Affine Alignment
 
Alignment between chc-1 (top T20G5.1 1681aa) and chc-1 (bottom T20G5.1 1681aa) score 165718

0001 MALPIKFHEHLQLPNAGIRVPNITFSNVTMESDKNIVVREMIGDQQQVVIIDLADTANPT 0060
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0001 MALPIKFHEHLQLPNAGIRVPNITFSNVTMESDKNIVVREMIGDQQQVVIIDLADTANPT 0060

0061 RRPISADSVIMHPTAKILALKSGKTLQIFNIELKAKVKAHQNVEDVVYWKWISEKTIALV 0120
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0061 RRPISADSVIMHPTAKILALKSGKTLQIFNIELKAKVKAHQNVEDVVYWKWISEKTIALV 0120

0121 SDTAVYHWSIEGDAAPVKMFDRHQSLAGTQIINYRADAENKWLVLIGISAKDSRVVGSMQ 0180
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0121 SDTAVYHWSIEGDAAPVKMFDRHQSLAGTQIINYRADAENKWLVLIGISAKDSRVVGSMQ 0180

0181 LYSTERKVSQPIEGHAACFVRFKVDGNQNPSNLFCFSVKTDNGGKLHVIEVGTPAAGNTP 0240
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0181 LYSTERKVSQPIEGHAACFVRFKVDGNQNPSNLFCFSVKTDNGGKLHVIEVGTPAAGNTP 0240

0241 FQKKNVDVPYTADTAGDFPVSMQVSAKQGIIYLVTKQGYVHLYDVESGTRIYSNRISTDT 0300
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0241 FQKKNVDVPYTADTAGDFPVSMQVSAKQGIIYLVTKQGYVHLYDVESGTRIYSNRISTDT 0300

0301 VFVTCEYTATGGIMGINRKGQVLSVSIDEANLVPFVTNQLQNPDLALKLAVRCDLPGAEE 0360
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0301 VFVTCEYTATGGIMGINRKGQVLSVSIDEANLVPFVTNQLQNPDLALKLAVRCDLPGAEE 0360

0361 LFVRKFNLLFSNGQFGESAKVAASAPQGILRTPATIQKFQQCPSTGPGPSPLLQYFGILL 0420
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0361 LFVRKFNLLFSNGQFGESAKVAASAPQGILRTPATIQKFQQCPSTGPGPSPLLQYFGILL 0420

0421 DQGKLNKYETLELCRPVLAQGRKELITKWLNDQKLECCEELGDLIKPHDVNTALSVYLRG 0480
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0421 DQGKLNKYETLELCRPVLAQGRKELITKWLNDQKLECCEELGDLIKPHDVNTALSVYLRG 0480

0481 NVPHKVVQSFAETGQFDKIVMYAKRVGFQPDYLFQLRQILRNSNPDHGAKFAQLLVSESE 0540
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0481 NVPHKVVQSFAETGQFDKIVMYAKRVGFQPDYLFQLRQILRNSNPDHGAKFAQLLVSESE 0540

0541 NGEPLADLSQIIDCFMEVQAVQPCTSFLLEVLKGDKPEEGHLQTRLLEMNLLAAPAVADA 0600
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0541 NGEPLADLSQIIDCFMEVQAVQPCTSFLLEVLKGDKPEEGHLQTRLLEMNLLAAPAVADA 0600

0601 ILANKMFSHYDRAAIGQLCEKAGLLQRALEHFTDLYDIKRTVVHTHLLKPDWLVGYFGSL 0660
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0601 ILANKMFSHYDRAAIGQLCEKAGLLQRALEHFTDLYDIKRTVVHTHLLKPDWLVGYFGSL 0660

0661 SVEDSVECLKAMLTQNIRQNLQVVVQIASKYHEQLGADKLIEMFENHKSYEGLFYFLGSI 0720
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0661 SVEDSVECLKAMLTQNIRQNLQVVVQIASKYHEQLGADKLIEMFENHKSYEGLFYFLGSI 0720

0721 VNFSQDPEVHFKYIQAATRTGQIKEVERICRESQCYDAERVKNFLKEAKLNDQLPLIIVC 0780
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0721 VNFSQDPEVHFKYIQAATRTGQIKEVERICRESQCYDAERVKNFLKEAKLNDQLPLIIVC 0780

0781 DRHNMVHDLVLYLYRNQLQKYIEVFVQKVNAARLPIVVGALLDVDCSEDAIKQLIINTRG 0840
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0781 DRHNMVHDLVLYLYRNQLQKYIEVFVQKVNAARLPIVVGALLDVDCSEDAIKQLIINTRG 0840

0841 KFDIDELVEEVEKRNRLKLLNHWLESKIQEGATDAATHNAMAKIYIDSNNNPERFLKENP 0900
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0841 KFDIDELVEEVEKRNRLKLLNHWLESKIQEGATDAATHNAMAKIYIDSNNNPERFLKENP 0900

0901 YYDSKVVGKYCEKRDPHYAFLSYERGQCDAELINVCNENSLFKNLARYLVKRRDFTLWEQ 0960
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0901 YYDSKVVGKYCEKRDPHYAFLSYERGQCDAELINVCNENSLFKNLARYLVKRRDFTLWEQ 0960

0961 VLNEENVHRRQLIDQVVQTALSETQDPEDISVTVKAFMAADLPNELIELLEKIVLDNSAF 1020
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0961 VLNEENVHRRQLIDQVVQTALSETQDPEDISVTVKAFMAADLPNELIELLEKIVLDNSAF 1020

1021 SEHRNLQNLLILTAMRADRTRVMEYIQKLDNYDAPDIANIAITSELYEEAFAIFKKFDVN 1080
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1021 SEHRNLQNLLILTAMRADRTRVMEYIQKLDNYDAPDIANIAITSELYEEAFAIFKKFDVN 1080

1081 SSAINVLIENVNNLDRAYEFAEKCNQSDVWASLAKAQLQQNLVKEAVDSFIKADDPGAYM 1140
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1081 SSAINVLIENVNNLDRAYEFAEKCNQSDVWASLAKAQLQQNLVKEAVDSFIKADDPGAYM 1140

1141 EVVNKCSQTEHWEDLVRYLQMARKKSRESYIETELVFALAKTGRLTELEEFIAGPNHAQI 1200
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1141 EVVNKCSQTEHWEDLVRYLQMARKKSRESYIETELVFALAKTGRLTELEEFIAGPNHAQI 1200

1201 GQIGDRCFDNGMFDSAKILFNNVSNFAKLSVTLVRLGEYQGAVDAARKANSTKTWKQVCF 1260
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1201 GQIGDRCFDNGMFDSAKILFNNVSNFAKLSVTLVRLGEYQGAVDAARKANSTKTWKQVCF 1260

1261 SCVENGEFRLAQMCGLHIVVHADELEELINFYQDRGHFEELIALLEAALGLERAHMGMFT 1320
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1261 SCVENGEFRLAQMCGLHIVVHADELEELINFYQDRGHFEELIALLEAALGLERAHMGMFT 1320

1321 ELAILYSKYKPEKMREHLELFWSRVNIPKVLRAAEQAHLWSELVFLYDKYEEYDNAALTM 1380
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1321 ELAILYSKYKPEKMREHLELFWSRVNIPKVLRAAEQAHLWSELVFLYDKYEEYDNAALTM 1380

1381 MQHPTESWREQHFKEVIAKVANVELYYKAMQFYLDYKPLLLNDLLTVLSPRLDHSRTVLF 1440
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1381 MQHPTESWREQHFKEVIAKVANVELYYKAMQFYLDYKPLLLNDLLTVLSPRLDHSRTVLF 1440

1441 FNKLKQIPLVKPYLRQVQNLNNKAINEALNQLLIDEEDHAGLRSSIEAQDNFDNITLAQQ 1500
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1441 FNKLKQIPLVKPYLRQVQNLNNKAINEALNQLLIDEEDHAGLRSSIEAQDNFDNITLAQQ 1500

1501 LEKHPLVEFRRISAYLFKGNNRWKQSIELCKKDKLYKDAMEYAAESRNGELAEELLSFFL 1560
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1501 LEKHPLVEFRRISAYLFKGNNRWKQSIELCKKDKLYKDAMEYAAESRNGELAEELLSFFL 1560

1561 DEKLYDCFAASLYHCYDLLHPDVIMELAWKHKIMDYAMPYMIQVMRDYQTRLEKLERSEH 1620
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1561 DEKLYDCFAASLYHCYDLLHPDVIMELAWKHKIMDYAMPYMIQVMRDYQTRLEKLERSEH 1620

1621 ERKEEKAEQQQNNGMTMEPQLMLTYGAPAPQMTYPGTTGGYGGQPAYGQPGQPGYNAPGF 1680
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1621 ERKEEKAEQQQNNGMTMEPQLMLTYGAPAPQMTYPGTTGGYGGQPAYGQPGQPGYNAPGF 1680

1681 M 1681
     |
1681 M 1681