UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1B0205.4B0205.40chrI 10,742,929The B0205.4 gene encodes a homolog of the human gene FUT1, which when mutated leads to leukocyte adhesion deficiency, type II (OMIM:266265).
2T08B1.6T08B1.6n/achrV 1,971,994contains similarity to Pfam domain PF00501 AMP-binding enzyme contains similarity to Interpro domain IPR000873 (AMP-dependent synthetase and ligase)
3scl-10F49E11.5n/achrIV 13,049,134C. elegans SCL-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF00188 SCP-like extracellular protein contains similarity to Interpro domains IPR014044 (SCP-like extracellular), IPR002413 (Ves allergen), IPR001283 (Allergen V5/Tpx-1 related)
4R01E6.2R01E6.2n/achrX 13,565,948contains similarity to Pfam domain PF06394 Pepsin inhibitor-3-like repeated domain contains similarity to Interpro domain IPR010480 (Proteinase inhibitor I33, aspin)
5cpt-6W01A11.5n/achrV 6,491,977C. elegans CPT-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF00755 Choline/Carnitine o-acyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR000542 (Acyltransferase ChoActase/COT/CPT)
6col-128F12F6.9n/achrIV 11,550,954C. elegans COL-128 protein; contains similarity to Pfam domain PF01391 Collagen triple helix repeat (20 copies) contains similarity to Interpro domains IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
7F38B6.1F38B6.1n/achrX 6,700,523
8ztf-2F13G3.1n/achrI 7,292,255C. elegans ZTF-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR013993 (Zinc finger, N-recognin, metazoa), IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
9C50D2.1C50D2.1n/achrII 113,049
10C44B7.4C44B7.4n/achrII 6,869,836contains similarity to Rattus norvegicus Protein FAM26F.; SW:Q561R8
11F39C12.1F39C12.1n/achrX 4,843,950contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR000694 (Proline-rich region), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
12cst-2C24A8.4n/achrX 4,334,568C. elegans CST-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
13C16C10.9C16C10.9n/achrIII 4,156,357contains similarity to Bacillus anthracis MutS2 family protein.; TR:Q81L40
14clc-2C01C10.1n/achrX 7,432,451clc-2 encodes a claudin homolog, closely similar to CLC-1, that is required for normal cohesion of apical junctions in epithelia; claudins are integral membrane proteins with four transmembrane sequences that are found in mammalian tight junctions (TJs), induce TJs when transgenically expressed in cells normally lacking them, and can mediate the specific conductance of of specific ions (e.g., magnesium or calcium) through TJs while blocking the flow of water; CLC-2 maintains the impermeability ('barrier function') of epithelia, since clc-1(RNAi) animals have abnormal permeability of the hypodermis to dyes; clc-2 is expressed in hypodermal seam cells, with two diffuse lines of CLC-2 protein.
15pag-3F45B8.4n/achrX 14,952,780pag-3 encodes a C2H2 zinc-finger protein orthologous to Drosophila SENSELESS, and to human GFI1 (OMIM:600871, mutated in neutropenia) and GFI1B (OMIM:604383); pag-3 is expressed in neurons (touch receptors, BDU interneurons, ventral cord motor neurons, and others); PAG-3 is required to repress the touch neuron-specific genes mec-4 and mec-7 in BDU neurons, but since this repression does not occur in touch neurons (which also have PAG-3), PAG-3 may require another protein or proteins for repression (such as PRK-1 or PRK-2, the C. elegans orthologs of human PIM-1); PAG-3 is also needed for normal neuroblast lineages in the ventral nerve cord, and for normal locomotion; pag-3 mutants have a reverse kinker uncoordinated phenotype, and occasional axonal guidance errors in the PLM and BDU neurons; PAG-3's similarity to GFI1 and GFIB falls mainly within residues 159-261, but within these residues (which overlap PAG-3's five zinc-finger domains in residues 126-265) the amino acid identity is 87%; pag-3 transcript quantities are doubled in pag-3 mutants, suggesting that PAG-3 inhibits its own gene.
16tbx-35ZK177.10n/achrII 5,524,762C. elegans TBX-35 protein; contains similarity to Pfam domain PF00907 T-box contains similarity to Interpro domains IPR008967 (p53-like transcription factor, DNA-binding), IPR001699 (Transcription factor, T-box)
17ZC190.5ZC190.5n/achrV 8,672,433
18Y18D10A.2Y18D10A.2n/achrI 12,808,033contains similarity to Pfam domain PF03227 Gamma interferon inducible lysosomal thiol reductase (GILT) contains similarity to Interpro domain IPR004911 (Gamma interferon inducible lysosomal thiol reductase GILT)
19T05A1.3T05A1.3n/achrIV 9,563,673contains similarity to Pfam domain PF00560 Leucine Rich Repeat contains similarity to Interpro domains IPR000483 (Cysteine-rich flanking region, C-terminal), IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype)
20unc-29T08G11.5n/achrI 8,899,525unc-29 encodes an non-alpha subunit of the nicotinic acetylcholine receptor (nAChR) superfamily; UNC-29 is required for normal locomotion and egg-laying, and functions as a subunit of a ligand-gated ion channel that likely mediates fast actions of acetylcholine at neuromuscular junctions and in the nervous system; when coexpressed with LEV-1, a non-alpha nAChR subunit, and UNC-38 or UNC-63, alpha AChR subunits, the resulting multimer can form levamisole-gated channels; UNC-29 is expressed in body wall muscle.
21ptr-5C53C11.3n/achrX 17,322,508ptr-5 encodes a nematode-specific member of the sterol sensing domain (SSD) proteins, distantly paralogous to Drosophila PATCHED (PTC) and human PTCH (OMIM:601309, mutated in basal cell nevus syndrome); PTR-5 is weakly required for normal molting from L4 to adult stages; PTR-5 is also required for normal growth to full size and locomotion; PTR-5 is expressed in head and tail neurons, and in ventral nerve cord.
22F46F5.14F46F5.14n/achrII 800,774contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
23K10H10.1K10H10.1n/achrII 14,491,241contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
24clec-229H02K04.1n/achrV 15,340,763C. elegans CLEC-229 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR001202 (WW/Rsp5/WWP)
25W04E12.5W04E12.5n/achrV 19,742,714contains similarity to Interpro domain IPR000750 (Proenkephalin B)
26R07B1.5R07B1.5n/achrX 9,865,660contains similarity to Pfam domain PF01681 C6 domain contains similarity to Interpro domain IPR002601 (Protein of unknown function C6)
27C01B12.2C01B12.2n/achrII 20,848contains similarity to Pfam domain PF01342 SAND domain contains similarity to Interpro domains IPR010919 (SAND-like), IPR000770 (SAND)
28R13.4R13.4n/achrIV 10,819,150contains similarity to Pfam domain PF02891 MIZ/SP-RING zinc finger contains similarity to Interpro domain IPR004181 (Zinc finger, MIZ-type)
29F25D1.3F25D1.3n/achrV 10,529,632contains similarity to Pfam domain PF06083 Interleukin-17 contains similarity to Interpro domain IPR010345 (Interleukin-17)
30C45G9.11C45G9.11n/achrIII 5,066,320
31K08E7.6K08E7.6n/achrIV 12,580,060contains similarity to Aquifex aeolicus Probable DNA double-strand break repair rad50 ATPase.; SW:RA50_AQUAE
32T01B6.1T01B6.1n/achrX 2,342,147n/a
33fbn-1ZK783.1n/achrIII 7,633,447fbn-1 encodes a protein homologous to the human extracellular matrix protein fibrillin-1 (FBN1) which when mutated leads to Marfan syndrome (OMIM:154700), a connective tissue disorder; in C. elegans, fbn-1 activity is required for completion of molting, particularly the L3/L4 or L4/Adult molts.
34ctbp-1F49E10.5n/achrX 5,867,998tag-45 encodes a D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase.
35unc-9R12H7.1n/achrX 13,214,484unc-9 encodes an innexin, an integral transmembrane channel protein that is a structural component of invertebrate gap junctions; UNC-9 is required for normal forward locomotion and egg-laying and also plays a role in the response to antihelminthics and volatile anesthetics; UNC-9 may form a functional pair with UNC-7, another C. elegans innexin, as mutations in unc-7 result in defects nearly identical to those in unc-9 mutant animals.
36W01A8.3W01A8.3n/achrI 7,066,580contains similarity to Pfam domain PF00100 Zona pellucida-like domain contains similarity to Interpro domain IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
37lgc-34T27A1.4n/achrII 528,462C. elegans LGC-34 protein; contains similarity to Pfam domain PF02931 Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain contains similarity to Interpro domains IPR000585 (Hemopexin), IPR006028 (Gamma-aminobutyric acid A receptor), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding)
38K07E8.6K07E8.6n/achrII 638,824contains similarity to Pfam domain PF08565 Cdc37 Hsp90 binding domain contains similarity to Interpro domains IPR004918 (Cdc37), IPR013874 (Cdc37, Hsp90 binding)
39srt-26C24B9.2n/achrV 2,716,136C. elegans SRT-26 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
40rbc-1F54E4.1n/achrX 14,617,784rbc-1 encodes an ortholog of S. cerevisiae RAV1; like RAV1, RBC-1 may be required for the reassociation of vacuolar proton-translocating ATPase (V-ATPase) after temporary glucose starvation.
41H19J13.1H19J13.1n/achrX 12,268,942contains similarity to Pfam domain PF03189 Protein of unknown function, DUF270 contains similarity to Interpro domain IPR004878 (Protein of unknown function DUF270)
42nfyb-1W10D9.4n/achrII 464,524C. elegans NFYB-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00808 Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone contains similarity to Interpro domains IPR009072 (Histone-fold), IPR003957 (Transcription factor, CBFA/NFYB, DNA topoisomerase), IPR003958 (Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone)
43ugt-57F01E11.1n/achrX 6,992,905C. elegans UGT-57 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
44fhod-2F56E10.2n/achrV 67,785fhod-2 encodes an ortholog of Drosophila DAAM and human DAAM1 (OMIM:606626); FHOD-2 enables Wnt-directed planar cell polarity; FHOD-2 is required for the fully asymmetrical division of B.a versus B.p cells, though this requirement is quantitatively weak.
45F35D2.2F35D2.2n/achrII 7,575,045
46F01G10.6F01G10.6n/achrIV 10,226,957contains similarity to Interpro domain IPR016054 (Ly-6 antigen / uPA receptor -like)
47set-19W01C8.3n/achrX 5,677,695set-19 encodes a SET domain-containing protein; SET-19 has no non-nematode orthologs, but several paralogs (SET-6, SET-13, SET-15, SET-20, SET-21, and SET-32); neither set-19(ok1813) nor set-19(RNAi) have any obvious phenotypes.
48C28C12.4C28C12.4n/achrIV 8,487,897contains similarity to Pfam domain PF02520 Domain of unknown function DUF148 contains similarity to Interpro domain IPR003677 (Protein of unknown function DUF148)
49F59D12.2F59D12.2n/achrX 15,674,207contains similarity to Homo sapiens Calcium-dependent protease, small subunit; ENSEMBL:ENSP00000246533
50str-39F37B4.12n/achrV 2,878,851C. elegans STR-39 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR002355 (Multicopper oxidase, copper-binding site)