UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1col-144B0222.65e-55chrV 9,160,126C. elegans COL-144 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
2col-10B0222.84e-48chrV 9,164,776col-10 encodes a collagen protein; expressed exclusively in hypodermal cells
3col-117T28C6.4n/achrIV 8,823,550C. elegans COL-117 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
4ram-2F38A3.2n/achrII 11,016,138ram-2 encodes a cuticle collagen that interacts with unc-6 to affect ray cell migration, and interacts with unc-5 and unc-6 to affect embryonic viability; also affects ray morphology in males such that the structural cells and the hypodermis of the rays are swollen in mutants.
5fipr-20H14A12.6n/achrIII 7,462,256C. elegans FIPR-20 protein ;
6T06E4.10T06E4.10n/achrV 9,618,599T06E4.10 encodes an uncharacterized protein that is proline- and alanine-rich and contains a predicted signal sequence; as loss of T06E4.10 results in no obvious defects, the precise role of its gene product in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
7F55G11.6F55G11.6n/achrIV 12,958,781contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
8col-125C29F4.1n/achrIV 11,225,985C. elegans COL-125 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
9pqn-74W02A2.3n/achrIV 13,330,430pqn-74 encodes a protein with two chitin-binding peritrophin-A domains, separated by a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain; like CEJ-1 and CPG-2, PQN-74 might participate in eggshell synthesis and early embryonic development, and PQN-74's peritrophin-A domains might enable mechanical cross-linking of chitin.
10C45B2.2C45B2.2n/achrX 6,084,923
11C25D7.5C25D7.5n/achrV 15,054,998contains similarity to Pfam domain PF00753 (Metallo-beta-lactamase superfamily)
12T06E4.9T06E4.9n/achrV 9,620,523contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
13Y75B8A.4Y75B8A.4n/achrIII 12,110,492contains similarity to Pfam domains PF07726 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) , PF00004 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) , PF05362 (Lon protease (S16) C-terminal proteolytic domain) , PF07728 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) contains similarity to Interpro domains IPR003959 (AAA ATPase, core), IPR000767 (Disease resistance protein), IPR011704 (ATPase associated with various cellular activities, AAA-5), IPR011703 (ATPase associated with various cellular activities, AAA-3), IPR004815 (Peptidase S16, ATP-dependent protease La), IPR008269 (Peptidase S16, lon C-terminal), IPR003111 (Peptidase S16, lon N-terminal), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR001984 (Peptidase S16, Lon protease)
14T20B3.1T20B3.1n/achrV 16,818,064contains similarity to Pfam domain PF00755 Choline/Carnitine o-acyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR000542 (Acyltransferase ChoActase/COT/CPT)
15csp-3Y47H9C.6n/achrI 11,888,911csp-3 encodes a protein that is homologous to the C-terminal domain of caspase-like cysteine proteases; unlike other caspases, CSP-3 does not contain a middle or N-terminal domain, and thus may either function in concert with the middle domains of other caspases or may play a regulatory (dominant negative) role in caspase activation; as loss of csp-3 activity via large-scale RNAi does not result in any obvious abnormalities, the precise role of CSP-3 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
16W09C5.8W09C5.8n/achrI 13,658,783contains similarity to Pfam domain PF02936 Cytochrome c oxidase subunit IV contains similarity to Interpro domains IPR013288 (Cytochrome c oxidase subunit 4), IPR004203 (Cytochrome c oxidase subunit IV)
17nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
18Y48A6B.10Y48A6B.10n/achrIII 11,041,221contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
19pqn-5C03A7.4n/achrV 5,159,245The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
20F48G7.8F48G7.8n/achrV 627,379contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
21dod-17K10D11.1n/achrIV 12,977,287C. elegans DOD-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
22F21C10.7F21C10.7n/achrV 9,117,429contains similarity to Pfam domains PF07686 (Immunoglobulin V-set domain) (2), PF00047 (Immunoglobulin domain) (3), PF07679 (Immunoglobulin I-set domain) (6)contains similarity to Interpro domains IPR003598 (Immunoglobulin subtype 2), IPR002017 (Spectrin repeat), IPR013098 (Immunoglobulin I-set), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR013106 (Immunoglobulin V-set), IPR007110 (Immunoglobulin-like), IPR003599 (Immunoglobulin subtype), IPR013151 (Immunoglobulin)
23scl-6C39E9.4n/achrIV 13,069,292C. elegans SCL-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF00188 SCP-like extracellular protein contains similarity to Interpro domains IPR014044 (SCP-like extracellular), IPR002413 (Ves allergen), IPR001283 (Allergen V5/Tpx-1 related)
24C25E10.5C25E10.5n/achrV 9,031,538contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
25col-180C44C10.1n/achrX 11,711,753C. elegans COL-180 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
26F55G11.8F55G11.8n/achrIV 12,963,684contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
27gst-14F37B1.3n/achrII 13,615,382C. elegans GST-14 protein; contains similarity to Pfam domains PF00043 (Glutathione S-transferase, C-terminal domain) , PF02798 (Glutathione S-transferase, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR004046 (Glutathione S-transferase, C-terminal), IPR004045 (Glutathione S-transferase, N-terminal), IPR010987 (Glutathione S-transferase, C-terminal-like)
28pgp-3ZK455.7n/achrX 11,354,551pgp-3 encodes a transmembrane protein that is a member of the P-glycoprotein subclass of the ATP-binding cassette (ABC) transporter superfamily; with PGP-1, PGP-3 is required for defense against the pathogenic Pseudomonas aeruginosa strain PA14, and may facilitate ATP-dependent efflux of the toxic phenazine compounds produced by the bacteria; PGP-3 is also required for resistance to colchicine and chloroquine; PGP-3 is expressed in the apical membranes of the excretory cell and the intestinal cells; loss of pgp-3 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities.
29itx-1W03D8.6n/achrI 2,809,305itx-1 encodes one of two Caspr orthologues found in the C. elegans genome; Caspr proteins belong to the Neurexin superfamily and are involved in mediating cell-cell contacts and in the formation of specialized membrane-domains in polarized epithelial and nerve cells; RNA interference of itx-1 suggests that itx-1 is involved in the correct positioning and maintenance of apical junctions and in maintaining epithelial integrity in the gut; gfp-reporter studies indicate that ITX-1 is expressed in intestinal cell epithelia and in the socket cells of the inner and outer labial sensilla; immunofluorescence studies indicate that ITX-1 localizes to the baso-lateral membranes of intestinal epithelia.
30unc-68K11C4.5n/achrV 6,915,345unc-68 encodes a ryanodine receptor ortholog that is expressed in body-wall muscle cells and is required for normal body tension and locomotion; unc-68 mutants are flaccid, sluggish, and resistant to ryanodine, but have normal muscle ultrastructure; UNC-68 is dispensable for excitation-contraction coupling itself, but may amplify its calcium signals; the unc-68/kra-1(kh30) mutation is an S1444N substitution at a putative protein kinase C phosphorylation site; UNC-68 reduced unc-103(sy557)-induced spicule protraction by one half; unc-68 is orthologous to the human genes RYR1 (OMIM:180901, mutated in malignant hyperthermia and central core disease), RYR2 (OMIM:180902, mutated in stress-induced polymorphic ventricular tachycardia), and RYR3 (OMIM:180903).
31abu-10F35A5.3n/achrX 3,798,945abu-10 encodes a transmembrane protein with a predicted signal sequence, a glutamine/asparagine-rich domain and a cysteine-rich repeat (DUF139); abu-10 expression is induced by blockage of the unfolded-protein response in the endoplasmic reticulum (ER), and ABU-10 may function within the ER to protect the organism from damage by improperly folded nascent protein.
32F35A5.1F35A5.1n/achrX 3,811,921The F35A5.1 gene encodes a homolog of human FMR2, which when mutated leads to fragile site mental retardation, type 2 (OMIM:309548).
33C49C3.4C49C3.4n/achrIV 17,324,683contains similarity to Interpro domains IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR013032 (EGF-like region, conserved site)
34fbxa-90Y102A5C.19n/achrV 16,967,704This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
35Y57A10C.6Y57A10C.6n/achrII 12,424,519contains similarity to Pfam domain PF00108 Thiolase, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR016038 (Thiolase-like, subgroup), IPR002155 (Thiolase), IPR016039 (Thiolase-like)
36ech-8F01G10.2n/achrIV 10,237,849C. elegans ECH-8 protein; contains similarity to Pfam domains PF00725 (3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain) , PF02737 (3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR008927 (6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal-like), IPR006108 (3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal), IPR013328 (Dehydrogenase, multihelical), IPR006176 (3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding), IPR016040 (NAD(P)-binding)
37alh-3F36H1.6n/achrIV 11,024,207alh-3 encodes an aldehyde dehydrogenase predicted to be mitochondrial.
38F42A10.3F42A10.3n/achrIII 6,156,244contains similarity to Pfam domain PF01234 NNMT/PNMT/TEMT family contains similarity to Interpro domain IPR000940 (Methyltransferase, NNMT/PNMT/TEMT)
39twk-42W06D12.2n/achrV 17,728,557C. elegans TWK-42 protein; contains similarity to Pfam domain PF07885 Ion channel contains similarity to Interpro domains IPR003280 (Potassium channel, two pore-domain), IPR013099 (Ion transport 2)
40T20D4.6T20D4.6n/achrV 3,411,676contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR014752 (Arrestin, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
41col-79C09G5.3n/achrII 10,703,993C. elegans COL-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
42F48B9.2F48B9.2n/achrX 2,173,341
43dhs-7E04F6.7n/achrII 7,207,642dhs-7 encodes a short-chain dehydrogenase predicted to be mitochondrial.
44gst-38F35E8.8n/achrV 15,915,638C. elegans GST-38 protein; contains similarity to Pfam domain PF02798 Glutathione S-transferase, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR004045 (Glutathione S-transferase, N-terminal), IPR010987 (Glutathione S-transferase, C-terminal-like)
45F01D5.5F01D5.5n/achrII 14,001,897contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
46ZC247.1ZC247.1n/achrI 10,271,766contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG32377-PA;; FLYBASE:CG32377
47F40D4.13F40D4.13n/achrV 17,156,612contains similarity to Homo sapiens Splice isoform 1 of P45378 Troponin T, fast skeletal muscle isoforms; SW:P45378
48F48G7.5F48G7.5n/achrV 622,598contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
49dhs-28M03A8.1n/achrX 6,819,210dhs-28 encodes an ortholog of human 17-BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE 4 (HSD17B4; OMIM:601860, mutated in D-bifunctional protein deficiency), which contains a C-terminal SCP-2 sterol transfer domain; the deletion allele dhs-28(ok450) is superficially wild-type.
50F58A6.1F58A6.1n/achrII 5,143,154contains similarity to Pfam domain PF00378 Enoyl-CoA hydratase/isomerase family contains similarity to Interpro domains IPR014748 (Crontonase, C-terminal), IPR001753 (Crotonase, core)