a protein with similarity to the C-terminal half of the 14-3-3 proteins PAR-5 and FTT-2, beginning in predicted alpha helix five and continuing through the ends of the proteins; loss of M117.3 activity via large-scale RNAi results in no obvious abnormalities.
42F29B9.11F29B9.11n/achrIV 4,659,939
43C54G6.2C54G6.2n/achrI 1,007,329The C54G6.2 gene encodes a homolog of human RP2, which when mutated leads to X-linked retinitis pigmentosa 2 (OMIM:312600).
44C52A10.2C52A10.20chrV 5,235,946contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
45lips-10F14E5.5n/achrII 8,440,581C. elegans LIPS-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF01674 Lipase (class 2) contains similarity to Interpro domain IPR002918 (Lipase, class 2)
46F25F6.1F25F6.1n/achrX 4,445,262
47cdd-1C47D2.2n/achrX 8,209,904cdd-1 encodes a cytidine deaminase that contains a zinc-binding region; expressed in the intestine.
48F18F11.4F18F11.4n/achrIV 332,622contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
49F45H7.1F45H7.1n/achrIII 3,346,522contains similarity to Mus musculus Sphingosine kinase 2 (EC 2.7.1.-) (SK 2) (SPK 2).; SW:SPH2_MOUSE
50M117.1M117.1n/achrIV 11,816,824contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR001958 (Tetracycline resistance protein, TetA), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)