UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1B0205.6B0205.60chrI 10,738,293contains similarity to Pfam domains PF01212 (Beta-eliminating lyase) , PF00266 (Aminotransferase class-V) contains similarity to Interpro domains IPR001597 (Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase), IPR015424 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region), IPR000192 (Aminotransferase, class V/Cysteine desulphurase), IPR016454 (Cysteine desulphurase, NifS), IPR015422 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2), IPR015421 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3math-40T08E11.3n/achrII 1,831,237C. elegans MATH-40 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
4cdr-6K01D12.12n/achrV 12,413,079C. elegans CDR-6 protein; contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR010987 (Glutathione S-transferase, C-terminal-like)
5C50F2.3C50F2.3n/achrI 3,878,907contains similarity to Pfam domain PF02184 HAT (Half-A-TPR) repeat contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR013212 (Mad3/BUB1 homology region 1), IPR003107 (RNA-processing protein, HAT helix)
6ppk-1F55A12.3n/achrI 5,361,848ppk-1 encodes a putative phosphatidylinositol-4-phosphate 5' kinase that is essential for ovulation, intense gonad sheath contraction and dilation of the spermathecal valve during oocyte maturation, and UNC-54 filament organization; more generally, PPK-1 is required for fertility, progression through larval development, normal locomotion and defecation, and overall health; defects of ppk-1(RNAi) animals in sterility, ovulation, and UNC-54 filaments are suppressed by the gain-of-function itr-1(sy290) allele, presumably through increased IP(3) signalling; PPK-1 is expressed in gonad sheath, spermatheca, uterine and vulva muscles, distal tip cells, intestine, head mesodermal cell, and many neurons (e.g., in the ventral nerve cord, near the nerve ring, and in tail); PPK-1 may be activated by VAV-1; PPK-1 is orthologous to five human proteins (e.g., PIP5K1B, OMIM:602745), and distantly paralogous to PPK-2.
7F56A11.5F56A11.5n/achrIV 569,608contains similarity to Pfam domains PF03473 (MOSC domain) , PF03476 (MOSC N-terminal beta barrel domain) contains similarity to Interpro domains IPR005303 (MOSC, N-terminal beta barrel), IPR005302 (Molybdenum cofactor sulphurase, C-terminal), IPR001484 (Pyrokinin, conserved site), IPR011037 (Pyruvate kinase, beta-barrel-like)
8str-32T19H12.7n/achrV 4,880,697C. elegans STR-32 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
9mtss-1PAR2.1n/achrIII 8,768,640C. elegans MTSS-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00436 Single-strand binding protein family contains similarity to Interpro domains IPR000424 (Primosome PriB/single-strand DNA-binding), IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like), IPR012340 (Nucleic acid-binding, OB-fold), IPR011344 (Single-strand DNA-binding)
10W07B8.1W07B8.1n/achrV 1,136,888contains similarity to Pfam domain PF00112 Papain family cysteine protease contains similarity to Interpro domains IPR013128 (Peptidase C1A, papain), IPR000668 (Peptidase C1A, papain C-terminal)
11R12E2.12R12E2.12n/achrI 4,174,271contains similarity to Interpro domain IPR000529 (Ribosomal protein S6)
12C05G5.1C05G5.1n/achrX 14,737,200contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
13F09E5.8F09E5.8n/achrII 5,351,303contains similarity to Pfam domain PF01168 Alanine racemase, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR011078 (Predicted pyridoxal phosphate-dependent enzyme, YBL036C type), IPR001608 (Alanine racemase, N-terminal)
14eif-3.FD2013.7n/achrII 9,332,730C. elegans EIF-3.F protein; contains similarity to Pfam domain PF01398 Mov34/MPN/PAD-1 family contains similarity to Interpro domains IPR000555 (Mov34/MPN/PAD-1), IPR003639 (Mov34-1)
15glrx-5Y49E10.2n/achrIII 12,373,098C. elegans GLRX-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF00462 Glutaredoxin contains similarity to Interpro domains IPR002109 (Glutaredoxin), IPR014025 (Glutaredoxin subgroup), IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR004480 (Glutaredoxin-related protein)
16F57G8.5F57G8.5n/achrV 16,340,228contains similarity to Pfam domain PF00999 Sodium/hydrogen exchanger family contains similarity to Interpro domain IPR006153 (Sodium/hydrogen exchanger)
17B0281.3B0281.3n/achrII 2,307,697contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR003058 (Cloacin), IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR000315 (Zinc finger, B-box), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
18Y45G12C.4Y45G12C.4n/achrV 2,547,175contains similarity to Pfam domains PF02958 (Domain of unknown function (DUF227)) , PF07914 (Protein of unknown function (DUF1679)) contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR012877 (Protein of unknown function DUF1679, Caenorhabditis species), IPR004119 (Protein of unknown function DUF227), IPR015897 (CHK kinase-like)
19C44H4.4C44H4.4n/achrX 14,586,632contains similarity to Homo sapiens 155 kDa protein; ENSEMBL:ENSP00000381978
20T01G5.1T01G5.1n/achrV 15,117,760contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
21T20H4.5T20H4.5n/achrIII 7,233,493T20H4.5 gene encodes a 23 kDa subunit of mitochondrial complex I that is required for oxidative phosphorylation and for resistance to volatile anesthetics; T20H4.5 is orthologous to human NDUFS8 (OMIM:602141, mutated in Leigh syndrome).
22W02D3.2W02D3.2n/achrI 6,738,931contains similarity to Pfam domain PF01180 Dihydroorotate dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR001295 (Dihydroorotate dehydrogenase, core), IPR013785 (Aldolase-type TIM barrel), IPR005719 (Dihydroorotate dehydrogenase, class 2), IPR012135 (Dihydroorotate dehydrogenase, classes 1 and 2)
23F52C12.2F52C12.2n/achrIV 1,956,651contains similarity to Pfam domains PF04068 (Possible metal-binding domain in RNase L inhibitor, RLI) , PF04034 (Domain of unknown function (DUF367)) contains similarity to Interpro domains IPR007209 (Possible metal-binding region in RNase L inhibitor, RLI), IPR007177 (Protein of unknown function DUF367)
24pgp-5C05A9.1n/achrX 10,856,675pgp-5 encodes a transmembrane protein that is a member of the P-glycoprotein subclass of the ATP-binding cassette (ABC) transporter superfamily; by homology, PGP-5 is predicted to function as an ATP-dependent efflux pump that protects C. elegans by exporting exogenous toxins; however, as loss of pgp-5 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities, the precise role of PGP-5 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
25cln-3.3ZC190.1n/achrV 8,684,539cln-3.3 encodes a predicted transmembrane protein that comprises one of three C. elegans homologs of human CLN3, (OMIM:607042, mutations are associated with Batten disease (also known as juvenile neuronal ceroid lipofuscinosis), a recessively inherited childhood neurodegenerative lysosomal storage disease); as loss of cln-3.3 via large-scale RNAi screens results in no obvious abnormalities, the precise role of cln-3.3 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
26F23F12.3F23F12.3n/achrIII 6,504,028contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR003663 (Sugar transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
27C56G3.2C56G3.2n/achrX 7,365,880contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
28C05D11.10C05D11.10n/achrIII 6,431,356contains similarity to Interpro domain IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like)
29K01C8.6K01C8.6n/achrII 8,278,000contains similarity to Drosophila pseudoobscura 39S ribosomal protein L10, mitochondrial precursor (L10mt) (MRP-L10).; SW:Q29NV5
30R05D11.4R05D11.4n/achrI 8,599,872contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014014 (RNA helicase, DEAD-box type, Q motif), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
31mrs-1F58B3.5n/achrIV 11,633,685mrs-1 encodes a predicted cytoplasmic methionyl-tRNA synthetase (MetRS), a class I aminoacyl-tRNA synthetase that catalyzes the attachment of methionine to its cognate tRNA and is thus required for protein biosynthesis; MRS-1 is essential for embryogenesis and required also for a normal rate of postembryonic growth.
32sfxn-1.5T04F8.1n/achrX 11,660,570C. elegans SFXN-1.5 protein; contains similarity to Pfam domain PF03820 Tricarboxylate carrier contains similarity to Interpro domain IPR004686 (Tricarboxylate/iron carrier)
33R02F2.7R02F2.7n/achrIII 5,482,043
34F25E5.1F25E5.1n/achrV 7,468,526contains similarity to Interpro domain IPR009091 (Regulator of chromosome condensation/beta-lactamase-inhibitor protein II)
35C01F1.2C01F1.2n/achrII 4,300,243C01F1.2 is orthologous to the human gene SCO (CYTOCHROME OXIDASE DEFICIENT, YEAST) HOMOLOG 1 (SCO1; OMIM:603644), which when mutated leads to early-onset hepatic failure; the C01F1.2 protein is predicted to be mitochondrial with 68% accuracy.
36nlt-1ZK892.2n/achrII 10,000,661nlt-1 encodes a member of the SCP-2 sterol transfer family.
37lys-10F17E9.11n/achrIV 8,333,154C. elegans LYS-10 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core), IPR003006 (Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site)
38T25B9.1T25B9.1n/achrIV 10,749,242T25B9.1 encodes an protein highly similar to 2-amino-3-keto-butyrate coenzyme A ligases (also called AKB ligases or glycine acetyltransferases; EC 2.3.1.29; R.W.
39scpl-4T21C9.12n/achrV 10,600,600scpl-4 encodes an ortholog of budding yeast TIM50 and human TIMM50 (OMIM:607381); by orthology, SCPL-4 is expected to be part of the mitochondrial inner membrane protein translocase; SCPL-4 is required for embryonic development and fertility in mass RNAi assays; SCPL-4 is distantly similar to FCP-1 and SCPL-1, -2, and -3.
40Y47D3B.9Y47D3B.9n/achrIII 11,467,116contains similarity to Pfam domain PF02892 BED zinc finger contains similarity to Interpro domain IPR003656 (Zinc finger, BED-type predicted)
41T09B4.9T09B4.9n/achrI 6,179,413contains similarity to Pfam domain PF04280 Tim44-like domain contains similarity to Interpro domains IPR007379 (Mitochondrial import inner membrane translocase, subunit Tim44), IPR017303 (Import inner membrane translocase, TIM44 subunit, mitochondria), IPR005682 (Mitochondrial import inner membrane translocase, subunit Tim44, subtype)
42F43E2.9F43E2.9n/achrII 7,359,080
43tsfm-1F55C5.5n/achrV 12,270,895F55C5.5 encodes a translational elongation factor Ts (EF-Ts) that binds two different EF-Tu proteins (EF-TU1/Y71H2AM.23 and EF-TU2/C43E11.4) in vitro, stimulating guanine-nucleotide exchange and mRNA translation; F55C5.5 is predicted to be mitochondrial and has a putative N-terminal transit peptide sequence; F55C5.5 is required in mass RNAi assays for normally rapid growth and for maintenance of the germline.
44ZK1236.1ZK1236.1n/achrIII 8,430,360contains similarity to Pfam domains PF06421 (GTP-binding protein LepA C-terminus) , PF03144 (Elongation factor Tu domain 2) , PF00009 (Elongation factor Tu GTP binding domain) , PF00679 (Elongation factor G C-terminus) contains similarity to Interpro domains IPR003577 (Ras small GTPase, Ras type), IPR000795 (Protein synthesis factor, GTP-binding), IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR001806 (Ras GTPase), IPR004161 (Translation elongation factor EFTu/EF1A, domain 2), IPR006297 (GTP-binding protein LepA), IPR000640 (Translation elongation factor EFG/EF2, C-terminal), IPR013842 (GTP-binding protein LepA, C-terminal), IPR009022 (Elongation factor G, III and V)
45R11D1.9R11D1.9n/achrV 12,729,002contains similarity to Pfam domain PF05046 Mitochondrial large subunit ribosomal protein (Img2) contains similarity to Interpro domain IPR007740 (Ribosomal protein L49/IMG2)
46iff-2F54C9.1n/achrII 8,560,312C. elegans IFF-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF01287 (Eukaryotic initiation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold) , PF00467 (KOW motif) contains similarity to Interpro domains IPR001884 (Eukaryotic initiation factor 5A hypusine (eIF-5A)), IPR008991 (Translation protein SH3-like), IPR005824 (KOW), IPR012340 (Nucleic acid-binding, OB-fold), IPR014722 (Translation protein SH3-like, subgroup)
47F35C11.4F35C11.4n/achrII 8,250,751contains similarity to Homo sapiens Uncharacterized protein C9orf125; ENSEMBL:ENSP00000363980
48C04C3.3C04C3.3n/achrIV 3,401,683contains similarity to Pfam domains PF02780 (Transketolase, C-terminal domain) , PF02779 (Transketolase, pyrimidine binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR005476 (Transketolase, C-terminal), IPR005475 (Transketolase, central region), IPR015941 (Transketolase C-terminal-like)
49ZK836.3ZK836.3n/achrV 12,195,261
50B0303.15B0303.15n/achrIII 8,717,978contains similarity to Pfam domains PF00298 (Ribosomal protein L11, RNA binding domain) , PF03946 (Ribosomal protein L11, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domain IPR000911 (Ribosomal protein L11)