UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1soc-1F41F3.20chrV 4,644,923C. elegans SOC-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00169 PH domain contains similarity to Interpro domains IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR011993 (Pleckstrin homology-type)
2F40G12.6F40G12.6n/achrV 14,272,120contains similarity to Pfam domain PF03236 Domain of unknown function DUF263 contains similarity to Interpro domain IPR004920 (Protein of unknown function DUF263)
3F52D1.2F52D1.2n/achrX 447,631
4F56D5.5F56D5.5n/achrIV 9,407,671contains similarity to Interpro domain IPR000533 (Tropomyosin)
5ZC373.5ZC373.5n/achrX 10,073,415contains similarity to Pfam domain PF00596 Class II Aldolase and Adducin N-terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR001303 (Class II aldolase/adducin, N-terminal)
6cdh-1R10F2.1n/achrIII 2,923,253cdh-1 encodes a cadherin that is similar, in the extracellular domain, to the Drosophila cadherin Dachsous (Ds); although the precise role of cdh-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known, loss of cdh-1 activity via RNAi using the hypersensitive rrf-3 strain can result in locomotion and growth defects, as well as larval lethality.
7tsp-11B0563.2n/achrX 9,164,502C. elegans TSP-11 protein; contains similarity to Pfam domain PF00335 Tetraspanin family contains similarity to Interpro domains IPR000301 (CD9/CD37/CD63 antigen), IPR008952 (Tetraspanin)
8T08A9.5T08A9.5n/achrX 7,312,937
9VW02B12L.2VW02B12L.2n/achrII 11,439,443contains similarity to Pfam domain PF00102 Protein-tyrosine phosphatase contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase)
10nlr-1F20B10.1n/achrIV 12,174,554C. elegans NLR-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (2), PF02210 (Laminin G domain) (2), PF00054 (Laminin G domain) contains similarity to Interpro domains IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR013320 (Concanavalin A-like lectin/glucanase, subgroup), IPR001791 (Laminin G), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR012680 (Laminin G, subdomain 2), IPR008985 (Concanavalin A-like lectin/glucanase), IPR012679 (Laminin G, subdomain 1)
11C30A5.6C30A5.6n/achrIII 8,206,270
12fbxa-52F07G6.6n/achrX 1,710,748C. elegans FBXA-52 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
13F46F11.7F46F11.7n/achrI 5,621,853contains similarity to Interpro domain IPR011061 (Proteinase inhibitor I14/I15, hirudin/antistatin)
14tor-2Y37A1B.13n/achrIV 13,983,393tor-2 encodes a AAA ATPase that, along with TOR-1 and OOC-5, comprise the three C. elegans orthologs of human torsinA, mutations in which are associated with torsion dystonia (OMIM:605204); overexpression of TOR-2 in nematodes with polyglutamine repeat-induced protein aggregates indicates that TOR-2 can suppress protein aggregation, suggesting TOR-2 may play a role in regulation of protein folding; in wild-type animals, TOR-2 localizes to the endoplasmic reticulum; in animals containing polyglutamine protein aggregates, TOR-2 localizes to these sites of protein aggregation.
15clec-178T19E7.1n/achrIV 5,654,480C. elegans CLEC-178 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
16T07F12.3T07F12.3n/achrX 4,887,726contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
17srt-5C50H11.14n/achrV 3,080,169C. elegans SRT-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
18smf-2K11G12.3n/achrX 6,717,366C. elegans SMF-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01566 Natural resistance-associated macrophage protein contains similarity to Interpro domain IPR001046 (Natural resistance-associated macrophage protein)
19Y37E11B.6Y37E11B.6n/achrIV 3,598,943Y37E11B.6 encodes an ortholog of Rpp21 (Rpr2), a protein subunit of the endoribonuclease RNAse P, which cleaves tRNA precursors to produce their mature 5' end.
20C11D2.2C11D2.2n/achrIV 6,187,162contains similarity to Pfam domain PF00026 Eukaryotic aspartyl protease contains similarity to Interpro domains IPR009007 (Peptidase aspartic, catalytic), IPR001969 (Peptidase aspartic, active site), IPR001461 (Peptidase A1)
21F57B7.2F57B7.2n/achrV 11,442,786contains similarity to Pfam domain PF00188 SCP-like extracellular protein contains similarity to Interpro domains IPR014044 (SCP-like extracellular), IPR002413 (Ves allergen), IPR001283 (Allergen V5/Tpx-1 related)
22srm-1T28H11.2n/achrIV 5,013,566C. elegans SRM-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter)
23nas-1F45G2.1n/achrIII 13,407,525nas-1 encodes an astacin-like metalloprotease.
24F59E12.8F59E12.8n/achrII 5,635,699contains similarity to Interpro domain IPR015683 (Glutamate receptor-related)
25K02E7.4K02E7.4n/achrII 1,073,572contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domain IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
26E02H9.4E02H9.4n/achrIII 2,457,255contains similarity to Pfam domain PF03312 Protein of unknown function, DUF272 contains similarity to Interpro domain IPR004987 (Protein of unknown function DUF272)
27cdk-2K03E5.3n/achrI 3,411,552C. elegans CDK-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
28F38B6.6F38B6.6n/achrX 6,687,229contains similarity to Pfam domains PF07719 (Tetratricopeptide repeat) (4), PF08409 (Domain of unknown function (DUF1736)) , PF00515 (Tetratricopeptide repeat) (5)contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR013618 (Region of unknown function DUF1736), IPR008940 (Protein prenyltransferase), IPR001440 (Tetratricopeptide TPR-1), IPR013105 (Tetratricopeptide TPR2), IPR013026 (Tetratricopeptide region)
29F15A4.5F15A4.5n/achrII 12,470,242contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8ICX2
30B0250.2B0250.2n/achrV 20,473,310contains similarity to Drosophila erecta Female-specific transformer protein.; SW:TRSF_DROER
31srg-33F21F8.1n/achrV 8,292,769C. elegans SRG-33 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
32Y116A8C.25Y116A8C.25n/achrIV 17,076,616contains similarity to Pfam domain PF03881 Fructosamine kinase contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR005581 (Fructosamine kinase)
33R07C12.2R07C12.2n/achrIV 4,149,092
34K06A4.4K06A4.4n/achrV 9,502,894contains similarity to Pfam domain PF03083 MtN3/saliva family contains similarity to Interpro domain IPR004316 (MtN3 and saliva related transmembrane protein)
35nhr-116F09C6.9n/achrV 16,913,761C. elegans NHR-116 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
36lin-1C37F5.1n/achrIV 2,288,106lin-1 encodes an Ets-domain-containing transcription factor that is a member of the ETS gene family that includes human ELK1, 3, and 4 (OMIM:600247); LIN-1 functions as a general effector of MAP kinase-mediated signaling; when MAP kinase is inactive, LIN-1 forms a complex with LIN-31/WH that inhibits vulval cell fate specification; upon MAP kinase activation (vulval induction), LIN-1 is phosphorylated, dissociates from LIN-31, and becomes inactive, thus allowing for vulval development.
37fbxb-59Y113G7B.8n/achrV 20,200,762This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
38C07D8.2C07D8.2n/achrX 7,362,559contains similarity to Interpro domain IPR000104 (Antifreeze protein, type I)
39C49H3.9C49H3.9n/achrIV 7,908,266contains similarity to Pfam domain PF07967 C3HC zinc finger-like contains similarity to Interpro domain IPR012935 (Zinc finger, C3HC-like)
40C02B8.6C02B8.6n/achrX 8,134,694contains similarity to Pfam domains PF00097 (Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)) , PF02825 (WWE domain) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR004170 (WWE), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
41cdh-4F25F2.2n/achrIII 4,528,691A homolog of a member of the cadherin superfamily that is involved in cell-cell adhesion.
42srv-11H25K10.3n/achrIV 16,220,615C. elegans SRV-11 protein; contains similarity to Pfam domains PF01461 (7TM chemoreceptor) , PF01748 (Caenorhabditis serpentine receptor-like protein) contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
43AC8.7AC8.7n/achrX 230,898
44F40G9.1F40G9.1n/achrIII 196,177contains similarity to Pfam domain PF00023 Ankyrin repeat contains similarity to Interpro domain IPR002110 (Ankyrin)
45ceh-1F16H11.4n/achrX 4,653,768ceh-1 encodes a protein that contains a homeobox domain.
46srh-269T03E6.5n/achrV 16,591,043C. elegans SRH-269 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
47nhr-179F16B4.11n/achrV 1,616,853C. elegans NHR-179 protein; contains similarity to Pfam domain PF00105 Zinc finger, C4 type (two domains) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
48ceh-34C10G8.6n/achrV 5,317,530ceh-34 encodes a homeodomain protein, homologous to human SIX2 (OMIM:604994), that is expressed very weakly in the pharynxes of late embryos and early larvae; it has no known function.
49pmp-3C54G10.3n/achrV 14,650,313pmp-3 encodes a putative ABC transporter orthologous to human ABCD4 (OMIM:603214) and paralogous to PMP-5; pmp-3 expression levels are unusually stable, with relatively little variation between adults, dauers, and L3 larvae, or between wild-type and daf-2(e1370ts) or daf-16(m26) mutant adults; PMP-3 has no obvious function in mass RNAi assays, and pmp-3(ok1087) mutants are at least grossly normal (in particular, they show no defects in the uptake stage of RNAi).
50F25G6.1F25G6.1n/achrV 8,577,457