UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1T23B12.6T23B12.60chrV 8,458,996contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR001680 (WD40 repeat), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3sra-25T26E3.9n/achrI 12,687,150C. elegans SRA-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
4B0304.2B0304.2n/achrII 4,524,073
5T01H3.2T01H3.2n/achrII 7,876,054T01H3.2 encodes a large (980-residue) uncharacterized protein, with multiple dysferlin and beta-propeller domains, that is conserved among metazoa; T01H3.2 shares an operon with vha-4, and thus might be a previously undescribed V-ATPase component or ancillary protein.
6C10B5.3C10B5.3n/achrV 8,584,165
7sri-29B0454.4n/achrII 3,045,214C. elegans SRI-29 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
8F21D5.5F21D5.5n/achrIV 8,737,526contains similarity to Pfam domain PF08645 Polynucleotide kinase 3 phosphatase contains similarity to Interpro domains IPR013954 (Polynucleotide kinase 3 phosphatase, central region), IPR006549 (HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIIA), IPR015636 (Polynucleotide kinase 3, phosphatase), IPR006551 (DNA 3-phosphatase)
9F46F11.8F46F11.8n/achrI 5,625,448
10C47D12.4C47D12.4n/achrII 11,682,106This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
11C01G5.5C01G5.5n/achrIV 6,525,508contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
12B0365.1B0365.1n/achrV 13,118,299contains similarity to Pfam domains PF00549 (CoA-ligase) , PF02629 (CoA binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR005809 (Succinyl-CoA synthetase, beta subunit), IPR016143 (Citrate synthase-like, small alpha subdomain), IPR014608 (ATP-citrate synthase), IPR016142 (Citrate synthase-like, large alpha subdomain), IPR005810 (Succinyl-CoA ligase, alpha subunit), IPR005811 (ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR013816 (ATP-grasp fold, subdomain 2), IPR017440 (ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, active site), IPR016141 (Citrate synthase-like, core), IPR003781 (CoA-binding), IPR016102 (Succinyl-CoA synthetase-like)
13dhs-22C15H11.4n/achrV 14,420,734dhs-22 encodes a short-chain dehydrogenase predicted to be mitochondrial.
14W06B4.2W06B4.2n/achrII 4,469,593contains similarity to Pfam domain PF01869 BadF/BadG/BcrA/BcrD ATPase family contains similarity to Interpro domain IPR002731 (ATPase, BadF/BadG/BcrA/BcrD type)
15ers-1Y41E3.4n/achrIV 15,010,805ers-1 encodes a glutaminyl (Q) tRNA synthetase that affects growth and embryonic and larval viability in large-scale RNAi screens; it is predicted to be mitochondrial.
16K07A12.2K07A12.2n/achrI 8,678,985contains similarity to Pfam domain PF00560 Leucine Rich Repeat contains similarity to Interpro domains IPR000483 (Cysteine-rich flanking region, C-terminal), IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype)
17C36B1.7C36B1.7n/achrI 8,736,564contains similarity to Pfam domain PF00186 Dihydrofolate reductase contains similarity to Interpro domain IPR001796 (Dihydrofolate reductase region)
18W06B4.1W06B4.1n/achrII 4,472,468
19Y102A5C.4Y102A5C.4n/achrV 16,923,224contains similarity to Pfam domain PF05075 Protein of unknown function (DUF684) contains similarity to Interpro domain IPR007767 (Protein of unknown function DUF684)
20C53B7.7C53B7.7n/achrX 6,862,206C53B7.7 encodes a neprilysin; neprilysins are thermolysin-like zinc metallopeptidases, found on the outer surface of animal cells, that negatively regulate small signalling peptides (e.g., enkephalin, tachykinin, insulin, and natriuretic peptides) by cleaving them; C53B7.7 has no clear orthologs in other organisms.
21M02B7.2M02B7.2n/achrIV 3,804,264contains similarity to Pfam domain PF00929 Exonuclease contains similarity to Interpro domains IPR013520 (Exonuclease, RNase T and DNA polymerase III), IPR006055 (Exonuclease), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
22F55B11.3F55B11.3n/achrIV 14,425,099contains similarity to Lactococcus lactis Unknown protein.; TR:Q9CF31
23rab-21T01B7.3n/achrII 8,714,514rab-21 encodes a Rab GTPase most closely related to the Drosophila and vertebrate Rab21 GTPases and Saccharomyces cerevisiae VPS21; by homology, RAB-21 is predicted to be involved in membrane trafficking/vesicle transport; loss of rab-21 activity via RNAi results in 7-8% embryonic lethality.
24F44B9.8F44B9.8n/achrIII 8,028,820contains similarity to Pfam domains PF00004 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) , PF08542 (Replication factor C) contains similarity to Interpro domains IPR003959 (AAA ATPase, core), IPR008921 (DNA polymerase III clamp loader subunit, C-terminal), IPR000767 (Disease resistance protein), IPR001270 (Chaperonin clpA/B), IPR013748 (Replication factor C), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
25K11H3.3K11H3.3n/achrIII 9,852,736contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
26F59F4.2F59F4.2n/achrX 15,841,893contains similarity to Pfam domain PF06624 Ribosome associated membrane protein RAMP4 contains similarity to Interpro domain IPR010580 (Ribosome associated membrane RAMP4)
27R11G1.2R11G1.2n/achrX 3,653,706
28dhs-1C01G8.3n/achrI 5,280,165C. elegans DHS-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR002424 (Insect alcohol dehydrogenase family), IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
29ZK1128.4ZK1128.4n/achrIII 10,119,727contains similarity to Pfam domain PF03850 Transcription factor Tfb4 contains similarity to Interpro domain IPR004600 (Transcription factor Tfb4)
30zig-7F54D7.4n/achrI 4,791,457zig-7 encodes a predicted secreted protein that is a member of the immunoglobulin superfamily of proteins; loss of zig-7 activity via RNAi has been reported to result in aldicarb resistance; a zig-7::gfp reporter fusion is expressed in body wall muscle.
31rpt-5F56H1.4n/achrI 5,742,805rpt-5 encodes a triple A ATPase subunit of the 26S proteasome's 19S regulatory particle (RP) base subcomplex; RPT-5 is required for embryonic, larval, and germline development and by homology, is predicted to function in unfolding protein substrates and translocating them into the core proteolytic particle (CP) of the proteasome.
32str-5T23D5.12n/achrV 15,753,810C. elegans STR-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter)
33Y116A8C.8Y116A8C.8n/achrIV 16,932,518contains similarity to Interpro domain IPR001283 (Allergen V5/Tpx-1 related)
34ttm-2F26G1.4n/achrII 4,765,267C. elegans TTM-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00339 Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
35B0035.3B0035.3n/achrIV 11,314,534contains similarity to Pfam domain PF01661 Macro domain contains similarity to Interpro domain IPR002589 (Appr-1-p processing)
36F16H11.3F16H11.3n/achrX 4,648,333contains similarity to Pfam domain PF01733 Nucleoside transporter contains similarity to Interpro domains IPR002259 (Delayed-early response protein/equilibrative nucleoside transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
37rfc-3C39E9.13n/achrIV 13,096,350C. elegans RFC-3 protein; contains similarity to Interpro domains IPR008921 (DNA polymerase III clamp loader subunit, C-terminal), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
38C10A4.4C10A4.4n/achrX 7,402,753
39ZC410.3ZC410.3n/achrIV 9,077,529contains similarity to Pfam domain PF01532 Glycosyl hydrolase family 47 contains similarity to Interpro domain IPR001382 (Glycoside hydrolase, family 47)
40T14G10.7T14G10.7n/achrIV 10,148,080contains similarity to Bos taurus GPI transamidase component PIG-S (Phosphatidylinositol-glycansbiosynthesis class S protein).; SW:Q3SZL5
41R09D1.11R09D1.11n/achrII 9,467,636contains similarity to Pfam domain PF00704 Glycosyl hydrolases family 18 contains similarity to Interpro domains IPR011583 (Chitinase II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR001223 (Glycoside hydrolase, family 18, catalytic domain), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core)
42rnf-5C16C10.7n/achrIII 4,165,557This gene encodes a homolog of mammalian RNF5, a C3HC4 (RING-finger) zinc-finger protein.
43C07E3.9C07E3.9n/achrII 10,351,043contains similarity to Pfam domain PF00068 Phospholipase A2 contains similarity to Interpro domains IPR016090 (Phospholipase A2), IPR001211 (Phospholipase A2, eukaryotic), IPR013090 (Phospholipase A2, active site)
44vps-26T20D3.7n/achrIV 9,340,583C. elegans VPS-26 protein; contains similarity to Pfam domain PF03643 Vacuolar protein sorting-associated protein 26 contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR005377 (Vacuolar protein sorting-associated protein 26)
45C09F5.3C09F5.3n/achrIII 664,551contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
46C42C1.8C42C1.8n/achrIV 12,292,136contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
47C48B4.11C48B4.11n/achrIII 9,565,286contains similarity to Interpro domain IPR006069 (ATPase, P-type cation exchange, alpha subunit)
48edc-3R05D11.8n/achrI 8,603,637C. elegans EDC-3 protein; contains similarity to Interpro domain IPR010920 (Like-Sm ribonucleoprotein-related, core)
49wdfy-2D2013.2n/achrII 9,320,794wdfy-2 encodes a WD40- and FYVE-domain containing protein that is orthologous to mammalian WDFY2; WDFY-2 is one of twelve C. elegans FYVE-domain-containing proteins; wdfy-2 activity is essential for wild-type levels of endocytosis.
50prpf-4F22D6.5n/achrI 7,092,922C. elegans PRPF-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)