UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C50B6.7C50B6.70chrV 13,323,656contains similarity to Pfam domains PF02806 (Alpha amylase, C-terminal all-beta domain) , PF00128 (Alpha amylase, catalytic domain) contains similarity to Interpro domains IPR006046 (Glycoside hydrolase family 13), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR006048 (Alpha-amylase, C-terminal all beta), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core), IPR006047 (Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic region), IPR006589 (Glycosyl hydrolase, family 13, subfamily, catalytic region), IPR013780 (Glycosyl hydrolase, family 13, all-beta)
2B0495.2B0495.2n/achrII 7,700,550contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR008351 (JNK MAP kinase), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core)
3K02C4.3K02C4.3n/achrII 8,083,916contains similarity to Pfam domain PF00443 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase contains similarity to Interpro domain IPR001394 (Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2)
4rnh-1.3C04F12.9n/achrI 9,710,453C. elegans RNH-1.3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00075 RNase H contains similarity to Interpro domains IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold), IPR002156 (Ribonuclease H)
5T02G5.7T02G5.7n/achrII 7,076,340The T02G5.7 gene encodes a homolog of the human gene ACAT1, which when mutated leads to alpha-methylacetoaceticaciduria (OMIM:203750).
6cut-4E04D5.3n/achrII 10,437,905C. elegans CUT-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00100 Zona pellucida-like domain contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
7clec-54F08H9.8n/achrV 14,477,911C. elegans CLEC-54 protein; contains similarity to Pfam domains PF00431 (CUB domain) (2), PF00059 (Lectin C-type domain) contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
8zim-3T07G12.11n/achrIV 10,559,796zmp-3 encodes a protein with two C-terminal noncanonical C2H2 zinc-fingers whose paralogs include HIM-8, ZIM-1/-2, and C02F5.12; ZIM-3 is specifically required for homolog pairing, synapsis, and segregation of chromosomes I and IV during meiosis; zim-3(tm2303) oocytes ending prophase have ~4 bivalents and ~4 univalents, the latter of which are consistently chromosomes I and IV; ZIM-3 associates with the right end of chromosome I and the left end of chromosome IV, which may indicate an association with their pairing centers; while the C-terminal region of ZIM-3 most closely resembles those of its orthologs in other Caenorhabditis species, its N-terminal region instead most closely resembles those of its paralogs in C. elegans, indicating coevolving, species-specific functions; ZIM-3 foci, like HIM-8 foci, associate with the nuclear envelope during meiotic prophase; zim-3 mutants also have some defective segregation of the X chromosome (yielding a Him phenotype), but this may be an indirect effect of autosomal asynapsis.
9F02D8.4F02D8.4n/achrV 14,986,177contains similarity to Pfam domain PF00246 Zinc carboxypeptidase contains similarity to Interpro domains IPR000834 (Peptidase M14, carboxypeptidase A), IPR009020 (Proteinase inhibitor, propeptide)
10K06B9.2K06B9.2n/achrIV 4,192,443K06B9.2 encodes a putative UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase, paralogous to C36A4.4 and orthologous to human UAP1 (OMIM:602862) and UAP1L1; K06B9.2 is thought to catalyse the fourth step of the hexosamine pathway to UDP-N-acetylglucosamine or UDP-N-acetylgalactosamine; K06B9.2 transcripts are enriched during oogenesis; K06B9.2(RNAi) animals have an osmotically-sensitive embryonic lethal phenotype, presumably because of defects in chitin and eggshell synthesis.
11R11A8.1R11A8.1n/achrIV 10,356,114contains similarity to Homo sapiens Hypothetical protein; ENSEMBL:ENSP00000299601
12F26G1.1F26G1.1n/achrII 4,792,961contains similarity to Aedes aegypti Esophageal cancer associated protein.; TR:Q16QZ5
13R13H4.3R13H4.3n/achrV 11,834,560contains similarity to Pfam domain PF00328 Histidine acid phosphatase contains similarity to Interpro domain IPR000560 (Histidine acid phosphatase)
14math-24C46F9.3n/achrII 1,901,084The C46F9.3 gene encodes a protein with a meprin-associated Traf homology (MATH) domain that may be involved in apoptosis.
15nspb-4F38A5.10n/achrIV 6,598,366C. elegans NSPB-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF07312 Protein of unknown function (DUF1459) contains similarity to Interpro domain IPR009924 (Protein of unknown function DUF1459)
16C50F7.4C50F7.4n/achrIV 7,729,765contains similarity to Pfam domains PF08442 (ATP-grasp domain) , PF00549 (CoA-ligase) contains similarity to Interpro domains IPR013650 (ATP-grasp fold, succinyl-CoA synthetase-type), IPR005811 (ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase), IPR005809 (Succinyl-CoA synthetase, beta subunit), IPR013815 (ATP-grasp fold, subdomain 1), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR013816 (ATP-grasp fold, subdomain 2), IPR016102 (Succinyl-CoA synthetase-like)
17R52.2R52.2n/achrII 2,127,157contains similarity to Pfam domains PF03564 (Protein of unknown function (DUF1759)) , PF05585 (Protein of unknown function (DUF1758)) contains similarity to Interpro domains IPR009007 (Peptidase aspartic, catalytic), IPR008737 (Protein of unknown function DUF1758), IPR005312 (Protein of unknown function DUF1759), IPR001878 (Zinc finger, CCHC-type)
18pgl-2B0523.3n/achrIII 8,672,707pgl-2 encodes a novel protein of 532 amino acids that, in C. elegans, is one of three PGL protein family members; PGL-2 associates with P granules during postembryonic development; PGL-2 interacts with PGL-1, an additional P granule component, in yeast two-hybrid assays, but neither protein is required for proper localization of the other.
19ptr-2C32E8.8n/achrI 3,791,060ptr-2 encodes an ortholog of Drosophila and human PTCHD3, which defines one of seven paralogous families of sterol sensing domain (SSD) proteins; PTR-2 is required for cytokinesis in somatic cells, but not in the germline (the converse of PTC-1's function); PTR-2 is partially required for normal molting from L4 to adult stages; PTR-2 is also required for normal male tail development, growth to full size, locomotion, and viability.
20T28A8.6T28A8.6n/achrIII 13,500,236contains similarity to Pfam domain PF04435 Domain of unknown function (DUF545) contains similarity to Interpro domain IPR006570 (SPK)
21tag-203K02F2.3n/achrI 6,824,603C. elegans TAG-203 protein; contains similarity to Pfam domain PF03178 CPSF A subunit region contains similarity to Interpro domains IPR004871 (Cleavage and polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal), IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
22rad-54W06D4.6n/achrI 9,067,667rad-54 is orthologous to the human gene RAD54 (RAD54L; OMIM:603615), which when mutated leads to disease.
23K09F6.3K09F6.3n/achrII 2,258,704contains similarity to Pfam domains PF02206 (Domain of unknown function) , PF00102 (Protein-tyrosine phosphatase) contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR016130 (Protein-tyrosine phosphatase, active site), IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase), IPR003125 (Protein of unknown function WSN)
24H25K10.5H25K10.5n/achrIV 16,231,750contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domains IPR001940 (Peptidase S1C, HrtA/DegP2/Q/S), IPR000494 (EGF receptor, L domain)
25R03G8.6R03G8.6n/achrX 13,097,423contains similarity to Pfam domain PF01433 Peptidase family M1 contains similarity to Interpro domains IPR014782 (Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase, N-terminal), IPR006025 (Peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site), IPR001930 (Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase)
26trm-1ZC376.5n/achrV 14,184,351C. elegans TRM-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF02005 N2,N2-dimethylguanosine tRNA methyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR002905 (N2,N2-dimethylguanosine tRNA methyltransferase)
27C06E8.5C06E8.5n/achrIII 7,003,767contains similarity to Pfam domain PF02886 LBP / BPI / CETP family, C-terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR001124 (Lipid-binding serum glycoprotein)
28C49F5.6C49F5.6n/achrX 11,989,713contains similarity to Homo sapiens Ankyrin 3; ENSEMBL:ENSP00000280772
29T01G1.3T01G1.3n/achrIV 11,368,676contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR000694 (Proline-rich region), IPR002110 (Ankyrin), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
30fbxa-151ZC47.7n/achrIII 1,266,254This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
31Y106G6H.8Y106G6H.8n/achrI 10,452,513contains similarity to Pfam domain PF04241 Protein of unknown function (DUF423) contains similarity to Interpro domain IPR006696 (Protein of unknown function DUF423)
32prp-4C36B1.5n/achrI 8,734,610C. elegans PRP-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF00400 (WD domain, G-beta repeat) (7), PF08799 (pre-mRNA processing factor 4 (PRP4) like) contains similarity to Interpro domains IPR014906 (Pre-mRNA processing factor 4 (PRP4) like), IPR003648 (Splicing factor motif), IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR001632 (G-protein, beta subunit), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
33F25H5.6F25H5.6n/achrI 9,159,313contains similarity to Pfam domain PF08561 Mitochondrial ribosomal protein L37 contains similarity to Interpro domain IPR013870 (Ribosomal protein L37, mitochondrial)
34C05D12.2C05D12.2n/achrII 11,420,763contains similarity to Interpro domains IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR006582 (Region of unknown fuction MD, Caenorhabditis elegans)
35F25G6.9F25G6.9n/achrV 8,567,613contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
36fbxa-114Y113G7B.7n/achrV 20,197,592This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
37hmit-1.1Y51A2D.4n/achrV 18,520,286hmit-1.1 encodes one of three C. elegans proton (H+)-dependent myo-inositol transporters; loss of hmit-1.1 activity via large-scale RNAi result in no obvious abnormalities but by homology, HMIT-1.1 is predicted to function as a plasma membrane protein required for the regulated uptake of myo-inositol and thus potentially for regulation of cell signaling and intracellular osmolarity.
38col-141T15B7.5n/achrV 6,830,181C. elegans COL-141 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
39mut-14C14C11.6n/achrV 5,659,724mut-14 mutants exhibit germline transposon activation, a deficient response to RNAi, resistance to co-suppression, and transgene desilencing.
40F16A11.2F16A11.2n/achrI 9,391,956contains similarity to Pfam domain PF01139 Uncharacterized protein family UPF0027 contains similarity to Interpro domain IPR001233 (Protein of unknown function UPF0027)
41C29F4.2C29F4.2n/achrIV 11,228,390contains similarity to Pfam domain PF01062 Bestrophin contains similarity to Interpro domain IPR000615 (Bestrophin)
42H11L12.1H11L12.1n/achrX 17,710,993
43ZK836.2ZK836.2n/achrV 12,199,854contains similarity to Pfam domains PF02779 (Transketolase, pyrimidine binding domain) , PF00676 (Dehydrogenase E1 component) contains similarity to Interpro domains IPR011603 (2-oxoglutarate dehydrogenase, E1 component), IPR005475 (Transketolase, central region), IPR001017 (Dehydrogenase, E1 component)
44efn-3F15A2.5n/achrX 13,476,463efn-3 encodes a potential GPI-modified ephrin that is, with EFN-2, is required for normal epidermal organization in the male tail; EFN-3, along with EFN-1 and EFN-2, activates the VAB-1 tyrosine kinase in vivo and binds it in vitro, and has a minor role in embryonic epiboly.
45nol-1W07E6.1n/achrII 473,591C. elegans NOL-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01189 NOL1/NOP2/sun family contains similarity to Interpro domains IPR011023 (Nop2p), IPR006174 (rRNA subunit methyltransferase), IPR001678 (Bacterial Fmu (Sun)/eukaryotic nucleolar NOL1/Nop2p)
46nspb-10C01G12.6n/achrII 14,588,002C. elegans NSPB-10 protein ;
47T09A5.9T09A5.9n/achrII 7,858,979contains similarity to Pfam domain PF00560 Leucine Rich Repeat contains similarity to Interpro domains IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype), IPR003603 (U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal)
48ZC204.12ZC204.12n/achrII 1,656,785contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
49R07E4.3R07E4.3n/achrX 5,953,576contains similarity to Pfam domain PF02939 UcrQ family contains similarity to Interpro domain IPR004205 (UcrQ)
50C54G4.9C54G4.9n/achrI 8,025,714contains similarity to Pyrococcus furiosus Hypothetical protein PF0537.; TR:Q8U3D2