UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1rpa-1F18A1.50chrII 7,665,772rpa-1 encodes the C. elegans ortholog of the replication protein A (RPA) large subunit; by homology, RPA-1 is predicted to function as a DNA-binding and oligonucleotide oligosaccharide-binding (OB) protein that is required for DNA replication, repair, and recombination; large-scale RNAi screens indicate that rpa-1 is essential for embryonic development, and that in yeast two-hybrid assays interacts with the product of M04F3.1, the RPA medium subunit; in situ hybridization studies indicate that rpa-1 transcripts are expressed in germ cells.
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3xpg-1F57B10.6n/achrI 6,560,500F57B10.6 is orthologous to the human gene EXCISION REPAIR CROSS-COMPLEMENTING RODENT REPAIR DEFICIENCY, COMPLEMENTATION GROUP 5 (XERODERMA PIGMENTOSUM, COMPLEMENTATION GROUP G (COCKAYNE SYNDROME)) (ERCC5; OMIM:133530), which when mutated leads to disease.
4tag-216K08F9.2n/achrV 15,135,533C. elegans TAG-216 protein; contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
5mrp-4F21G4.2n/achrX 9,886,947mrp-4 encodes a putative member of subfamily C of the ATP-binding cassette transporters; MRP-4 is required, redundantly with its paralog WHT-2, for sperm to normally migrate towards a PUFA-based signal exuded by oocytes; hermaphrodites subjected to double wht-2(RNAi) mrp-4(RNAi) are infertile, both through aberrant loss of their own sperm and through failure of males to effectively inseminate them; in mammalian eicosanoid signalling, subfamily C ABC transporters are required for PUFA and eicosanoid transport.
6K06H7.7K06H7.7n/achrIII 8,084,529
7gly-20C03E10.4n/achrV 11,284,282gly-20 is orthologous to the human gene MANNOSYL (ALPHA-1,6-)-GLYCOPROTEIN BETA-1,2-N-ACETYLGLUCOSAMINYLTRANSFERASE (MGAT2; OMIM:602616), which when mutated leads to carbohydrate-deficient glycoprotein syndrome, type II.
8T01B7.6T01B7.6n/achrII 8,723,943contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
9F31C3.4F31C3.4n/achrI 15,051,595contains similarity to Pfam domain PF02535 ZIP Zinc transporter contains similarity to Interpro domain IPR003689 (Zinc/iron permease)
10brf-1F45E12.2n/achrII 7,307,210brf-1 encodes an ortholog of mammalian B-RELATED FACTOR (also known as BRF, TDS4, PCF4, or hTFIIIB90); BRF is thought to act as a molecular bridge between TATA-binding protein (TBP) associated factors that functions in TFIIIB (RNA polymerase III associated transcription factors).
11C27A12.9C27A12.9n/achrI 6,064,908contains similarity to Pfam domain PF01663 Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase contains similarity to Interpro domains IPR017849 (Alkaline phosphatase-like, alpha/beta/alpha), IPR002591 (Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase), IPR017850 (Alkaline-phosphatase-like, core domain)
12F40G9.2F40G9.2n/achrIII 191,482contains similarity to Pfam domain PF05051 Cytochrome C oxidase copper chaperone (COX17) contains similarity to Interpro domain IPR007745 (Cytochrome C oxidase copper chaperone)
13C32E8.5C32E8.5n/achrI 3,782,660contains similarity to Pfam domain PF00498 FHA domain contains similarity to Interpro domains IPR008984 (SMAD/FHA domain), IPR000253 (Forkhead-associated)
14rpb-3C36B1.3n/achrI 8,729,359C. elegans RPB-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF01000 (RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain) , PF01193 (RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain) contains similarity to Interpro domains IPR011263 (DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type), IPR011262 (DNA-directed RNA polymerase, insert), IPR011261 (DNA-directed RNA polymerase, dimerisation)
15C08B11.8C08B11.8n/achrII 8,040,793contains similarity to Pfam domain PF03155 ALG6, ALG8 glycosyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR004856 (ALG6, ALG8 glycosyltransferase)
16ZK1067.3ZK1067.3n/achrII 9,224,144contains similarity to Mus musculus Serine/threonine-protein kinase Nek9 (EC 2.7.1.37) (NimA-relatedsprotein kinase 9).; SW:NEK9_MOUSE
17Y106G6D.7Y106G6D.7n/achrI 10,126,327contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR000694 (Proline-rich region), IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
18F58G11.6F58G11.6n/achrV 13,680,190F58G11.6 (also known as ccz-1 or hps-4) encodes an ortholog of human C7orf28A and C7orf28B, with more distant similarity to human HPS4 (OMIM:606682) and S. cerevisiae Ccz1p in its N-terminal CHiPS domain; the CHiPS domain of F58G11.6 is predicted to have a longin-like fold; by analogy with Ccz1p and C. elegans SAND-1, F58G11.6 might be required for normal (RAB-7-mediated) traffic between early and late endosomes, or for autophagy; F58G11.6 is bound by SAND-1.
19dpl-1T23G7.1n/achrII 9,171,156dpl-1 encodes the C. elegans ortholog of mammalian DP, the E2F-heterodimerization partner; dpl-1 is a class B synMuv gene whose activity is required for oogenesis as well as embryonic asymmetry and vulval development; in addition, dpl-1 acts with a subset of class B synMuv genes and the MCD-1 zinc-finger protein to promote the killing process during programmed cell death; DPL-1 is a nuclear protein that is widely expressed throughout development in both somatic and germ cell lineages.
20cyn-7Y75B12B.2n/achrV 15,186,997cyn-7 encodes a cyclophilin A isoform; while not tested for peptidyl-prolyl isomerase activity in vitro, it is very similar to CYN-3 and closely resembles the prototypical CypA, and is therefore likely to be a member of the cytosolic CsA-binding cyclophilin subfamily; CYN-7 was required for embryonic viability in one set of mass RNAi assays.
21stl-1F30A10.5n/achrI 9,487,412C. elegans STL-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01145 SPFH domain / Band 7 family contains similarity to Interpro domains IPR001107 (Band 7 protein), IPR001972 (Stomatin)
22T07F8.4T07F8.4n/achrII 7,131,218contains similarity to Pfam domain PF01448 ELM2 domain contains similarity to Interpro domains IPR001005 (SANT, DNA-binding), IPR000949 (ELM2)
23T03G11.6T03G11.6n/achrX 5,178,330contains similarity to Pfam domains PF05219 (DREV methyltransferase) , PF08242 (Methyltransferase domain) contains similarity to Interpro domains IPR013217 (Methyltransferase type 12), IPR007884 (DREV methyltransferase)
24K04G7.1K04G7.1n/achrIII 7,163,752
25npp-5F07A11.3n/achrII 11,598,202C. elegans NPP-5 protein; contains similarity to Interpro domain IPR007252 (Nuclear pore protein 84/107)
26W02D9.3W02D9.3n/achrI 12,536,484contains similarity to Pfam domain PF00505 HMG (high mobility group) box contains similarity to Interpro domains IPR000910 (High mobility group box, HMG1/HMG2), IPR009071 (High mobility group box, HMG)
27K08F4.1K08F4.1n/achrIV 10,124,631contains similarity to Pfam domain PF00004 ATPase family associated with various cellular activities (AAA) contains similarity to Interpro domains IPR003959 (AAA ATPase, core), IPR001199 (Cytochrome b5), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
28npp-14C03D6.4n/achrI 9,662,535npp-14 is orthologous to the human gene NUCLEOPORIN, 214-KD (NUP214; OMIM:114350), which encodes part of the nucleopore complex mediating nucleocytoplasmic transport; NUP214, as a fusion gene with DEK (OMIM:125264), is found in a subset of acute myeloid leukemia.
29ifa-4K05B2.3n/achrX 4,914,125IFA-4 encodes a nonessential intermediate filament protein that is coexpressed with the essential IF protein IFB-1; IFA-4 binds IFB-1 in blot overlay assays; ifa-4 is expressed in larvae in the pharyngeal-intestinal valve, the rectum, some neurons of the tail, the excretory cell, and the intestine of dauer (but not nondauer) larvae; IFA-4 has no function in RNAi assays.
30F52C12.1F52C12.1n/achrIV 1,961,538contains similarity to Pfam domain PF06087 Tyrosyl-DNA phosphodiesterase contains similarity to Interpro domains IPR001736 (Phospholipase D/Transphosphatidylase), IPR010347 (Tyrosyl-DNA phosphodiesterase)
31W04B5.5W04B5.5n/achrIII 2,414,713The W04B5.5 gene encodes a phospholipid-independent AKT/PKB kinase.
32sna-2T13F2.7n/achrIV 9,776,092sna-2 encodes an snRNP-binding protein (SNA-2/SL75p) homologous to Ascaris SL95p (SL 175kd); SNA-2 is found in at least two Sm snRNPs, SL1 and Y, but not in SL2; in snRNP SL1, SNA-2 associates with the SNA-1/SL21p protein, while associating with SUT-1/SL26p (a paralog of SNA-1) in snRNP Y; sna-2(RNAi) is lethal; SNA-2 can bind either SNA-1 or SUT-1 even in the absence of RNA.
33tag-229W09G3.3n/achrI 13,804,628C. elegans TAG-229 protein; contains similarity to Pfam domain PF08755 Hemimethylated DNA-binding protein YccV like contains similarity to Interpro domain IPR011722 (Hemimethylated DNA-binding region)
34wrm-1B0336.1n/achrIII 5,724,932wrm-1 encodes, along with bar-1 and hmp-2, one of three C. elegans beta-catenin-like proteins; during development, wrm-1 functions in noncanonical Wnt signaling pathways that specify cell fates in the early embryo, the somatic gonad, and postembryonic hypodermal lineages.
35K06H7.1K06H7.1n/achrIII 8,099,908
36cutc-1ZK353.7n/achrIII 8,402,774C. elegans CUTC-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF03932 CutC family contains similarity to Interpro domain IPR005627 (CutC)
37C14A4.3C14A4.3n/achrII 10,586,058contains similarity to Pfam domain PF03901 Alg9-like mannosyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR005599 (Alg9-like mannosyltransferase)
38lpd-9T21C9.5n/achrV 10,579,970lpd-9 encodes a novel protein conserved amongst C. elegans, C. briggsae, and C. remanei; loss of lpd-9 activity via RNAi indicates that LPD-9 is required for fat storage and for larval growth and development.
39T24C4.7T24C4.7n/achrIII 893,471contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
40cpf-1F28C6.3n/achrII 8,601,385C. elegans CPF-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR001632 (G-protein, beta subunit), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
41F19F10.10F19F10.10n/achrV 7,579,007F19F10.10 encodes a protein with a THAP or THAP-like domain; other proteins with such domains include LIN-15A, LIN-15B, LIN-36, and HIM-17 (which all interact with LIN-35/Rb), as well as CDC-14B, CTB-1, GON-14, and ~100 other proteins such as Drosophila P element transposase and human nuclear proapoptotic factor THAP1.
42C38C10.2C38C10.2n/achrIII 9,388,833C38C10.2 is orthologous to the human gene SOLUTE CARRIER FAMILY 17 (ANION/SUGAR TRANSPORTER), MEMBER 5 (SLC17A5; OMIM:604322), which when mutated leads to disease.
43C27A12.2C27A12.2n/achrI 6,043,841contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007086 (Zinc finger, C2H2-subtype), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
44sec-3F52E4.7n/achrX 3,097,634C. elegans SEC-3 protein ; contains similarity to Danio rerio Exocyst complex component 1.; TR:Q7T2A6
45C05D11.9C05D11.9n/achrIII 6,429,174C05D11.9 encodes an ortholog of Pop1, a protein subunit shared by the endoribonucleases RNase MRP and RNAse P; RNAse MRP cleaves mitochondrial RNA in mitochondrial DNA synthesis, nucleolar pre-rRNA in ribosome synthesis, and at least one mRNA (CLB2) involved in cell-cycle regulation; RNAse P cleaves tRNA precursors to produce their mature 5' end; C05D11.9 is evolutionarily ubiquitous among eukaryotes.
46mdt-27T18H9.6n/achrV 9,210,879C. elegans MDT-27 protein; contains similarity to Interpro domain IPR003983 (Leukotriene B4 type 1 receptor)
47F33H2.2F33H2.2n/achrI 15,025,433contains similarity to Homo sapiens Protein FAM91A1; ENSEMBL:ENSP00000335082
48K04G2.6K04G2.6n/achrI 8,041,954contains similarity to Pfam domain PF02985 HEAT repeat contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR000357 (HEAT), IPR016024 (Armadillo-type fold)
49ZK1010.3ZK1010.3n/achrIII 12,979,542contains similarity to Pfam domain PF06229 FRG1-like family contains similarity to Interpro domains IPR010414 (FRG1-like), IPR008999 (Actin-crosslinking proteins)
50R02D3.7R02D3.7n/achrIV 254,500contains similarity to Interpro domains IPR009060 (UBA-like), IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like)